【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
当前公开的主题涉及用于对来自组织载玻片上的组织切片(tissue section)的组织进行分离的方法、用于对来自组织载玻片上的组织切片的组织进行染色的方法、分离设备、被布置为用于施加在组织切片的顶部上的3d打印掩模以及计算机可读介质。
技术介绍
1、标题为“处理样品的方法(method of treating a sample)”的国际专利申请wo2020131070公开了一种用液体来处理样品的隔离区域的方法，该国际专利申请通过引用的方式被包括在本文中。其中公开的已知方法包括以下步骤:
2、－借助第一液体贮存器生成样品的隔离区域，所述第一液体贮存器包封第二液体贮存器的远端，以及所述样品的所述隔离区域相对所述样品的其余区域被密封；
3、－使所述样品的所述隔离区域与所述第二液体贮存器液体连接；
4、－将液体从所述第二液体贮存器分配至所述第一液体贮存器中，由此在所述样品上的所述隔离区域处沿着第一方向生成液体流动；以及
5、－将所述液体从所述第一液体贮存器吸入所述第二液体贮存器中，由此在所述样品上的所述隔离区域处沿着第二方向生成液体流动。
6、例如，上述专利申请的图9示出了组织的福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)切片的显微镜图像。相应的描述给出了包含组织切片的载玻片的处理实施例。
技术实现思路
1、用于对来自组织切片的组织进行分离的现有方法可被改进。例如，屏障(barrier)或掩模可被直接地施加在组织上，以挡住分离液体(诸如，裂
2、例如，用于对来自组织载玻片上的组织切片的组织进行分离的方法可包括将3d打印掩模施加在组织切片的顶部上。3d打印掩模可被直接地打印在组织切片上。掩模可包括屏障，所述屏障限定包围组织切片上的感兴趣区域的腔。分离液体可被分配至所述腔内，且稍后与已分离组织一起从所述腔内被吸出。然后，期望的进一步处理可被施加至已分离组织，例如基因组分析、存储组织等。组织切片有时还被称为组织薄片(tissue slice)。
3、分配与吸出可使用布置于机动移液臂处的移液尖端。移液尖端可被布置为使得分离液体被分配至腔，或从腔中被吸出。有趣地，在分配与吸出之间，移液臂和/或移液尖端可以其他方式被施加。例如，在分配之后，移液臂可被移动远离所述腔。例如，移液臂可被用于处理下一感兴趣区域，例如位于同一组织切片或者不同组织切片上的下一感兴趣区域，可能地甚至在不同的组织载玻片上的下一感兴趣区域。另一优势是，组织切片可比常规的组织切片更厚。
4、限定腔的屏障可被布置为与感兴趣区域的边缘匹配。因此，屏障所限定的腔可以是不规则形状，例如，与感兴趣区域的轮廓匹配。类似地，腔的面积和/或容积可被灵活适配于当前的分离，例如，从非常小至非常大的感兴趣区域。
5、有趣地，3d掩模可被直接地打印在组织切片上。这是有利的，因为它允许增强自动化、提高处理量以及改进与感兴趣区域的对准。例如，3d掩模应用(例如，打印)的位置可从染色组织切片的第一图像确定，感兴趣区域在所述第一图像上是可见的和/或在所述第一图像上被指示或者相对于所述第一图像被指示。图像配准算法可被施加，以将组织切片的第一图像与第二图像配准，在所述组织切片上待进行分离以及3d掩模待被施加在所述组织切片上。例如，染色组织切片的图像中所识别的感兴趣区域的坐标可通过配准而被转换为未染色组织切片的图像中的感兴趣区域的坐标，在所述组织切片中将进行3d掩模应用与组织分离。染色组织切片典型地是整体染色的，尽管这不是必须的。可使用常规染色方法来施加染色，例如h&e染色。
6、甚至，3d掩模的设计可从第一图像获得，可能地借助于2d设计的中间确定。2d掩模和/或3d掩模可被手动地设计。例如，2d设计可通过手动来完成，例如在用户界面中；例如，在染色薄片的图片的顶部上。2d设计可自动地生成，例如通过计算机，例如从第一图像。例如，掩模设计算法可被配置为围绕所指示的感兴趣区域绘制一个屏障。感兴趣区域可以是掩模设计算法的输入，或者可以从与染色组织切片相关联的标记获得，或者可以从机器学习算法获得。掩模设计算法可被配置为将可选特征添加至3d设计(诸如，3d掩模的外侧处的斜坡)。例如，掩模设计算法可以可选地被配置为将多个感兴趣区域与支架结构连接。
7、多种积极效果可使用一个实施方案来获得。例如，使用3d掩模意味着不需要预定尺寸的分离室，例如所谓的尖端扩展器。预定的分离室的形状通常不适配感兴趣区域的形状。典型地，尖端扩展器是圆形的，而感兴趣区域不是圆形的。因此，感兴趣区域将需要使用许多尖端扩展器进行重复的分离时段(detaching session)，在此之后，整个感兴趣区域可能仍然没有被完全分离。因此，使用打印3d掩模可减少所需的消耗品的数目。类似地，可减少试剂成本。还避免了与多个位置处的重复分离相关联的聚集问题。
8、处理量可被显著增加。这对于单个感兴趣区域是成立的，因为可以避免重复分离(例如，所谓的裂解循环)。替代地，可执行单个分离时段，其中分离整个感兴趣区域。当利用3d掩模所允许的并行性时，处理量增加得更多。当第一感兴趣区域正在分离时(例如，当在第一腔中正在进行裂解时)，移液尖端可分配到对应于第二感兴趣区域的第二腔内。分离会花费一些时间——完整的分离可花费8分钟或者甚至更多，并行工作的机会可显著地提升处理量。
9、因为3d打印掩模的形状可与感兴趣区域的轮廓匹配，所以避免了分离不想要的组织(例如，健康组织)，或者遗漏想要的组织(例如，肿瘤组织)。这在组织载玻片的边缘附近是尤其准确的，其中尖端扩展器的预定形状可能延伸至组织载玻片的边界之外。可在接近于边缘处施加打印掩模，同时打印掩模仍具有较大的表面区域。
10、分离设备和/或3d打印设备和/或3d掩模生成设备是电子设备，所述电子设备可包括计算机，例如以控制3d打印和/或分离过程。
11、一方面是分离方法(例如，包括使用3d打印掩模的组织的分离)、3d打印方法(例如，包括被布置为在分离方法中所使用的3d掩模的3d打印)以及3d设计方法(例如，包括在3d打印方法中所使用的2d和/或3d掩模设计的生成)。
12、一方面是染色方法(例如，包括使用3d打印掩模对组织进行染色)、3d打印方法(例如，包括被布置为在染色方法中所使用的3d掩模的3d打印)以及3d掩模设计方法(例如，包括在3d打印方法中所使用的2d和/或3d掩模设计的生成)。
13、这些方法的一个实施方案可作为计算机实施的方法而在计算机上被实施，或者在专用硬件中实施，或者在这二者的组合中实施。用于该方法的一个实施方案的可执行代码可被存储在计算机程序产品上。计算机程序产品的实施例包括内存设备、光学存储设备、集成电路、服务器、在线软件等。优选地，计算机程序产品包括存储在计算机可读本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于对来自组织载玻片上的组织切片的组织进行分离的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离液体从移液尖端被分配和/或被吸出，所述移液尖端被布置在机动移液臂处，所述臂被布置为将所述移液尖端移动至所述腔。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述移液臂被配置为在对所述感兴趣区域处的组织进行分离期间移动远离所述腔，且稍后返回至所述腔，以从所述腔中吸出所述分离液体。
4.根据权利要求1所述的方法，其中通过施加在所述组织切片上的一个或多个3D打印掩模来限定多个腔，
5.根据权利要求1所述的方法，包括：
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述腔至少部分地被倾斜支架包围。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述腔的腔形状是不规则的。
8.根据权利要求1所述的方法，其中施加3D打印掩模包括将所述3D打印掩模直接地3D打印在所述组织切片上。
9.根据权利要求1所述的方法，其中在将所述3D打印掩模施加在所述组织切片的顶部上之前，从所述组织切片的至少一部分移除石蜡层，所述3D打印
10.根据权利要求1所述的方法，包括获得所述掩模的2D设计、将所述2D设计转换为3D设计，以及3D打印所述3D设计以获得所述3D掩模。
11.根据权利要求10所述的方法，包括：
12.根据权利要求1所述的方法，其中用于分离的所述组织切片至少是染色组织切片的2倍厚，至少是所述染色组织切片的4倍厚，或者至少是所述染色组织切片的8倍厚。
13.根据权利要求1所述的方法，其中所述进一步处理包括：
14.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法至少部分地是计算机实施的。
15.根据权利要求1所述的方法，其中：
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述组织切片被石蜡包埋在第一石蜡中，所述3D打印掩模包括第二石蜡，所述第一石蜡的熔点低于所述第二石蜡的熔点，所述3D打印掩模被直接地打印在所述组织切片上。
17.一种用于对来自组织载玻片上的组织切片的组织进行染色的方法，所述方法包括：
18.一种分离设备，包括：
19.一种3D打印掩模，所述3D打印掩模被布置为用于施加在组织切片的顶部上，所述掩模包括屏障，所述屏障限定包围所述组织切片上的感兴趣区域的腔，所述腔在面向所述组织切片上的所述感兴趣区域的一侧处是敞开的以及在与所述组织切片相对的一侧处是至少部分地敞开的，所述腔被布置为用于接收分离液体，以用于对所述感兴趣区域处的组织进行分离。
20.一种暂时性或非暂时性计算机可读介质，包括表示指令的数据，当所述指令由处理器系统执行时，使处理器系统执行权利要求1至17中的任一项所述的方法。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于对来自组织载玻片上的组织切片的组织进行分离的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述分离液体从移液尖端被分配和/或被吸出，所述移液尖端被布置在机动移液臂处，所述臂被布置为将所述移液尖端移动至所述腔。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述移液臂被配置为在对所述感兴趣区域处的组织进行分离期间移动远离所述腔，且稍后返回至所述腔，以从所述腔中吸出所述分离液体。
4.根据权利要求1所述的方法，其中通过施加在所述组织切片上的一个或多个3d打印掩模来限定多个腔，
5.根据权利要求1所述的方法，包括：
6.根据权利要求1所述的方法，其中所述腔至少部分地被倾斜支架包围。
7.根据权利要求1所述的方法，其中所述腔的腔形状是不规则的。
8.根据权利要求1所述的方法，其中施加3d打印掩模包括将所述3d打印掩模直接地3d打印在所述组织切片上。
9.根据权利要求1所述的方法，其中在将所述3d打印掩模施加在所述组织切片的顶部上之前，从所述组织切片的至少一部分移除石蜡层，所述3d打印掩模待被施加在所述组织切片的所述至少一部分上。
10.根据权利要求1所述的方法，包括获得所述掩模的2d设计、将所述2d设计转换为3d设计，以及3d打印所述3d设计以获得所述3d掩模。
11.根据权利要求10所...
【专利技术属性】
技术研发人员：P·奥特，P·金尼，A·萨格尔，
申请(专利权)人：帝肯贸易股份公司，
类型：发明
国别省市：
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