【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及大豆遗传育种，具体涉及一种检测大豆百粒重含量高低的snp标记及应用。
技术介绍
1、大豆(glycinemax)是人类和动物重要的蛋白质来源，且提供了全球一半以上的食用油。大豆的百粒重是决定种子产量的关键因素。一般来说，大豆的百粒重范围平均为15.0克到25.0克左右，而野生大豆的百粒重一般在2.0克左右。大豆产量的重要性不容忽视。首先，大豆是全球重要的食品和饲料作物，其产量的高低直接关系到人类和动物的食品供应。其次，大豆产量的提高对种植者来说，是获得更多经济收益的途径，而对于国家，是确保食品安全、推动经济发展的重要工具。另外，大豆作为一种环保的作物，其产量的提升也有助于环境的保护。总体来说，提高大豆产量是顺应全球粮食需求、改善民生、保障食品安全、保护环境和推动经济发展的重要措施。因此，开发高百粒重含量大豆分子标记，提高大豆种子的百粒重含量不仅对人类健康起重要作用，而且对我国经济和能源问题有重要意义。
2、然而，大豆的种子百粒重含量由多个数量性状位点(qtl)或基因和各种环境条件控制，使用传统的育种方法复杂且难以有效提高大豆百粒重含量。分子标记为育种者寻找新的变异来源提供了快速而准确的方法，鉴定与种子百粒重含量性状相关的位点/基因将加速高百粒重大豆育种的进程。
3、中国专利公开了一种与大豆百粒重含量高低相关的dcaps标记及其检测方法，其标记位于大豆第9号染色体3697352bp处；专利公开了一种用于辅助检测大豆百粒重的dcaps标记及其应用，该标记在大豆第9号染色体3697352bp处存在
4、但现有的分子标记可选范围十分有限，有必要开发更多新的分子标记用于辅助筛选高百粒重大豆种质资源。
技术实现思路
1、为了解决上述技术问题，本专利技术提供了一种检测大豆百粒重含量高低的snp标记及应用。该snp标记在多种环境或遗传背景下的不同群体的大豆中稳定有效。
2、为此，本专利技术提供了以下技术方案，
3、第一方面，本专利技术在可选的实施方式中提供了一种检测大豆百粒重含量高低的snp标记，所述snp标记位于核苷酸序列如seq id no.1所示的基因上，标记位点为所述基因的第311位处，该处碱基为g或a中的一种。
4、第二方面，本专利技术在可选的实施方式中提供了一种检测大豆百粒重含量高低的snp标记，所述snp标记位于核苷酸序列如seq id no.2所示的基因上，标记位点为所述基因的第2762位处，该处碱基为g或a中的一种。
5、本专利技术提供的snp标记在多种环境或遗传背景下的不同群体的大豆中稳定有效。该snp标记位于大豆第15号染色体2126515bp处。
6、第三方面，本专利技术在可选的实施方式中提供了一种检测大豆百粒重含量高低的snp标记的核苷酸序列，所述核苷酸序列如seq id no.1或seqid no.2所示。
7、第四方面，本专利技术在可选的实施方式提供了一种检测大豆百粒重含量高低的caps分子标记，所述caps分子标记包括上述的snp标记或上述核苷酸序列以及引物。
8、本专利技术提供的基于该snp标记开发的caps分子标记，能够方便、有效、准确的鉴定大豆百粒重含量高低。该caps分子标记自snp标记处开始，采用引物进行pcr扩增。
9、优选的，所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如seqid no.3所示，所述下游引物的核苷酸序列如seq id no.4所示。即从在核苷酸序列如seqid no.1所示的基因上，自5’端起第311位碱基处开始进行pcr扩增，上游引物为5’gaacacctagagcccaactta 3’，下游引物为5’accagtgataaccgagcaag 3’，或从在核苷酸序列如seq id no.2所示的基因上，自5’端起第2762位碱基处开始进行pcr扩增，上游引物为5’gaacacctagagcccaactta 3’，下游引物为5’accagtgataaccgagcaag 3’。
10、第五方面，本专利技术在可选的实施方式提供了一种上述snp标记或上述caps标记或上述引物在高百粒重大豆选育中或预测或辅助预测高百粒重大豆中或制备检测高百粒重大豆的试剂盒中的应用。
11、第六方面，本专利技术在可选的实施方式提供了一种用于检测高百粒重大豆的试剂盒，所述试剂盒包括上述检测大豆百粒重含量高低的caps分子标记。
12、第七方面，本专利技术在可选的实施方式还提供了一种检测大豆百粒重含量高低的方法，包括以下步骤：
13、s1：将待检测大豆籽粒dna进行pcr扩增，得到扩增产物，所述pcr扩增的位点位于上述snp标记位点处，上游引物为seq id no.3所示，下游引物为seq id no.4所示；
14、s2：将所述扩增产物用haeiii限制性核酸内切酶进行酶切，获得酶切产物；
15、s3：检测所述酶切产物是否含有712bp、313bp和399bp的产物，当酶切产物仅含712bp条带时，对应被检测的大豆为低百粒重大豆，当酶切产物包含313bp和399bp条带时，对应被检测的大豆为高百粒重大豆。
16、本专利技术利用提供的caps分子标记，只需提取大豆基因组dna进行pcr扩增，酶切后进行琼脂糖凝胶电泳，即可快速准确的鉴定大豆籽粒百粒重含量的高低。本专利技术为高百粒重大豆的选育和分子标记辅助选育提供了重要的参考依据，在高百粒重大豆新品种和新品系分子育种方面具有广阔的应用前景。
17、优选的，所述高百粒重大豆是指百粒重含量高于25g以上的大豆。
18、更进一步的，在步骤s1中，pcr扩增体系为：2.0μl的模板dna(100ng/μl)，引物各1.0μl(10μm)，taq酶12.5μl，双蒸水(ddh2o)8.5μl；反应条件为：95℃变性5min，95℃变性15s，54℃退火15s，72℃延伸15s，共循环36次；最后72℃延伸8min。
19、在步骤s2中，酶切体系为3.7μl双蒸水(ddh2o)，10×buffer lμl，10μl pcr产物，0.3μl haeiii限制性核酸内切酶；反应条件为：酶切温度37℃，酶切反应时间3.5h。
20、所述seq id no.1的核苷酸序列如下所示：
21、gaacacctagagcccaacttagaagggctcactgtagatgaggtatataatatgataaacttgtgtttcgaaataaaattttatttgatgaattctgttattttatgtgtctagtttttattttagatgatgtttctatgaataataagagtaaattgtatttggttggaaaggcaattcaaaacaagagattgttcctactagatcatcatgacccaatcatgccatatttgaggcgaataaatgcaacctccacaaaggcttatgc本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测大豆百粒重含量高低的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的基因上，标记位点为所述基因的第311位处，该处碱基为G或A中的一种。
2.一种检测大豆百粒重含量高低的SNP标记，其特征在于，所述SNP标记位于核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的基因上，标记位点为所述基因的第2762位处，该处碱基为G或A中的一种。
3.一种含有检测大豆百粒重含量高低的SNP标记的核苷酸序列，其特征在于，所述核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示。
4.一种检测大豆百粒重含量高低的CAPS分子标记，其特征在于，所述CAPS分子标记包括权利要求1或2所述的SNP标记或权利要求3所述的核苷酸序列以及引物。
5.根据权利要求4所述的检测大豆百粒重含量高低的CAPS分子标记，其特征在于，所述引物包括上游引物和下游引物，所述上游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，所述下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示。
6.一种权利要求1或2所述的SNP标记或权利要
7.一种权利要求1或2所述的SNP标记或权利要求3所述的核苷酸序列或权利要求4或5所述的CAPS分子标记在制备检测高百粒重大豆的试剂盒中的应用。
8.一种用于检测高百粒重大豆的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求4或5所述的检测大豆百粒重含量高低的CAPS分子标记。
9.一种检测大豆百粒重含量高低的方法，其特征在于，包括以下步骤：
10.根据权利要求9所述的检测大豆百粒重含量高低的方法，其特征在于，所述高百粒重大豆是指百粒重含量高于25g以上的大豆。
...【技术特征摘要】
1.一种检测大豆百粒重含量高低的snp标记，其特征在于，所述snp标记位于核苷酸序列如seq id no.1所示的基因上，标记位点为所述基因的第311位处，该处碱基为g或a中的一种。
2.一种检测大豆百粒重含量高低的snp标记，其特征在于，所述snp标记位于核苷酸序列如seq id no.2所示的基因上，标记位点为所述基因的第2762位处，该处碱基为g或a中的一种。
3.一种含有检测大豆百粒重含量高低的snp标记的核苷酸序列，其特征在于，所述核苷酸序列如seq id no.1或seq id no.2所示。
4.一种检测大豆百粒重含量高低的caps分子标记，其特征在于，所述caps分子标记包括权利要求1或2所述的snp标记或权利要求3所述的核苷酸序列以及引物。
5.根据权利要求4所述的检测大豆百粒重含量高低的caps分子标记，其特征在于，所述引物包括上游...
【专利技术属性】
技术研发人员：王晓波，吴传磊，胡晓渝，王伟，苗龙，李佳佳，邱丽娟，
申请(专利权)人：安徽农业大学，
类型：发明
国别省市：
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