【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及dna检测领域，尤其涉及一种核酸探针及利用核酸探针进行dna检测的方法。
技术介绍
1、环境dna（environmental dna，edna）检测技术是20 世纪90 年代发展起来的一项技术，该技术从水和沉积物等环境样本中提取到特定生物物种的dna，来监测特定生物物种丰富度。现阶段edna技术被用于检测多种海洋生物种类，和确定物种丰度，以取样简单和灵敏度高等优势而在生物物种监测和生物量估算等方面得到日渐广泛的应用。edna检测中需要使用多种核酸探针来捕捉和检测提取到的edna，为满足高灵敏度的检测需求，需要在核酸的碱基、糖环、磷酸二酯键、3’端、5’端以及核苷酸与核苷酸的各种连接位点进行化学修饰，来实现核酸探针的不同功能化。
2、氮杂二苯基环辛炔(dibenzoazacyclooctyne, dbco，如下式（1）所示）类化合物由于具有好的化学稳定性、更低的环张力以及更高的反应活性，可与叠氮类官能团(azide)在室温下进行高效的点击化学反应(click chemistry)，在对edna的检测核酸探针的设计中占有了重要地位。
3、（1）
4、然而目前核酸3’端修饰氮杂二苯基环辛炔类化合物的核酸探针仍未见报道，因此目前的核酸探针以及利用探针进行dna检测的方法仍有待改进。
技术实现思路
1、针对上述尚无核酸3’端修饰氮杂二苯基环辛炔的核酸探针以及利用该探针进行dna检测的问题，本专利技术提供了一种核酸探针以及dna检测方法，该探
2、为了实现上述目的，本专利技术一方面提供一种核酸探针。该核酸探针用于环境dna检测，其中：所述核酸探针的3’端修饰有氮杂二苯基环辛炔，所述核酸探针是通过修饰有氮杂二苯基环辛炔结构的固相载体得到的，所述固相载体为修饰有氮杂二苯基环辛炔结构的多孔玻璃微球，且具有如下结构：
3、，
4、所述多孔玻璃微球的表面修饰官能团为伯氨基。
5、本专利技术的核酸探针采用氮杂二苯基环辛炔修饰的固相载体获得3’端修饰有氮杂二苯基环辛炔的核酸，该固相载体由于在溶液中的浸润性较好，提升了3’端修饰氮杂二苯基环辛炔核酸的合成效果，弥补缺少核酸3’端修饰氮杂二苯基环辛炔产品的问题，为核酸检测提供了更多的探针修饰种类，拓展了核酸检测范围。
6、根据本专利技术的实施例，核酸探针是由一种或多种核苷酸合而成的聚核苷酸。
7、根据本专利技术的实施例，所述核苷酸包括以下的至少之一：糖环上修饰的天然及非天然核酸，所述糖环为：天然脱氧核糖、天然核糖、2’-甲氧基取代的脱氧核糖、2’-氟取代的脱氧核糖、2’-甲氧基乙基取代的脱氧核糖、2’-甲胺基-2-氧乙基取代的脱氧核糖、2’-炔丙氧基取代的脱氧核糖、2’-丁氧基取代的脱氧核糖、2’-己氧基取代的脱氧核糖、2’-辛氧基取代的脱氧核糖、2’-癸氧基取代的脱氧核糖、2’-十二烷基氧基取代的脱氧核糖、2’-十四烷基氧基取代的脱氧核糖、2’-十六烷基氧基取代的脱氧核糖、2’-十八烷基氧基取代的脱氧核糖、2’-二十烷基氧基取代的脱氧核糖、2’-氧基-4’碳基亚甲基锁构型的脱氧核糖、2’-氧基-4’碳基乙烯基锁构型的脱氧核糖、2’-氧基-4’碳基-s-构型乙基锁构型的脱氧核糖、2’-氧基-4’碳基-r-构型乙基锁构型的脱氧核糖、2’-氟取代的阿拉伯糖、2’-甲氧基取代的阿拉伯糖、l-构型脱氧核糖、l-构型核糖、3’和5’链接翻转的脱氧核糖或者3’和5’链接翻转的核糖；
8、碱基上修饰的天然及非天然核酸，所述碱基为：尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、腺嘌呤、鸟嘌呤、次黄嘌呤、5-甲基胞嘧啶、5-羟甲基胞嘧啶、6-甲基腺嘌呤、2,6-二氨基嘌呤、2-硫代尿嘧啶、4-硫代尿嘧啶、二氢尿嘧啶、四氢尿嘧啶、假尿苷或者n-甲基假尿苷；
9、连接单元上修饰的天然及非天然核酸，所述连接单元为：外消旋的硫代磷酸二酯键、r构型的硫代磷酸二酯键、s构型的硫代磷酸二酯键、次磷酸单甲酯、次磷酸单乙酯、次磷酸单丙酯、次磷酸单丁酯、次磷酸单戊酯、次磷酸单己酯、次磷酸单庚酯或者次磷酸单辛酯；
10、连接核苷及磷酸的非天然结构修饰核酸：2’，3’-双脱氧-β-d-吡喃葡萄糖基，其中碱基在6-β位；2-羟甲吗啉，其中碱基在6-位； 1-羟基 -s -2-羟基-3-亚甲基单元，其中碱基在3-位；1-羟基-r-2-羟基-3-亚甲基单元，其中碱基在3-位；s-1，3-二羟甲基-2-亚甲基单元，其中碱基在2-位； r-1，3-二羟甲基-2-亚甲基单元，其中碱基在2-位；解锁核酸单元，其结构为2’和3’之间没有化学键的类rna结构，其中碱基在1’-β位。
11、根据本专利技术的实施例，所述聚核苷酸的长度为2-240个核苷酸。
12、根据本专利技术的实施例，所述聚核苷酸的长度为20-160个核苷酸。
13、在本专利技术的第二方面，本专利技术提出了一种利用前面所述的核酸探针进行dna检测的方法。该方法包括：提供核酸探针，所述核酸探针为前面所述的；将所述待测样品和所述核酸探针混合进行杂交反应；捕捉经过所述杂交反应的核酸探针，并计算确定所述待测样品中待检测的dna含量。
14、根据本专利技术的实施例，所述提供核酸探针包括根据待测样品中待检测的dna设计核酸探针，所述提供核酸探针包括以下步骤：确定所述待检测的dna的检测区域，并选择标记序列；根据所述标记序列确定所述核酸探针的序列，进行合成核苷酸并修饰，所述合成核苷酸并修饰包括：采用修饰有氮杂二苯基环辛炔结构的固相载体得到3’端修饰氮杂二苯基环辛炔的所述核酸探针。
15、根据本专利技术的实施例，所述固相载体是通过以下步骤获得的：提供含氮杂二苯基环辛炔结构化合物；将所述含氮杂二苯基环辛炔结构化合物与多孔玻璃微球混合并在所述多孔玻璃微球和所述含氮杂二苯基环辛炔结构化合物之间形成连接单元，所述多孔玻璃微球表面为经过氨基修饰的，所述连接单元是由丁二酰胺、3-氨基-1,2-丙二醇和二甘醇酯形成的。
16、根据本专利技术的实施例，所述多孔玻璃微球的粒径为10-100微米，微孔孔径为500-2000埃。通常情况下，微孔孔径越小，负载量越大，能合成的核酸越多，长度越短，微孔孔径越大，能合成较长的核酸，但总量较少。以上技术方案，通过选择合适的微球粒径、微孔孔径，使得核酸合成收率和负载量均处于较优的水平。
17、根据本专利技术的实施例，所述多孔玻璃微球的表面修饰的含有氮杂二苯基环辛炔结构的化合物的负载量为30-120微摩尔/克。
18、通过上述技术方案，本专利技术实现了以下有益效果：
19、本专利技术通过特定的固相载体实现了3’端修饰氮杂二苯基环辛炔的核酸探针的制备，固相载体以丁二酰胺，3-氨基-1,2-丙二醇和二甘醇酯结构作为连接单元，将氮杂二苯基环辛炔修饰在多孔玻璃微球上，相较于传统固相载体，在用于dna、rna、含有非天然本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种核酸探针，其特征在于，该核酸探针用于环境DNA检测，其中：
2.根据权利要求1所述的核酸探针，其特征在于，所述核酸探针是由一种或多种核苷酸合而成的聚核苷酸。
3.根据权利要求2所述的核酸探针，其特征在于，所述核苷酸包括以下的至少之一：
4.根据权利要求2或3所述的核酸探针，其特征在于，所述聚核苷酸的长度为2-240个核苷酸。
5.根据权利要求4所述的核酸探针，其特征在于，所述聚核苷酸的长度为20-160个核苷酸。
6.一种利用权利要求1-5任一项所述的核酸探针进行DNA检测的方法，其特征在于，包括：
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述提供核酸探针包括根据待测样品中待检测的DNA设计核酸探针，所述提供核酸探针包括以下步骤：
8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述固相载体是通过以下步骤获得的：
9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述多孔玻璃微球的粒径为10-100微米，微孔孔径为500-2000埃。
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于
...【技术特征摘要】
1.一种核酸探针，其特征在于，该核酸探针用于环境dna检测，其中：
2.根据权利要求1所述的核酸探针，其特征在于，所述核酸探针是由一种或多种核苷酸合而成的聚核苷酸。
3.根据权利要求2所述的核酸探针，其特征在于，所述核苷酸包括以下的至少之一：
4.根据权利要求2或3所述的核酸探针，其特征在于，所述聚核苷酸的长度为2-240个核苷酸。
5.根据权利要求4所述的核酸探针，其特征在于，所述聚核苷酸的长度为20-160个核苷酸。
6.一种利用权利要求1-5任一项所述的核酸探针进行dna检测...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘广兴，马彬，孟思纹，孙亚伟，
申请(专利权)人：青岛聚点儿科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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