【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及微生物检测，尤其涉及一种用于检测志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌的lamp引物组合物及其应用。
技术介绍
1、志贺菌是人类细菌性痢疾的病原菌，其发病率和死亡率居感染性腹泻之首。福氏志贺菌和宋内志贺菌是流行志贺菌的主要型别。据估计，全球范围内约89.6％的志贺菌感染是由福氏志贺菌和宋内志贺菌造成的(livio s,strockbine na,panchalingam s,tennant sm,barry em,et al.shigella isolates from the global entericmulticenter study inform vaccine development.clin infect dis 2014；59:933941)。根据1991-2000年的统计数据显示，我国主要流行的志贺菌是福氏志贺菌，占比为86％，其中优势血清型为2a，占福氏分离株的80％；宋内志贺菌占12％(wang xy,tao f,xiao d,leeh,deen j,gong j,zhao y,zhou w,li w,shen b et al:trend and disease burden ofbacillary dysentery in china(1991-2000).bulletin of the world healthorganization 2006,84(7):561-568)。但是近年来，宋内志贺菌的分离率逐年上升，在一些省份，已经成为优势血清型。在一个基于全国哨点医院的2003年至2013年监测数据显示
2、肠侵袭性大肠埃希菌(enteroinvasive escherichia coli,eiec)是五类致泻性大肠埃希菌中的一种。eiec引起的腹泻的症状比志贺菌感染造成的腹泻要轻，但是这种病原菌在全球范围内都可检测到。尽管eiec的发病率较低，但eiec某些血清型可引起暴发事件(herzig cta,fleischauer at,lackey b,lee n,lawson t,et al.notes from thefield:enteroinvasive escherichia coli outbreak associated with a potluckparty-north carolina,june-july 2018.mmwr morb mortal wkly rep 2019；68:183184；pettengill ea,hoffmann m,binet r,roberts rj,payne j,et al.complete genomesequence of enteroinvasive escherichia coli o96:h19 associated with aseverefoodborne outbreak.genome announc 2015；3:e00883-15)。
3、因此快速有效的区分志贺菌和eiec，同时区分福氏和宋内志贺菌具有重要的公共卫生意义。
4、志贺菌和eiec亲缘关系很近，并有相似的表型特征和基因特征。如某些志贺菌和eiec都是没有动力，生化表型一致性很高。另外一些eiec菌株的o抗原与志贺菌o抗原有交叉如：o112ac，o124，o136，o143，o152和o164血清型(lan r,alles mc,donohoe k,martinezmb,reeves pr.molecular evolutionary relationships of enteroinvasiveescherichia coli and shigella spp.infect immun2004；72:50805088)。此外，志贺菌和eiec都携带致病性大质粒pinv和ipah基因，因此ipah基因这一志贺菌最常用的分子标签无法区分志贺菌和eiec。目前区分志贺菌和eiec主要基于生化反应和血清凝集，但是生化反应耗时长，且某些菌株的生化反应并不典型；血清凝集易受到细菌生长状态等条件的影响，且由于志贺菌和eiec存在血清上的交叉反应，结果判断并不准确(van den beld mj,reubsaet fa.differentiation between shigella,enteroinvasive escherichia coli(eiec)and noninvasive escherichia coli.european journal of clinicalmicrobiology&infectious diseases:official publication of the european societyof clinical microbiology 2012；31:899904)。除了表型方法，分子生物学方法也常用于志贺菌和eiec的区分，其中最常用的是lacy(lactose permease gene，乳糖渗透酶基因)基因，该基因在志贺菌中为阴性，在绝大部分的eiec中为阳性。基于该基因发展出来的普通pcr方法和荧光定量pcr方法广泛应用于区分志贺菌和eiec，但是该基因对于某些血清型的eiec，如o164血清型eiec的区分能力有限(horakova,k.,mlejnkova,h.and mlejnek,p.(2008),specific detection of escherichia coliisolated from water samplesusing polymerase chain reaction targeting four genes:cytochrome bd complex,lactose permease,β-d-glucuronidase,andβ-d-galactosidase.journal of appliedmicrobiology,105:970-976)。目前没有基于lacy基因的等温扩增方法用于区分志贺菌和eiec。
5、传统的区分福氏志贺菌和宋内志贺菌也是基于血清型方法。由于血清凝集方法本身的缺陷和血清的价格限制了基层实验室的应用本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.LAMP引物组合物，其特征在于，包括如下引物：lacY-F3、lacY-B3、lacY-FIP、lacY-BIP和lacY-LB；lacY-F3、lacY-B3、lacY-FIP、lacY-BIP和lacY-LB的核苷酸序列依次如SEQID NO.06-10所示。
2.权利要求1所述LAMP引物组合物在非疾病诊断目的的区分志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌中的应用。
3.用于区分志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述LAMP引物组合物。
4.非疾病诊断目的地区分志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌的方法，其特征在于，使用权利要求1所述LAMP引物组合物或者权利要求3所述试剂盒对待测样品进行环介导核酸等温扩增，根据环介导核酸等温扩增结果判断待测样品中的菌种类别。
5.根据权利要求4所述方法，其特征在于，肠侵袭性大肠埃希菌的环介导核酸等温扩增结果为阳性，志贺菌的环介导核酸等温扩增结果为阴性。
6.LAMP引物组合物，其特征在于，包括权利要求1所述LAMP引物组合物，还包括如下引物：IpaH-F3、IpaH-B3
7.权利要求6所述LAMP引物组合物在非疾病诊断目的地区分如下a、b、c和d类菌种中的应用；a：肠侵袭性大肠埃希菌；b：福氏志贺菌1-5型；c：宋内志贺菌I型；d：福氏志贺菌6型和宋内志贺菌II型志贺菌。
8.用于区分如下a、b、c和d类菌种的试剂盒，a：肠侵袭性大肠埃希菌；b：福氏志贺菌1-5型；c：宋内志贺菌I型；d：福氏志贺菌6型和宋内志贺菌II型志贺菌，其特征在于，包括权利要求6所述LAMP引物组合物。
9.非疾病诊断目的的区分如下a、b、c和d类菌种的方法，a：肠侵袭性大肠埃希菌；b：福氏志贺菌1-5型；c：宋内志贺菌I型；d：福氏志贺菌6型和宋内志贺菌II型志贺菌，其特征在于，使用权利要求6所述LAMP引物组合物或者权利要求8所述试剂盒对待测样品进行环介导核酸等温扩增，根据环介导核酸等温扩增结果判断待测样品中的菌种类别。
10.根据权利要求9所述方法，其特征在于，肠侵袭性大肠埃希菌为ipaH和lacY基因阳性，wzx和wbgX基因阴性；福氏志贺菌1-5型为ipaH和wzx基因阳性，lacY和wbgX基因阴性；宋内志贺菌I型为ipaH和wbgX基因阳性，lacY和wzx基因阴性，福氏志贺菌6型和宋内志贺菌II型为ipaH基因阳性，lacY、wbgX和wzx基因阴性。
...【技术特征摘要】
1.lamp引物组合物，其特征在于，包括如下引物：lacy-f3、lacy-b3、lacy-fip、lacy-bip和lacy-lb；lacy-f3、lacy-b3、lacy-fip、lacy-bip和lacy-lb的核苷酸序列依次如seqid no.06-10所示。
2.权利要求1所述lamp引物组合物在非疾病诊断目的的区分志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌中的应用。
3.用于区分志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌的试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述lamp引物组合物。
4.非疾病诊断目的地区分志贺菌和肠侵袭性大肠埃希菌的方法，其特征在于，使用权利要求1所述lamp引物组合物或者权利要求3所述试剂盒对待测样品进行环介导核酸等温扩增，根据环介导核酸等温扩增结果判断待测样品中的菌种类别。
5.根据权利要求4所述方法，其特征在于，肠侵袭性大肠埃希菌的环介导核酸等温扩增结果为阳性，志贺菌的环介导核酸等温扩增结果为阴性。
6.lamp引物组合物，其特征在于，包括权利要求1所述lamp引物组合物，还包括如下引物：ipah-f3、ipah-b3、ipah-fip、ipah-bip、ipah-lf、wzx-f3、wzx-b3、wzx-fip、wzx-bip、wzx-lf、wbg-f3、wbg-b3、wbg-fip、wbg-bip和wbg-lb；ipah-f3、ipah-b3、ipah-fip、ipah-bip、ipah-lf、wzx-f3、wzx-b3、wzx-fip、w...
【专利技术属性】
技术研发人员：金东，杨才新，
申请(专利权)人：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所，
类型：发明
国别省市：
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