【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及棉花辅助育种，更具体地说，它涉及一种陆地棉gh_d11g2946基因的snp分子标记组合及其应用。
技术介绍
1、棉花是世界上重要的经济作物，新疆棉区是我国最大的棉花生产基地。棉花黄萎病病害对棉花产量会造成极大的影响，棉花黄萎病持续发生严重影响新疆棉花的可持续发展。
2、功能标记是根据功能基因内部引起表型性状变异的多态性基序开发出来的一种新型分子标记。功能性分子标记有两种类型，分别为直接类型功能性分子标记(dfm)和间接性类型功能性分子标记(ifm)。其中间接的功能标记是基于关联分析获得的统计证据建立起来的，而直接的功能标记是通过比较成对的近等基因系之间的表型差异和序列多态性来确定的。与随机dna标记和目的基因标记相比，功能标记在应用上具有更大的优势：更有效地固定群体中等位基因；有助于控制平衡选择和筛选自然群体及育种群体中的等位基因；在育种中有助于组合影响相同或不同性状的等位fm和构建连锁fm单倍型。此外，功能标记的开发需要具备以下几个基本条件：具有明确功能基因的分离和克隆是功能标记开发的前提和基础；据自身需要测定这些基因的等位基序信息，对于目标功能基因，是否能够发现并鉴定出优异的等位基因变异是影响功能标记开发的重要因素；确定基因内部引起表型变异的功能性基序是功能标记开发的关键坏节。
3、在传统育种下棉花育种年限长，花费人力物力过高也未能得到期望结果。而功能性分子标记带来了新的方向，功能性分子标记基于功能基因基序中功能性单核苷酸多态性(snp)位点开发而成，与基因共分离，一经开发可直接应用于
技术实现思路
1、针对现有技术存在的不足，本专利技术的目的在于提供一种棉花snp分子标记组合，所述snp分子标记组合分别记为gh_d11g2946-11061snp和gh_d11g2946-57095snp；所述gh_d11g2946-11061snp位于棉花基因组d11号染色体第59549360位核苷酸，其核苷酸种类为g和c；所述gh_d11g2946-57095snp位于棉花基因组d11号染色体第59595395位核苷酸，其核苷酸种类为g和a。
2、进一步地，所述snp分子标记组合在检测棉花基因组中snp标记的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定棉花抗黄萎病性的应用也属于本专利技术的保护范围。
3、进一步地，所述检测棉花基因组中snp标记的多态性或基因型的物质包括：
4、1)、用于扩增含有所述snp标记的dna片段的成套kasp引物；
5、2)、含有1)的pcr试剂；
6、3)、含有1)或2)的试剂盒。
7、进一步地，所述成套kasp引物由用于检测gh_d11g2946-11061snp的kasp引物和用于检测gh_d11g2946-57095snp的kasp引物组成；所述gh_d11g2946-11061snp的kasp引物由引物a1、引物a2和引物a3组成，所述引物a1为自5’端到3’端依次为荧光标签序列m和seq idno.1的单链dna，所述引物a2为自5’端到3’端依次为荧光标签序列n和seq id no.2的第22-42位的单链dna，所述引物a3为seq id no.3所示的单链dna；
8、用于检测所述gh_d11g2946-57095snp的kasp引物由引物b1、引物b2和引物b3组成；所述引物b1为自5’端到3’端依次为荧光标签序列m’和seq id no.5的第22-43位的单链dna；所述引物b2为自5’端到3’端依次为荧光标签序列n’和seq id no.6的第22-42位的单链dna；所述引物b3为seq id no.7所示的单链dna。
9、一种产品，所述产品为上述任一所述检测棉花基因组中snp标记的多态性或基因型的物质，所述产品包括以下至少一种功能：
10、(1)、鉴定或辅助鉴定棉花对黄萎病抗性；
11、(2)、对黄萎病具有抗性的棉花育种；
12、(3)、比较棉花抗黄萎病性强弱；
13、(4)、选育对黄萎病具有抗性的棉花。
14、一种鉴定或辅助鉴定待测棉花对黄萎病抗性的方法，所述方法包括：检测待测棉花基因组中上述snp标记的多态性或基因型，根据所述多态性或基因型确定待测棉花对黄萎病的抗性。
15、一种棉花育种方法，所述方法包括：检测待测棉花基因组中上述snp标记的多态性或基因型，选择待测棉花基因组中所述两个snp位点组合为cc/ag单倍型的棉花作为亲本，在育种各世代选择基因组中所述两个snp位点组合为cc/ag单倍型的棉花。
16、进一步地，上述育种方法中，所述检测待测棉花基因组中snp标记多态性或基因型的方法包括：
17、a：通过测序检测棉花基因组中上述snp标记的多态性或基因型；
18、b：用上述检测snp标记的多态性或基因型的物质对所述待测棉花基因组dna进行pcr获得产物，对产物进行基因分型。
19、进一步地，所述棉花为陆地棉。
20、综上所述，本专利技术具有以下有益效果：本专利技术开发了一种能够对棉花育种材料抗黄萎病性相关性状指标密切关联的组合型抗黄萎病相关分子标记，应用于棉花抗黄萎病性优良材料的快速鉴别和选育，为快速鉴定及筛选大规模棉花抗黄萎病性群体奠定基础，为后续棉花分子育种做出贡献。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一种棉花SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合分别记为Gh_D11G2946-11061SNP和Gh_D11G2946-57095SNP；所述Gh_D11G2946-11061SNP位于棉花基因组D11号染色体第59549360位核苷酸，其核苷酸种类为G和C；所述Gh_D11G2946-57095SNP位于棉花基因组D11号染色体第59595395位核苷酸，其核苷酸种类为G和A。
2.一种棉花SNP分子标记组合的应用，其特征在于，根据权利要求1所述SNP分子标记组合在检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定棉花抗黄萎病性的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述物质包括：
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述成套KASP引物由用于检测Gh_D11G2946-11061SNP的KASP引物和用于检测Gh_D11G2946-57095SNP的KASP引物组成；所述Gh_D11G2946-11061SNP的KASP引物由引物A1、引物A2和引物A3组成，所述引物A1为自5’端到3’端
5.一种产品，其特征在于，所述产品为权利要求1-4任一所述检测棉花基因组中SNP标记的多态性或基因型的物质，所述产品包括以下至少一种功能：
6.一种鉴定或辅助鉴定待测棉花对黄萎病抗性的方法，其特征在于，所述方法包括：检测待测棉花基因组中权利要求1-5任一所述SNP标记的多态性或基因型，根据所述多态性或基因型确定待测棉花对黄萎病的抗性。
7.一种棉花育种方法，其特征在于，所述方法包括：检测待测棉花基因组中权利要求1-5任一所述SNP标记的多态性或基因型，选择待测棉花基因组中所述两个SNP位点组合为CC/AG单倍型的棉花作为亲本，在育种各世代选择基因组中所述两个SNP位点组合为CC/AG单倍型的棉花。
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述检测待测棉花基因组中SNP标记多态性或基因型的方法包括：
9.根据权利要求1所述的组合，或权利要求2-4任一所述的应用，或权利要求5所述的产品，或权利要求6-8任一所述的方法，其特征在于，所述棉花为陆地棉。
...【技术特征摘要】
1.一种棉花snp分子标记组合，其特征在于，所述snp分子标记组合分别记为gh_d11g2946-11061snp和gh_d11g2946-57095snp；所述gh_d11g2946-11061snp位于棉花基因组d11号染色体第59549360位核苷酸，其核苷酸种类为g和c；所述gh_d11g2946-57095snp位于棉花基因组d11号染色体第59595395位核苷酸，其核苷酸种类为g和a。
2.一种棉花snp分子标记组合的应用，其特征在于，根据权利要求1所述snp分子标记组合在检测棉花基因组中snp标记的多态性或基因型的物质在鉴定或辅助鉴定棉花抗黄萎病性的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述物质包括：
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述成套kasp引物由用于检测gh_d11g2946-11061snp的kasp引物和用于检测gh_d11g2946-57095snp的kasp引物组成；所述gh_d11g2946-11061snp的kasp引物由引物a1、引物a2和引物a3组成，所述引物a1为自5’端到3’端依次为荧光标签序列m和seq idno.1的单链dna，所述引物a2为...
【专利技术属性】
技术研发人员：王宇翔，陈全家，郑凯，邓晓娟，王帅帅，管臻，田丰银，张文斌，
申请(专利权)人：新疆农业大学，
类型：发明
国别省市：
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