【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子标记，具体涉及一种用于鉴定水稻粒长的kasp分子标记引物及其应用。
技术介绍
1、水稻作为最主要的口粮作物，世界上超过一半的人口以大米为主食。随着生活水平的提高，人们对稻米的品质要求也越来越高，越来越多的人更追求具有细长型、外观晶莹透明、有香味、口感好等特性的优质稻米。水稻粒型是水稻产量的重要决定因素，同时也直接影响稻米的品质和商品价值。由于长粒型稻谷的胚乳灌浆物质较充实、垩白较少，外观品质和经济价值好。因此，增加粒长和长宽比，培育优质长粒型品种是水稻育种的重要目标。
2、目前，在已克隆的水稻粒型基因中，主要有gs3、gw8和gl7等基因在育种上进行重点利用。针对gs3变异的功能突变位点先后开发了caps标记sf-28，m-gs3以及kasp分子标记；针对gw8启动子区域的多态性先后开发了indel和kasp分子标记。wang等以四川栽培稻p13为材料，定位并克隆到了一个控制水稻粒长的主效qtl位点gl7，其编码一种longifolia蛋白，该位点有1个17.1kb片段的串联复制导致gl7基因表达的上调和附近负调节因子下调，从而起到正向调控水稻粒长和负调控粒宽的作用，导致水稻粒长增加和提升籽粒外观品质。针对gl7基因开发的分子标记中，王跃星等根据gl7拷贝数的变异位点，设计了一个显性分子标记，用于长粒基因gl7的分子标记辅助选择育种(王跃星、钱前、李家洋等，2014)；然而该显性分子标记检测gl7基因型的方法不仅需要进行pcr扩增和琼脂糖凝胶电泳，检测过程费时费力，并不适用于高通量检测，且不能区分纯
技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供一种用于鉴定水稻粒长的kasp分子标记引物，借助该kasp分子标记引物进行kasp分型，可快速高效准确的获取该水稻样本的粒长性状，对于选育长粒优质育种材料或品种具有重要意义。
2、为了达到上述目的，本专利技术提供了一种水稻粒长的kasp分子标记在鉴定水稻粒长性状中的应用，该kasp分子标记为在水稻gl7基因的第3039位碱基类型为c/t，当该位点的碱基类型为c时，该水稻为长粒性状；当该位点的碱基类型为t时，该水稻为非长粒性状。
3、本专利技术还提供了一种用于鉴定水稻粒长的kasp分子标记引物，该kasp分子标记引物包含核苷酸序列如seq id no.1和2所示的两条正向引物，和如seq id no.3所示的一条通用反向引物。
4、优选地，上述正向引物的5'端连接有荧光基团fam或hex。
5、优选地，上述核苷酸序列如seq id no.1所示的正向引物的5'端连接有荧光分子fam，核苷酸序列如seq id no.2所示的正向引物的5'端连接有荧光分子hex。
6、本专利技术提供的kasp分子标记引物可用于制备一种鉴定水稻粒长性状的试剂盒。
7、本专利技术提供的kasp分子标记引物可用于水稻育种，还可用于长粒水稻品系的创制。
8、本专利技术还提供了一种用于鉴定水稻粒长性状的试剂盒，该试剂盒包含上述的3条kasp分子标记引物。
9、本专利技术还提供了一种水稻粒长性状的鉴定方法，通过上述的3条kasp分子标记引物对待测水稻的全基因组dna进行pcr扩增，当检测结果的基因型为c:c或c:t时，该水稻为长粒性状；当检测结果的基因型为t:t时，该水稻为非长粒性状。
10、优选地，上述的pcr扩增，其pcr反应条件为：94℃ 15min；94℃ 20s，65℃～57℃ lmin，每个循环降0.8℃，共10个循环；94℃ 20s，57℃ l min，共30个循环。
11、本专利技术具有以下优点：
12、本专利技术首次公开了一种用于鉴定水稻粒长性状的kasp分子标记引物，可在水稻的任意时期完成水稻粒长性状的鉴定，与现有的gl7显性分子标记相比，kasp功能分子标记gl7-kasp实验操作简单快捷，只需要进行pcr检测，检测过程无需使用核酸染料，对环境无污染，对人体无危害，具有较好应用前景。
13、本专利技术提供的分子标记引物可用于预测育种材料的粒型，对育种材料进行准确筛选，不仅提高了水稻长粒优质品种的遗传改良效率，可以用于水稻育种中，尤其用于优质水稻的选育，对于选育长粒优质育种材料或品种具有重要意义。
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1.一种水稻粒长的KASP分子标记在鉴定水稻粒长性状中的应用，其特征在于，该KASP分子标记为在水稻GL7基因的第3039位碱基类型为C/T，当该位点的碱基类型为C时，该水稻为长粒性状；当该位点的碱基类型为T时，该水稻为非长粒性状。
2.一种用于鉴定水稻粒长的KASP分子标记引物，其特征在于，该KASP分子标记引物包含核苷酸序列如SEQ ID NO.1和2所示的两条正向引物，和如SEQ ID NO.3所示的一条通用反向引物。
3.根据权利要求2所述的KASP分子标记引物，其特征在于，所述正向引物的5'端连接有荧光基团FAM或HEX。
4.根据权利要求3所述的KASP分子标记引物，其特征在于，所述核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示的正向引物的5'端连接有荧光分子FAM，所述核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的正向引物的5'端连接有荧光分子HEX。
5.由权利要求2～4中任意一项所述的KASP分子标记引物在制备用于鉴定水稻粒长性状试剂盒中的应用。
6.如权利要求2～4中任意一项所述的KASP分子标记引物在水稻育种中的应
7.如权利要求2～4中任意一项所述的KASP分子标记引物在长粒水稻品系创制中的应用。
8.一种用于鉴定水稻粒长性状的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2～4中任意一项所述的KASP分子标记引物。
9.一种水稻粒长性状的鉴定方法，其特征在于，通过权利要求2～4中任意一项所述的KASP分子标记引物对待测水稻的全基因组DNA进行PCR扩增，当检测结果的基因型为C:C或C:T时，该水稻为长粒性状；当检测结果的基因型为T:T时，该水稻为非长粒性状。
10.根据权利要求9所述的鉴定方法，其特征在于，所述的PCR扩增，其PCR反应条件为：94℃15min；94℃20S，65℃～57℃l min，每个循环降0.8℃，共10个循环；94℃20S，57℃lmin，共30个循环。
...【技术特征摘要】
1.一种水稻粒长的kasp分子标记在鉴定水稻粒长性状中的应用，其特征在于，该kasp分子标记为在水稻gl7基因的第3039位碱基类型为c/t，当该位点的碱基类型为c时，该水稻为长粒性状；当该位点的碱基类型为t时，该水稻为非长粒性状。
2.一种用于鉴定水稻粒长的kasp分子标记引物，其特征在于，该kasp分子标记引物包含核苷酸序列如seq id no.1和2所示的两条正向引物，和如seq id no.3所示的一条通用反向引物。
3.根据权利要求2所述的kasp分子标记引物，其特征在于，所述正向引物的5'端连接有荧光基团fam或hex。
4.根据权利要求3所述的kasp分子标记引物，其特征在于，所述核苷酸序列如seq idno.1所示的正向引物的5'端连接有荧光分子fam，所述核苷酸序列如seq id no.2所示的正向引物的5'端连接有荧光分子hex。
5.由权利要求2～4中任意一项所述的kasp分子标记...
【专利技术属性】
技术研发人员：胡彬华，王平，蒲志刚，何志渊，白玉路，王兰英，
申请(专利权)人：四川省农业科学院生物技术核技术研究所，
类型：发明
国别省市：
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