【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一种与鸡开产体重性状相关的ncapg-lcorl基因座分子标记及其应用，属于生物。
技术介绍
1、鸡性成熟性状包括鸡冠大小、开产日龄、开产体重等，与生产性能和肉品质密切相关。性成熟早是优质黄羽肉鸡特有的重要经济性状和选种指标。性成熟的程度决定产品的等级和价格，具有性成熟外观（冠大、脸红、毛色光鲜、有一定的皮下脂肪等）是优质型肉鸡上市的基本条件。鸡在接近性成熟时，毛色鲜亮、机体组成发生改变，胴体品质提高，肌间脂肪等风味物质含量增加，鸡肉口感好。开产体重作为母鸡性成熟主要参考指标之一，显著影响鸡的产蛋性能，包括群体的开产日龄、开产蛋重和整个产蛋周期的产蛋量，选择合适开产体重对于黄羽肉鸡育种至关重要。黄羽肉鸡种鸡饲养过程中为了便于饲养管理，需要群体的开产时间保持一致，可以通过选育开产前的开产体重大小和整齐度来控制肉种鸡的开产时间一致性。
2、研究发现，育成鸡只达到或超过标准体重时，可以适时开产；开产体重低于标准体重的个体开产可能延迟，产蛋高峰推迟、产蛋率和成活率下降。处于适当体重鸡的产蛋性能最好、料蛋比低，因此选育合适的开产体重能提高肉种鸡的性能。但是开产体重开产时才能测量，在开产时选种将造成极大的饲养成本浪费，因此亟需寻找合适的分子标记，以快速准确鉴定优质鸡的开产体重性能，可以实现早期选种，达到开产时体重均匀的目的。
3、ncapg基因和lcorl基因在多个动物基因组中彼此相邻，故常合称为ncapg-lcorl基因座。ncapg-lcorl基因座不仅与人身高性状相关，还被证实与猪、牛、羊和狗等多
技术实现思路
1、本专利技术的目的是针对现有技术存在的缺陷，提出一种与鸡开产体重性状相关的ncapg-lcorl基因座分子标记及其应用，可快速、准确鉴定鸡的开产体重性状。
2、本专利技术测量了黄羽肉鸡母鸡的开产体重，利用全基因组重测序技术进行snp基因分型，通过全基因组关联分析筛选得到与鸡开产体重显著相关的ncapg-lcorl基因座分子标记，为鸡的开产体重性状选育提供了新的基因和分子标记资源。
3、本专利技术通过以下技术方案解决技术问题：首先提供一种与鸡开产体重性状显著相关的ncapg-lcorl基因座分子标记，所述分子标记位于鸡参考基因组grcg6a版本4号染色体第75903135位碱基，碱基突变为a或g，序列如seq id no:3或seq id no:4所示第175位碱基；所述分子标记检测所需鸡dna特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列如seq id no：1和seq id no：2所示。
4、将上述特异性引物对用于鸡开产体重性状的分子检测。
5、本专利技术进一步提供上述特异性引物的应用，包括用于检测鸡开体重相关的snp基因型。具体应用于pcr扩增结合sanger测序检测鸡开产体重相关snp基因型的方法，检测方法包括以下步骤，
6、第一步、将待测鸡dna样品，用鸡dna特异性引物对进行pcr扩增，得到扩增产物，所述待测鸡dna样品中含有鸡参考基因组grcg6a版本4号染色体第75903135位碱基；
7、第二步、将所述扩增产物进行sanger测序；
8、第三步、根据第二步的测序结果判断目标位点的分子标记基因型。
9、上述方法的所述第一步中鸡dna特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列由
10、上游引物：5’-gaacaacgtgcagaaagcaa-3’（seq id no: 1）
11、下游引物：5’-attccctcctctgtgaccaa-3’（seq id no: 2）组成，所述扩增产物长度为419bp，包含鸡4号染色体上第75903135位碱基。
12、反应体系终浓度以25μl计为：
13、待测鸡dna 50 ng
14、2 x accurate taq master mix 12.5μl
15、上游引物 1 μl
16、下游引物 1 μl
17、灭菌水 补充至25μl，
18、所述的pcr扩增的反应条件为94℃预变性5min；94℃变性30sec，55℃退火30sec，72℃延伸60sec，共30循环；72℃延伸2min；20℃保存。
19、扩增产物的核苷酸序列如seq id no：3或seq id no：4所示。
20、所述第三步中，判断标准是snp位点为a/a基因型鸡的开产体重高于a/g基因型鸡和g/g基因型鸡，a/g基因型鸡的开产体重高于g/g基因型鸡。
21、本专利技术通过ncapg-lcorl基因座分子标记检测鸡开产体重性状的基因型，发现a/a基因型鸡开产体重高于a/g基因型和g/g基因型鸡，a/g基因型鸡开产体重高于g/g基因型鸡。通过以待测鸡的基因组dna为模板，采用特异引物对进行pcr扩增，然后将该pcr扩增产物进行sanger测序和snp分子标记基因分型，基于该snp分子标记的基因型可以实现对鸡开产体重性状进行选择。在育种中，根据育种目标，通过淘汰a/g基因型个体，保留a/a基因型或者g/g基因型个体，其有益效果是可以高效快速地鉴定鸡开产体重性状，为优质鸡的早期选育提供科学依据。此外，本专利技术公开的检测方法简单易操作，在实验室即可开展，也可以应用到基因组育种技术中。
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1.一种与鸡开产体重性状相关的NCAPG-LCORL基因座分子标记，其特征在于：所述分子标记位于鸡参考基因组GRCg6a版本4号染色体第75903135位碱基，碱基突变为A或G，基因型为A/A、A/G和G/G；分子标记检测所需鸡DNA特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列如SEQ IDNO：1和SEQ ID NO：2所示。
2.根据权利要求1所述与鸡开产体重性状相关的NCAPG-LCORL基因座分子标记的应用，其特征在于：包括用于检测鸡开产体重相关的SNP分子标记基因型。
3.根据权利要求2所述与鸡开产体重性状相关的NCAPG-LCORL基因座分子标记的应用，其特征在于：检测方法包括以下步骤，
4.根据权利要求3所述与鸡开产体重性状相关的NCAPG-LCORL基因座分子标记的应用，其特征在于：所述第一步中鸡DNA特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列由上游引物SEQ IDNO: 1和下游引物SEQ ID NO: 2组成，所述扩增产物长度为419bp，包含鸡参考基因组GRCg6a版本4号染色体上第75903135位碱基。
5.根据权利要求4所述与
6.根据权利要求5所述与鸡开产体重性状相关的NCAPG-LCORL基因座分子标记的应用，其特征在于：扩增产物的核苷酸序列如SEQ ID NO：3或SEQ ID NO：4所示。
7.根据权利要求5所述与鸡开产体重性状相关的NCAPG-LCORL基因座分子标记的应用，其特征在于：所述第三步中，判断标准是SNP位点为A/A基因型鸡的开产体重高于A/G基因型鸡和G/G基因型鸡，为A/G基因型鸡的开产体重高于G/G基因型鸡。
...【技术特征摘要】
1.一种与鸡开产体重性状相关的ncapg-lcorl基因座分子标记，其特征在于：所述分子标记位于鸡参考基因组grcg6a版本4号染色体第75903135位碱基，碱基突变为a或g，基因型为a/a、a/g和g/g；分子标记检测所需鸡dna特异性引物对的脱氧核糖核苷酸序列如seq idno：1和seq id no：2所示。
2.根据权利要求1所述与鸡开产体重性状相关的ncapg-lcorl基因座分子标记的应用，其特征在于：包括用于检测鸡开产体重相关的snp分子标记基因型。
3.根据权利要求2所述与鸡开产体重性状相关的ncapg-lcorl基因座分子标记的应用，其特征在于：检测方法包括以下步骤，
4.根据权利要求3所述与鸡开产体重性状相关的ncapg-lcorl基因座分子标记的应用，其特征在于：所述第一步中鸡dna特异性引物对的脱氧核糖核苷酸...
【专利技术属性】
技术研发人员：冯春刚，刘相平，赵振华，李春苗，王钱保，黄正洋，段颖，徐婷，
申请(专利权)人：南京农业大学，
类型：发明
国别省市：
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