【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于植物种质资源木本油料作物类遗传育种领域，具体涉及一种越南油茶资源snp和indel分子标记的多态性引物开发及其应用方法。
技术介绍
1、越南油茶(camellia drupifera)是山茶科山茶属物种之一，也是中国广泛种植的特色木本油料作物，其生态适应性广、树体高大、枝叶繁茂，可用于荒山绿化、水土保持、涵养水源；此外，其种仁含油率高、单株产量高，在适宜生态环境下可获得高产。越南油茶资源多样化，特别是海南本地油茶，其资源为越南油茶的特殊生态类型，遗传资源丰富，为了更好的保存和比较越南油茶种质资源的生物学和生态学特性以及经济性状，需要对种质资源进行搜集和保存。因此，科学保护越南油茶种质资源多样性，研究越南油茶资源遗传保护和遗传进化，以及越南油茶遗传育种具有重要应用意义。
2、目前，需要提供简单、高效的技术或体系，应用于越南油茶种质资源的鉴定和保护。本专利技术提供了越南油茶叶绿体基因组snp和indel分子标记的多态性引物，并提供了越南油茶叶绿体基因组snp和indel分子标记的多态性引物的应用方法，有助于越南油茶品种鉴定、越南油茶群体遗传结构和资源遗传多样性分析。
技术实现思路
1、本专利技术通过对5个不同地区分布的越南油茶种质进行叶绿体全基因组测序和基因组比较分析，获得不同地区越南油茶种质资源中snp和indel多态性位点，根据snp和indel多态性位点设计越南油茶种质资源snp和indel分子标记引物，本专利技术提供如下技术方案：
2、越南
3、ynsc01上游引物：5'-aggttcacaagcagccgaat-3'；
4、ynsc01下游引物：5'-agaagccattgcaattgccg-3'；
5、ynsc03上游引物：5'-ctaattcgtccccgcctacg-3'；
6、ynsc03下游引物：5'-gtcgaccgggtctacgaatc-3'；
7、ynsc04上游引物：5'-tggtccattctcagccttgg-3'；
8、ynsc04下游引物：5'-atcatggcttgaagcgggtt-3'；
9、ynsc05上游引物：5'-cgatcttgatccaggcctca-3'；
10、ynsc05下游引物：5'-agattcgaatcaccaaattggca-3'。
11、越南油茶资源indel分子标记的多态性引物，由ynsc02多态性引物对组成，其引物核苷酸序列如下：
12、ynsc02上游引物：5'-ggagtcttggaatctaggtttgga-3'；
13、ynsc02下游引物：5'-tggtagcgcgtttgttttgg-3'。
14、越南油茶资源snp和indel分子标记的多态性引物应用方法，包括如下步骤：
15、(1)提取待分析样品dna：提取待测越南油茶种质材料总基因组dna；
16、(2)pcr扩增反应：分别用所述ynsc01引物对、所述ynsc02引物对、所述ynsc03引物对、所述ynsc04引物对、所述ynsc05引物对对步骤(1)中的基因组dna进行pcr扩增反应；
17、(3)pcr扩增产物检测：将pcr扩增产物在含10％goldview核酸染料的1.5％琼脂糖凝胶上进行电泳，在0.5×tbe缓冲液中电压120v电泳40min，跑胶结果在凝胶成像系统中拍照记录；
18、(4)pcr扩增产物检测：将pcr扩增产物进行测序，根据相应位置的核苷酸序列信息来判定基因多态性位点。
19、进一步地，步骤(2)中所述的pcr扩增反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退火1min，72℃延伸2min，进行40个循环；72℃延伸10min。
20、进一步地，步骤(2)中所述的pcr扩增反应体系为：越南油茶dna 20ng，dntps0.20mmol/l，多态性引物0.20μmol/l，taq dna聚合酶2.00u，ddh2o补至总体积30μl。
21、进一步地，步骤(3)中所述的基因组测序为sanger一代常规测序。
22、本专利技术的有益效果：
23、本专利技术提供了越南油茶资源snp和indel分子标记引物及其应用方法，所述越南油茶资源snp和indel分子标记引物包括5对多态性高的引物。本专利技术对科学保护越南油茶种质资源多样性，研究越南油茶资源遗传保护和遗传进化，以及越南油茶遗传育种具有重要应用意义。本专利技术所开发的snp和indel分子标记引物具有方法简单、高效专一、灵敏度高等优点。
本文档来自技高网...【技术保护点】
1.越南油茶资源SNP分子标记的多态性引物组合，其特征在于，由YNSC01、YNSC03、YNSC04、YNSC05多态性引物对组成，其引物核苷酸序列如下：
2.越南油茶资源InDel分子标记的多态性引物，其特征在于，由YNSC02多态性引物对组成，其引物核苷酸序列如下：
3.一种权利要求1所述的引物组合或权利要求2所述的引物对的应用方法，其特征在于，包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的应用方法，其特征在于，步骤(2)中所述的PCR扩增反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性1min，60℃退火1min，72℃延伸2min，进行40个循环；72℃延伸10min。
5.根据权利要求3所述的应用方法，其特征在于，步骤(2)中所述的PCR扩增反应体系为：越南油茶DNA 20ng，dNTPs 0.20mmol/L，多态性引物0.20μmol/L，Taq DNA聚合酶2.00U，ddH2O补至总体积30μL。
6.根据权利要求3所述的应用方法，其特征在于，步骤(3)中所述的基因组测序为Sanger一代常规测序。
【技术特征摘要】
1.越南油茶资源snp分子标记的多态性引物组合，其特征在于，由ynsc01、ynsc03、ynsc04、ynsc05多态性引物对组成，其引物核苷酸序列如下：
2.越南油茶资源indel分子标记的多态性引物，其特征在于，由ynsc02多态性引物对组成，其引物核苷酸序列如下：
3.一种权利要求1所述的引物组合或权利要求2所述的引物对的应用方法，其特征在于，包括如下步骤：
4.根据权利要求3所述的应用方法，其特征在于，步骤(2)中所述的pcr扩增反应程序为：...
【专利技术属性】
技术研发人员：戚华沙，郑道君，梁恒，王春梅，陈加利，夏腾飞，孙秀秀，
申请(专利权)人：海南省农业科学院热带园艺研究所，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。