【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物技术相关领域，尤其是一种与小麦每穗小穗数相关的snp位点及其应用。
技术介绍
1、小麦(triticum aestivum l)是我国重要的粮食作物之一，随着人口的增长，生物和非生物灾害的频发等都威胁着小麦的产量，因此提高小麦的高产稳产水平显得尤为重要。作物产量的三要素中，每穗粒数是决定作物单产的重要性状。增加每穗小穗数能够增加每穗粒数并最终增加产量。
2、近年来，与小穗数相关基因陆续被克隆，利用提高小穗数育种方面也取得了一定的进展。muqaddasi、kuzay和voss-fels等通过不同方法鉴定到7al染色体上wapo1/taapo-a1正向调控小麦每穗小穗数。li等鉴定了上百个种植于中国北方的小麦品种的穗部结构，发现了一个多小穗地方品种ym44，并克隆到wfzp。对该基因进行单倍型分析显示，小麦的自然群体中wfzp-a的单snp差异导致其表达量不同进而影响了每穗小穗数和千粒重，该单倍型在育种进程中得到了选择。zhang等通过对水稻与拟南芥的moc1进行比较认为tamoc1可能与小麦小穗发育有关。进一步研究表明tamoc1在长2、3、6cm的穗部高表达。tamoc1-7a单倍型与每穗小穗数之间存在显著相关，聚合有利等位基因tamoc1-7a和tasnrk2.10能同时提高每穗小穗数和千粒重。
3、在产量构成三要素中，在单株或群体穗数不变的情况下，增加有效小穗数更有利于提高单穗粒重，进而实现产量的增长。
4、因此，在现有技术的基础上，开发设计一种用于鉴定小麦每穗小穗数
技术实现思路
1、本专利技术要解决的技术问题是提供一种与小麦每穗小穗数相关的snp位点及其应用。
2、为解决上述技术问题，本专利技术所采取的技术方案如下。
3、本专利技术包括一种与小麦每穗小穗数相关的snp位点，对应于seq id no.1所示序列自5’末端第723位碱基，该位点为t/t纯合时，相对应的基因型是甲；该位点为c/c纯合时，相对应的基因型是乙；对于小麦每穗小穗数表型而言，基因型甲纯合的小麦＜基因型乙纯合的小麦。
4、本专利技术还创制了一种分子标记，对应于seq id no.1所示序列自5’末端第568-742bp；通过对此分子标记进行pcr扩增产及酶切鉴定以区分权利要求1所述snp位点的基因型。
5、本专利技术还创制了一种引物组合，包括seq id no.2和seq id no.3组成的引物对1f和1r，以及seq id no.4和seq id no.5组成的引物对2f和2r；此引物组合作为权利要求2所述pcr扩增的特异性引物。
6、本专利技术还创制了一种用于检测权利要求1所述snp位点基因型的试剂盒，至少包括权利要求3所述的引物组合。
7、作为本专利技术的一种优选技术方案，所述试剂盒还包括必要的限制性内切酶组件。
8、作为本专利技术的一种优选技术方案，所述限制性内切酶为taqi酶。
9、作为本专利技术的一种优选技术方案，所述试剂盒还包括pcr扩增所需的缓冲液、dntps和/或其他必要组件。
10、本专利技术还创制了所述的snp位点，或所述的分子标记，或所述的引物组合，或所述的试剂盒的用途，用于鉴定或辅助鉴定小麦的每穗小穗数性性状。
11、作为本专利技术的一种优选技术方案，在分子标记辅助选择育种mas早期，通过对所述snp位点的基因型进行鉴定，定向获取具有更高或更低每穗小穗数的小麦品种，由此进行小麦的定向育种或辅助定向育种。
12、本专利技术还创制了一种鉴定或辅助鉴定小麦基因型的方法，对待测小麦基因组dna中任意一段包含权利要求1所述snp位点在内的dna片段进行pcr扩增，并将该pcr扩增产物进行酶切鉴定；所述pcr扩增的dna片段为seq id no.1中5’末端568-742bp；所述pcr扩增的特异性引物对为seq id no.2和seq id no.3组成的引物对1f和1r，以及seq id no.4和seqid no.5组成的引物对2f和2r；所述酶切包括以下步骤：以小麦基因组dna为模板，以引物1f和1r为引物对扩增得到pcr产物；将此pcr产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2f和2r为引物对扩增得到pcr产物；用限制性内切酶taqi酶切pcr产物；若pcr产物可以被切开，则该核苷酸多态性位点为t/t，基因型为甲；若pcr产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为c/c，基因型为乙；对于小麦每穗小穗数表型而言，基因型甲纯合的小麦＜基因型乙纯合的小麦。
13、采用上述技术方案所产生的有益效果在于：本专利技术课题组基于对小麦自然变异群体基因的遗传变异分析发现有1个主效snp，对应于序列表1自5’端第723位。通过对该snp位点设计dcaps标记，发现该snp存在两种基因型：基因型甲(t)、基因型乙(c)。通过关联分析证明，这两种基因型的纯合类型中，每穗小穗数大小为：基因型甲纯合的小麦＜基因型乙纯合的小麦。本专利技术还提供了检测所述snp的dcaps标记。实验证明，通过检测所述该snp，即可找到每穗小穗数较高的小麦。本专利技术为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种的理论和实际应用层面均具有重要意义。
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1.与小麦每穗小穗数相关的SNP位点，对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第723位碱基，该位点为T/T纯合时，相对应的基因型是甲；该位点为C/C纯合时，相对应的基因型是乙；对于小麦每穗小穗数表型而言，基因型甲纯合的小麦＜基因型乙纯合的小麦。
2.分子标记，对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第568-742bp；通过对此分子标记进行PCR扩增产及酶切鉴定以区分权利要求1所述SNP位点的基因型。
3.引物组合，包括SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，以及SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R；此引物组合作为权利要求2所述PCR扩增的特异性引物。
4.用于检测权利要求1所述SNP位点基因型的试剂盒，至少包括权利要求3所述的引物组合。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括必要的限制性内切酶组件。
6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：所述限制性内切酶为TaqI酶。
7.根据权利要求4或5或6所述的试剂
8.权利要求1所述的SNP位点，或权利要求2所述的分子标记，或权利要求3所述的引物组合，或权利要求4所述的试剂盒的用途，用于鉴定或辅助鉴定小麦的每穗小穗数性性状。
9.根据权利要求8的应用，其特征在于：在分子标记辅助选择育种MAS早期，通过对所述SNP位点的基因型进行鉴定，定向获取具有更高或更低每穗小穗数的小麦品种，由此进行小麦的定向育种或辅助定向育种。
10.一种鉴定或辅助鉴定小麦基因型的方法，其特征在于：对待测小麦基因组DNA中任意一段包含权利要求1所述SNP位点在内的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定；所述PCR扩增的DNA片段为SEQ ID NO.1中5’末端568-742bp；所述PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，以及SEQ ID NO.4和SEQ IDNO.5组成的引物对2F和2R；所述酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶TaqI酶切PCR产物；若PCR产物可以被切开，则该核苷酸多态性位点为T/T，基因型为甲；若PCR产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为C/C，基因型为乙；对于小麦每穗小穗数表型而言，基因型甲纯合的小麦＜基因型乙纯合的小麦。
...【技术特征摘要】
1.与小麦每穗小穗数相关的snp位点，对应于seq id no.1所示序列自5’末端第723位碱基，该位点为t/t纯合时，相对应的基因型是甲；该位点为c/c纯合时，相对应的基因型是乙；对于小麦每穗小穗数表型而言，基因型甲纯合的小麦＜基因型乙纯合的小麦。
2.分子标记，对应于seq id no.1所示序列自5’末端第568-742bp；通过对此分子标记进行pcr扩增产及酶切鉴定以区分权利要求1所述snp位点的基因型。
3.引物组合，包括seq id no.2和seq id no.3组成的引物对1f和1r，以及seq id no.4和seq id no.5组成的引物对2f和2r；此引物组合作为权利要求2所述pcr扩增的特异性引物。
4.用于检测权利要求1所述snp位点基因型的试剂盒，至少包括权利要求3所述的引物组合。
5.根据权利要求4所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括必要的限制性内切酶组件。
6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：所述限制性内切酶为taqi酶。
7.根据权利要求4或5或6所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括pcr扩增所需的缓冲液、dntps和/或其他必要组件。
8.权利要求1所述的snp位点，或权利要求2所述的分子标记，或权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：张莹，程玉豆，关军锋，张昊，刘西岗，
申请(专利权)人：河北省农林科学院生物技术与食品科学研究所，
类型：发明
国别省市：
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