【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开涉及与配体复合的人布鲁顿酪氨酸激酶(“btk”)的结晶组合物以及用于鉴定btk的候选抑制剂的方法。本专利技术涉及btk结合口袋。本专利技术还涉及使用结构坐标来解析同源蛋白质或蛋白质复合物结构的方法。另外，本专利技术涉及使用结构坐标来筛选和设计与btk结合的化合物(包括抑制性化合物)或其复合物的方法。本专利技术还涉及可结晶组合物和包含与式(i)的化合物的btk复合物的晶体：或其药学上可接受的盐、水合物、多晶型物或溶剂化物。
技术介绍
1、恶性肿瘤，尤其是弥漫性大b细胞淋巴瘤(dlbcl)、套细胞淋巴瘤(mcl)、滤泡性淋巴瘤(fl)、边缘区淋巴瘤(mzl)、慢性淋巴细胞白血病(cll)、小淋巴细胞淋巴瘤(sll)、华氏巨球蛋白血症(macroglobulinemia)和其他病状诸如慢性移植物抗宿主病连续折磨患者。仍然需要替代的、有效的癌症治疗方法。
2、btk是一种约76kda的蛋白质，属于非受体酪氨酸激酶的tec家族。tec激酶构成哺乳动物细胞中第二大细胞质酪氨酸激酶家族，除btk外，该家族还包括四个其他成员：同名激酶tec、itk、txk/rlk和bmx。tec激酶在整个脊椎动物中进化保守。它们与较大的src和syk激酶家族相关，但在结构上不同。tec家族蛋白在造血组织中大量表达，并且在哺乳动物血液和内皮细胞的生长和分化中起重要作用。
3、基于来自本领域描述的ihc研究的btk表达，btk抑制具有调节与b细胞、巨噬细胞、肥大细胞、破骨细胞和血小板微粒相关的生物学的潜力。corneth,o.b.等人
4、因此，一直对找到可用作有效治疗剂的btk抑制剂感兴趣。新的btk配体结合晶体结构揭示了可能存在附加的氢键。理解结合口袋的灵活性及其局限性的范围对于新的btk抑制剂的设计至关重要。
5、因此，仍然需要配体结合的btk蛋白的新颖结构坐标来筛选和设计新的配体，包括抑制性配体，从而可以为患有癌症和/或免疫性疾病的患者提供治疗益处。本专利技术通过提供作为btk抑制剂有效的化合物及其药物组合物来满足该需求。申请人还通过提供btk的晶体结构和btk抑制剂复合物来满足该需求。通过解析这些晶体结构能够确定btk的关键结构特征，特别是其结合口袋的形状。
技术实现思路
1、本专利技术的一个方面是一种结晶组合物，该结晶组合物包含seq id no:3的氨基酸残基和配体，其中所述结晶组合物的特征在于空间群p 2 21 21并且具有以下晶胞参数：a＝90°；b＝90°；g＝90°。在一些实施方案中，该配体为式(i)的化合物：
2、
3、或其药学上可接受的盐、水合物、多晶型物或溶剂化物。
4、本专利技术的另一方面是用于鉴定btk的候选抑制剂的方法，该方法包括：在计算机上生成btk的结合位点的三维结构，其中该三维结构包括seq id no:3的结晶组合物的晶胞参数和空间群参数；采用所述三维结构来设计或选择候选抑制剂；以及使所述候选抑制剂与人btk接触并测量所述候选抑制剂与btk结合的能力。
5、本专利技术的另一方面是使用包含btk蛋白的btk晶体来鉴定和/或设计候选抑制剂的方法，其中所述方法包括：a)制备seq id no:3和配体的结晶组合物，其中该配体是式(i)的化合物：
6、
7、或其药学上可接受的盐、水合物、多晶型物或溶剂化物；b)将另一种候选抑制剂浸入该结晶组合物中，置换该式(i)的化合物(原始配体)并形成抑制剂-晶体复合物；c)确定在步骤b)中制备的该抑制剂-晶体复合物的三维结构坐标；以及d)使用来自步骤c)的结构坐标来设计或鉴定候选抑制剂；以及e)使所述候选抑制剂与人btk接触并测量所述候选抑制剂与btk结合的能力。
8、本专利技术还提供了包含btk的具有或不具有化学实体的可结晶组合物和晶体组合物。本专利技术还提供了一种用于使btk蛋白或btk蛋白复合物结晶的方法。
9、本专利技术还提供了一种数据存储介质，该数据存储介质包括btk结合口袋的分子或分子复合物的结构坐标。在一个实施方案中，数据存储介质包括结合口袋的结构坐标。本专利技术还提供了一种包括该数据存储介质的计算机。当用适当软件编程的计算机读取和利用这种存储介质时，这种存储介质可以在计算机屏幕或类似的查看装置上显示这种结合口袋的三维图形表示。
10、本专利技术还提供了用于设计、评估和鉴定与分子或分子复合物或其结合口袋结合的化合物的方法。这种化合物是btk或其同系物的潜在抑制剂。
11、本专利技术还提供了一种用于确定分子或分子复合物的三维结构的至少一部分的方法，该分子或分子复合物含有至少一些与btk结构类似的特征。这是通过使用从btk蛋白或蛋白质复合物中获得的结构坐标中的至少一些结构坐标来实现的。
12、本专利技术的一些方面涉及一种结晶组合物，该结晶组合物包含seq id no:3和配体，其中所述结晶组合物的特征在于空间群p 2 21 21并且具有以下晶胞参数：a＝90°；b＝90°；g＝90°。在一些方面，配体是式(i)的化合物：
13、
14、或其药学上可接受的盐、水合物、多晶型物或溶剂化物。
15、一些方面涉及用于鉴定btk的候选抑制剂的方法，其中所述方法包括：在计算机上生成btk的结合位点的三维结构，其中三维结构坐标具有结晶组合物的晶胞参数和空间群参数，该结晶组合物包括seq id no:3和式(i)的化合物：
16、
17、或其药学上可接受的盐、水合物、多晶型物或溶剂化物，
18、采用所述三维结构来设计或选择候选抑制剂；以及使所述候选抑制剂与人btk接触并测量所述候选抑制剂与btk结合的能力。在一些方面，候选抑制剂与asp539形成氢键。在一些方面，候选抑制剂与lys430形成氢键。在一些方面，候选抑制剂与met477形成氢键。在一些方面，候选抑制剂与asp539、lys430和met477形成氢键。
19、一些方面涉及用于使用包含人btk蛋白的人btk晶体来鉴定和/或设计候选抑制剂的方法，其中所述方法包括：
20、a)制备包含seq id no:3和化合物i的结晶组合物和b)将另一种候选抑制剂浸入该结晶组合物中，置换该式(i)的化合物(原始配体)以形成抑制剂-晶体复合物；c)确定在步骤b)中制备的该抑制剂-晶体复合物的三维结构坐标；d)使用来自步骤c)的结构坐标来设计以及/或者鉴定候选抑制剂；以及e)使所述候选抑制剂与人btk接触并测量所述候选抑制剂与btk结合的能力。
21、一些方面涉及设计与结合口袋或结构域相互作用的化合物或复合物的方法，该结合口袋或结构域选自包含以下的组：(i)根据表2的btk氨基酸残基leu408、gly409、thr410、本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种结晶组合物，所述结晶组合物包含SEQ ID NO:3和配体，其中所述结晶组合物的特征在于空间群p 2 21 21并且具有以下晶胞参数：
2.根据权利要求1所述的结晶组合物，其中所述配体是式(I)的化合物：
3.一种用于鉴定和/或设计BTK的候选抑制剂的方法，其中所述方法包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述候选抑制剂与Cys 481形成直接共价键。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述候选抑制剂与Lys 430形成氢键。
6.根据权利要求3所述的方法，其中所述候选抑制剂与Met 477形成氢键。
7.一种用于使用包含人BTK蛋白的人BTK晶体来鉴定和/或设计候选抑制剂的方法，其中所述方法包括：
8.一种设计与结合口袋或结构域相互作用的化合物或复合物的方法，所述结合口袋或结构域选自由以下项组成的组：
9.一种用于鉴定与BTK蛋白的结合位点相互作用的候选抑制剂的方法，所述方法包括以下步骤：
10.根据权利要求9所述的方法，所述方法还包括以下步骤：
12.一种在抑制剂筛选测定中使用包含BTK结合口袋或结构域的晶体的方法，所述方法包括以下步骤：
13.一种设计与BTK结合口袋或结构域相互作用的化合物或复合物的方法，所述方法包括以下步骤：
14.一种用于鉴定与BTK蛋白的结合位点相互作用的候选抑制剂的方法，所述方法包括以下步骤：
15.一种用于鉴定与人BTK蛋白的结合位点相互作用的候选抑制剂的方法，所述方法包括以下步骤：
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种结晶组合物，所述结晶组合物包含seq id no:3和配体，其中所述结晶组合物的特征在于空间群p 2 21 21并且具有以下晶胞参数：
2.根据权利要求1所述的结晶组合物，其中所述配体是式(i)的化合物：
3.一种用于鉴定和/或设计btk的候选抑制剂的方法，其中所述方法包括：
4.根据权利要求3所述的方法，其中所述候选抑制剂与cys 481形成直接共价键。
5.根据权利要求3所述的方法，其中所述候选抑制剂与lys 430形成氢键。
6.根据权利要求3所述的方法，其中所述候选抑制剂与met 477形成氢键。
7.一种用于使用包含人btk蛋白的人btk晶体来鉴定和/或设计候选抑制剂的方法，其中所述方法包括：
8.一种设计与结合口袋或结构域相互作用的化合物或复合物的方法，所述结合...
【专利技术属性】
技术研发人员：R·S·亚历山大，C·米利根，M·S·蒂奇纳，
申请(专利权)人：詹森药业有限公司，
类型：发明
国别省市：
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