【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于动物分子生物学，尤其涉及一种基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法。
技术介绍
1、动物考古学通过研究动物遗存来探究古代人类与动物的关系，并已重写古代畜牧史。确定动物遗存的种属是关键步骤，目前主要依赖形态学鉴定，即通过骨骼的特征部位和测量数据来判断。然而，这种鉴定方法受多种因素影响：1)动物遗存的保存状况。如果可用于鉴定动物种属的特征部位在出土时无法被观察到或者已受到破坏，又或者出土部位本身不属于鉴定种属的特征部位，会影响鉴定准确性。2)动物遗存在形态上存在相似性。使得对保存状况较差的骨骼难以准确判断。3)家养动物与野生动物的相似性。往往会出现鉴定错误的情况。
2、古dna技术作为辅助技术，通过提取、建库和测序动物骨骼遗存中的dna(如线粒体中的16srrna、coⅰ、coⅱ和cytb基因可以被用作物种鉴定的dna条形码)进行物种鉴定。这项技术主要用于辅助形态鉴定结果，以形态鉴定所得的物种作为参考基因组，将测序数据与其进行比对，根据比对结果确定形态鉴定是否准确；或形态学无法确定具体的种，仅能鉴定出属而无法确定具体是哪一个种时，通过同时与几个物种进行比对，确定最终结果。然而，如果形态学无法确定具体种属，古dna技术的应用也会受限，因为可能无法选择全面的参考序列或仅能选择有限的几种物种进行比对，这可能导致鉴定错误。例如，若形态学将样本鉴定为“马或驴”，使用古dna技术进行鉴定时通常是分别以马和驴线粒体全基因组序列作为参考序列进行比对，但由于选择不全面，可能因其并不是马和驴而导致鉴定错误。此外，虽然dna条形
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，旨在解决上述
技术介绍
中提出的问题。
2、为实现上述目的，本专利技术提供如下技术方案：
3、一种基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，包括以下步骤：
4、步骤1、前期准备：收集动物线粒体全基因组参考序列以构建参考序列数据集，或搜集全部动物后根据纲目科属种进行分组；
5、步骤2、建立索引；
6、步骤3、搭建古dna分析pipeline用于对原始测序数据进行比对分析；比对步骤配置两种比对策略，两种比对策略为分别比对和合并比对；
7、步骤4、结果统计；
8、步骤5、最终比对：使用鉴定物种的线粒体全基因组作为参考序列进行比对，获得最终物种的线粒体一致性序列。
9、进一步的，所述步骤2的具体步骤如下：
10、步骤21、对所有参考序列建立索引；
11、步骤22、将参考序列根据分组情况进行合并，合并后的总序列中每一个线粒体序列相当于总序列的一条染色体或contig；
12、步骤23、再对合并后的序列建立索引。
13、进一步的，所述分别比对策略具体为：同时以数据集中指定分组的各序列为参考系列，将原始测序数据分别与参考系列进行比对，最后判定每个参考序列的结果，根据最佳原则确定物种。
14、进一步的，所述合并比对策略具体为：使用合并后的序列作为参考序列，原始数据仅有一次比对机会，使每个所述染色体或contig之间存在竞争关系，最可能的物种将直接比对到对应的部分，即可区分相近物种。
15、进一步的，所述步骤4的具体步骤如下：
16、步骤41、统计比对后的结果，确定物种的四个依据包括比对后的覆盖度、比对上的碱基对数、比对率和覆盖比例，四个依据的数值成正比；
17、步骤42、筛选四个依据数值排名前五的物种；
18、步骤43、判断两种比对策略结果的一致性，并根据最高原则确定最终鉴定物种；
19、步骤44、生成统计报告和鉴定结果报告。
20、与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：
21、本专利技术提供的基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法能够全面覆盖比对物种的线粒体全基因组序列，运用两种比对策略，最终判定动物遗存所属种属，在验证形态学鉴定结果的同时也弥补形态鉴定无法分辨种属的情况。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，所述步骤2的具体步骤如下：
3.根据权利要求1所述的基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，所述分别比对策略具体为：同时以数据集中指定分组的各序列为参考系列，将原始测序数据分别与参考系列进行比对，最后判定每个参考序列的结果，根据最佳原则确定物种。
4.根据权利要求2所述的基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，所述合并比对策略具体为：使用合并后的序列作为参考序列，原始数据仅有一次比对机会，使每个所述染色体或contig之间存在竞争关系，最可能的物种将直接比对到对应的部分，即可区分相近物种。
5.根据权利要求1所述的基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，所述步骤4的具体步骤如下：
【技术特征摘要】
1.一种基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，所述步骤2的具体步骤如下：
3.根据权利要求1所述的基于线粒体基因组的古代动物物种鉴定方法，其特征在于，所述分别比对策略具体为：同时以数据集中指定分组的各序列为参考系列，将原始测序数据分别与参考系列进行比对，最后判定每个参考序列的结果，...
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。