【技术实现步骤摘要】
技术介绍
0、背景
1、分析和表征生物和生化材料和系统的显著进步引起在了解生命、健康、疾病以及治疗机制方面的前所未有的进步。在这些进步中，靶向和表征生物系统的基因组构成的技术已经产生了一些最突破性的结果，包括在使用和开发基因扩增技术和核酸测序技术方面的进步。
2、核酸测序可被用于获得多种生物医学背景中的信息，所述生物医学背景包括诊断、预后、生物技术以及法医生物学。测序可能涉及：基本方法，包括马克萨姆-吉尔伯特测序(maxam-gilbert sequencing)和链终止法；或从头测序法，包括鸟枪测序和桥式pcr；或下一代法，包括聚合酶克隆测序、454焦磷酸测序、illumina测序、solid测序、ion torrent半导体测序、heliscope单分子测序、测序等
3、尽管在生物表征方面取得了这些进步，但许多挑战仍未得到解决，或通过现今所提供的解决方案得到相对较差地解决。本公开提供用于解决许多现有技术的不足之处的新型解决方案和办法。
4、简述
5、本文提供用于分析单个细胞或小细胞群体的方法、组合物以及系统，包括分析来自这些单个细胞或细胞群体的核酸以及将核酸归属至这些单个细胞或细胞群体。
6、本公开的一个方面提供一种分析来自细胞的核酸的方法，其包括将源于单个细胞的核酸提供至离散分区中；产生源于所述离散分区内的所述核酸的一个或多个第一核酸序列，所述一个或多个第一核酸序列已连接于包含共同核酸条形码序列的寡核苷酸；产生对所述一个或多个第一核酸序列或源于所述一
7、在一些实施方案中，离散分区为离散微滴。在一些实施方案中，将寡核苷酸与源于单个细胞的核酸共分配至离散分区中。在一些实施方案中，将所述寡核苷酸中的至少10,000个、至少100,000个或至少500,000个与源于单个细胞的核酸共分配至离散分区中。
8、在一些实施方案中，提供连接至珠粒的寡核苷酸，其中珠粒上的各寡核苷酸包含相同的条形码序列，并且将珠粒与单个细胞共分配至离散分区中。在一些实施方案中，寡核苷酸可释放地连接至珠粒。在一些实施方案中，珠粒包括可降解珠粒。在一些实施方案中，在产生一个或多个第一核酸序列之前或期间，所述方法包括经由降解珠粒使寡核苷酸从珠粒释放。在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括使一个或多个第一核酸序列从离散分区释放。
9、在一些实施方案中，产生表征包括对一个或多个第一核酸序列或一个或多个第二核酸序列进行测序。所述方法还可包括由一个或多个第一核酸序列或一个或多个第二核酸序列的序列组装单个细胞的基因组的至少一部分的连续核酸序列。此外，所述方法还可包括基于单个细胞的基因组的至少一部分的核酸序列来表征单个细胞。
10、在一些实施方案中，核酸从离散分区中的单个细胞释放。在一些实施方案中，核酸包括核糖核酸(rna)，诸如信使rna(mrna)。在一些实施方案中，产生一个或多个第一核酸序列包括在产生一个或多个第一核酸序列的条件下使核酸进行反转录。在一些实施方案中，反转录在离散分区中进行。在一些实施方案中，寡核苷酸被提供于离散分区中并且包含多聚胸苷酸(poly-t)序列。在一些实施方案中，反转录包括使多聚胸苷酸序列与核酸中的每一者的至少一部分杂交并且以模板定向的方式延伸多聚胸苷酸序列。在一些实施方案中，寡核苷酸包含促进多聚胸苷酸序列的杂交的锚定序列。在一些实施方案中，寡核苷酸包含随机引导序列，所述随机引导序列可为例如随机六聚体。在一些实施方案中，反转录包括使随机引导序列与核酸中的每一者的至少一部分杂交并且以模板定向的方式延伸随机引导序列。
11、在一些实施方案中，一个或多个第一核酸序列中的给定者与核酸中的给定者的至少一部分具有序列互补性。在一些实施方案中，离散分区至多包括多个细胞之中的单个细胞。在一些实施方案中，寡核苷酸包含独特的分子序列区段。在一些实施方案中，所述方法可包括至少部分基于独特的分子序列区段的存在将一个或多个第一核酸序列或一个或多个第二核酸序列的单个核酸序列识别为源于核酸中的给定核酸。在一些实施方案中，所述方法包括基于独特的分子序列区段的存在测定给定核酸的量。
12、在一些实施方案中，所述方法包括在产生表征之前，将一个或多个额外序列添加至一个或多个第一核酸序列以产生一个或多个第二核酸序列。在一些实施方案中，所述方法包括在转换寡核苷酸的辅助下将第一额外核酸序列添加至一个或多个第一核酸序列。在一些实施方案中，转换寡核苷酸与一个或多个第一核酸序列的至少一部分杂交，并且以模板定向的方式延伸以使第一额外核酸序列与一个或多个第一核酸序列偶接。在一些实施方案中，所述方法包括扩增与第一额外核酸序列偶接的一个或多个第一核酸序列。在一些实施方案中，扩增在离散分区中进行。在一些实施方案中，扩增在使与第一额外核酸序列偶接的一个或多个第一核酸序列从离散分区释放之后进行。
13、在一些实施方案中，在扩增之后，所述方法包括将一个或多个第二额外核酸序列添加至与第一额外序列偶接的一个或多个第一核酸序列以产生一个或多个第二核酸序列。在一些实施方案中，添加一个或多个第二额外序列包括去除与第一额外核酸序列偶接的一个或多个第一核酸序列中的每一者的一部分以及使其与一个或多个第二额外核酸序列偶接。在一些实施方案中，所述去除经由对与第一额外核酸序列偶接(例如连接)的一个或多个第一核酸序列进行剪切来完成。
14、在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括使一个或多个第一核酸序列进行转录以产生一个或多个rna片段。在一些实施方案中，转录在使一个或多个第一核酸序列从离散分区释放之后进行。在一些实施方案中，寡核苷酸包含t7启动子序列。在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括去除一个或多个rna序列中的每一者的一部分以及使额外序列与一个或多个rna序列偶接。在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括使与额外序列偶接的一个或多个rna序列进行反转录以产生一个或多个第二核酸序列。在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括扩增一个或多个第二核酸序列。在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括使一个或多个rna序列进行反转录以产生一个或多个dna序列。在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括去除一个或多个dna序列中的每一者的一部分以及使一个或多个额外序列与一个或多个dna序列偶接以产生一个或多个第二核酸序列。在一些实施方案中，在产生表征之前，所述方法包括扩增一个或多个第二核酸序列。
15、在一些实施方案中，核酸包括由单个细胞的rna的反转录产生的互补(cdna)。在一些实施方案中，寡核苷酸包含引导序列并且被提供于离散分区中。在一些实施方案中，所述引导序列包括随机n-mer。在一些实施方案中，产生一个本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种分析来自细胞的核酸的方法，其包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中所述离散分区为离散微滴。
3.如权利要求1所述的方法，其中，在(a)中，将所述寡核苷酸与源于所述单个细胞的所述核酸共分配至所述离散分区中。
4.如权利要求3所述的方法，其中，在(a)中，将所述寡核苷酸中的至少10,000个与源于所述单个细胞的所述核酸共分配至所述离散分区中。
5.如权利要求4所述的方法，其中，在(a)中，将所述寡核苷酸中的至少100,000个与源于所述单个细胞的所述核酸共分配至所述离散分区中。
6.如权利要求5所述的方法，其中，在(a)中，将所述寡核苷酸中的至少500,000个与源于所述单个细胞的所述核酸共分配至所述离散分区中。
7.如权利要求1所述的方法，其中，在(a)中，提供连接至珠粒的所述寡核苷酸，其中珠粒上的各寡核苷酸包含相同的条形码序列，并且将所述珠粒与所述单个细胞共分配至所述离散分区中。
8.一种表征多种不同细胞类型的群体中的细胞的方法，其包括：
9.一种表征单个细胞或细胞群体的方法
10.一种组合物，其包含多个分区，所述多个分区中的每一者包含(i)单个细胞，以及(ii)包含共同核酸条形码序列的寡核苷酸群体。
...【技术特征摘要】
1.一种分析来自细胞的核酸的方法，其包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中所述离散分区为离散微滴。
3.如权利要求1所述的方法，其中，在(a)中，将所述寡核苷酸与源于所述单个细胞的所述核酸共分配至所述离散分区中。
4.如权利要求3所述的方法，其中，在(a)中，将所述寡核苷酸中的至少10,000个与源于所述单个细胞的所述核酸共分配至所述离散分区中。
5.如权利要求4所述的方法，其中，在(a)中，将所述寡核苷酸中的至少100,000个与源于所述单个细胞的所述核酸共分配至所述离散分区中。
6.如权利要求5所述的...
【专利技术属性】
技术研发人员：本杰明·J·辛德森，克里斯多佛·马丁·辛德森，迈克尔·史诺莱文，凯文·迪安·奈斯，米尔娜·雅罗什，瑟奇·萨克森诺夫，保罗·哈登伯尔，拉吉夫·巴拉德瓦杰，格雷斯·X·Y·郑，菲利普·贝尔格莱德，
申请(专利权)人：一零X基因组学有限公司，
类型：发明
国别省市：
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