一种快速鉴定落羽杉属杂交种父本的方法及引物试剂盒技术

技术编号：42491719 阅读：20 留言：0更新日期：2024-08-21 13:08

本发明专利技术涉及生物技术领域，尤其涉及一种用于鉴定落羽杉属杂交种父本的方法及引物组试剂盒。落羽杉属植物为高大乔木，耐水淹性强，在我国湿地生态环境改善、碳汇林建设、行道树应用等方面有着重要的应用价值。一些落羽杉属杂交种具有超亲优势，因此有更高的经济、生态和社会价值。然而开放授粉的种子园中筛选到的优良品系，一般难以确定父本。本发明专利技术通过提供五组引物对，SEQ ID NO.1‑2、SEQ ID NO.3‑4、SEQ ID NO.5‑6、SEQ ID NO.7‑8和SEQ ID NO.9‑10，及其配套的扩增程序，可以有效鉴定出杂交种的父本，从而为群体研究、遗传研究、实际生产应用提供便利。

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【技术实现步骤摘要】

本申请涉及生物，尤其涉及一种用于鉴定落羽杉属杂交种父本的引物组合及其应用。

技术介绍

1、落羽杉属(taxodium rich.)属于杉科(taxodiaceae)，属内包括3个种，落羽杉[taxodium distichum(linn.)rich.]、池杉(t.ascendensbrongn)和墨西哥落羽杉(t.mucronatumtenore)。落羽杉属树木均为高大乔木，由于扎根深、根系庞大，扩基快，在欧美等国广泛用于湿地造林、防风固土和填充沟壑。落羽杉属杂交种主要是落羽杉，墨西哥落羽杉，池杉3个树种种间杂交得到的具有超亲特性的无性系总称，也称为中山杉t.‘zhongshanshan’。优良的落羽杉属杂交种无性系兼具了落羽杉属树种的主要优点：生长快、耐盐碱、耐水淹、成材率好、常绿性优、观赏价值高等。目前在江苏、浙江、重庆、云南等十多个沿海、内陆省(市)累计造林示范面积超过1.9×104hm2。这些优良品种在我国未来用材林、能源林、碳汇林、休闲林和水源涵养林等营造以及沿海防护林建设、公路及城乡绿化、农田林网和滩涂造林等方面均有着巨大的应用潜力。

2、然而，对于开放式授粉种子园内筛选的优良杂交种，往往难以确认其父本来源，从而对优良品种的来源、鉴定、遗传研究等造成影响。此外，杉科树种的基因组往往非常庞大，从中筛选有效的分子标记十分困难。叶绿体基因组具有结构保守、遗传性变异小等特点，越来越广泛地应用在系统发育分析、物种界定、纯度鉴定等方面。本申请以叶绿体基因组信息为基础，开发有效标记，从而为高效鉴定落羽杉属杂交种的父本来

技术实现思路

1、本申请提供了一种用于快速鉴定落羽杉属杂交种父本的引物组合及其应用，旨在能够快速、准确鉴定落羽杉属杂交种的父本。

2、所述落羽杉属杂交种为通过开放授粉所得的自然杂交品种，其亲本需为落羽杉、池杉或墨西哥落羽杉。

3、本申请提供了用于鉴定落羽杉属杂交种父本的引物组合，所述引物组合包括引物组ls1，所述引物组ls1的核苷酸序列如seq id no.1-2所示。

4、所述引物组合还包括引物组ls2，所述引物组ls2的核苷酸序列如seq id no.3-4所示。

5、所述引物组合还包括引物组ls3，所述引物组ls3的核苷酸序列如seq id no.5-6所示。

6、所述引物组合还包括引物组ls4，所述引物组ls4的核苷酸序列如seq id no.7-8所示。

7、所述引物组合还包括引物组ls5，所述引物组ls5的核苷酸序列如seq id no.9-10所示。

8、本申请提供了鉴定落羽杉属杂交种父本的方法，所述方法包括使用所述引物组合，并通过对pcr扩增产物进行二代测序，将测序所得序列进行拼接及分析。

9、所述的，扩增反应需要用高保真taq酶，pcr扩增产物使用2％琼脂糖凝胶进行检测，并挑选单一条带进行纯化。

10、可选的，所述扩增反应包括变性、退火和引物延伸；所述变性的温度为98℃；所述退火的温度为54-62℃；所述引物延伸的温度为72℃。

11、本专利技术建立了鉴定落羽杉属杂交种的父本的引物组合及检测方法，利用本方法可以快速、准确的鉴定出结果；所用方法及试剂均为常规实验所用，操作简单，成本低廉。

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【技术保护点】

1.一种用于鉴定落羽杉属杂交种父本的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括引物组LS1，所述引物组LS1的核苷酸序列如SEQ ID NO.1-2所示。

2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合还包括引物组LS2，所述引物组LS2的核苷酸序列如SEQ ID NO.3-4所示。

3.根据权利要求2所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合还包括引物组LS3，所述引物组LS3的核苷酸序列如SEQ ID NO.5-6所示。

4.根据权利要求3所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合还包括引物组LS4，所述引物组LS4的核苷酸序列如SEQ ID NO.7-8所示。

5.根据权利要求4所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合还包括引物组LS5，所述引物组LS5的核苷酸序列如SEQ ID NO.9-10所示。

6.权利要求1-5任意一项所述的引物组合在检测落羽杉属杂交种父本方法中的应用。

7.鉴定落羽杉属杂交种父本的方法，其特征在于，所述方法包括使用权利要求1-5所述的引物组合，并通过高保真酶进行PCR扩增，所得产物进行二代测序。

8.根据权利要求7所得的序列，进行拼接，并利用Mafft软件进行多序列比对，利用IQ-Tree软件构建ML树，并分析待检测的落羽杉属杂交种的父本。

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【技术特征摘要】

1.一种用于鉴定落羽杉属杂交种父本的引物组合，其特征在于，所述引物组合包括引物组ls1，所述引物组ls1的核苷酸序列如seq id no.1-2所示。

2.根据权利要求1所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合还包括引物组ls2，所述引物组ls2的核苷酸序列如seq id no.3-4所示。

3.根据权利要求2所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合还包括引物组ls3，所述引物组ls3的核苷酸序列如seq id no.5-6所示。

4.根据权利要求3所述的引物组合，其特征在于，所述引物组合还包括引物组ls4，所述引物组ls4的核苷酸序列如seq i...

【专利技术属性】
技术研发人员：张凡，周艳威，陈红，岳明华，於朝广，陆小清，殷云龙，种昕冉，
申请(专利权)人：江苏省中国科学院植物研究所，
类型：发明
国别省市：

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