【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及扩增编码运动神经元存活(survival motor neuron，smn)1的核酸且不扩增编码运动神经元存活(smn)2的核酸的引物组、含有引物组的脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定试剂盒、以及使用引物组的脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定方法。
技术介绍
1、脊髓性肌萎缩症(spinal muscular atrophy; sma)为由脊髓的运动神经细胞(脊髓前角细胞)的变性引起的神经源性肌萎缩症，被分类为运动神经元病。sma根据发病时期、症状而分类为多种类型，但出生后6个月内发病的i型容易被漏诊且症状容易加重。
2、已知几乎全部sma患者都起因于运动神经元存活1(smn1)基因的纯合缺失，因此以smn1基因为对象的筛查对于早期发现sma风险而言有效。另外，携带smn1基因杂合缺失者的后代有可能发生纯合缺失，因此被称为携带者。筛查也被要求判定是否为sma携带者。
3、作为利用pcr等分子生物学方法来筛查sma的相关技术，已知如下技术：使用由干燥滤纸血液得到的一定尺寸的穿孔片，通过直接实时pcr对穿孔片所含的smn1基因进行特异性检测和定量的方法和该方法中使用的引物(专利文献1)；适合于sma筛查的引物组、实时pcr用探针(非专利文献1～3)等。
4、现有技术文献
5、专利文献
6、专利文献1：日本专利第6850402号公报
7、非专利文献
8、非专利文献1：vill, katharina et al., journal
9、非专利文献2：pan, jianyan et al., annals of laboratory medicine, 2022年
10、非专利文献3：feldkotter, markus et al., american journal of humangenetics, 2002年
技术实现思路
1、专利技术所要解决的问题
2、位于smn1基因附近的smn2基因与smn1基因相比仅5个碱基不同，因此，为了sma的筛查，需要构建能够特异且高灵敏度地仅检测smn1基因的方法。
3、另外，根据专利技术人们调查的结果，对于现有文献中记载的引物组而言，使用smn1基因无缺损的dna样品作为模板时的扩增效率与用作内标的rpph1基因、rpp20基因相比显著低，并且与使用纯合缺损和/或杂合缺损的dna样品作为模板时相比为几乎不变或稍高的程度。因此，现有文献中记载的技术难以以通过实时pcr得到的ct值为指标来区分无缺损的dna、有纯合缺损和/或杂合缺损的dna。另外，现有文献中记载的技术在通过电泳图分析、侧向层析检测判定是否为sma患者方面也极为困难。
4、用于解决问题的方法
5、即，本专利技术为判定脊髓性肌萎缩症的发病有无和/或脊髓性肌萎缩症的发病风险的引物组，其扩增运动神经元存活(smn)1基因，上述引物组中所含的正向引物和反向引物具有与将smn1基因与smn2基因比对时不同的smn1基因上的碱基进行杂交的碱基。
6、本专利技术的一个方式为上述正向引物和反向引物所具有的上述碱基位于上述正向引物和反向引物的3’末端侧的引物组。本专利技术的另一方式可以为上述正向引物和反向引物所具有的上述碱基位于上述正向引物和反向引物的3’末端起第1～5位的引物组。
7、本专利技术的一个方式可以为上述正向引物所具有的上述碱基与和序列号1所示的碱基序列的第152位、第201位、第349位和第464位中的任一碱基互补的碱基进行杂交、上述反向引物所具有的上述碱基与和序列号1所示的碱基序列的第201位、第349位、第464位和第929位中的任一碱基相同的碱基进行杂交的引物组。
8、另外，本专利技术的另一方式可以为上述正向引物为(f1)～(f4)中任一者、上述反向引物为(r1)～(r4)中任一者的引物组。
9、(f1)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第152位的碱基相同的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第152位的碱基起5’末端方向的碱基序列连续相同的序列
10、(f2)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第201位的碱基相同的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第201位的碱基起5’末端方向的碱基序列连续相同的序列
11、(f3)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第349位的碱基相同的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第349位的碱基起5’末端方向的碱基序列连续相同的序列
12、(f4)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第464位的碱基相同的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第464位的碱基起5’末端方向的碱基序列连续相同的序列
13、(r1)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第201位的碱基互补的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第201位的碱基起3’末端方向的碱基序列连续互补的序列
14、(r2)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第349位的碱基互补的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第349位的碱基起3’末端方向的碱基序列连续互补的序列
15、(r3)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第464位的碱基互补的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第464位的碱基起3’末端方向的碱基序列连续互补的序列
16、(r4)在3’末端起第1～5位中具有与序列号1所示的碱基序列的第929位的碱基互补的碱基，从该碱基起朝向5’末端方向具有与序列号1所示的碱基序列的第929位的碱基起3’末端方向的碱基序列连续互补的序列
17、另外，本专利技术的另一方式可以为上述正向引物和上述反向引物为选自由以下的(a)～(d)组成的组中的一个或两个以上的引物组。
18、(a)正向引物为上述(f1)，反向引物为上述(r1)～上述(r4)中任一者
19、(b)正向引物为上述(f2)，反向引物为上述(r2)～上述(r4)中任一者
20、(c)正向引物为上述(f3)，反向引物为上述(r3)和上述(r4)中任一者
21、(d)正向引物为上述(f4)，反向引物为上述(r4)
22、本专利技术的另一方式可以为正向引物和/或反向引物具有与smn1基因形成错配碱基对的错配碱基的引物组。上述错配碱基可以与对将smn1基因与smn2基因比对时不同的smn1基因上的碱基进行杂交的碱基相邻。
23、本专利技术的另一方式为特异性扩增smn1基因的引本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种引物组，其是判定脊髓性肌萎缩症的发病有无和/或脊髓性肌萎缩症的发病风险的引物组，
2.根据权利要求1所述的引物组，其中，所述正向引物和反向引物所具有的所述碱基位于所述正向引物和反向引物的3’末端侧。
3.根据权利要求1所述的引物组，其中，所述正向引物和反向引物所具有的所述碱基位于所述正向引物和反向引物的3’末端起第1～5位。
4.根据权利要求3所述的引物组，其中，所述正向引物所具有的所述碱基与和序列号1所示的碱基序列的第152位、第201位、第349位和第464位中的任一碱基互补的碱基杂交，
5.根据权利要求1所述的引物组，其中，所述正向引物为(F1)～(F4)中任一者，所述反向引物为(R1)～(R4)中任一者，
6.根据权利要求5所述的引物组，其中，所述正向引物和所述反向引物为选自由以下的(a)～(d)组成的组中的一个或两个以上，
7.根据权利要求3所述的引物组，其中，正向引物和/或反向引物具有与SMN1基因形成错配碱基对的错配碱基。
8.根据权利要求7所述的引物组，其中，所述错配碱基与
9.根据权利要求1～8中任一项所述的引物组，其特异性扩增SMN1基因。
10.根据权利要求9所述的引物组，其不扩增SMN2基因或不易扩增SMN2基因。
11.根据权利要求10所述的引物组，其中，所述正向引物和所述反向引物为8～40个碱基长度。
12.根据权利要求10所述的引物组，其中，所述正向引物为(F5)～(F7)中任一者，所述反向引物为(R5)～(R7)中任一者，
13.一种脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定试剂盒，其含有权利要求1所述的引物组。
14.根据权利要求13所述的脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定试剂盒，其通过PCR产物的侧向层析检测进行判定。
15.根据权利要求13或14所述的脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定试剂盒，其能够对于试样所含的DNA中的SMN1基因的纯合缺损、SMN1基因的杂合缺损以及SMN1基因无缺损进行判定。
16.一种脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定方法，其包括使用权利要求1所述的引物组进行PCR的PCR步骤。
17.根据权利要求16所述的脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定方法，其中，所述PCR步骤为非定量PCR。
18.根据权利要求16或17所述的脊髓性肌萎缩症的发病和/或发病风险判定方法，其中，进一步通过所述PCR步骤中得到的PCR产物的侧向层析检测来进行判定。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种引物组，其是判定脊髓性肌萎缩症的发病有无和/或脊髓性肌萎缩症的发病风险的引物组，
2.根据权利要求1所述的引物组，其中，所述正向引物和反向引物所具有的所述碱基位于所述正向引物和反向引物的3’末端侧。
3.根据权利要求1所述的引物组，其中，所述正向引物和反向引物所具有的所述碱基位于所述正向引物和反向引物的3’末端起第1～5位。
4.根据权利要求3所述的引物组，其中，所述正向引物所具有的所述碱基与和序列号1所示的碱基序列的第152位、第201位、第349位和第464位中的任一碱基互补的碱基杂交，
5.根据权利要求1所述的引物组，其中，所述正向引物为(f1)～(f4)中任一者，所述反向引物为(r1)～(r4)中任一者，
6.根据权利要求5所述的引物组，其中，所述正向引物和所述反向引物为选自由以下的(a)～(d)组成的组中的一个或两个以上，
7.根据权利要求3所述的引物组，其中，正向引物和/或反向引物具有与smn1基因形成错配碱基对的错配碱基。
8.根据权利要求7所述的引物组，其中，所述错配碱基与对将smn1基因与smn2基因比对时不同的smn1基因上的碱基进行杂交的碱基相邻。
9.根据权利要求1～8中任一项所述的引物组，其特异性扩增smn1基因。
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