【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用于样品中核苷酸的高度多重快速检测的方法，以及用于所述方法中的构建体。
技术介绍
1、微生物群通常与彼此及其环境形成复杂的群落，其可以包括真核细胞。这些微生物的空间定位可以对生态系统产生影响，尽管描述每种细菌的功能是一个挑战。
技术实现思路
0、专利技术概述
1、空间转录组学是在其天然生物学背景下鉴定细胞中特定mrna分子的方法，可以是强大的工具，但迄今为止主要是为真核系统开发的，没有触及分析微生物群落的空间特性的方法。为了准确和全面地分析微生物组转录组，可能需要具有高靶标多重性，能够潜在地标记数百万个基因靶标的方法。这种方法的开发可能会彻底改变我们对微生物群落组装的理解，并导致新的诊断和治疗应用。
2、在一个方面，提供了用于分析样品的方法，该方法可以包括使至少一个编码探针与样品接触以产生第一复合物，向第一复合物添加至少两个不同的dna扩增子以产生第二复合物，以及向第二复合物添加发射读出探针。每个编码探针可以包括靶向序列和起始子序列。每个dna扩增子可以包括起始子互补序列和读出序列。每个发射读出探针可以包括标记和相应的dna扩增子的读出序列的互补序列。
3、在另一方面，用于分析样品的方法可以包括生成一组探针，其中每个探针包括：
4、(i)靶向序列；
5、(ii)至少一个起始子序列；和
6、(iii)至少两个dna扩增子，其中每个dna扩增子包括起始子互补序列和读出序列；
7、使该组探针
8、向复合物添加一组发射读出探针，其中每个发射读出探针包括标记和相应的dna扩增子的读出序列的互补序列；
9、检测样品中的发射读出探针；
10、确定“信号”(如例如，点、斑点)的光谱并将它们分配至细菌；和
11、通过信号去卷积、错误校正、与参考标准比较的方法将所述光谱解码成单个靶向转录物。
12、在另一方面，用于分析细胞的方法可以包括：
13、使至少一个编码探针与细胞接触以产生第一复合物，其中每个编码探针包括mrna靶向序列和起始子序列；
14、将两个不同的dna扩增子添加至第一复合物以产生第二复合物，其中每个dna扩增子包括起始子互补序列和读出序列；和
15、向第二复合物添加两个发射读出探针，其中每个发射读出探针包括荧光团和相应的dna扩增子的读出序列的互补序列。
16、在另一方面，构建体可以包含与dna/rna序列上感兴趣的区域互补的靶向序列、第一起始子序列、不同于第一起始子序列的第二起始子序列、在序列的5’末端包含读出序列的第一扩增子序列、在序列的3’末端包含读出序列的第二扩增子序列，其中第二扩增子序列不同于第一扩增子序列，以及包含与第一和/或第二扩增子序列的读出序列互补的序列和在互补序列的5’和/或3’末端的标记的发射读出序列。
17、在另一方面，构建体可以包含靶向序列(其是核苷酸上的感兴趣的区域)、第一起始子序列、不同于第一起始子序列的第二起始子序列、包含第三起始子序列的第一扩增子序列、包含第四起始子序列的第二扩增子序列、在序列的5’末端包含读出序列的第三扩增子序列、在序列的3’末端包含读出序列的第四扩增子序列，其中第一、第二、第三和第四扩增子序列彼此不同，以及包含与第三和/或第四扩增子序列的读出序列互补的序列和在互补序列的5’和/或3’末端的标记的发射读出序列。
18、在另一方面，构建体的文库可以包括多个条形码化探针，其中每个条形码化探针可以包括：
19、靶向序列，其为核苷酸上感兴趣的区域；
20、至少一个起始子序列；和
21、两个dna扩增子，其中每个dna扩增子包括读出序列；和
22、发射读出探针，其中每个发射读出探针包括标记和与相应的dna扩增子的读出序列互补的序列；
23、其中多个条形码化探针中的至少两个条形码化探针包括对不同的感兴趣的区域具有特异性的靶向序列。
24、在另一方面，构建体的文库可以包括多个条形码化探针，其中每个条形码化探针可以包括：
25、靶向序列，其为核苷酸上感兴趣的区域；
26、第一起始子序列；
27、第一dna扩增子和第二dna扩增子，其中每个第一dna扩增子和第二dna扩增子包括第二起始子序列；
28、第三dna扩增子和第四dna扩增子，其中每个第三dna扩增子和第四dna扩增子包括读出序列；和
29、发射读出探针，其中每个发射读出探针包括标记和与相应的第三和/或第四dna扩增子的读出序列互补的序列；
30、其中多个条形码化探针中的至少两个条形码化探针包括对不同的感兴趣的区域具有特异性的靶向序列。
31、在另一方面，用于分析样品的方法可以包括：
32、使至少一个编码探针与样品接触以产生第一复合物，其中每个编码探针可以包括靶向序列和起始子序列；
33、将至少两个不同的dna扩增子添加至第一复合物以产生第二复合物，其中每个dna扩增子可以包括起始子互补序列和读出(着陆垫)序列；
34、向第二复合物添加一组第一发射读出探针，其中每个第一发射读出探针可以包括标记和相应的dna扩增子的读出(着陆垫)序列的互补序列；
35、从该组第一发射读出探针获取一个或多个发射光谱；
36、向样品添加hipr-swap第一交换探针组，其中每个第一交换探针包括与第一发射读出探针序列100％互补的序列，
37、使第一交换探针与第一发射读出探针杂交以形成第三复合物；
38、从样品中除去第三复合物，
39、向第二复合物添加一组第二发射读出探针，其中每个第二发射读出探针可以包括标记和相应的dna扩增子的读出(着陆垫)序列的互补序列；
40、从第二发射读出探针获取一个或多个发射光谱；
41、对至少一个不同的编码探针重复上述步骤。
42、本文公开的其他方面、实施方案和特征将从以下描述、附图和权利要求中显而易见。
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1.用于分析样品的方法，所述方法包括：
2.用于分析样品的方法，所述方法包括：
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述样品是以下至少一种：细胞、细胞悬浮液、组织活检、组织标本、尿液、粪便、血液、血清、血浆、骨活检、骨髓、呼吸道标本、痰、诱导痰、气管抽吸物、支气管肺泡灌洗液、汗液、唾液、眼泪、眼液、脑脊液、心包液、胸膜液、腹膜液、胎盘、羊膜、脓、鼻拭子、鼻咽拭子、口咽拭子、眼拭子、皮肤拭子、伤口拭子、粘膜拭子、颊拭子、阴道拭子、外阴拭子、指甲、指甲刮片、毛囊、角膜刮片、灌胃液、漱口液、脓肿液、废水或植物活检。
4.权利要求3所述的方法，其中所述样品是细胞。
5.权利要求4所述的方法，其中所述细胞是细菌或真核细胞。
6.权利要求3所述的方法，其中所述样品包含多个细胞。
7.权利要求4所述的方法，其中每个细胞包含特异性靶向序列。
8.权利要求1或2所述的方法，其中所述靶向序列靶向以下至少一种：信使RNA(mRNA)、微小RNA(miRNA)、长非编码RNA(lncRNA)、核糖体RNA(rRNA)、小干
9.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是mRNA。
10.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是rRNA。
11.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是mRNA和rRNA。
12.权利要求1或2所述的方法，其中所述编码探针在5’末端和/或3’末端包含所述起始子序列。
13.权利要求12所述的方法，其中所述编码探针在5’末端包含起始子序列，并且在3’末端包含起始子序列。
14.权利要求13所述的方法，其中所述两个起始子序列具有不同的序列。
15.权利要求13所述的方法，其中所述两个起始子序列具有相同的序列。
16.权利要求1或2所述的方法，其中所述编码探针包含两个部分起始子序列。
17.权利要求1或2所述的方法，其中所述两个DNA扩增子之一从5’至3’包含读出序列(R.1)、立足点序列(T.1)、茎序列(S.1)、环序列(L.1)和互补茎序列(cS.1)。
18.权利要求1或2所述的方法，其中所述两个DNA扩增子之一从5’至3’包含茎序列(S.2)、环序列(L.2)、互补茎序列(cS.2)、立足点序列(T.2)和读出序列(R.2)。
19.权利要求17或18所述的方法，其中所述两个DNA扩增子进一步包含间隔区序列，其中所述间隔区序列为约1至3个核苷酸长。
20.权利要求17至19中任一项所述的方法，其中所述立足点序列(T.1)是与另一DNA扩增子的所述环序列(L.2)互补的序列。
21.权利要求17至20中任一项所述的方法，其中所述环序列(L.1)是与另一DNA扩增子的所述立足点序列(T.2)互补的序列。
22.权利要求17至21中任一项所述的方法，其中每个DNA扩增子的所述读出序列是相同的序列。
23.权利要求17-21中任一项所述的方法，其中每个DNA扩增子的所述读出序列是不同的。
24.权利要求1或2所述的方法，其中所述方法包括添加四个DNA扩增子。
25.权利要求24所述的方法，其中所述四个DNA扩增子之一从5’至3’包含扩增子起始子序列(HI.1)、立足点序列(T.1)、茎序列(S.1)、环序列(L.1)和互补茎序列(cS.1)。
26.权利要求24所述的方法，其中所述四个DNA扩增子之一从5’至3’包含茎序列(S.2)、环序列(L.2)、互补茎序列(cS.2)、立足点序列(T.2)和扩增子起始子序列(HI.2)。
27.权利要求24所述的方法，其中所述四个DNA扩增子之一从5’至3’包含读出序列(R.1-2)、立足点序列(T.1-2)、茎序列(S.1-2)、环序列(L.1-2)和互补茎序列(cS.1-2)。
28.权利要求24所述的方法，其中所述四个DNA扩增子之一从5’至3’包含茎序列(S.2-1)、环序列(L.2-1)、互补茎序列(cS.2-1)...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.用于分析样品的方法，所述方法包括：
2.用于分析样品的方法，所述方法包括：
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述样品是以下至少一种：细胞、细胞悬浮液、组织活检、组织标本、尿液、粪便、血液、血清、血浆、骨活检、骨髓、呼吸道标本、痰、诱导痰、气管抽吸物、支气管肺泡灌洗液、汗液、唾液、眼泪、眼液、脑脊液、心包液、胸膜液、腹膜液、胎盘、羊膜、脓、鼻拭子、鼻咽拭子、口咽拭子、眼拭子、皮肤拭子、伤口拭子、粘膜拭子、颊拭子、阴道拭子、外阴拭子、指甲、指甲刮片、毛囊、角膜刮片、灌胃液、漱口液、脓肿液、废水或植物活检。
4.权利要求3所述的方法，其中所述样品是细胞。
5.权利要求4所述的方法，其中所述细胞是细菌或真核细胞。
6.权利要求3所述的方法，其中所述样品包含多个细胞。
7.权利要求4所述的方法，其中每个细胞包含特异性靶向序列。
8.权利要求1或2所述的方法，其中所述靶向序列靶向以下至少一种：信使rna(mrna)、微小rna(mirna)、长非编码rna(lncrna)、核糖体rna(rrna)、小干扰rna(sirna)、转运rna(trna)、crispr rna(crrna)、反式激活crispr rna(tracrrna)、线粒体rna、内含子rna、病毒mrna、病毒基因组rna、环境rna、双链rna(dsrna)、小核rna(snrna)、小核仁rna(snorna)、piwi相互作用rna(pirna)、基因组dna、合成dna、dna、质粒dna、质粒、病毒dna、逆转录病毒dna、环境dna、细胞外dna、蛋白质、小分子或抗原性靶标。
9.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是mrna。
10.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是rrna。
11.权利要求8所述的方法，其中所述靶标是mrna和rrna。
12.权利要求1或2所述的方法，其中所述编码探针在5’末端和/或3’末端包含所述起始子序列。
13.权利要求12所述的方法，其中所述编码探针在5’末端包含起始子序列，并且在3’末端包含起始子序列。
14.权利要求13所述的方法，其中所述两个起始子序列具有不同的序列。
15.权利要求13所述的方法，其中所述两个起始子序列具有相同的序列。
16.权利要求1或2所述的方法，其中所述编码探针包含两个部分起始子序列。
17.权利要求1或2所述的方法，其中所述两个dna扩增子之一从5’至3’包含读出序列(r.1)、立足点序列(t.1)、茎序列(s.1)、环序列(l.1)和互补茎序列(cs.1)。
18.权利要求1或2所述的方法，其中所述两个dna扩增子之一从5’至3’包含茎序列(s.2)、环序列(l.2)、互补茎序列(cs.2)、立足点序列(t.2)和读出序列(r.2)。
19.权利要求17或18所述的方法，其中所述两个dna扩增子进一步包含间隔区序列，其中所述间隔区序列为约1至3个核苷酸长。
20.权利要求17至19中任一项所述的方法，其中所述立足点序列(t.1)是与另一dna扩增子的所述环序列(l.2)互补的序列。
21.权利要求17至20中任一项所述的方法，其中所述环序列(l.1)是与另一dna扩增子的所述立足点序列(t.2)互补的序列。
22.权利要求17至21中任一项所述的方法，其中每个dna扩增子的所述读出序列是相同的序列。
23.权利要求17-21中任一项所述的方法，其中每个dna扩增子的所述读出序列是不同的。
24.权利要求1或2所述的方法，其中所述方法包括添加四个dna扩增子。
25.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含扩增子起始子序列(hi.1)、立足点序列(t.1)、茎序列(s.1)、环序列(l.1)和互补茎序列(cs.1)。
26.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含茎序列(s.2)、环序列(l.2)、互补茎序列(cs.2)、立足点序列(t.2)和扩增子起始子序列(hi.2)。
27.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含读出序列(r.1-2)、立足点序列(t.1-2)、茎序列(s.1-2)、环序列(l.1-2)和互补茎序列(cs.1-2)。
28.权利要求24所述的方法，其中所述四个dna扩增子之一从5’至3’包含茎序列(s.2-1)、环序列(l.2-1)、互补茎序列(cs.2-1)、立足点序列(t.2-1)和读出序列(r.2-1)。
29.权利要求24-28中任一项所述的方法，其中所述四个dna扩增子进一步包含间隔区序列，其中所述间隔区序列为约1至3个核苷酸长。
30.权利要求25-29中任一项所述的方法，其中所述扩增子起始子序列(hi.1)是与包含所述读出序列的另一dna扩增子之一的所述环序列(l.1-2或l.2-1)互补的序列。
31.权利要求25-30中任一项所述的方法，其中所述立足点序列(t.1)是与包含所述扩增子起始子序列的另一dna扩增子的所述环序列(l.2)互补的序列。
32.权利要求25-31中任一项所述的方法，其中所述环序列(l.1)是与包含所述扩增子起始子序列的另一dna扩增子的所述立足点序列(t.2)互补的序列。
33.权利要求1或2所述的方法，其中所述发射读出探针在5’末端或3’末端包含标记。
34.权利要求1或2所述的方法，其中所述发射读出探针在5’末端包含标记，并且在3’末端包含标记。
35.权利要求34所述的方法，其中所述标记是相同的。
36.权利要求34所述的方法，其中所述标记是不同的。
37.权利要求33-36中任一项所述的方法，其中所述标记是：alexa fluor350、alexafluor 405、alexa fluor 430、alexa fluor 488、alexa fluor 514、alexa fluor 532、alexa fluor 546、alexa fluor 555、alexa fluor 561、alexa fluor 568、alexa fluor594、alexa fluor 610、alexa fluor 633、alexa fluor635、alexa fluor 647、alexafluor 647-r-藻红蛋白、alexa fluor 660、alexa fluor 680、alexa fluor 680-别藻蓝蛋白、alexa fluor 700、alexa fluor 750、alexa fluor 790、alexa fluor plus 405、alexafluor plus 488、alexa fluor plus555、alexa fluor plus 594、alexa fluor plus 647、alexa fluor plus 680、alexa fluor plus 750、alexa fluor plus 800、太平洋蓝、太平洋绿、罗丹明红x、dylight 485-ls、dylight-510-ls、dylight 515-ls、dylight 521-ls、羟基香豆素、甲氧基香豆素、cy2、fam、荧光素fitc、r-藻红蛋白(pe)、tamara、cy3.5 581、rox、红613、德克萨斯红、cy5、cy5.5、cy...
【专利技术属性】
技术研发人员：P·S·伯恩汉姆，G·T·布瑟，H·布罗森，M·P·程，I·德弗拉敏克，H·石，P·塞加尔，
申请(专利权)人：坎瓦斯生物科学股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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