【技术实现步骤摘要】
本申请涉及生物医药领域，更具体地说，它涉及一种基于ngs检测的人子宫内膜癌分子分型系统、方法及应用。
技术介绍
1、尽管诊断为子宫内膜癌的患者一般预后较好，但仍有15％～20％的人群具有复发风险。现有的常规组织病理学检查是区分子宫内膜癌亚型及评估复发风险的重要工具，但是仍然存在一定的观察者误差。故而需要开发出更为精准的检测和评估方法。
2、子宫内膜癌分子检测中国专家共识(2021年版)结合国内检测现状，推荐对所有确诊的子宫内膜癌患者进行分子分型，同时推荐检测pole基因突变、msi状态和tp53基因突变进行分子分型。目前常规对pole基因热点突变检测传统可采用sanger测序；mmr检测可以对其蛋白采用免疫组织化学法进行检测或者利用pcr法直接检测msi状态，此外tp53同样可以针对蛋白进行免疫组织化学法检测。但是上述方法所需样本量较多，此外pcr方法、sanger测序方法以及免疫组织化学方法所需要的工作量也较大。
3、此外，研究显示在40％的子宫内膜样癌和20％-36％的子宫癌肉瘤中发现了arid1a突变，而在子宫内膜浆液性癌中很少检出arid1a基因变异，因此arid1a突变检测可辅助判断子宫内膜癌病理亚型。同时，一项研究通过使用ngs对189例子宫内膜癌患者进行了检测，在127例患者中至少检出一种可用药的治疗靶点，主要包括：pik3ca突变，pten突变，msi-h和erbb2扩增。127例患者中，34例患者入组了相应的药物临床试验。提示子宫内膜癌通过ngs可检测出潜在的治疗靶点。
4、
技术实现思路
1、本专利技术旨在实现人子宫内膜癌患者的精准分子分型，并同步评估其免疫治疗与靶向治疗的可能性。通过对子宫内膜癌患者进行细致的分层，我们能够从多个维度全面评估其预后风险与复发风险。此外，本专利技术还致力于筛选出能够从免疫治疗与靶向治疗中获益的特定人群，以最终实现个体化精准诊疗的目标，为子宫内膜癌患者提供更加有效、个性化的治疗方案。
2、第一方面，本申请提供一种基于ngs检测的人子宫内膜癌分子分型的系统，包括：
3、数据采集模块，用于采集样本数据，样本数据包括活检、刮宫、手术切除的肿瘤标本；
4、数据处理模块，用于对标本数据进行处理，包括dna提取，dna打断，末端修复与3’端加a，接头连接，预文库扩增，杂交，捕获，终文库扩增，终文库上机，测序；
5、数据分析模块，用于对数据处理模块得到的数据进行分析，基于数据分析结果，对子宫内膜癌进行分子层面的分型。
6、可选地，所述数据处理模块包括：
7、样本处理子模块，用于将样本数据进行dna提取和dna打断；
8、预文库子模块，用于将样本处理子模块得到的数据进行端修复与3’端加a，接头连接和预文库扩增；
9、终文库子模块，用于将预文库子模块得到的数据进行杂交，捕获和终文库扩增；
10、测序与分析子模块，用于将终文库子模块得到的数据进行终文库上机和测序。
11、可选地，所述数据分析模块包括：
12、预处理子模块，用于将数据处理模块得到的数据进行处理，去除低质量序列和去除接头序列；
13、序列对比子模块，用于将预处理子模块得到的测序数据与参考序列进行对比，确定序列的来源和位置；
14、突变谱分析与注释子模块，用于检测样本中的单碱基突变(snv)、插入缺失(indel)、拷贝数变异(cnv)、微卫星不稳定(msi)、基因融合(fusion)。
15、第二方面，本申请提供一种应用第一方面所述的系统的人子宫内膜癌分子分型方法，包括以下步骤：样本收集；dna提取；dna打断；末端修复与3’端加a；接头连接；预文库扩增；杂交；捕获；终文库扩增；终文库上机；测序；数据分析；分子分型。
16、可选地，所述样本收集中样本包括活检、刮宫或手术切除的肿瘤标本。
17、可选地，所述数据分析包括数据预处理、数据比对、突变初步分析、突变注释和阳性判读。
18、第三方面，本申请提供一种存储装置，所述存储装置存储有多条指令，所述指令用于执行第二方面所述的方法中的步骤。
19、第四方面，本申请提供一种第一方面的系统在非诊断方法和非治疗方法上的应用。
20、第五方面，本申请提供一种第二方面的方法在非诊断方法和非治疗方法上的应用。
21、首先，传统的子宫内膜癌分型方法主要依赖于临床病理学特征和预后，然而这种方法过于简化，有时难以明确区分不同因素，且在预测患者复发风险方面的准确性不足。这导致了在指导后续治疗选择时，其作用非常有限，无法满足临床实践中的精确需求。
22、随着医学研究的深入，子宫内膜癌的分子分型方法逐渐受到重视。近年来，分子分型已被纳入多个权威指南和分类标准中，如美国国立综合癌症网络(nccn)指南和世界卫生组织(who)女性生殖器官肿瘤分类标准。此外，基于分子分型的风险评估规则也已被欧洲妇科肿瘤协会(esgo)指南所采纳。这些进展充分证明了分子分型在子宫内膜癌诊断和治疗中的重要性。
23、然而，现有的分子分型方法种类繁多，包括tcga分型、promise分型、trans-portec分型等，且检测手段也各异，如ihc、pcr、sanger测序及等。这些方法虽然各具特色，但流程复杂，不同方法间的一致性较差，给临床实践带来了一定的困扰。
24、因此，本专利提出了一种基于高通量测序的子宫内膜癌分子分型方法。该方法不仅能够检测pole基因突变、msi状态和tp53、arid1a、pik3ca、pten、erbb2基因突变等关键分子指标，用于进行精确的分子分型，还能够检测子宫内膜癌常见的治疗靶点基因以及免疫治疗相关的生物标志物。最终，通过这一方法，我们可以得到一份集子宫内膜癌分子分型与治疗相关基因于一体的综合分子报告，为临床医生提供更全面、更准确的诊断和治疗指导。
25、综上所述，本专利的专利技术理由在于解决传统子宫内膜癌分型方法的局限性，利用高通量测序技术实现更精确、更全面的分子分型，以满足临床实践中的需求，提高子宫内膜癌的诊断和治疗水平。
26、综上所述，本申请具有以下有益效果：
27、首先，该方法采用一种统一、高效的流程，能够一次性完成子宫内膜癌的分子检测与分型。这种集成化的操作不仅简化了检测步骤，降低了操作难度，而且显著提高了检测效率，使得临床医生能够在更短的时间内获得诊断结果。
28、其次，该方法具有严格的质量控制与样本质量评定机制。通过这一本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种基于NGS检测的人子宫内膜癌分子分型的系统，其特征在于，包括：
2.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述数据处理模块包括：
3.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述数据分析模块包括：
4.应用权利要求1-3任一项所述的系统的人子宫内膜癌分子分型方法，其特征在于，包括以下步骤：样本收集；DNA提取；DNA打断；末端修复与3’端加A；接头连接；预文库扩增；杂交；捕获；终文库扩增；终文库上机；测序；数据分析；分子分型。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述样本收集中样本包括活检、刮宫或手术切除的肿瘤标本。
6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述数据分析包括数据预处理、数据比对、突变初步分析、突变注释和阳性判读。
7.一种存储装置，其特征在于，所述存储装置存储有多条指令，所述指令用于执行权利要求6-7中任一项所述的方法中的步骤。
8.权利要求1-3任一项所述的系统在非诊断方法和非治疗方法上的应用。
9.权利要求4-6任一项所述的方法在非诊断方法和非治疗方法
...【技术特征摘要】
1.一种基于ngs检测的人子宫内膜癌分子分型的系统，其特征在于，包括：
2.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述数据处理模块包括：
3.根据权利要求1所述的系统，其特征在于，所述数据分析模块包括：
4.应用权利要求1-3任一项所述的系统的人子宫内膜癌分子分型方法，其特征在于，包括以下步骤：样本收集；dna提取；dna打断；末端修复与3’端加a；接头连接；预文库扩增；杂交；捕获；终文库扩增；终文库上机；测序；数据分析；分子分型。
5.根据权利要求...
【专利技术属性】
技术研发人员：史庭燕，臧荣余，向礼兵，漆玖玲，徐辉雄，蒋诗阳，江峥增，赵雪莲，孟丽丽，倪筝，郭欣欣，鲍荟羽，吕斌，
申请(专利权)人：复旦大学附属中山医院，
类型：发明
国别省市：
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