【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于南美白对虾育种，具体涉及一种南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记及应用。
技术介绍
1、南美白对虾（litopenaeus vannamei），也称为白皮虾、白对虾、凡纳滨对虾，其生长速度较快，养殖周期短，具有较高的经济价值和营养价值，深受大众喜欢，是目前我国重要的养殖虾类。近年来，南美白对虾的养殖面临细菌性病害的挑战，不仅影响了养殖业的经济效益，而且病害防控技术不足还造成了抗菌素的乱用和滥用以及抗药性菌株蔓延等诸多负面影响。其中由副溶血性弧菌（vibrio parahaemolyticus）引起的弧菌病是南美白对虾养殖过程中最为常见、危害最大的细菌性疾病，患病对虾体色呈现白浊微红，肝胰脏肿大、质地松软，颜色变淡等症状，部分对虾肝胰脏可能明显萎缩，病情发展迅速，死亡率和排塘率极高，从发病少量到排塘的时间可能极短，仅2-3天。
2、atp结合框（atp-binding cassette，abc）转运蛋白是一种普遍存在于原核生物和真核生物中的膜结合蛋白，它们利用水解atp产生的能量，完成对无机离子、单糖、聚糖、胆固醇、磷脂、氨基酸、肽、蛋白质、毒素、药物以及抗生素在内的多种底物的跨膜转运。abc转运蛋白还涉及免疫调节，在病原体感染时参与细胞的防御反应，如通过转运免疫调节分子影响免疫细胞的功能。abc转运蛋白家族分为8个亚家族（abca～abch），每个亚家族又包含多个成员，其中abcf1是f亚家族的一成员。abcf1被认为是调节天然免疫反应的关键基因，并且与自身免疫性胰腺炎的风险相关。研究发现
3、单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，snp），指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的dna序列多态性，是以性状相关功能基因为基础的分子标记技术，已经成为水产遗传育种领域的关键技术之一。snp具有高度多态性、数据共享易、遗传稳定性好、便于高通量、检测自动化、技术成熟等优点。在南美白对虾育种中，snp标记已经得到应用，已经报道有耐氨氮性状、耐硝酸盐性状以及生长性状等相关的分子标记，但是与抗副溶血性弧菌性状相关的snp标记却鲜有报道。
技术实现思路
1、针对上述不足，本专利技术公开了一种南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记，基于南美白对虾的atp-binding cassette sub-family f member 1基因筛选得到与南美白对虾抗副溶血性弧菌性状相关的snp分子标记，并且将其作为南美白对虾抗副溶血性弧菌性状的功能标记，用于南美白对虾抗病新品种的育种。
2、本专利技术是采用如下技术方案实现的：
3、一种南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记，其位于序列表中序列1所示的核苷酸序列的4709 bp位点处，记为d. 4709 g＞a，该位点的碱基为a或g，突变类型为a/g杂合型、g/g纯合型。
4、序列表中序列1所述的核苷酸序列为atp-binding cassette sub-family fmember 1基因的核苷酸序列。
5、所述南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记的应用是将其用于南美白对虾的选择育种，具体是先提取待测南美白对虾肌肉组织的基因组dna，再将得到的基因组dna作为模板dna进行pcr扩增以及pcr扩增产物纯化，然后对得到的pcr扩增产物进行测序，确定所述的基因分子标记的基因型，当其为优势基因型的ag基因型时，选择该个体作为后备亲本进行南美白对虾品种育种。
6、本专利技术是取南美白对虾的附肢肌肉组织来提取dna，这不会对对虾肌体造成太大影响。育种可采用分子辅助育种的方法进行育种，例如利用基因敲除或者基因编辑的方法处理分子标记后获得的品种。
7、所述pcr扩增过程中，用于检测南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记的引物组，其包括引物f和引物r，所述引物f的序列为ctgactcgcaagcaggagaagaac（序列表中序列2），所述引物r的序列为ttataaatcggccgcgttgtgg（序列表中序列3）。
8、所述pcr扩增体系由以下组分组成：2.0μl的10×taq缓冲液、0.4μl的dntp（10mmol/l each）、0.2μl的浓度为5u/μl的taq dna聚合酶、0.5μl的引物f、0.5μl的引物r、14.4μl的ddh2o、2.0μl的模板dna。
9、所述pcr扩增的反应程序包括以下步骤：
10、s1、在95℃下预变性5min；
11、s2、在95℃下变性30s，60℃下退火30s，72℃下延伸30s，进行34个循环；
12、s3、在72℃下延伸5min。
13、本技术方案与现有技术相比较具有以下有益效果：
14、本专利技术提供了与南美白对虾抗副溶血弧菌性状紧密相关的snp分子标记，其与抗弧菌性状表现出显著相关性，可快速、准确地识别和选育具有抗弧菌性状的南美白对虾，缩短育种周期，加快育种进程，快速实现南美白对虾的抗病育种，为南美白对虾品种养殖和改良研究提供良好的基础。
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1.一种南美白对虾抗弧菌病性状相关的ABCF1基因分子标记，其特征在于：所述基因分子标记位于序列表中序列1所示的核苷酸序列的4709 bp位点处，记为D. 4709 G＞A，该位点的碱基为A或G，突变类型为A/G杂合型、G/G纯合型。
2.如权利要求1所述南美白对虾抗弧菌病性状相关的ABCF1基因分子标记的应用，其特征在于：将所述基因分子标记用于南美白对虾的选择育种，具体是先提取待测南美白对虾肌肉组织的基因组DNA，再将得到的基因组DNA作为模板DNA进行PCR扩增以及PCR扩增产物纯化，然后对得到的PCR扩增产物进行测序，确定所述的基因分子标记的基因型，当其为优势基因型的AG基因型时，选择该个体作为后备亲本进行南美白对虾品种育种。
3.根据权利要求1所述南美白对虾抗弧菌病性状相关的ABCF1基因分子标记的应用，其特征在于：所述PCR扩增过程中，用于检测南美白对虾抗弧菌病性状相关的ABCF1基因分子标记的引物组，其包括引物F和引物R，所述引物F的序列为CTGACTCGCAAGCAGGAGAAGAAC，所述引物R的序列为TTATAAATCGGCCGCGTTG
4. 根据权利要求3所述南美白对虾抗弧菌病性状相关的ABCF1基因分子标记的应用，其特征在于：所述PCR扩增体系由以下组分组成：2.0μL的10×Taq缓冲液、0.4μL的dNTP、0.2μL的浓度为5U/μL的Taq DNA聚合酶、0.5μL的引物F、0.5μL的引物R、14.4μL的ddH2O、2.0μL的模板DNA。
5.根据权利要求1所述南美白对虾抗弧菌病性状相关的ABCF1基因分子标记的应用，其特征在于：所述PCR扩增的反应程序包括以下步骤：
...【技术特征摘要】
1.一种南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记，其特征在于：所述基因分子标记位于序列表中序列1所示的核苷酸序列的4709 bp位点处，记为d. 4709 g＞a，该位点的碱基为a或g，突变类型为a/g杂合型、g/g纯合型。
2.如权利要求1所述南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记的应用，其特征在于：将所述基因分子标记用于南美白对虾的选择育种，具体是先提取待测南美白对虾肌肉组织的基因组dna，再将得到的基因组dna作为模板dna进行pcr扩增以及pcr扩增产物纯化，然后对得到的pcr扩增产物进行测序，确定所述的基因分子标记的基因型，当其为优势基因型的ag基因型时，选择该个体作为后备亲本进行南美白对虾品种育种。
3.根据权利要求1所述南美白对虾抗弧菌病性状相关的abcf1基因分子标记的应...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵永贞，彭敏，王焕岭，杨春玲，张彬，罗双双，王卉，李旻，陈田聪，刘青云，李强勇，熊建华，朱威霖，黄玉柳，冯鹏霏，洪传远，
申请(专利权)人：广西壮族自治区水产科学研究院广西壮族自治区渔业病害防治环境监测和质量检验中心，广西壮族自治区水生野生动物救护中心，
类型：发明
国别省市：
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