【技术实现步骤摘要】
本申请涉及基因检测，具体涉及hoxd10基因甲基化位点在多癌种早筛中的应用、产品和方法。
技术介绍
1、早期诊断和筛查对于提高恶性肿瘤的生存率和治疗至关重要。通常，恶性肿瘤从超早期阶段的分子癌变到中晚期阶段的组织癌变，历时超过10年。在这期间，恶性肿瘤从单个细胞生长到近百克的癌变组织，伴随肿瘤形态加速膨胀，和时间跨度持续压缩，会经过三个裂变阶段。如果能够在长达10年的最佳预防时期，和长达3年的最佳治疗时期介入，无疑会极大提高肿瘤全流程的诊疗效率。一直以来，早期筛查和早诊早治都是全世界普遍认同的降低癌症发病率、死亡率的有效手段。数据显示，早期癌症的治愈率可高达90％。但是，目前市面上的癌症早筛手段均存在一定缺陷，无法兼顾准确性、简便性和低成本。
2、dna甲基化异常与肿瘤的发生、发展、细胞癌变有着密切的联系。肿瘤中普遍存在dna异常甲基化，其特点是甲基化水平总体降低与局部升高。低甲基化可诱导原癌基因和转座子活化、基因印迹缺失以及染色体不稳定性增加，最终诱发肿瘤。当抑癌基因出现异常甲基化，正常转录、翻译受明显抑制，无法形成抑癌蛋白，极易引发肿瘤疾病。dna的异常甲基化通常发生在肿瘤的超早期，是肿瘤生长的“种子”因素。且dna甲基化比较稳定，可以通过检测血液中cfdna发现，因此采用dna甲基化对癌症进行早诊早筛具有重要意义。
3、先前的研究表明dna甲基化已广泛用于癌症早期诊断。liu等收集2482名肿瘤患者(>50种癌症类型)和4207名非肿瘤患者的外周血，对血浆cfdna进行亚硫酸盐测序甲基化测序，
技术实现思路
1、为解决上述技术问题，本申请通过高通量甲基化测序数据/methyltarget目标区域甲基化测序，结合统计学方法，筛选到hoxd10基因的一个甲基化位点(cg10364040)的甲基化程度在头颈肿瘤中具有诊断潜力，经头颈肿瘤临床样本评价，确认该甲基化位点的临床诊断(尤其早筛)意义；随后又在多癌种数据集中进行拓展和验证，亦确认其可作为多癌种诊断mraker，进而可用于多癌种的早筛。基于这些研究内容，本申请具体提供如下技术方案：
2、本申请首先提供一种获取样本中hoxd10基因甲基化水平的检测剂在制备用于多癌种诊断或预测产品中的应用，或hoxd10甲基化位点在多癌种诊断或预测中的应用。
3、进一步的，所述hoxd10基因甲基化水平为hoxd10基因cg10364040位点的甲基化水平。
4、进一步的，所述诊断包括了早筛。
5、进一步的，所述检测剂于核酸水平进行检测；
6、进一步优选的，所述检测剂用于执行以下任一种方法：聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、核酸测序法、核酸分型芯片检测、变性高效液相色谱法、原位杂交、生物质谱法以及hrm法。
7、进一步的，所述样品选自血液、血清、血浆、组织或组织裂解液、尿液或唾液中的至少一种。
8、进一步优选的，所述样品选自血液、血清或血浆。
9、进一步的，所述多癌种包括头颈鳞癌、结肠癌、胰腺癌、肺鳞癌、肺腺癌及乳腺癌等；
10、进一步优选的，所述多癌种为头颈鳞癌。
11、本申请还提供hoxd10基因甲基化位点作为多癌种诊断标志物中的应用；
12、优选的，所述所述hoxd10基因甲基化位点为hoxd10基因cg10364040甲基化位点。
13、进一步的，所述诊断包括早筛。
14、进一步的，所述多癌种包括头颈鳞癌、结肠癌、胰腺癌、肺鳞癌、肺腺癌及乳腺癌；
15、进一步优选的，所述多癌种包括头颈鳞癌。
16、本申请还提供一种用于多癌种的诊断产品，所述产品中包含用于hoxd10基因甲基化水平的检测的试剂；
17、优选的，所述hoxd10基因甲基化水平为hoxd10基因cg10364040位点的甲基化水平。
18、进一步的，所述诊断包括早筛。
19、进一步的，所述产品为试剂盒形式。
20、本申请还提供一种多癌种诊断或早筛的方法，所述方法包括：检测样本中hoxd10基因甲基化水平的步骤。
21、进一步的，所述hoxd10基因甲基化水平为hoxd10基因cg10364040位点的甲基化水平。
22、进一步的，所述方法具体包括如下步骤：
23、1)提取待测样本中的dna；
24、2)对提取dna进行亚硫酸氢盐处理，将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶；
25、3)通过特异性引物扩增特定基因的目标区域；
26、4)使用高通量测序技术，检测样本中hoxd10 cg10364040位点的甲基化水平；
27、5)根据检测结果分析特定基因的甲基化模式，判断是否存在癌症或癌症风险。
28、本申请的效果优势：
29、本申请筛选到的hoxd10基因甲基化分子标志物临床预测效果好、准确度和灵敏度高，可以有效用于多癌种(尤其头颈肿瘤)的早筛中，具有较高临床应用和推广价值。
30、另外，在头颈肿瘤领域，很少使用单甲基化作为诊断标记物，本申请填补了行业空白，仅基于单独的cg10364040位点即可实现头颈肿瘤的临床早筛，创新意义极高。
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1.获取样本中HOXD10基因甲基化水平的检测剂在制备用于多癌种诊断产品中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述HOXD10基因甲基化水平为HOXD10基因cg10364040位点的甲基化水平。
3.根据权利要求1-2任一项所述的应用，其特征在于，所述诊断包括早筛。
4.根据权利要求1-3任一项所述的应用，其特征在于，所述检测剂是于核酸水平进行检测；优选的，所述检测剂用于执行以下任一种方法：聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、核酸测序法、核酸分型芯片检测、变性高效液相色谱法、原位杂交、生物质谱法以及HRM法。
5.根据权利要求1-4任一项所述的应用，其特征在于，所述样品选自血液、血清、血浆、组织或组织裂解液、尿液或唾液中的至少一种；优选的，所述样品选自血液、血清或血浆。
6.HOXD10基因甲基化位点作为多癌种诊断标志物中的应用；优选的，所述HOXD10基因甲基化位点为HOXD10基因cg10364040甲基化位点。
7.一种用于多癌种诊断的产品，其特征在于，所述产品中包含用于HOXD10基因甲
8.根据权利要求7所述的产品，其特征在于，所述产品为试剂盒。
9.一种多癌种的早筛方法，其特征在于，所述方法包括：检测样本中HOXD10基因cg10364040位点甲基化水平的步骤；优选的，所述HOXD10基因甲基化水平为HOXD10基因cg10364040位点的甲基化水平。
10.根据权利要求9所述的早筛方法，其特征在于，所述方法具体包括：
...【技术特征摘要】
1.获取样本中hoxd10基因甲基化水平的检测剂在制备用于多癌种诊断产品中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述hoxd10基因甲基化水平为hoxd10基因cg10364040位点的甲基化水平。
3.根据权利要求1-2任一项所述的应用，其特征在于，所述诊断包括早筛。
4.根据权利要求1-3任一项所述的应用，其特征在于，所述检测剂是于核酸水平进行检测；优选的，所述检测剂用于执行以下任一种方法：聚合酶链反应、变性梯度凝胶电泳、核酸测序法、核酸分型芯片检测、变性高效液相色谱法、原位杂交、生物质谱法以及hrm法。
5.根据权利要求1-4任一项所述的应用，其特征在于，所述样品选自血液、血清、血浆、组织或组织裂解液、尿液或唾液中的至少一种；优选的，所述样品选自血液、血清或血浆。
【专利技术属性】
技术研发人员：陈曦，张钦，
申请(专利权)人：江苏省人民医院南京医科大学第一附属医院，
类型：发明
国别省市：
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