【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学及遗传育种领域，具体涉及一组基于豁眼鹅snp分析获得的种质相关的候选基因。
技术介绍
1、豁眼鹅作为我国优良地方鹅种质资源，其选育过程是由昌图县群众自发从当地眼有豁、产蛋多白羽鹅中，逐年选留做种用，后经铁岭市原种场系统选育而成的，具有产蛋多、无抱性、繁殖力高、抗严寒、抗病力强等优良特性。
2、综合单倍型纯合度评分(ihs)方法可以灵敏地检测正选择信号和近期选择，可用来揭示选择信号背后的功能基因。随着全基因组测序技术的发展以及鹅染色体水平参考基因组的组装完成，使得通过采用全基因组范围内二代重测序的技术手段，检测鹅种质资源各染色体上的基因组序列变异成为可能。
3、专利技术目的
4、本专利技术的目的是针对现有技术的上述不足，提供一组基于豁眼鹅snp分析获得的种质相关的候选基因，所述候选基因包括以下任意一种：trio，zeb1，dner，pten，elp3，sox6，jag2，ncor2，aak1，wdr48，mms19，ercc6，sesn3，sesn2，bcl2，atm，其基因的核苷酸序列分别如seq id no：1-16所示。
5、优选地，所述候选基因被富集的通路如下：
6、trio，zeb1，elp3，sox6被富集到中枢神经通路；
7、jag2，ncor2，aak1被富集到notch表面蛋白结合通路；
8、wdr48，mms19，ercc6，富集到正向调节双链断裂修复通路；
9、sesn3，sesn2，bcl
10、dner被同时富集到中枢神经通路和notch表面蛋白结合通路；
11、pten被同时富集到中枢神经通路和p53信号通路。
12、优选地，所述候选基因的筛选步骤如下：
13、s1、提取豁眼鹅血液样本中的dna样品，将总量大于1μg的基因组dna使用通用型文库构建试剂盒经破碎仪随机打断成300-350bp的片段，经过末端修复、加a尾并连接测序接头，用sp beads筛选300-350bp的dna，通过扩增与纯化，构建测序文库；
14、s2、使用fastp命令对原始测序碱基进行数据过滤，通过bwa0.7.17软件将过滤后的数据比对到参考基因组上，利用samtools1.7排序并构建索引，使用gatk 4.1.8.0软件自带的模块对bam文件进行去重，基于bam文件统计样品的总片段数、比对片段数、比对率、测序深度、基因组覆盖度；
15、s3、使用shapeit2.12软件将vcf文件进行基因型定相，采用rehh2.0.4包中的的综合单倍型纯合度评分ihs方法对豁眼鹅群体1-39号常染色体进行全基因组选择信号检测；
16、s4、将超出ihs值>2和ihs值＜-2的位点作为豁眼鹅群体受到选择的位点，然后利用annovar软件对受选择的snp位点进行基因注释，注释到的候选基因通过在线富集工具进行go和kegg功能富集分析，获得候选基因。
17、与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：
18、本专利技术从全基因组水平系统解析了豁眼鹅群体snp分子特征，能够应用于豁眼鹅种质相关候选基因的筛选、分子标记辅助选择育种、基因定位、全基因组选择、群体遗传学、群体进化等研究。
技术实现思路
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.一组基于豁眼鹅SNP分析获得的种质相关的候选基因，其特征在于，所述候选基因包括以下任意一种：TRIO，ZEB1，DNER，PTEN，ELP3，SOX6，JAG2，NCOR2，AAK1，WDR48，MMS19，ERCC6，SESN3，SESN2，BCL2，ATM，其基因的核苷酸序列分别如SEQ ID NO：1-16所示。
2.根据权利要求1所述的一组基于豁眼鹅SNP分析获得的种质相关的候选基因，其特征在于，所述候选基因被富集的通路如下：
3.一组基于豁眼鹅SNP分析获得的种质相关的候选基因，其特征在于，所述候选基因的筛选步骤如下：
【技术特征摘要】
1.一组基于豁眼鹅snp分析获得的种质相关的候选基因，其特征在于，所述候选基因包括以下任意一种：trio，zeb1，dner，pten，elp3，sox6，jag2，ncor2，aak1，wdr48，mms19，ercc6，sesn3，sesn2，bcl2，atm，其基因的核苷酸序...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵洪昌，王健，孙国波，穆晓恵，杨颖，李晓鸣，王军，赵孟丽，张干生，纪荣超，
申请(专利权)人：江苏农牧科技职业学院，
类型：发明
国别省市：
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