【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物，具体涉及一套用于非洲栽培稻、籼稻亚种和粳稻亚种鉴定的snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、水稻是全球范围内最主要的粮食作物之一。自水稻被驯化后，经过长期的遗传进化，目前栽培水稻主要分为亚洲栽培稻和非洲栽培稻，亚洲栽培稻主要又分为籼稻和粳稻两大亚种。这些亚种间，在叶片、粒型、生育期、抗病性等具有显著差异。杂种优势的发现及应用，可以获得高产抗病优良品种。随着水稻杂交育种技术及水稻多组学技术发展，籼粳亚种间的杂种优势和亚非栽培稻种间杂种优势可以被有效利用。因此，非洲栽培稻、籼稻和粳稻的鉴定就尤为重要。
2、非洲栽培稻(oryza glaberrima)和亚洲栽培稻(oryza sativa)是稻属的两个栽培种，亚洲栽培稻又分为籼稻(indica)和粳稻(japonica)两个亚种，目前鉴定这些亚种主要依赖形态学和ssr(simple sequence repeat，简单序列重复)标记。这些方法具有如下缺点：(1)易受人为因素影响，鉴定准确性差；(2)标记数目和多态性有限，检测特异性、灵敏度和分辨率低；(3)需要投入大量人力、物力，检测成本高。
3、目前很多研究主要集中在籼粳亚种间的鉴定，使用形态学、ssr标记、snp标记等，可以有效地鉴定籼稻和粳稻亚种。但是，如何鉴定非洲栽培稻、籼稻和粳稻的研究却很少。形态学研究主要是基于水稻的株型、叶片、谷粒、抗性等不同特征来鉴定不同的亚种。此方法虽然可行，但是水稻植株或谷粒的形态特征识别受环境的影响较大，且具有很强的人为主观性，耗时耗力，成本高。>
技术实现思路
1、本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一套用于非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记，能够用于准确鉴定非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种。
2、本专利技术还提出一种用于检测上述非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记的引物组和/或探针。
3、本专利技术还提出一种含有上述非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记的引物组和/或探针的试剂盒。
4、本专利技术还提出一种上述非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记的筛选方法。
5、本专利技术还提出一种上述非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记、引物组和/或探针或试剂盒的应用。
6、本专利技术还提出一种非洲栽培稻、籼稻或粳稻亚种的检测方法。
7、本专利技术还提出一种非洲栽培稻、籼稻或粳稻亚种的育种方法。
8、根据本专利技术的一个方面，提出了一套用于非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记，由72个snp分子标记组成，所述snp分子标记的具体信息如下：
9、
10、
11、；
12、所述snp分子标记的物理位置是基于日本晴irgsp1.0参考基因组确定的。
13、根据本专利技术的第二方面，提出了用于检测上述snp分子标记的引物组和/或探针。
14、根据本专利技术的第三方面，提出了一种含有上述引物组和/或探针的试剂盒。
15、根据本专利技术的第四方面，提出了一种上述非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记的筛选方法，所述筛选方法包括以下步骤：
16、(1)基于非洲栽培稻、籼稻、粳稻和野生稻全基因组测序数据，将所述全基因组测序数据比对至日本晴参考基因组，使用sentieon对每个样本进行变异位点检测，分析获得群体的snp位点；
17、(2)将步骤(1)得到的snp位点进行过滤；将过滤得到的标记，进行筛选得到靶位点snp；所述筛选参数为：maf<0.05，缺失率＞0.1；
18、(3)再通过分别计算籼稻-粳稻群体间分化指数fst，非洲栽培稻-籼稻群体间分化指数fst，非洲栽培稻-粳稻群体间分化指数fst，取其交集，筛选得到snp标记；
19、(4)将步骤(3)筛选得到的snp标记使用连锁不平衡过滤，去除冗余的snp标记后，进行snpeff注释，进一步筛选处在外显子、内含子、基因上下游等的snp标记，最终筛选到上述用于检测非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记。
20、在本专利技术的一些实施方式中，所述过滤的参数为qd<2.0||fs>60.0||mq<40.0||sor>3.0||mqranksum<-12.5||readposranksum<-8.0。
21、根据本专利技术的第五方面，提出了上述非洲栽培稻、籼稻亚种和粳稻亚种鉴定的snp分子标记、引物组和/或探针或试剂盒的应用，所述应用为在检测非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种中的应用。
22、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在选育非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种中的应用。
23、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在水稻分子标记辅助育种中的应用。
24、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在制备水稻育种的产品中的应用。
25、根据本专利技术的第六方面，提出了一种非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种的检测方法，所述方法包括以下步骤：
26、s1、从待测水稻中提取基因组dna；
27、s2、对步骤s1中提取的基因组dna进行所述snp位点的多态性检测，根据检测结果判断待测水稻为非洲栽培稻、籼稻亚种或粳稻亚种。
28、根据本专利技术的第七方面，提出了一种非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种的育种方法，所述方法包括以下步骤：利用上述非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种的检测方法，选择非洲栽培稻、籼稻亚种或粳稻亚种进行育种。
29、根据本专利技术的一些的实施方式，至少具有以下有益效果：本专利技术提供了一套用于非洲栽培稻、籼稻和粳稻亚种鉴定的snp分子标记，特异性、灵敏度和分辨力高；标记不受环境条件影响，能够使用种子或任何类型的植物组织，检测结果准确、重复性和稳定性好；不同检测实验室和不同的数据结果可以相互比较验证，数据具有普适的可比性。
30、将其用于筛选非洲栽培稻、籼稻和粳稻，具有广泛普适性，可以用于各种不同遗传来源的水稻材料的精准检测，促使水稻亚种间杂种优势利用，为培育超优势杂交水稻奠定基础。
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1.一套用于非洲栽培稻、籼稻亚种和粳稻亚种鉴定的SNP分子标记，其特征在于，由72个SNP分子标记组成，所述SNP分子标记的具体信息如下：
2.用于检测如权利要求1所述的SNP分子标记的引物组和/或探针。
3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2所述的引物组和/或探针。
4.一种如权利要求1所述的SNP分子标记的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括以下步骤：
5.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求2所述的引物组和/或探针和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在检测非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种中的应用。
6.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求2所述的引物组和/或探针和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在选育非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种中的应用。
7.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求2所述的引物组和/或探针和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在水稻分子标记辅助育种中的应用。
8.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求2所述的引物组和/或探针和权利要求3所述
9.一种非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种的检测方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
10.一种非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种的育种方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：利用权利要求9所述的检测方法，选择非洲栽培稻、籼稻亚种或粳稻亚种进行育种利用。
...【技术特征摘要】
1.一套用于非洲栽培稻、籼稻亚种和粳稻亚种鉴定的snp分子标记，其特征在于，由72个snp分子标记组成，所述snp分子标记的具体信息如下：
2.用于检测如权利要求1所述的snp分子标记的引物组和/或探针。
3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含权利要求2所述的引物组和/或探针。
4.一种如权利要求1所述的snp分子标记的筛选方法，其特征在于，所述筛选方法包括以下步骤：
5.权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的引物组和/或探针和权利要求3所述的试剂盒中的至少一种在检测非洲栽培稻、籼稻亚种和/或粳稻亚种中的应用。
6.权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的引物组和/或探针和权...
【专利技术属性】
技术研发人员：张哲，李为国，叶昌荣，贾高峰，刘志贤，
申请(专利权)人：华智生物技术有限公司，
类型：发明
国别省市：
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