【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
所公开的技术涉及核酸测序领域。更具体地说，所公开的技术涉及使用下一代测序技术在同一测序运行中确定索引序列和相应靶核酸的核苷酸序列。
技术介绍
在一些类型的下一代测序技术中，可在扩增靶多核苷酸后在流动池上生成dna簇。下一代测序循环可在靶多核苷酸的互补链合成过程中进行。在每个测序循环中，与荧光标签缀合的脱氧核糖核酸类似物可与靶多核苷酸位于特定位点杂交，并且激发光源可用于激发脱氧核糖核酸类似物上的荧光标签。检测器可捕获荧光标签的荧光发射，以识别脱氧核糖核酸类似物。因此，靶多核苷酸的序列可通过反复执行测序循环进行确定。由于需要执行测序循环并且按照序列顺序识别靶多核苷酸的核碱基，因此靶多核苷酸的测序速度可能会受限。
技术介绍
0、背景
技术实现思路
1、所公开的技术涉及高效确定多核苷酸核碱基序列的系统和方法。更具体地说，所公开的技术涉及并行确定多核苷酸的不同部分(例如，索引部分和模板部分)的核碱基序列的系统和方法。
2、在一个方面中，所公开的技术提供了识别模板多核苷酸中的核碱基的系统和方法。在一个实施方案中，所公开的方法可以包括提供底物，该底物包含簇中的多个模板多核苷酸。该方法可进一步包括：产生光以激发簇的荧光发射。该方法可进一步包括：接收位于第一位点与多个模板多核苷酸杂交的第一多个核苷酸类似物以第一强度发射的第一信号。该方法可进一步包括：接收位于第二位点与多个模板多核苷酸杂交的第二多个核苷酸类似物以第二强度发射的第二信号。该方法可进一步包括：根据第一信号和第二信号的组合，识别位于
3、在另一方面中，所公开的技术提供了确定包含条形码索引的模板多核苷酸序列的系统和方法。在一个实施方案中，所公开的方法可包括将索引引物和读段引物与模板多核苷酸杂交。该方法可进一步包括：用包含第一标签的第一标记核苷酸来延伸索引引物。该方法可进一步包括：用包含第二标签的第二标记核苷酸来延伸读段引物。该方法可进一步包括：产生光，以激发第一标记核苷酸和第二标记核苷酸的荧光发射。该方法可进一步包括：通过捕获荧光发射来确定条形码索引和模板多核苷酸中的核苷酸序列。
4、本文公开的系统、设备、套件和方法各自具有几个方面，其中没有任何一个方面单独负责其期望的属性。还考虑了许多其他实施方案，包括具有更少的、额外的和/或不同的部件、步骤、特征、目的、益处和优点的实施方案。各部件、方面和步骤也可以通过不同的方式进行布置和排序。在考虑该讨论之后，特别是在阅读标题为“具体实施方式”的章节之后，将理解本文所公开的设备和方法的特征如何提供优于其他已知设备和方法的优点。
5、应当理解，本文所公开的系统的任何特征可以任何期望的方式和/或配置组合在一起。此外，应当理解，本文所公开的方法的任何特征可以任何期望的方式组合在一起。此外，应当理解，方法和/或系统的特征的任何组合可一起使用，和/或可与本文所公开的任何示例组合。应当理解，前述概念和下文更详细讨论的额外概念的所有组合都被设想为是本文公开的专利技术主题的一部分并且可用于实现本文所述的益处和优点。
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1.一种确定包含条形码索引的模板多核苷酸序列的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述模板多核苷酸是所述模板多核苷酸的相同拷贝簇的一部分，其中所述索引引物是第一组索引引物的一部分，并且其中所述读段引物是第二组读段引物的一部分。
3.根据权利要求2所述的方法，其中确定所述条形码索引和所述模板多核苷酸中的所述核苷酸序列包括：
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一组索引引物的一部分具有阻断3'-端。
5.根据权利要求2所述的方法，其中所述第二组读段引物具有未阻断3'-端。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一标记核苷酸和所述第二标记核苷酸在同一反应步骤中与所述模板多核苷酸杂交。
7.根据权利要求1所述的方法，其中延伸所述索引引物是通过非链置换聚合酶催化的。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述索引引物在预定数目的核酸聚合循环后进行热去杂交。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述索引引物在预定数目的核酸聚合循环后通过锁核酸与所述模板多核苷酸接触而除去。>
10.根据权利要求7至9中任一项所述的方法，所述方法包括：进一步延伸所述读段引物，并且在所述索引引物延伸已结束后确定所述模板多核苷酸中的所述核苷酸序列。
11.根据权利要求2所述的方法，所述方法包括：在延伸所述索引引物和所述读段引物之前，调整所述第一组索引引物与所述第二组读段引物的比例。
12.根据权利要求11所述的方法，所述方法包括：
13.根据权利要求12所述的方法，所述方法进一步包括：除去连接到与所述簇保持杂交的所述第一组索引引物和所述第二组读段引物上的所述荧光团。
14.一种识别模板多核苷酸中的核碱基的系统，所述系统包括：
15.根据权利要求30所述的系统，其中所述处理器被配置为根据所述第一信号的所述第一强度与所述第二信号的所述第二强度之间的差值，识别所述模板多核苷酸中的所述核碱基。
16.一种识别模板多核苷酸中的核碱基的方法，所述方法包括：
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述第一位点位于所述模板多核苷酸的条形码索引段中，并且其中所述第二位点位于所述模板多核苷酸的非条形码索引段中。
18.根据权利要求16所述的方法，所述方法包括：根据所述第一信号的所述第一强度与所述第二信号的所述第二强度之间的差值，识别所述模板多核苷酸中的所述核碱基。
19.根据权利要求16所述的方法，其中所述第一多个核苷酸类似物中的所述核苷酸类似物是与所述簇中的所述模板多核苷酸的条形码索引部分相邻的位点杂交的索引引物的一部分。
20.根据权利要求19所述的方法，其中所述第二多个核苷酸类似物中的所述核苷酸类似物是与所述簇中的所述模板多核苷酸的非条形码索引部分相邻的位点杂交的读段引物的一部分。
21.根据权利要求20所述的方法，其中识别所述核碱基包括：对比来自所述索引引物上的所述核苷酸类似物的所述第一强度下的所述第一信号与来自所述读段引物上的所述核苷酸类似物的所述第二强度下的所述第二信号。
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述第一信号的强度低于所述第二信号的强度。
23.根据权利要求20所述的方法，其中所述第一信号的所述强度与所述索引引物中的所述第一多个核苷酸类似物的浓度一致，所述第二信号的所述强度与所述读段引物中的所述第二多个核苷酸类似物的浓度一致。
24.根据权利要求20所述的方法，其中一部分所述索引引物具有阻断3'-端，并且所述读段引物具有未阻断3'-端。
25.根据权利要求16所述的方法，所述方法包括：
26.根据权利要求16所述的方法，所述方法包括：
27.根据权利要求26所述的方法，其中根据从所述第一荧光图像和所述第二荧光图像中所提取的荧光强度与用于十六种核碱基类型组合的预定荧光强度分布的组合，将位于所述第一位点和所述第二位点的所述核碱基的组合分类为所述十六种核碱基类型组合中的一种核碱基类型组合。
28.根据权利要求26所述的方法，所述方法包括：
29.根据权利要求26所述的方法，所述方法包括：用预定光频的光激发所述簇的发射。
30.根据权利要求26所述的方法，所述方法包括：用两种预定光频的光激发所述簇的发射。
31.根据权利要求16所述的方法，所述方法进一步包括：基本上同时识别与所述模板多核苷酸互补的额外多核苷酸中的核碱基。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种确定包含条形码索引的模板多核苷酸序列的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述模板多核苷酸是所述模板多核苷酸的相同拷贝簇的一部分，其中所述索引引物是第一组索引引物的一部分，并且其中所述读段引物是第二组读段引物的一部分。
3.根据权利要求2所述的方法，其中确定所述条形码索引和所述模板多核苷酸中的所述核苷酸序列包括：
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述第一组索引引物的一部分具有阻断3'-端。
5.根据权利要求2所述的方法，其中所述第二组读段引物具有未阻断3'-端。
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述第一标记核苷酸和所述第二标记核苷酸在同一反应步骤中与所述模板多核苷酸杂交。
7.根据权利要求1所述的方法，其中延伸所述索引引物是通过非链置换聚合酶催化的。
8.根据权利要求1所述的方法，其中所述索引引物在预定数目的核酸聚合循环后进行热去杂交。
9.根据权利要求1所述的方法，其中所述索引引物在预定数目的核酸聚合循环后通过锁核酸与所述模板多核苷酸接触而除去。
10.根据权利要求7至9中任一项所述的方法，所述方法包括：进一步延伸所述读段引物，并且在所述索引引物延伸已结束后确定所述模板多核苷酸中的所述核苷酸序列。
11.根据权利要求2所述的方法，所述方法包括：在延伸所述索引引物和所述读段引物之前，调整所述第一组索引引物与所述第二组读段引物的比例。
12.根据权利要求11所述的方法，所述方法包括：
13.根据权利要求12所述的方法，所述方法进一步包括：除去连接到与所述簇保持杂交的所述第一组索引引物和所述第二组读段引物上的所述荧光团。
14.一种识别模板多核苷酸中的核碱基的系统，所述系统包括：
15.根据权利要求30所述的系统，其中所述处理器被配置为根据所述第一信号的所述第一强度与所述第二信号的所述第二强度之间的差值，识别所述模板多核苷酸中的所述核碱基。
16.一种识别模板多核苷酸中的核碱基的方法，所述方法包括：
17.根据权利要求16所述的方法，其中所述第一位点位于所述模板多核苷酸的条形码索引段中，并且其中所述第二位点位于所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：S·E·汉特，P·圣乔治，A·卡鲁纳卡兰，D·布雷彻，
申请(专利权)人：因美纳有限公司，
类型：发明
国别省市：
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