【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及一种位于2号染色体的紫花苜蓿刈割后株高再生能力相关的indel分子标记及应用。
技术介绍
0、技术背景
1、紫花苜蓿(medicago sativa l.)是一种优质的多年生豆科牧草，具有耐盐碱、抗寒和抗旱等特性。它因适口性好、营养丰富、蛋白质含量高而被誉为“牧草之王”。紫花苜蓿产量高，适应性强，在中国种植面积广泛，以满足农牧业生产和生态环境建设等需求。紫花苜蓿具有强大的再生能力，在生长期内可被多次刈割利用。紫花苜蓿的再生能力是其重要特点，在一定条件下，刈割后能否迅速再生将直接决定其能否高产。
2、全基因组关联分析(genome-wide association study,gwas)作为一种有效的分子遗传学方法，已成为发现各种性状相关基因的重要手段。相比于传统的连锁作图分析，gwas只需要自然群体，耗时较短，并且可以从多个环境中测量表型，减小了环境带来的误差，分辨率高，提高了试验精确性。indel(insertion-deletion)标记是基于高通量测序技术的一种新型的分子标记技术，不仅具有多态性好、分辨率高的特点，并且indel标记可以排除单碱基的无意义突变。因此开发与紫花苜蓿株高再生能力相关的分子标记对于培育再生高产的紫花苜蓿具有重要的意义。
技术实现思路
1、本专利技术的目的之一在于提供了一种与紫花苜蓿刈割后株高再生能力相关的indel分子标记。
2、本专利技术的目的之二在于提供上述与紫花苜蓿刈割后株高再生能
3、为实现上述目的，本专利技术采取如下技术方案：
4、本专利技术公开的与紫花苜蓿刈割后株高再生能力相关的indel分子标记，位于紫花苜蓿第2号染色体上，所述分子标记命名为ms_chr2_65748048。
5、扩增与紫花苜蓿刈割后株高再生能力相关的indel分子标记的引物对，所述分子标记ms_chr2_65748048对应的引物对序列为：
6、ms_chr2_65748048-f：atatcatacgcatcaaacaagccc(seq id no.1所示)；
7、ms_chr2_65748048-r：gtattttgtctcactcttgctaccc(seq id no.2所示)。
8、本专利技术还公开了上述分子标记引物对在紫花苜蓿刈割后再生株高辅助育种中的应用。也就是说本专利技术的分子标记可用于今后的分子标记辅助育种中，通过苗期提取叶片的dna，检测是否存在本专利技术的分子标记，进而来鉴定紫花苜蓿材料的刈割后再生株高相关性状，从而确定紫花苜蓿刈割后株高再生能力的强弱。所述检测可以使用pcr检测的方法，具体可以使用上述的分子标记引物对，所述检测还可以通过测序方法进行。
9、本专利技术还公开了上述分子标记在鉴定紫花苜蓿刈割后再生株高性状中的应用，尤其是在筛选和鉴定紫花苜蓿刈割后株高再生能力中的应用。具体地，用于鉴定紫花苜蓿刈割后再生株高性状具体步骤如下：
10、(1)以供试种质的dna为pcr扩增的模板，以上述分子标记ms_chr2_65748048对应的引物对进行pcr扩增，pcr扩增的反应体系如表1：
11、表1 pcr扩增的反应体系
12、
13、94℃预变性4min；94℃变性30s，54.5℃退火24s，72℃延伸24s，40个循环；72℃延伸10min；4℃保存。
14、(2)pcr产物的琼脂糖凝胶电泳检测：取4μl，根据条带的结果判断紫花苜蓿株高性状的结果。
15、利用引物对ms_chr2_65748048-f、ms_chr2_65748048-r进行pcr扩增，如果pcr扩增产物仅有一条如seq id no.4所示的长度为250bp的特征条带，则紫花苜蓿为高秆(株高再生能力强)类型；如果既有一条如seq id no.4所示的长度为250bp的特征条带，又有一条如seq id no.5所示的长度为217bp的特征条带，则紫花苜蓿为矮杆(株高再生能力弱)类型。
16、另外，本专利技术还保护一种用于鉴定紫花苜蓿株高再生能力性状的试剂盒，所述试剂盒中包含引物对ms_chr2_65748048-f、ms_chr2_65748048-r。所述试剂盒的其它成分均属于常规的试剂。具体还包括10×pcr buffer、dntp和taq dna聚合酶。本专利技术对所述引物对的浓度没有特殊限制，采用本领域所熟知的引物浓度即可。本专利技术对所述10×pcrbuffer、dntp和taq dna聚合酶的来源没有特殊限制，采用本领域所熟知的普通pcr扩增用试剂即可。
17、采用本专利技术的试剂盒可以快速的鉴定紫花苜蓿刈割后株高再生能力，还可以快速的鉴定紫花苜蓿刈割后株高基因型。具体方法参照鉴定紫花苜蓿刈割后再生株高性状的具体步骤，通过对pcr扩增产物进行电泳检测和/或测序，如果pcr扩增产物仅有一条如seq idno.4所示的长度为250bp的特征条带，则紫花苜蓿为纯合高杆(株高再生能力强)基因型；如果pcr扩增产物既有一条如seq id no.4所示的长度为250bp的特征条带，又有一条如seqid no.5所示的长度为217bp的特征条带，则紫花苜蓿为杂合矮秆(株高再生能力弱)基因型。
18、本专利技术具有如下优点：
19、(1)本专利技术的专利技术人筛选出了一个与紫花苜蓿刈割后株高再生能力相关的分子标记ms_chr2_65748048，该分子标记位于2号染色体上，采用本专利技术的分子标记ms_chr2_65748048可以快速的对紫花苜蓿刈割后的株高再生能力进行准确的鉴定。
20、(2)用与紫花苜蓿刈割后株高再生能力连锁的标记来进行筛选，有利于分子标记辅助选择育种，其方法简单可行，有利于提高效率，节省成本。
21、(3)本专利技术的分子标记具有检测方便、扩增产物稳定、特异性高的特点，可以简便、快速、高通量地应用于紫花苜蓿刈割后株高再生能力育种实践及材料鉴定。
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1.与紫花苜蓿刈割后株高再生能力相关的InDel分子标记Ms_Chr2_65748048，其特征在于，所述分子标记Ms_Chr2_65748048位于紫花苜蓿第2号染色体上，所述分子标记Ms_Chr2_65748048对应的引物对序列为：
2.权利要求1所述的InDel分子标记在紫花苜蓿分子标记辅助育种中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述InDel分子标记用于鉴定或辅助鉴定紫花苜蓿的刈割后株高的再生能力。
4.一种紫花苜蓿刈割后株高再生能力鉴定方法，其特征在于，所述方法包括如下步骤：
5.一种用于紫花苜蓿刈割后株高再生能力鉴定的试剂盒，其特征在于，包含权利要求1中所述的引物对。
6.权利要求5所述的试剂盒在鉴定紫花苜蓿刈割后株高再生能力基因型方面的应用。
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，利用所述试剂盒对紫花苜蓿刈割后株高再生能力基因型进行鉴定的方法为：
【技术特征摘要】
1.与紫花苜蓿刈割后株高再生能力相关的indel分子标记ms_chr2_65748048，其特征在于，所述分子标记ms_chr2_65748048位于紫花苜蓿第2号染色体上，所述分子标记ms_chr2_65748048对应的引物对序列为：
2.权利要求1所述的indel分子标记在紫花苜蓿分子标记辅助育种中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述indel分子标记用于鉴定或辅助鉴定紫花苜蓿的刈...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘文献，曾子沁，冯雅琪，陈嘉慧，刘志鹏，
申请(专利权)人：兰州大学，
类型：发明
国别省市：
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