【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学、基因组学、作物遗传育种，更具体的说是鉴定嘉定蚕豆地方资源的分子标记体系及其应用。
技术介绍
1、蚕豆(viciafabal.2n＝12)又名佛豆、胡豆、罗汉豆等，是豆科蝶形花亚科巢菜属(vicia l.)一年生(春播)或越年生(秋播)草本植物。蚕豆是重要的蛋白来源植物，干籽粒蚕豆蛋白质含量在24％～35％，淀粉含量在33.2％～53.4％，内含人体必须的8种氨基酸，其中赖氨酸最为丰富，含有多种维生素，并富含钙、锌等矿物质，不含胆固醇。蚕豆具有促进骨骼发育、预防心血管疾病、延缓动脉硬化以及预防肠癌等作用。蚕豆芽菜富含活性蛋白、多酚物质和膳食纤维，这些有利于自由基清除，可以提高免疫力。因此，蚕豆作为新鲜蔬菜或干籽粒在可食用豆类产业中占有非常重要的地位。
2、嘉定白皮蚕豆，又名大白蚕豆(后文简称嘉定白蚕豆)，是上海市嘉定区的名特产蔬菜之一，早在清光绪年间就有记载。嘉定的蚕豆具有白皮、白肉、白眼的特征，因之被冠以嘉定“三白”的美誉。又因其豆瓣饱满、豆皮薄嫩的特点，立夏前后一直是具有当地特色的时令蔬菜。成熟后，籽粒“白皮、白肉、白眼”的“三白”特征更为明显。20世纪50年代，嘉定白蚕豆曾作为名优产品参加上海市和全国的农展会，1959年还送印度新德里国际博览会展出。在上海市第三次全国农作物种质资源普查与收集行动中，嘉定白蚕豆被认定为上海市地方特色农作物种质资源。
3、嘉定白蚕豆是嘉定蚕豆地方资源中具有“白皮、白眼、白肉”
4、特征的一部分，是嘉定蚕豆地方资源中少量位点的突变形成的
5、提供一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的分子标记体系，是鉴定嘉定蚕豆地方资源，从而鉴定嘉定白蚕豆的有效方法，是本领域技术人员亟需解决的问题。
技术实现思路
1、有鉴于此，本专利技术提供了鉴定嘉定蚕豆地方资源的分子标记体系及其应用。
2、为了实现上述目的，本专利技术采用如下技术方案：
3、一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的snp分子标记，所述snp分子标记的信息如表1所示，含有18个snp分子标记。表1中的位点组合的物理位置信息基于蚕豆参考基因组序列(版本：hedin/2，网址：https://projects.au.dk/fabagenome/genomics-data)
4、比对确定。
5、优选的，所述18个snp分子标记组合通过下述方法获得：
6、(1)基于142份蚕豆种质资源材料简化基因组测序结果，鉴定出30984个snp位点；(2)过滤掉最小等位基因频率maf≤0.05和缺失数据比例大于20％的snp位点；(3)将蚕豆基因组采取滑窗(100kb)的方法，计算了fst(群体间遗传分化指数)。定义fst超过基因组fst95％置信区间的为高分化区间。从高分化区间中筛选，具体标准如下：fst值≥0.12的snp；为了考虑到染色体分布的均匀性，两个snp间的距离超过100kb；每条染色体选择2或3个snp标记。共筛选到18个snp标记。
7、本专利技术的再一目的在于提供：一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的引物对组合，所述引物对组合可检测上述snp分子标记，且所述引物对组合的核苷酸序列如seq id no.1-seqid no.36所示。
8、本专利技术的再一目的在于提供：一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的产品，所述产品包括上述引物对组合。
9、本专利技术的再一目的在于提供：上述snp分子标记或者上述引物对组合或者上述产品在鉴定嘉定蚕豆地方资源中的应用。
10、本专利技术的再一目的在于提供：上述snp分子标记或者上述引物对组合或者上述产品在研究蚕豆种质资源遗传多样性中的应用。
11、本专利技术的再一目的在于提供：上述snp分子标记或者上述引物对组合或者上述产品在研究蚕豆种质资源亲缘关系中的应用。
12、经由上述的技术方案可知，与现有技术相比，本专利技术公开提供了鉴定嘉定蚕豆地方资源的分子标记体系，本专利技术鉴定嘉定蚕豆地方资源的snp分子标记的信息如表1所示，扩增所述snp分子标记的引物对组合核苷酸序列如seq id no.1-seq id no.36所示。利用本专利技术snp分子标记可以准确鉴定出嘉定蚕豆地方资源，对于保护嘉定白蚕豆这一优异地方资源具有重要意义。
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1.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的信息如表1所示。
2.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的引物对组合，其特征在于，所述引物对组合可检测权利要求1所述SNP分子标记，且所述引物对组合的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.36所示。
3.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的产品，其特征在于，所述产品包括权利要求2所述的引物对组合。
4.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的方法，其特征在于，利用权利要求2所述引物对组合或者利用权利要求3或4所述产品对蚕豆样品进行检测，当检测结果与权利要求1所述SNP分子标记吻合时，鉴定为嘉定蚕豆地方资源。
5.权利要求1所述SNP分子标记或者权利要求2所述引物对组合或者权利要求3或4所述产品在研究蚕豆种质资源遗传多样性中的应用。
6.权利要求1所述SNP分子标记或者权利要求2所述引物对组合或者权利要求3或4所述产品在鉴定嘉定蚕豆地方资源中的应用。
【技术特征摘要】
1.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的信息如表1所示。
2.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的引物对组合，其特征在于，所述引物对组合可检测权利要求1所述snp分子标记，且所述引物对组合的核苷酸序列如seq id no.1-seq id no.36所示。
3.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源的产品，其特征在于，所述产品包括权利要求2所述的引物对组合。
4.一种鉴定嘉定蚕豆地方资源...
【专利技术属性】
技术研发人员：杨华，夏辉，王磊，龙萍，韩静，刘鸿艳，牛婷婷，
申请(专利权)人：上海市农业生物基因中心，
类型：发明
国别省市：
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