【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物医药，尤其涉及一种用于预测单基因突变或通路基因突变对免疫治疗预后及免疫微环境相关性的应用和方法。
技术介绍
1、针对程序性细胞死亡-1(programmed cell death-1，pd-1)/程序性死亡配体1(programmed death-ligand 1，pd-l1)或细胞毒性t淋巴细胞抗原4(cytotoxic tlymphocyte antigen 4，ctla-4)的免疫检查点抑制剂(immune checkpoint blockade，icb)已被证明对多种癌症有益。然而，只有一小部分的患者能够获得长期生存，免疫治疗耐药时有发生。尽管pd-l1的表达已被用作免疫治疗的伴随诊断标志物，但它有一定局限性，包括表达的空间异质性、不一致的评分方法、检测和临界值等。最近，基于keynote-158试验，肿瘤突变负荷(tumor mutational burden，tmb)已成为预测免疫治疗疗效的重要潜在生物标志物。然而keynote-158试验的研究终点仅为总体应答率，而非生存获益；同时，不同临床试验中，tmb与免疫治疗生存获益也存在争议。此外，tmb在不同癌症中的巨大异质性和检测方法的差异也限制了tmb作为预后生物标志物的应用。因此，需要通过进一步研究来提高对免疫治疗应答或耐药机制的理解，这对于开发生物标志物、潜在的治疗靶点和有效的联合策略至关重要。
技术实现思路
1、本专利技术的主要目的在于提供一种用于预测单基因突变或通路基因突变对免疫治疗预后及免疫微
2、根据本专利技术实施例提出一种单基因突变或通路基因突变在预测肿瘤免疫治疗预后及肿瘤免疫微环境相关性中的应用，所述单基因包括arid1a、kmt2d、col11a1中的至少一个或多个基因，所述通路基因突变包括补体激活调节通路突变。
3、根据本专利技术实施例还提出一种单基因突变或通路基因突变用于预测肿瘤免疫治疗预后的确立方法，具体包括如下步骤：获取数据，其包括：采集免疫治疗队列资源的突变数据和免疫治疗预后或应答的临床数据；对于免疫治疗队列资源中的单个队列，将其分为基因突变组和基因野生型组，并比较基因突变组和基因野生型组的免疫治疗预后或者免疫治疗应答的差异；对于免疫治疗队列资源中的全部队列，根据免疫治疗队列资源中的单个队列的生存数据和应答数据，分别对每个突变基因和通路进行cox回归分析和logistics分析，得到每个免疫治疗队列中单基因或通路突变与免疫治疗预后或免疫治疗应答的相关性结果，整合所有队列中的统计值，通过随机效应或固定效应荟萃分析合并效应大小和标准误差，得出每个突变生物标志物对免疫治疗疗效预测的最终p值和总效应大小。
4、根据本专利技术实施例还提出一种单基因突变或通路基因突变用于预测肿瘤免疫微环境相关性的确立方法，具体包括如下步骤：获取数据，其包括：通过tcga数据库获取基因组学数据和转录组学数据；通过cptac数据库获取基因组学数据、蛋白质组学数据和转录组学数据；根据tcga数据库中各瘤种的数据，对突变组和野生型组进行免疫细胞浸润评分以及进行免疫微环境特征评分；根据cptac数据库中各瘤种的数据，对突变组和野生型组计算转录组和蛋白质组水平上每个特征的评分；通过wilcoxon秩和检验计算统计显着性；基于评分结果创建排序基因列表，并进行可视化展示。
5、其中，所述进行免疫细胞浸润评分，包括：采用ssgsea算法对各个免疫细胞浸润程度进行评分，其中免疫细胞包括：活化的cd4+t细胞、活化的cd8+t细胞、中央记忆cd4+t细胞、中央记忆cd8+t细胞、效应记忆cd4+t细胞、效应记忆细胞、记忆cd8+t细胞、γδt细胞、调节性t细胞、t滤泡辅助细胞、1型t辅助细胞、2型t辅助细胞、17型t辅助细胞)和b细胞、自然杀伤细胞、单核细胞、巨噬细胞、中性粒细胞和树突状细胞。
6、其中，进行免疫微环境特征评分，包括：采用ssgsea计算评价免疫微环境特征的基因集，通过平均每个特征基因中的组成基因计算每个患者的特征分数，其中所述基因集包括ifn-signature，gep和effective t cell score。
7、根据本专利技术的技术方案，通过采集包括公共数据库、tcga、cptac等多个数据库的大量数据样本信息，可以评估某一基因或通路突变对免疫治疗的预后价值及疗效预测价值，能够更加全面地分析基因突变谱与免疫微环境特征的关系。
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1.一种单基因突变或通路基因突变在预测肿瘤免疫治疗预后及肿瘤免疫微环境相关性中的应用，其特征在于，所述单基因包括ARID1A、KMT2D、COL11A1中的至少一个或多个基因，所述通路基因突变包括补体激活调节通路突变。
2.如权利要求1所述的单基因突变或通路基因突变用于预测肿瘤免疫治疗预后的确立方法，具体包括如下步骤：
3.如权利要求1所述的单基因突变或通路基因突变用于预测肿瘤免疫微环境相关性的确立方法，具体包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，所述进行免疫细胞浸润评分，包括：
5.根据权利要求3所述的方法，其特征在于，进行免疫微环境特征评分，包括：
【技术特征摘要】
1.一种单基因突变或通路基因突变在预测肿瘤免疫治疗预后及肿瘤免疫微环境相关性中的应用，其特征在于，所述单基因包括arid1a、kmt2d、col11a1中的至少一个或多个基因，所述通路基因突变包括补体激活调节通路突变。
2.如权利要求1所述的单基因突变或通路基因突变用于预测肿瘤免疫治疗预后的确立方法...
【专利技术属性】
技术研发人员：焦曦，马家铖，鲁智豪，沈琳，张新帅，
申请(专利权)人：北京肿瘤医院北京大学肿瘤医院，
类型：发明
国别省市：
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