【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子遗传育种，特别涉及一种与三七中人参皂苷rg1含量相关的snp分子标记及应用。
技术介绍
1、三七是人参属五加科多年生草本植物，以根及根茎入药，具有散瘀止血、消肿定痛的功效，是我国特有的名贵中药材之一。三七临床应用日益广泛，是血塞通软胶囊、云南白药、复方丹参片、复方丹参滴丸、漳州片仔癀等中成药的主要原料之一。人参皂苷是三七中最主要的活性成分，皂苷含量及种类是三七品质评价的重要指标之一。
2、品质育种是良种选育的核心举措。研究表明挖掘控制重要农艺性状关键基因的优异等位变异，通过开发等位基因特异性分子标记，可有效利用于分子标记辅助选择育种。三七品种选育主要采用集团混合选择法，主要依赖表型选择，获得群体品种，是现阶段三七品种选育的主要育种方式。但是，三七每个世代至少需要3年，表型分离和群体构建的速度都极其缓慢，也缺乏早期选择与鉴定手段，导致育种周期长、效率低，培育一个新品种需要15～20年。同时，三七为常异花授粉植物，至今没有纯系育种材料，严重限制了杂交育种方法在三七品种选育上的应用。远缘杂交也很难以用于三七种质改良。
3、随着组学技术的发展，基于分子标记开展药用植物的分子遗传育种可大大提升育种效率，并为定向提升药用植物有效成分的分子设计育种成为可能。snp标记(singlenucleotide polymorphism)主要指基因组水平上有单个核苷酸变异引起的dna序列多态变化，是当今多态覆盖率最高，密度最高的分子标记。相比于传统的分子标记辅助选择，高通量重测序技术可产生大规模的snp标记，推
技术实现思路
1、针对上述问题，本专利技术的目的是提供一种与三七中人参皂苷rg1含量相关的snp分子标记及应用。
2、为实现上述目的，本专利技术所采用的技术方案是：
3、本专利技术提供了一种检测与三七中人参皂苷rg1含量相关的snp分子标记的试剂盒在三七中人参皂苷rg1含量性状育种中的应用，所述的snp分子标记为snp6-117625901，位于chr11染色体第117625901位碱基，其突变类型为c/t。
4、作为优选，所述snp6-117625901中，tt基因型的人参皂苷rg1含量高于cc/ct基因型。
5、本专利技术还提供了一种用于检测与三七中人参皂苷rg1含量相关的snp分子标记的kasp引物对在三七中人参皂苷rg1含量性状育种中的应用，所述kasp引物包括用于检测所述snp6-117625901的上游引物snp6-f1和snp6-f2，下游引物snp6-r。
6、优选的，
7、所述snp6-f1：5’-gaaggtgaccaagttcatgctgaattaaaggggcagttccttcc-3’；
8、所述snp6-f2：5’-gaaggtcggagtcaacggattgaattaaaggggcagttccttct-3’；
9、所述snp6-r：5’-tgtctacccttgccaactcg-3’。
10、本专利技术还提供了一种检测三七中人参皂苷rg1含量高低的方法，包括如下步骤：
11、(1)提取待测三七样品的dna作为模板；
12、(2)利用权利要求3或4中所述的kasp引物对模板进行pcr扩增；
13、(3)通过高通量基因分型系统genematrix，pcr扩增完成后读取荧光信号，解析转换荧光信号，对待鉴定三七人参皂苷rg1含量样本snp6-117625901分子标记位点进行基因分型；
14、(4)步骤(3)中判断待鉴定三七人参皂苷rg1含量性状表型的方法如下若鉴定的基因型为tt，则判断三七样品中人参皂苷rg1含量高；若鉴定的基因型为cc/ct，则判断三七样品中人参皂苷rg1含量低。
15、作为优选，所述pcr扩增的程序为：95℃预变性10min；95℃变性20sec；61～55℃退火40sec，每一个循环降低0.6℃，10个循环；95℃变性20sec，55℃退火40sec，35个循环。
16、作为优选，所述pcr扩增的体系为：15ng/μl的dna模板1μl；2×kasp master mix 1μl；kasp混合引物0.01μl，其中上游引物snp6-f1、上游引物snp6-f2和下游引物snp6-r的体积比为1:1:3。
17、本专利技术具有以下有益效果：
18、本专利技术提供的与三七中人参皂苷rg1含量显著关联的snp，是通过236份三七自然群体来进行关联分析，利用snp位点作为基因型数据，使用人参皂苷rg1含量作为其表型数据，用emmax软件，采用混合线性模型(mixed linear model,mlm)进行全基因组关联(gwas)分析筛选获得。snp分子标记snp6-117625901，位于chr11染色体第117625901位碱基，为三七中人参皂苷rg1含量性状的分子标记辅助育种提供技术支持。
19、本专利技术开发的kasp引物组合能直接对snp6-117625901的突变位点c或t碱基进行特异的区分和检测。利用该kasp引物组合对人参皂苷rg1含量高低进行鉴定时，能够清楚地将两种基因型分开，分子标记snp6-117625901中，靠近y轴的圆点为携带tt等位变异位点，基因型为tt，该基因型三七的人参皂苷rg1含量相对较高；靠近x轴的圆点为携带cc等位变异位点，基因型为cc，该基因型三七的人参皂苷rg1含量相对较低；本专利技术开发的kasp引物组合具有良好的应用价值，可实现对三七的人参皂苷rg1含量性状的预先选择和分子辅助育种，对于三七的人参皂苷rg1含量育种的遗传改良进程，提高育种选择效率具有重要的理论和实践指导意义。
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1.检测与三七中人参皂苷Rg1含量相关的SNP分子标记的试剂盒在三七中人参皂苷Rg1含量性状育种中的应用，其特征在于：所述的SNP分子标记为SNP6-117625901，位于Chr11染色体第117625901位碱基，其突变类型为C/T。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述SNP6-117625901中，TT基因型的人参皂苷Rg1含量高于CC/CT基因型。
3.用于检测与三七中人参皂苷Rg1含量相关的SNP分子标记的KASP引物对在三七中人参皂苷Rg1含量性状育种中的应用，其特征在于：所述KASP引物包括用于检测所述SNP6-117625901的上游引物SNP6-F1和SNP6-F2，下游引物SNP6-R。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，
5.一种检测三七中人参皂苷Rg1含量高低的方法，其特征在于：包括如下步骤：
6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述PCR扩增的程序为：95℃预变性10min；95℃变性20sec；61～55℃退火40sec，每一个循环降低0.6℃，10个循环；95℃变性
7.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述荧光定量PCR扩增的体系为：15ng/μL的DNA模板1μL；2×KASP Master mix 1μL；KASP混合引物0.01μL，其中上游引物SNP6-F1、上游引物SNP6-F2和下游引物SNP6-R的体积比为1:1:3。
...【技术特征摘要】
1.检测与三七中人参皂苷rg1含量相关的snp分子标记的试剂盒在三七中人参皂苷rg1含量性状育种中的应用，其特征在于：所述的snp分子标记为snp6-117625901，位于chr11染色体第117625901位碱基，其突变类型为c/t。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述snp6-117625901中，tt基因型的人参皂苷rg1含量高于cc/ct基因型。
3.用于检测与三七中人参皂苷rg1含量相关的snp分子标记的kasp引物对在三七中人参皂苷rg1含量性状育种中的应用，其特征在于：所述kasp引物包括用于检测所述snp6-117625901的上游引物snp6-f1和snp6-f2，下游引物snp6-r。
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【专利技术属性】
技术研发人员：杨生超，刘冠泽，李葵秀，卢迎春，张广辉，赵艳，范伟，陈军文，李满桥，
申请(专利权)人：云南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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