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【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生命科学工程,具体涉及分子间亲和常数的计算,特别涉及一种提高亲和常数测量准确度的方法及装置和可读介质。
技术介绍
1、在生命复杂体系中,各种分子间的非共价相互作用广泛存在,如蛋白与药物、蛋白与蛋白、酶与底物、抗原与抗体等。在体内,正是由于这些分子在不同环境下的作用形式和作用程度不同,从而产生了丰富多样的生理生化效应。相互作用常数(亲和常数)是表征分子间相互作用力(亲和力)强弱的重要参数,通常需要获取平衡状态下相互作用双方的浓度数据并带入相应公式进行计算得到。而误差则反映了计算结果与真实情况的接近度,因此,评估误差大小,并提高分子间亲和常数准确度至关重要。
2、在亲和常数分析测定领域,不同文献所报道的亲和常数值相差甚远,常见于在一个数量级内波动,即使由同一团队采用同一方法在不同孵育浓度下获取的亲和常数值的差异也可超过10倍(anal chimacta.2015;886:98-106.)。到目前为止,鲜有文献资料评估其测定的亲和常数的准确性,更缺乏系统的评估亲和常数计算准确度的方法。准确度评估能为亲和常数测定的实验决策提供理论依据,有助于实现亲和常数参考值的统一。目前,仅有为数不多的文献采用求导法评估了亲和常数误差,即通过导函数观察亲和常数的计算误差随实验条件的变化规律,并采用微分代替绝对误差以对误差进行定量评估的方法。即使采用了求导法对误差进行评估,仍然产生了高达100%的误差(protein sci.2023;32(4):e4607.)。采用文献报道的评估方法,评估结果会随测量误差的变大而变大,具有很大
技术实现思路
1、本专利技术的目的在建立一种全新的提高分子间亲和常数测定准确度的方法及装置和可读介质。
2、在第一方面,本专利技术提供了一种提高亲和常数测量准确度的方法,包括以下步骤:
3、s1、获取亲和常数计算公式、亲和常数真值区间、亲和常数允许误差范围、仪器测量误差范围和不同孵育物初始浓度范围;
4、s2、分别选取不同孵育物初始浓度范围中的至少一个点值,并通过点值将不同孵育物初始浓度范围划分为不连续的浓度区间;然后将选取的不同孵育物初始浓度的点值进行排列组合,得到不同孵育物浓度组合;
5、s3、在每一个孵育物浓度组合下,于亲和常数真值区间中随机选择一个点值作为亲和常数理论值,然后计算得到当前孵育物浓度组合下的待测物理论浓度值,并在该待测物理论浓度值的仪器测量误差范围内随机选择一个点值作为待测物浓度模拟值;
6、s4、利用亲和常数计算公式,计算每个孵育物浓度组合待测物浓度模拟值下的亲和常数,得到亲和常数模拟值;并计算亲和常数模拟值与亲和常数理论值的相对误差;
7、s5、重复步骤s3和s4不少于100次,统计每个孵育物浓度组合亲和常数模拟值的相对误差在对应亲和常数理论值允许误差范围内的概率值;
8、s6、通过概率值的大小对亲和常数的准确率进行评估和/或对孵育物初始浓度进行优化,以实现对分子间亲和常数准确度的优化。
9、本专利技术一种提高亲和常数测量准确度的方法,根据获取亲和常数时所需的参数条件和计算公式,先将孵育物初始浓度分割为若干个浓度组合,然后获取每个孵育物浓度组合的待测物理论浓度值限定范围内的大量随机数作为待测物浓度模拟值,再将待测物浓度模拟值代入计算公式得出亲和常数模拟值,最后通过统计亲和常数模拟值落在亲和常数理论值限定范围内的概率高低,来对亲和常数的准确度进行优化,从而能够求得与理论值更为接近的亲和常数;本专利技术方法将亲和常数的准确度问题转换为了概率值大小的问题,从而能够在任何大小的测量误差存在的条件下,对亲和常数的计算误差进行优化,该方法适用性广,简单易行,大大提升了亲和常数计算结果的准确率和可信度,具有极大的应用潜力。
10、其中,步骤s1中,所述的亲和常数计算公式根据亲和常数测定手段的不同而不同。
11、其中,所述孵育物初始浓度范围为点值和/或范围值。
12、其中,所述亲和常数真值区间为点值或范围值;当能够根据其它手段确认获取该孵育物的准确亲和常数,则将该准确亲和常数作为亲和常数真值区间,为点值;如果无法根据其它手段确认到准确亲和常数,则通过预实验获取,具体方法包括:通过预实验获取任一孵育物初始浓度条件下的待测物浓度测量值,然后根据测量误差计算得到该待测物测量浓度的误差范围值,利用亲和常数计算公式计算得到该误差范围值内的亲和常数范围,即为亲和常数真值区间,为范围值。其中,所述待测物根据亲和常数计算公式确定,可以是复合物,也可以是游离物。
13、优选的,所述预实验包括超滤法、平衡透析法、磁珠垂钓法、毛细管电泳法中的至少一种。
14、其中,步骤2中,优选的,所述点值的数量不低于10个;数量越多,分割的浓度区间越小,浓度组合数量越大,对概率的统计越精确,对分子间亲和常数的计算准确度提高效果越好;更优选的,所述点值的数量不低于20个。
15、优选的,所述点值为按等比序列选取的不连续点值。
16、优选的,步骤s3中,待测物理论浓度值的仪器测量误差范围=待测物理论浓度值*(1±仪器测量误差范围)。
17、优选的,步骤s3中,随机选择待测物浓度模拟值的方式包括均匀分布随机数选取方式和/或正态分布随机数选取方式。
18、其中,优选的,步骤s5中,重复步骤s3和s4不少于200次;亲和常数模拟值的获取数量越大,对概率的统计越精确,对分子间亲和常数的计算准确度提高效果越好;更优选的,重复步骤s3和s4不少于500次。
19、其中,优选的,在步骤s5中,还包括:以不同孵育物的浓度组合、对应的亲和常数模拟值及概率值为基础,生成表格和/或关系图;通过表格和关系图,能够更直观展示浓度组合、亲和常数模拟值以及概率值之间的关系。
20、其中,优选的,步骤s6中,对亲和常数的准确率进行评估的方法包括:根据待评估亲和常数的孵育物浓度所在对应浓度组合的概率值,判断其准确率;概率值越大,表示待评估的亲和常数的准确率越高。
21、优选的,步骤s6中,对孵育物初始浓度进行优化的方法包括:(1)确定准确率截断值;(2)将概率值不低于准确率截断值的孵育物浓度组合作为优选浓度组合,并根据优选浓度组合确认优选浓度区间;(3)选择优选浓度区间内的孵育物浓度作为孵育物初始浓度进行亲和常数的计算。
22、在第二方面,本专利技术还提供了一种提高分子间亲和常数测量准确度的装置,包括至少一个处理器,以及与所述至少一个处理器通信连接的存储器;所述存储器存储有可被所述至少一个处理器执行的指令,所述指令被所述至少一个处理器执行,以使所述至少一个处理器能够执行上述一种提高亲和常数测量准确度的方法。
23、在第三方面,本专利技术还提供了一种计算机可读介质,其上存储有可由处理器执行的指令,所述本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤S1中,所述亲和常数真值区间为点值或范围值;所述范围值的具体获取方法包括:通过预实验获取任一孵育物初始浓度条件下的待测物浓度测量值,然后根据测量误差计算得到该待测物测量浓度的误差范围值,利用亲和常数计算公式计算得到该误差范围值所对应的亲和常数范围,即为亲和常数真值区间;所述预实验包括超滤法、平衡透析法、磁珠垂钓法、毛细管电泳法中的至少一种。
3.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤S2中,所述点值的数量不低于10个;所述点值为按等比序列选取的不连续点值。
4.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤S3中,随机选取待测物浓度模拟值的方式包括均匀分布随机数选取方式和/或正态分布随机数选取方式。
5.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤S5中,重复步骤S3和S4不少于200次。
6.根据权利要求1所述提高亲和常数测
7.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤S6中,对亲和常数的准确率进行评估的方法包括:根据待评估亲和常数的孵育物浓度所在对应浓度组合的概率值,判断其准确率。
8.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤S6中,对孵育物初始浓度进行优化的方法包括:(1)确定准确率截断值;(2)将概率值不低于准确率截断值的孵育物浓度组合作为优选浓度组合,并根据优选浓度组合确认优选浓度区间;(3)选择优选浓度区间内的孵育物浓度作为孵育物初始浓度进行亲和常数的计算。
9.一种提高分子间亲和常数测量准确度的装置,其特征在于,包括至少一个处理器,以及与所述至少一个处理器通信连接的存储器;所述存储器存储有可被所述至少一个处理器执行的指令,所述指令被所述至少一个处理器执行,以使所述至少一个处理器能够执行权利要求1至8中任一项所述的一种提高亲和常数测量准确度的方法。
10.一种计算机可读介质,其上存储有可由处理器执行的指令,所述指令在被处理器执行时,使得处理器执行如权利要求1至8中任一项所述的一种提高亲和常数测量准确度的方法。
...【技术特征摘要】
1.一种提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,包括以下步骤:
2.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤s1中,所述亲和常数真值区间为点值或范围值;所述范围值的具体获取方法包括:通过预实验获取任一孵育物初始浓度条件下的待测物浓度测量值,然后根据测量误差计算得到该待测物测量浓度的误差范围值,利用亲和常数计算公式计算得到该误差范围值所对应的亲和常数范围,即为亲和常数真值区间;所述预实验包括超滤法、平衡透析法、磁珠垂钓法、毛细管电泳法中的至少一种。
3.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤s2中,所述点值的数量不低于10个;所述点值为按等比序列选取的不连续点值。
4.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤s3中,随机选取待测物浓度模拟值的方式包括均匀分布随机数选取方式和/或正态分布随机数选取方式。
5.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,步骤s5中,重复步骤s3和s4不少于200次。
6.根据权利要求1所述提高亲和常数测量准确度的方法,其特征在于,在步骤s5中,还包括:以不同孵育物的浓度组合、...
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