【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子遗传标记，具体涉及一种分子标记位点辅助检测水牛生长性状的方法及其应用。
技术介绍
1、水牛是热带亚热带地区一种重要的家畜，在许多国家的畜牧业和农业经济中发挥着举足轻重的作用，为至少67个国家的人们提供肉与奶。水牛全身都是宝，一宝是水牛奶，水牛奶占世界牛奶总供应量的15％以上，且与其他牛奶相比，水牛奶中含有更多的脂肪、乳糖、蛋白质和矿物质，常用作制作黄油、高品质奶酪和其它高品质乳制品的原料；二宝是水牛肉，与其他牛肉相比，其脂肪和胆固醇含量更少；三是水牛皮，水牛皮可用于制作高质量的皮革制品。我国是水牛养殖的第三大国，养殖区域主要分布于我国南方地区，所述水牛具有耐粗饲、耐湿、耐热、抗病、乳制品营养价值高等特点，因其种群的生产性能较低，从上世纪50年代开始引进乳用的河流型水牛对本地沼泽型水牛进行遗传改良，但与其他黄牛物种相比，水牛在科学研究方面的研究差距还很大，亟待继续通过品种改良或育种获得水牛较好的生长性状，以提高其经济价值。
2、育种的根本目的是为了选择表现优势性状的有利基因或有利基因型。由于水牛的生长性状主要为数量性状，是多个微效基因共同作用控制的，在育种过程中受环境影响大且杂交后的分离世代不能明确分组，而传统动物育种实质上是通过多次选种、选配以及其它一些育种技术手段，使随机交配群体产生基因频率的动态平衡遭到打破，从而实现提高有利基因型(或有利基因)在群体中出现频率的目的，所以按传统动物育种方法对水牛进行育种需要的育种周期长且效果差。目前，水牛育种利用研究相关基因的多态性与生长性状之间的关联性可对水牛
3、但水牛分子标记位点辅助研究相对较少，相关分子标记位点尚未被挖掘等原因阻碍水牛育种技术。
4、公开于该
技术介绍
部分的信息仅仅旨在增加对本专利技术的总体背景的理解，而不应当被视为承认或以任何形式暗示该信息构成已为本领域一般技术人员所公知的现有技术。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种分子标记位点辅助检测水牛生长性状的方法及其应用，旨在克服在水牛选育时，可供使用水牛生长性状关联的分子标记位点较少，导致水牛选种或/和育种周期长和效果差。
2、为实现上述目的，本专利技术提供了一种与水牛生长性状关联的分子标记，所述分子标记位于ncbi数据库上水牛参考序列xm_044935926第247个碱基，所述碱基为c或t，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1；其中，所述seq id no.1具体如下：
3、aggcacctcctcttcatctagttggcctcaggcccctggaggagtgtggctggcgactgaaattcaacctgggaataaacttgtgtgttggtgtgtttgtcctgggggttgacataccggctctaattaacacctccgagtggcctagacactcctagactcacaaacactagggcgcactcatccaggaacagcgagatcacatagtcagggctgggacccagtgggtgggctctctggcttcttctgcaactcctgcccacaatgatttctaatgcactgagggctgggcctccacggcacgccccctaggccatctcccagtcgcaagaagggaccagcccagaccaacccactggagttcatgataagtgagagcagactggagacctctggggctctgatgagagagtctccccatgcacacagccccctacaagcgatcctgggaggctccaagcgcttggccactcagaccagaaagatttcctgcgctccaaccaaagccttcatcacatttttcctggttcgggagccctgctagctgaaggggagcacctggaaatctccacgaccctaccacccacccccagaatgaaaaccttaaagaaacagtggttagaaatactgagcacctaccaatacgtgctctgtttctgcttcctgggtggaaggcgaaatcagtgg。
4、优选地，上述技术方案中，所述分子标记关联的生长性状包括水牛的十字部高和体斜长。
5、优选地，上述技术方案中，所述分子标记的优势基因型个体是tt基因型个体；原理是：tt基因型个体水牛的十字部高优于ct基因型个体水牛的十字部高且具有差异显著水平，tt基因型个体水牛的体斜长优于cc基因型个体水牛的体斜长具有差异显著水平。
6、一种用于扩增如上所述分子标记的核苷酸序列的pcr扩增引物，所述pcr扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物具体如seq id no.2所示，所述反向引物具体如seq id no.3所示，其中，
7、seq id no.2为f5′-aggcacctcctcttcatct-3′；
8、seq id no.3为r5′-tggaaggcgaaatcagtgg-3′。
9、一种如上所述的pcr扩增引物被用于检测与水牛生长性状关联的分子标记的试剂盒中。
10、一种如上所述的pcr扩增引物在水牛育种中的应用。
11、一种分子标记位点辅助检测水牛生长性状的方法，对待选育水牛的核苷酸序列进行测序，根据测序结果对所述分子标记进行基因分型，选择保留携带优势基因型的水牛个体开展选种或/和育种工作。
12、优选地，上述技术方案中，所述方法包括以下步骤：
13、(1)根据分子标记的核苷酸序列seq id no.1设计扩增引物，所述扩增引物由正向引物和反向引物组成；
14、(2)利用所述扩增引物，以待选育水牛血液基因组dna作为模板进行pcr扩增，获得扩增产物；
15、(3)对扩增产物进行测序，按测序结果对所述分子标记进行基因分型，选择保留携带优势基因型的水牛个体开展选种或/和育种工作。
16、优选地，上述技术方案中，在步骤s3中，所述对扩增产物进行测序，根据测序结果对所述分子标记进行基因分型，选择保留携带优势基因型的水牛个体开展选种或/和育种工作，具体为：
17、(1)对扩增产物进行测序，按测序结果对所述分子标记进行基因分型，分为cc基因型、ct基因型和tt基因型；
18、(2)根据多态性和水牛生长性状的关联性分析获得tt基因型个体水牛的十字部高优于ct基因型个体水牛的十字部高，tt基因型个体水牛的体斜长优于cc基因型个体水牛的体斜长，得出tt基因型个体是优势基因型个体；
19、(3)选择保留携带tt基因型的水牛个体开展选种或/和育种工作。
20、一种如上所述分子标记位点辅助检测水牛本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与水牛生长性状关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记位于NCBI数据库上水牛参考序列XM_044935926第247个碱基，所述碱基为C或T，所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1。
2.根据权利要求1所述与水牛生长性状关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记关联的生长性状包括水牛的十字部高和体斜长。
3.根据权利要求2所述与水牛生长性状关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记的优势基因型个体为TT基因型个体。
4.一种用于扩增如权利要求1所述分子标记的核苷酸序列的PCR扩增引物，所述PCR扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物具体如SEQ ID NO.2所示，所述反向引物具体如SEQ ID NO.3所示。
5.一种如权利要求4所述的PCR扩增引物被用于检测与水牛生长性状关联的分子标记的试剂盒。
6.一种如权利要求4所述的PCR扩增引物在水牛育种中的应用。
7.一种分子标记位点辅助检测水牛生长性状的方法，其特征在于，对待选育水牛的核苷酸序列进行测序，根据测序结果对所述分子标记进行基因
8.根据权利要求7所述分子标记位点辅助检测水牛生长性状的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
9.根据权利要求8所述分子标记位点辅助检测水牛生长性状的方法，其特征在于，在步骤S3中，所述对扩增产物进行测序，根据测序结果对所述分子标记进行基因分型，选择保留携带优势基因型的水牛个体开展选种或/和育种工作，具体为：
10.如权利要求7-9任一所述分子标记位点辅助检测水牛生长性状的方法在水牛选种或/和育种中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种与水牛生长性状关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记位于ncbi数据库上水牛参考序列xm_044935926第247个碱基，所述碱基为c或t，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no.1。
2.根据权利要求1所述与水牛生长性状关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记关联的生长性状包括水牛的十字部高和体斜长。
3.根据权利要求2所述与水牛生长性状关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记的优势基因型个体为tt基因型个体。
4.一种用于扩增如权利要求1所述分子标记的核苷酸序列的pcr扩增引物，所述pcr扩增引物包括正向引物和反向引物，所述正向引物具体如seq id no.2所示，所述反向引物具体如seq id no.3所示。
5.一种如权利要求4所述的pcr扩增引物被用于检测与水牛生长性状...
【专利技术属性】
技术研发人员：鄢胜飞，邹超霞，覃广胜，诸葛莹，于农淇，黄荣春，曾令湖，李厅厅，梁莎莎，潘伟军，卢瑛，
申请(专利权)人：广西壮族自治区水牛研究所，
类型：发明
国别省市：
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