【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因育种，具体说是一个与鸡睾丸重相关的snp位点及其应用。
技术介绍
1、黄羽肉鸡(也称优质肉鸡)产业是传统产业，对优质肉鸡的遗传改良工作，是在保持肌肉品质的前提下，对其相对不足的产肉量等其他性能进行选择提高。睾丸是生殖器官的重要组成部分，研究鸡睾丸有助于了解雄性生殖系统的发育、功能和调控机制。且鸡睾丸在南方，尤其是两广地区是一种重要的高附加值经济性状，作为一种美食，深受人们的喜爱。对鸡育种产业的发展具有重要意义。目前，鸡睾丸测定方法大多通过人工测量，效率低、屠宰代价高且测量结果变异性大，有些性状数据甚至很难采集，严重影响了鸡的育种进程。且不同人之间判断标准差异大，要求技术人员有较丰富的经验积累，因此，测定准确性不稳定，不利于推广应用。
2、利用分子标记技术进行辅助选择提高是最理想的方法之一。获得与主选性状相关的分子标记，即可以实现目标性状的早期选择，并实现与性状相关等位基因的快速纯和，加快遗传选择进展。培育品系的相应等位基因位点处于纯和状态，在新品系应用于配套系创制过程中，还可较大程度上避免出现商品代性状分离的问题。
3、单核苷酸多态性标记(snp)，主要是指基因组上由单个核苷酸突变所引起的dna序列多态性。通过检测单核苷酸多态性标记检测基因型是近些年逐渐成熟的一种方法。分子标记辅助选择在动物育种中的应用已有一段时间，相比传统育种方法，分子育种大大加快了选育效率，节省了育种时间，使得育种学家可以更高效地选育出性状优良的家畜家禽品种。已有多种方法可用于snp检测，目前比较常用的有基因芯片方法
4、全基因组关联分析(genome-wide association studies，gwas)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序成为高通量snp分型的有力工具。
5、鸡睾丸作为重要的经济性状，在育种中具有重要的研究意义。若能够筛选一种与鸡睾丸重显著相关的snp位点或snp分子标记，则有助于为鸡的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。
技术实现思路
1、针对现有技术中存在的缺陷，本专利技术的目的在于提供一个与鸡睾丸重相关的snp位点及其应用。该snp位点
2、为达到以上目的，本专利技术采取的技术方案是：
3、一个与鸡睾丸重相关的snp位点，其特征在于，所述snp位点为基因组版本grcg6a的chr28：1957314bp处，所述snp位点的等位基因为c和g。
4、在上述方案的基础上，所述snp位点的优势等位基因为c。
5、在上述方案的基础上，
6、所述snp位点位于seq id no.1所示核苷酸序列的101bp处。seq id no.1：
7、tttttggggaggtgtaggcgctgtcgccatgcatttcaggcaacatttttcacaccttt
8、gcagtggtagatggagcgatgattacagagccttcccttaasagtatgagttaatgatg
9、acctttagcttaggacaaaaactgaatcattaccgaggtaggaaaagttagcaatgact
10、tctggaaacaagctcagcattcag
11、该seq id no.1所示核苷酸序列为基因组版本grcg6a的chr28的片段(第1957214bp-1957414bp)，seq id no.1所示核苷酸序列的第101bp为上述chr28基因的第1957314bp。该位点核苷酸用s表示，意为该位点的等位基因为c和g。
12、一种与鸡睾丸重相关的snp位点在鸡的标记辅助选择育种中的应用。
13、在上述方案的基础上，
14、所述鸡的标记辅助选择育种具体为：通过snp位点辅助选择具有高睾丸重量的鸡进行育种。
15、在上述方案的基础上，所述应用的步骤为：
16、步骤1，检测样品鸡在所述snp位点的基因型；
17、步骤2，选择基因型为c/c的的鸡种进行选育。
18、在上述方案的基础上，
19、所述步骤1采用直接测序，或者先扩增含所述snp分子标记的片段再测序的方式进行。
20、所述扩增操作的步骤具体为：
21、取黄羽肉鸡血液组织，使用北京天根生物科技有限公司总dna提取试剂盒进行dna的提取，提取完成的dna用nanodrop 2000分光光度计检测提取的dna的od值即od260/od280和od260/od230比值确定dna的浓度和纯度，并用琼脂糖凝胶电泳检测dna的完整性。以黄羽肉鸡基因组为模板，使用oligo7软件对其序列的设计相应的引物，使用诺唯赞2×taqmaster mix进行序列扩增，反应体系如下：95℃，预变型3min；95℃，变型15s，60℃，退火15s，72℃，延伸15s，30个循环；72℃，彻底延伸5min。最后使用琼脂糖凝胶电泳检测产物片段大小。
22、用于扩增含权利要求1所述snp位点片段的引物对，其特征在于：所述引物对的序列如seq id no.2和seq id no.3所示，用于从seq id no.1所示的序列中扩增到含有所述snp位点的片段。
23、seq id no.2：tttttggggaggtgtaggc
24、seq id no.3：ctgaatgctgagcttgtttc
25、本专利技术所述的一个与鸡睾丸重相关的snp位点及其应用，其有益效果为：
26、对1881只鸡chr28：1957314的snp位点进行基因分型，并对该snp位点与睾丸重量进行关联分析，发现该位点与睾丸重量显著相关，对这个位点在所有样本中进行基因型频率分析，发现不同基因型在所有样本中存在显著差异，c为优势等位基因，c/c基因型的个体平均睾丸重为20.375g，显著高于其他基因型样本的睾丸重量。说明这个snp位点可作为分子标记应用于优良鸡种的选育。在此群体中，通过选择等位基因c的个体，可以提高群体的睾丸重量，具有很大的经济应用价值。
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1.一个与鸡睾丸重相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点为基因组版本GRCg6a的Chr28：1957314bp处，所述SNP位点的等位基因为C和G。
2.如权利要求1所述的一个与鸡睾丸重相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点的优势等位基因为C。
3.如权利要求1所述的一个与鸡睾丸重相关的SNP位点，其特征在于：
4.权利要求1-3任一项所述的SNP位点在鸡的标记辅助选择育种中的应用。
5.如权利要求4所述的应用，其特征在于：
6.如权利要求5所述的应用，其特征在于，包括以下步骤：
7.如权利要求6所述的应用，其特征在于：
8.用于扩增含权利要求1所述SNP位点片段的引物对，其特征在于：所述引物对序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示，用于从SEQ ID No.1所示的序列中扩增到含有所述SNP位点的片段。
【技术特征摘要】
1.一个与鸡睾丸重相关的snp位点，其特征在于，所述snp位点为基因组版本grcg6a的chr28：1957314bp处，所述snp位点的等位基因为c和g。
2.如权利要求1所述的一个与鸡睾丸重相关的snp位点，其特征在于，所述snp位点的优势等位基因为c。
3.如权利要求1所述的一个与鸡睾丸重相关的snp位点，其特征在于：
4.权利要求1-3任一项所述的snp位点在鸡的标记辅...
【专利技术属性】
技术研发人员：王宇哲，卫雷，徐振强，胡晓湘，姜自琴，张德祥，
申请(专利权)人：中国农业大学，
类型：发明
国别省市：
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