【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及核酸测序领域，具体涉及一种可实现双标签单端测序的测序接头及测序方法。
技术介绍
1、随着基因测序技术的发展，下一代测序技术(next generation sequencing，ngs)的应用在临床实践中越来越广泛，如肿瘤的靶向治疗与耐药监测，遗传疾病的筛查与诊断，急危重症领域的病原诊断等诸多方面。ngs的基本流程是把待测dna连接上dna接头，在接头序列里面含有对应每个样本的分子标签，然后把一批样本混合在一起测序。在测序完成后，通过分子标签的不同dna序列组合来判读区分不同的样本。
2、目前被广泛使用的i l l umina truseq接头及其制备的文库如图1，文库中插入片段通过其末端悬空的a碱基与接头上末端悬空的t碱基互补t-a连接，并且为了减少indexhoppi ng(标签跳跃)现象，通常都会采用双index(测序标签)的测序策略。基于i l lumina的nextseq平台和mi niseq平台，常规的se(single read)+双i ndex的测序流程如图2，read1和i ndex1完成测序后，需合成当前被测序链的互补链才能进行index2测序。而从合成互补链到开始i ndex2测序，耗时近2小时，时效性低，亟需一种提高测序时效的接头及测序方法。
技术实现思路
1、为克服现有技术的不足，本专利技术提供了一种全新的接头，可以在保证测序质量和通量的情况下，配合全新的测序方法，完成单端+双i ndex测序，在减小i ndex hoppi ng
2、具体地，本专利技术提供了如下技术方案：
3、一种可实现双标签单端测序的测序接头，所述测序接头包括第一链和第二链，其特征在于，所述第一链从5’到3’依次包括：i ndex1测序引物结合区域、i ndex1序列、p7接头序列；所述第二链从5’到3’依次包括p5接头序列、i ndex2测序引物结合区域、i ndex2序列、read1测序引物结合区域。
4、优选地，所述第一链与第二链部分互补配对，所述测序接头呈y字形结构。
5、在一些实施方式中，所述第一链的i ndex1序列与第二链的i ndex2序列完全互补。
6、优选地，所述i ndex1序列、i ndex2序列的长度为8bp。
7、在一些实施方式中，所述测序接头的一条链3’端单独悬空一个t碱基。
8、在一些实施方式中，所述i ndex2测序引物结合区域片段大小为15～25bp，优选为20～23bp。
9、在一些实施方式中，所述i ndex2测序引物结合区域的tm值为56～66℃，优选地，所述tm值为62℃或64℃。
10、在一些实施方式中，所述i ndex2测序引物结合区域的序列选自seq id no:1-18中的任一条。
11、优选地，所述i ndex2测序引物结合区域的序列选自seq id no:10-15中的任一条。
12、本明明还提供了一种可实现双标签单端测序的测序方法，其特征在于，采用前述测序接头构建测序文库，上机测序，所述测序流程包括：首先read1测序，然后i ndex1测序，最后在不合成互补链的情况下，利用i ndex2测序引物结合区域设计引物进行i ndex2测序，无需进行翻转，单端测序即可实现i ndex1和i ndex2的双标签测序。
13、与现有技术相比，本专利技术的优点和积极效果是：
14、1.在保证能同常规truseq接头一样进行双i ndex测序的前提下，新接头的第二链在i ndex2序列前插入了一段用于设计i ndex2引物的序列，配合新的测序方法，直接用三个单端引物依次进行测序单端测序，获得目标片段dna，及两个i ndex序列，大幅减少测序时长，提高测序时效。
15、2.本专利技术创新地把dna接头的双链都增加互补的i ndex序列，形成局部互补的接头形式，这样的接头形式从分子结构上更稳定，也可以把标签跳跃(i ndex hoppi ng)控制在百万分之一，降低检测时假阳水平。
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1.一种可实现双标签单端测序的测序接头，所述测序接头包括第一链和第二链，其特征在于，所述第一链从5’到3’依次包括：index1测序引物结合区域、index1序列、P7接头序列；所述第二链从5’到3’依次包括P5接头序列、index2测序引物结合区域、index2序列、read1测序引物结合区域。
2.如权利要求1所述的测序接头，其特征在于，所述第一链与第二链部分互补配对，所述测序接头呈Y字形结构。
3.如权利要求1或2所述的测序接头，其特征在于，所述第一链的index1序列与第二链的index2序列完全互补，优选地，所述index1序列、index2序列的长度为8bp。
4.如权利要求1-3任一项所述的测序接头，其特征在于，所述测序接头的一条链3’端单独悬空一个T碱基。
5.如权利要求1-4任一项所述的测序接头，其特征在于，所述index2测序引物结合区域片段大小为15～25bp，优选为20～23bp。
6.如权利要求1-5任一项所述的测序接头，其特征在于，所述index2测序引物结合区域的Tm值为56～66℃，优选地
7.如权利要求6所述的测序接头，其特征在于，所述index2测序引物结合区域的序列选自SEQ ID NO:1-18中的任一条。
8.如权利要求7所述的测序接头，其特征在于，所述index2测序引物结合区域的序列选自SEQ ID NO:10-15中的任一条。
9.一种可实现双标签单端测序的测序方法，其特征在于，采用权利要求1-8任一项所述的测序接头构建测序文库，上机测序，所述测序流程包括：首先read1测序，然后index1测序，最后在不合成互补链的情况下，利用index2测序引物结合区域设计引物进行index2测序，无需进行翻转，单端测序即可实现index1和index2的双标签测序。
...【技术特征摘要】
1.一种可实现双标签单端测序的测序接头，所述测序接头包括第一链和第二链，其特征在于，所述第一链从5’到3’依次包括：index1测序引物结合区域、index1序列、p7接头序列；所述第二链从5’到3’依次包括p5接头序列、index2测序引物结合区域、index2序列、read1测序引物结合区域。
2.如权利要求1所述的测序接头，其特征在于，所述第一链与第二链部分互补配对，所述测序接头呈y字形结构。
3.如权利要求1或2所述的测序接头，其特征在于，所述第一链的index1序列与第二链的index2序列完全互补，优选地，所述index1序列、index2序列的长度为8bp。
4.如权利要求1-3任一项所述的测序接头，其特征在于，所述测序接头的一条链3’端单独悬空一个t碱基。
5.如权利要求1-4任一项所述的测序接头，其特征在于，所述index2测序引物结合区域片段大小为1...
【专利技术属性】
技术研发人员：吴鹏飞，李若南，张燕，王营惠，
申请(专利权)人：杭州易速微控基因技术有限公司，
类型：发明
国别省市：
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