【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一种与鸡开产日龄性状相关的tdh基因分子标记及其应用，属于生物。
技术介绍
1、黄羽肉鸡是以地方鸡血统为主并以地方鸡特征为育种目标的品种（配套系），具有肉质风味好、体型适中、抗病力强、耐粗饲和适应性强的特点。随着鸡肉需求量的不断增加，消费者对肉质风味的追求越来越高，符合国人消费习惯和偏好的优质型黄羽肉鸡的需求量不断增加。相较于快大型白羽肉鸡，黄羽肉鸡生长速度慢、性成熟晚、饲养周期长，这削弱了黄羽肉鸡的市场竞争力，不利于黄羽肉鸡产业的发展。
2、开产日龄是鸡性成熟性状之一，与鸡的生产、繁殖、肉品质等性状有较大相关。性成熟早是优质黄羽肉鸡特有的重要经济性状和选种指标。开产标志着母鸡性成熟，性成熟越早的母鸡开产越早，且开产早的个体产蛋初期的生产性能越高。开产日龄影响群体的开产体重和开产蛋重，影响鸡整个产蛋周期的产蛋量。一般来说，开产日龄与开产体重、开产蛋重成正相关，与产蛋量成负相关。开产日龄过大或过小会影响体重和种蛋质量，从而影响育种。适时开产的鸡体重增加相对稳定，体重均匀度高。鸡种鸡饲养过程中为了便于饲养管理，集中获得收益，需要群体的开产日龄保持一致。因此，选择合适开产日龄对于鸡的育种至关重要，可以通过选育开产前的开产日龄大小和整齐度来控制肉种鸡的开产时间一致性。但是开产日龄开产时才能测量，如果在开产时选种将造成极大的饲养成本浪费，亟需建立高效准确的分子检测方法以实现早期选择。
3、l-苏氨酸脱氢酶（tdh）是l-苏氨酸代谢的关键酶。l-苏氨酸水平与肉鸡的生长、免疫和繁殖息息相关。研究表明，饲料
技术实现思路
1、本专利技术的目的是针对现有技术存在的缺陷，提出一种与鸡开产日龄性状相关的tdh基因分子标记及其应用，可快速检测筛选鸡开产日龄。
2、本专利技术测量了黄羽肉鸡母鸡的开产日龄，利用全基因组重测序技术进行snp基因分型，通过全基因组关联分析筛选得到与鸡开产日龄显著相关的tdh基因分子标记，为鸡的开产日龄性状选育提供了新的基因和分子标记资源。
3、本专利技术通过以下技术方案解决技术问题：首先提供一种与鸡开产日龄相关的tdh基因分子标记，所述分子标记位于鸡3号染色体第107181657位碱基处，碱基突变为t或c，序列如seq id no:3或seq id no:4所示第230位碱基；分子标记检测所需鸡dna特异性引物对的核苷酸序列如seq id no：1和seq id no：2所示。
4、本专利技术进一步提供上述特异性引物的应用，包括用于检测鸡开产日龄相关的snp基因型。具体应用于pcr扩增结合sanger测序检测鸡开产日龄性状相关snp基因型的方法，检测方法包括以下步骤，
5、第一步、将待测鸡dna样品，用鸡dna特异性引物对进行pcr扩增，得到扩增产物，所述待测鸡dna样品中含有鸡3号染色体第107181657位碱基的snp分子标记；
6、第二步、将所述扩增产物进行sanger测序；
7、第三步、根据第二步的测序结果判断鸡3号染色体第107181657位碱基的snp分子标记基因型。
8、上述方法的所述第一步中鸡dna特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列由
9、上游引物：5’-gtggctttttggtgcctatg-3’（seq id no: 1）
10、下游引物：5’-gggcaagatttcagaacagg-3’（seq id no: 2）
11、组成，所述扩增产物长度为534bp，包含鸡3号染色体上第107181657位碱基。
12、反应体系终浓度以25μl计为：
13、待测鸡dna 50 ng
14、2 x accurate taq master mix 12.5μl
15、上游引物 1 μl
16、下游引物 1 μl
17、灭菌水 补充至25μl，
18、所述的pcr扩增的反应条件为94℃预变性5min；94℃变性30sec，55℃退火30sec，72℃延伸60sec，共30循环；72℃延伸2min；20℃保存。
19、扩增产物的核苷酸序列如seq id no：3或seq id no：4所示。
20、所述第三步中，判断标准是snp位点为c/c基因型鸡的开产日龄早于c/t基因型和t/t基因型鸡，c/t基因型鸡的开产日龄早于t/t基因型鸡。
21、本专利技术通过tdh基因分子标记检测鸡开产日龄性状的基因型，发现c/c基因型个体的开产日龄早于c/t基因型和t/t基因型个体，c/t基因型个体的开产日龄早于t/t基因型个体。通过以待测鸡的基因组dna为模板，采用特异引物对进行pcr扩增，然后将该pcr扩增产物进行sanger测序和snp分子标记基因分型，基于该snp分子标记的基因型可以实现对鸡开产日龄性状进行选择。在育种中，根据育种目标，通过淘汰c/t基因型和t/t基因型个体，保留c/c基因型个体，其有益效果是该分子标记可以作为鸡育种的遗传标记，选育早开产日龄的优质鸡；可以高效快速地鉴定鸡开产日龄性状，并提高鸡群开产日龄的整齐度，为鸡的早期选育提供科学依据，对于优质鸡育种具有重要价值。此外，本专利技术公开的检测方法简单易操作，在实验室即可开展。
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1.一种与鸡开产日龄性状相关的TDH基因分子标记，其特征在于：所述分子标记位于鸡3号染色体第107181657位碱基处，碱基突变为T或C，基因型为C/C、C/T和T/T；分子标记检测所需鸡DNA特异性引物对的核苷酸序列如SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示。
2.根据权利要求1所述与鸡开产日龄性状相关的TDH基因分子标记的应用，其特征在于：包括用于鸡开产日龄性状相关的分子检测。
3.根据权利要求2所述与鸡开产日龄性状相关的TDH基因分子标记的应用，其特征在于：检测方法包括以下步骤，
4.根据权利要求3所述与鸡开产日龄性状相关的TDH基因分子标记的应用，其特征在于：所述第一步中鸡DNA特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列由上游引物SEQ ID NO: 1和下游引物SEQ ID NO: 2组成，所述扩增产物长度为534bp，包含鸡3号染色体上第107181657位碱基的SNP分子标记。
5.根据权利要求4所述与鸡开产日龄性状相关的TDH基因分子标记的应用，其特征在于：所述第一步中，反应体系终浓度以25μl计为：
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7.根据权利要求3所述与鸡开产日龄性状相关的TDH基因分子标记的应用，其特征在于：所述第三步中，判断标准是SNP位点为C/C基因型鸡的开产日龄早于C/T基因型鸡和T/T基因型鸡，C/T基因型鸡的开产日龄早于T/T基因型鸡。
...【技术特征摘要】
1.一种与鸡开产日龄性状相关的tdh基因分子标记，其特征在于：所述分子标记位于鸡3号染色体第107181657位碱基处，碱基突变为t或c，基因型为c/c、c/t和t/t；分子标记检测所需鸡dna特异性引物对的核苷酸序列如seq id no：1和seq id no：2所示。
2.根据权利要求1所述与鸡开产日龄性状相关的tdh基因分子标记的应用，其特征在于：包括用于鸡开产日龄性状相关的分子检测。
3.根据权利要求2所述与鸡开产日龄性状相关的tdh基因分子标记的应用，其特征在于：检测方法包括以下步骤，
4.根据权利要求3所述与鸡开产日龄性状相关的tdh基因分子标记的应用，其特征在于：所述第一步中鸡dna特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列由上游引物seq id ...
【专利技术属性】
技术研发人员：冯春刚，刘相平，赵振华，李春苗，王钱保，黄正洋，李东锋，江旭升，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：
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