【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物医药，具体涉及一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型构建方法。
技术介绍
1、咽喉癌是常见多发的头颈部鳞状细胞癌，其发病率在全球范围内逐渐增加。在现有肿瘤综合治疗体系下，中晚期咽喉癌患者发生局部复发和远处转移的风险仍高达 15-40%，5 年总生存率仅约 25-35%。根据美国国家综合癌症网络（national comprehensivecancer network, nccn）临床实践指南，中晚期咽喉癌患者的治疗方案并不统一，指南推荐手术治疗、诱导化疗、同步放化疗、综合治疗等几乎囊括所有的肿瘤治疗方案。手术治疗可彻底切除肿瘤，但也使患者丧失语言和吞咽能力而导致患者残疾，给患者身心带来了巨大的创伤，也给社会带来沉重的医疗经济负担；非手术治疗方案-放疗或同步放化疗，治疗失败后的挽救性全喉手术切除更会导致严重的并发症。近年来新辅助化疗开始应用到临床，新辅助化疗后视疗效选择下一步治疗方案，即新辅助化疗敏感者行放射治疗或同步放化疗，不敏感者选择手术治疗，与一律选择手术治疗相比，可在不降低生存率的前提下，显著增加患者保留咽喉功能的几率。
2、新辅助化疗是指在局部治疗即手术或放疗前使用的辅助性化疗，可在短时期内减少肿瘤负荷。但大量临床观察显示，有些患者对新辅助化疗不敏感，经历了化疗的痛苦但未从中获益。为什么有些患者对化疗敏感，有些患者不敏感？这可能和肿瘤个体间的异质性有关，同一部位的同一种病理类型，在不同的个体，肿瘤的微环境、细胞增殖调控的优势信号通路不完全相同。近几年基于肿瘤的异质性，头颈肿瘤研究者报道了一
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型构建方法，以填补目前中晚期咽喉癌患者新辅助化疗敏感性预测技术的空白，为患者提供个体化治疗方案，精准施治，保证或提高患者生存率以及患者生活质量。
2、为达到以上技术目的，本申请采用的技术方案如下：
3、第一方面，本专利技术提供一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型构建方法，包括如下步骤：
4、步骤1，采集新辅助化疗前中晚期咽喉癌患者的癌组织和癌旁正常组织，进行rna-seq测序分析，获取两者的差异表达基因；
5、步骤2，获取步骤1的中晚期咽喉癌患者新辅助化疗后的敏感性信息，并根据敏感性信息将前述患者分为敏感组和耐受组，将敏感组和耐受组的癌组织进行rna-seq测序分析，获取两者的差异表达基因；
6、步骤3，将步骤1和步骤2获取的差异表达的基因进行比较并获得具有交集的差异基因；
7、步骤4，采用随机森林模型对步骤3获得的具有交集的差异基因进行重要性排序，并绘制auc曲线，筛选出auc＞0.8的基因；
8、步骤5，将步骤4获得的基因通过qpcr进一步验证其相对表达，筛选与中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性相关的基因，构建预测模型。
9、优选地，所述步骤1中，癌组织和癌旁组织差异表达的基因|fold change|>2.0，p<0.05。
10、优选地，所述步骤2中，敏感组和耐受组差异表达的基因|fold change|>2.0，p<0.05。
11、优选地，所述步骤5中，与中晚期咽喉癌新辅助化疗相关的基因包括：nrip1、gimap7、cd72、thbs4、abca9和sned1。
12、优选地，所述预测模型是基于风险评分公式进行结果预测，所述风险评分公式为：score = 0.940×abca9 + 0.800×cd72 + 0.917×gimap7 + 0.934×nrip1 + 0.765×sned1 + 0.810×thbs4，cutoff=0.0888，score<0.0888为敏感，score>/=0.0888为不敏感。
13、第二方面，本专利技术提供所述的构建方法获得的中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型。
14、第三方面，本专利技术提供一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测的生物标志物，所述生物标志物包括：nrip1、gimap7、cd72、thbs4、abca9和sned1。
15、第四方面，本专利技术提供第三方面所述的生物标志物构建第二方面所述的预测模型上的应用。
16、第五方面，本专利技术提供一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性评估试剂盒，包括第二方面所述的中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型或者第三方面所述的生物标志物。
17、优选地，当所述试剂盒包括所述的中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型时，所述预测模型是基于风险评分公式进行结果预测，所述风险评分公式为：score = 0.940×abca9 + 0.800×cd72 + 0.917×gimap7 + 0.934×nrip1 + 0.765×sned1 + 0.810×thbs4，cutoff=0.0888，score<0.0888为敏感，score>/=0.0888为不敏感；当所述试剂盒包括所述的生物标志物，还包括检测所述生物标志物表达情况的试剂。
18、相比于现有技术，本专利技术的有益效果为：
19、本专利技术提出的一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型构建方法，通过识别新辅助化疗前中晚期咽喉癌患者中同时在敏感组和耐受组以及癌与癌旁正常组织中差异表达的基因，构建预测模型，该模型可在治疗前预测患者的新辅助化疗敏感性，进而识别化疗受益者，可为患者设计个体化治疗方案，精准施治，在保证或提高生存率的前提下，尽可能的保留患者咽喉功能，大大提高患者生活质量。目前此预测模型正在进行多中心前瞻性研究中，有助于将此模型进行更广泛的推广，更早实现临床转化。
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1.一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型构建方法，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述步骤1中，癌组织和癌旁组织差异表达的基因|fold change| >2.0，P < 0.05。
3.根据权利要求1或2所述的构建方法，其特征在于，所述步骤2中，敏感组和耐受组差异表达的基因|fold change| >2.0，P < 0.05。
4.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述步骤5中，与中晚期咽喉癌新辅助化疗相关的基因包括：NRIP1、GIMAP7、CD72、THBS4、ABCA9和SNED1。
5.根据权利要求4所述的构建方法，其特征在于，所述预测模型是基于风险评分公式进行结果预测，所述风险评分公式为：score = 0.940×ABCA9 + 0.800×CD72 + 0.917×GIMAP7 + 0.934×NRIP1 + 0.765×SNED1 + 0.810×THBS4，Cutoff=0.0888，Score<0.0888为敏感，Score&
6.权利要求1~5任一项所述的构建方法获得的中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型。
7.一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测的生物标志物，其特征在于，所述生物标志物包括：NRIP1、GIMAP7、CD72、THBS4、ABCA9和SNED1。
8.权利要求7所述的生物标志物构建权利要求6所述的预测模型上的应用。
9.一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性评估试剂盒，其特征在于，包括权利要求6所述的中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型或者权利要求7所述的生物标志物。
10.根据权利要求9所述的试剂盒，其特征在于，当所述试剂盒包括权利要求6所述的中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型时，所述预测模型是基于风险评分公式进行结果预测，所述风险评分公式为：score = 0.940×ABCA9 + 0.800×CD72 + 0.917×GIMAP7 +0.934×NRIP1 + 0.765×SNED1 + 0.810×THBS4，Cutoff=0.0888，Score<0.0888为敏感，Score>/=0.0888为不敏感；当所述试剂盒包括权利要求7所述的生物标志物，还包括检测所述生物标志物表达情况的试剂。
...【技术特征摘要】
1.一种中晚期咽喉癌新辅助化疗敏感性预测模型构建方法，其特征在于，包括如下步骤：
2.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述步骤1中，癌组织和癌旁组织差异表达的基因|fold change| >2.0，p < 0.05。
3.根据权利要求1或2所述的构建方法，其特征在于，所述步骤2中，敏感组和耐受组差异表达的基因|fold change| >2.0，p < 0.05。
4.根据权利要求1所述的构建方法，其特征在于，所述步骤5中，与中晚期咽喉癌新辅助化疗相关的基因包括：nrip1、gimap7、cd72、thbs4、abca9和sned1。
5.根据权利要求4所述的构建方法，其特征在于，所述预测模型是基于风险评分公式进行结果预测，所述风险评分公式为：score = 0.940×abca9 + 0.800×cd72 + 0.917×gimap7 + 0.934×nrip1 + 0.765×sned1 + 0.810×thbs4，cutoff=0.0888，score<0.0888为敏感，score>/=0.0888为不敏感。
6.权利要求1...
【专利技术属性】
技术研发人员：房居高，王茹，王灵娃，谭晨，杨一帆，李海洋，
申请(专利权)人：首都医科大学附属北京同仁医院，
类型：发明
国别省市：
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