【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于基因育种，具体涉及一种肉牛启动子育种芯片及其应用。
技术介绍
1、牛肉市场缺口日益增加，肉牛育种在肉牛业中举足轻重。在传统育种方式中，主要依赖外貌评定、系谱记录、性能测定等方式。然而，肉牛的生物学特性使得这些传统方法在肉牛育种中面临一系列挑战，如世代间隔长、繁殖率低以及经济性状难以早期测定等。为了克服这些问题，全基因组选择（genomic selection，gs）技术应运而生，为肉牛育种带来了全新的可能性。
2、全基因组选择技术作为一种基于基因组信息的育种方法，通过利用整个基因组的遗传标记对个体基因组进行估计，从而显著缩短了育种的世代间隔，提高了遗传进展的速度。在奶牛、肉牛、猪、绵羊、山羊、鸡、鸭等畜禽中，gs技术已取得了显著的成功，提高了动物育种的准确性，并降低了育种成本。为了实现全基因组选择技术，snp分型检测技术成为其中不可或缺的环节。全基因组重测序技术和snp芯片检测技术是snp分型的两大主流方法。尽管全基因组重测序技术能够获取更全面的基因组变异信息，但其操作流程繁琐、数据分析复杂，成本相对较高，尤其在个体数较多的大规模分析中存在一定的局限性。相比之下，snp芯片技术由于高效且成本相对较低，已成为肉牛育种中的主流选择。然而目前在肉牛育种中尚未有可用的snp芯片。
技术实现思路
1、有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种肉牛启动子育种芯片及其应用，利用肉牛启动子育种芯片大大降低肉牛分子育种的成本，而且能有效提高肉牛性状关联分析和基因组选择育种的准确
2、为解决上述技术问题，本专利技术提供了以下技术方案：
3、本专利技术提供一种肉牛启动子育种芯片，所述肉牛启动子育种芯片包含定位于肉牛参考基因组版本为ars-ucd1.3上启动子区域的60347个snp位点，snp位点的位置信息如表1所示。
4、优选的，所述启动子区域为基因组注释文件定义转录起始位点上下游1kb的区间。
5、优选的，还包括根据覆盖所述snp位点的基因序列设计的探针。
6、本专利技术提供所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛育种中的应用。
7、本专利技术提供所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛基因分型和群体结构分析中的应用。
8、本专利技术提供所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛性状关联分析中的应用。
9、本专利技术提供所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛种质资源遗传多样性分析中的应用。
10、本专利技术提供所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛亲缘关系鉴定中的应用。
11、本专利技术提供所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛基因组关联分析中的应用。
12、本专利技术提供所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛遗传与进化分析中的应用。
13、与现有技术相比，本专利技术具有如下有益效果：
14、本专利技术首次开发了利用肉牛启动子区域进行分子育种的snp组合。该肉牛启动子育种芯片具有位点代表性高、特异性较强以及适用范围广等特点，非常有利于在肉牛分子育种中的高效应用，可用于不同品种肉牛的检测。
15、本专利技术所使用的snp液相芯片技术，大大降低了检测成本，与其他测序和固相育种芯片相比，基因分型成本降低了40%以上，同时可以覆盖大量样本进行检测，位点检出率高（>90%）。本专利技术开发的肉牛启动子育种芯片高效率低成本的基因分型和群体结构分析有利于加快肉牛的分子育种进程。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种肉牛启动子育种芯片，其特征在于，所述肉牛启动子育种芯片包含定位于肉牛参考基因组版本为ARS-UCD1.3上启动子区域的60347个SNP位点，SNP位点的位置信息如说明书表1所示。
2.如权利要求1所述的肉牛启动子育种芯片，其特征在于，所述启动子区域为基因组注释文件定义转录起始位点上下游1kb的区间。
3.如权利要求1所述的肉牛启动子育种芯片，其特征在于，还包括根据覆盖所述SNP位点的基因序列设计的探针。
4.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛育种中的应用。
5.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛基因分型和群体结构分析中的应用。
6.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛性状关联分析中的应用。
7.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛种质资源遗传多样性分析中的应用。
8.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛亲缘关系鉴定中的应用。
9.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛
10.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛遗传与进化分析中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种肉牛启动子育种芯片，其特征在于，所述肉牛启动子育种芯片包含定位于肉牛参考基因组版本为ars-ucd1.3上启动子区域的60347个snp位点，snp位点的位置信息如说明书表1所示。
2.如权利要求1所述的肉牛启动子育种芯片，其特征在于，所述启动子区域为基因组注释文件定义转录起始位点上下游1kb的区间。
3.如权利要求1所述的肉牛启动子育种芯片，其特征在于，还包括根据覆盖所述snp位点的基因序列设计的探针。
4.如权利要求1~3任意一项所述的肉牛启动子育种芯片在肉牛育种中的应用。
5.如权利要求1~...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨磊，吴迪，李光鹏，白春玲，刘雪霏，宋丽爽，卜力格，
申请(专利权)人：内蒙古大学，
类型：发明
国别省市：
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