【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及猪标记辅助选择(mas)技术及遗传育种领域，具体地，涉及影响苏姜猪生产性状的snp标记、扩增引物和应用。
技术介绍
1、长纯合片段(runs ofhomozygosity,roh)是基因组上一定数量一定密度的单核苷酸多态性(single nucleotide ploymorhphisms,snp)表现为纯合的某一段区域。roh信息在畜禽亲缘关系的鉴定、遗传多样性分析、近交衰退的评估、选择信号的鉴定和功能基因的筛选等方面发挥着重要的作用。
2、基因组中鉴定的选择信号揭示了驯化群体中双向选择的痕迹。在人工选择的过程中，畜禽群体的基因组被重塑，选择区域中的roh频率会增加，甚至产生“roh岛”。因此通过分析roh可鉴定选择信号，筛选与经济性状相关的功能基因。有害纯合变异体和基因组中roh片段之间呈现线性相关，致病座位有害基因纯合子出现在roh上的频率要高于正常基因的频率。这也与引起近交衰退有害基因变异位点一般以纯合子状态存在假设是一致的。
3、苏姜猪2013年8月通过国家畜禽遗传资源委员会畜禽新品种审定，获得新品种证书((农01)新品种证字第22号)，肉质指标达到了优质猪肉的要求。
4、基于此，提供一种利用苏姜猪基因组中roh信息鉴定开发与苏姜猪生产性状相关的分子标记并应用于优质苏姜猪的选育，满足人们对优质猪肉的需求，促进我国优质种猪的培育的snp标记及培育方法是本专利技术亟需解决的问题。
技术实现思路
1、针对上述现有技术，本专利技术的
2、为了实现上述目的，本专利技术提供了一种影响苏姜猪生产性状的snp标记，所述snp标记位于猪7号染色体上的dst基因的核苷酸序列上，snp标记的位点选自第一突变位点、第二突变位点和第三突变位点中的至少一个；其中，
3、所述第一突变位点为猪参考基因组11.1版本序列7号染色体序列第29153437位碱基(rs337582032)g>a突变，对应seq id no:11所示序列中的第282位碱基处；
4、所述第二突变位点为猪参考基因组11.1版本序列7号染色体序列第29154793位碱基(rs341009127)g>a突变，对应seq id no:12所示序列中的第288位碱基处；
5、所述第三突变位点为猪参考基因组11.1版本7号染色体第29261358位碱基(rs331889218)g>a突变，对应seq id no:13所示序列中的第259位碱基处。
6、其中，seq id no:11(403bp)为采用第一引物对扩增出的序列；seq idno:12(430bp)是采用第二引物对扩增出的序列，seq id no:13(372bp)为采用第三引物对扩增出的序列，且上述3个位点完全连锁，即检测1个突变，另外2个突变的情况可以推导出来，且任何1个突变对生产性状的影响都一致，即rs337582032为gg时，rs341009127、rs331889218都必为gg。通过图6关于这3个snp位点的ld模式图分析图可以看出，3个snp处于完全连锁状态(r2＝1)。
7、优选地，与本专利技术公开的snp标记相关的生产性状为苏姜猪的体长和/或活体背膘厚。
8、本专利技术还提供了一种用于上述所述的snp标记的扩增引物，所述扩增引物选自第一引物对、第二引物对和第三引物对中的至少一种，所述第一引物对用于扩增含有所述第一突变位点的基因片段，所述第二引物对用于扩增含有所述第二突变位点的基因片段，所述第三引物对用于扩增含有所述第三突变位点的基因片段；且，
9、所述第一引物对如seq id no:1和seq id no:2所示；
10、所述第二引物对如seq id no:3和seq id no:4所示；
11、所述第三引物对如seq id no:5和seq id no:6所示。
12、需要进一步解释的是，这里的引物对的具体选择，根据需要检测的前述snp标记的选择相关，即，二者为一一对应关系，当需要检测的snp标记的位点为第一突变位点时，则需要针对性地扩增含有第一突变位点的基因片段，此时，这里的扩增引物选用第一引物对。同样地，当需要检测的snp标记的位点为第二突变位点时，对应采用第二引物对；当需要检测的snp标记的位点为第三突变位点时，对应采用第三引物对。
13、本专利技术还提供了一种根据上述所述的snp标记在选育具备优势生产性状的苏姜猪中的应用，在选育具备优势生产性状的苏姜猪时，选择第一突变位点、第二突变位点和第三突变位点中的至少一个为gg基因型的苏姜猪。
14、即，通过继代选育猪参考基因组11.1版本7号染色体第29153437位碱基(rs337582032)位点的gg型个体，淘汰该位点的ga型和aa型个体；和/或，继代选育猪参考基因组11.1版本7号染色体第29154793位碱基(rs341009127)位点的gg型个体，淘汰该位点的ga型和aa型个体；和/或，继代选育猪参考基因组11.1版本7号染色体第29261358位碱基(rs331889218)位点的gg型个体，淘汰该位点的ga型和aa型个体。
15、优选地，选育过程具体包括：扩增含有所述snp标记的位点的基因片段，得到扩增产物，对得到的扩增产物采用测序技术进行基因分型，筛选所述snp标记的位点为gg基因型的苏姜猪。
16、由于这里snp标记的位点可以为三个突变位点中的任意一个或多个，因此，当所述snp标记的位点包括第一突变位点时，扩增引物包括如seq idno:1和seq id no:2所示的第一引物对；当所述snp标记的位点包括第二突变位点时，扩增引物包括如seq id no:3和seqid no:4所示的第二引物对；当所述snp标记的位点包括第三突变位点时，扩增引物包括如seq idno:5和seq id no:6所示的第三引物对。
17、即，这里根据选择的突变位点，针对性地从以下三种基因分型中选择一种或多种操作即可：
18、a、采用第一引物对扩增包含猪参考基因组11.1版本7号染色体第29153437位碱基(rs337582032)g>a突变的基因片段，该基因片段如seq id no:11所示，然后采用测序技术进行基因分型；
19、b、采用第二引物对扩增包含猪参考基因组11.1版本7号染色体第29154793位碱基(rs341009127)g>a突变的基因片段，该基因片段如seq id no:12所示，然后采用测序技术进行基因分型；
20、c、采用第三引物对扩增包含猪参考基因组11.1版本7号染色体第29261358位碱基(rs331889218)g>a突变的基因片段，该基因片段如seq id no:13所示，然后采用测序技术进行基因分型。
21、通本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种影响苏姜猪生产性状的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于猪7号染色体上的DST基因的核苷酸序列上，SNP标记的位点选自第一突变位点、第二突变位点和第三突变位点中的至少一个；其中，
2.根据权利要求1所述的SNP标记，其特征在于，所述第一突变位点、所述第二突变位点和所述第三突变位点为完全连锁遗传。
3.根据权利要求1或所述的SNP标记，其特征在于，所述生产性状为苏姜猪的体长和/或活体背膘厚。
4.一种用于权利要求1-3中任意一项所述的SNP标记的扩增引物，所述扩增引物选自第一引物对、第二引物对和第三引物对中的至少一种，所述第一引物对用于扩增含有所述第一突变位点的基因片段，所述第二引物对用于扩增含有所述第二突变位点的基因片段，所述第三引物对用于扩增含有所述第三突变位点的基因片段；且，
5.一种根据权利要求1-3中任意一项所述的SNP标记在选育具备优势生产性状的苏姜猪中的应用，其特征在于，在选育具备优势生产性状的苏姜猪时，选择第一突变位点、第二突变位点和第三突变位点中的至少一个为GG基因型的苏姜猪。
6.根据权利
7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，当所述SNP标记的位点包括第一突变位点时，扩增引物包括如SEQ ID No:1和SEQ ID No:2所示的第一引物对；
...【技术特征摘要】
1.一种影响苏姜猪生产性状的snp标记，其特征在于，所述snp标记位于猪7号染色体上的dst基因的核苷酸序列上，snp标记的位点选自第一突变位点、第二突变位点和第三突变位点中的至少一个；其中，
2.根据权利要求1所述的snp标记，其特征在于，所述第一突变位点、所述第二突变位点和所述第三突变位点为完全连锁遗传。
3.根据权利要求1或所述的snp标记，其特征在于，所述生产性状为苏姜猪的体长和/或活体背膘厚。
4.一种用于权利要求1-3中任意一项所述的snp标记的扩增引物，所述扩增引物选自第一引物对、第二引物对和第三引物对中的至少一种，所述第一引物对用于扩增含有所述第一突变位点的基因片段，所述第二引物对用于扩增含有所述第二突变位点的基因片段，...
【专利技术属性】
技术研发人员：徐盼，张伟，倪黎纲，吴嘉韵，陈章言，许琴瑟，周春宝，陶勇，张亚琴，郭敏，高慧珍，朱淑斌，周艳，张君胜，
申请(专利权)人：江苏农牧科技职业学院，
类型：发明
国别省市：
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