【技术实现步骤摘要】
当前公开的主题涉及用于补全不完整感兴趣区域标记的方法、用于处理组织薄片的区域的方法、用于补全不完整感兴趣区域标记的系统以及计算机可读介质。
技术介绍
1、通过参考包括在本文内的标题为“处理样本的方法”的国际专利申请wo2020131070公开了一种用液体处理样本的隔离区域的方法。其中公开的已知方法包括以下步骤：
2、-借助于第一流体贮存器产生样本隔离区域，所述第一流体贮存器包围了第二流体贮存器的远端，并且所述样品隔离区域对于所述样品的剩余区域密封，
3、-将所述样品隔离区域与所述第二流体贮存器流体连接，
4、-将流体从所述第二流体贮存器分配至第一流体贮存器，从而在样品隔离区域处产生第一方向的流体流动，以及
5、-将流体从所述第一流体贮存器吸至第二流体贮存器中，从而在样品隔离区域处产生第二方向的流体流动。
6、例如，上述专利申请的图9示出了福尔马林固定石蜡包埋(ffpe)组织切片的显微镜图像。对应的描述给出了处理包含所述组织切片的载玻片的实施例。
7、当使用已知的处理样本的方法进行工作时，用户需要指示处理需要在哪里进行。在实践中，用户(诸如病理学家)将一个或多个区域标记为感兴趣区域。然后，已知方法的操作者确定处理将在哪里进行，例如，提取舱(extraction pod)需要被放置在哪里。将这种放置自动化的障碍之一是指示感兴趣区域的方式。用户(比如说病理学家)可能会用标记笔指示该区域，但不会准确地闭合轮廓。对于人类操作者来说，这几乎没有问题，但对于计算机置片(p
技术实现思路
1、将有利的是具有一种改进的方式来闭合感兴趣区域标记，例如由局部轮廓表示的感兴趣区域标记，以获得闭合的轮廓。
2、例如，在一个实施方案中，可以在图像中检测一个或多个轮廓的端点。然后，可以通过绘制连接所选的一对匹配端点中端点的线段来绘入显示轮廓的图像。
3、例如，可将图像分割为组织和感兴趣区域标记。例如，可将图像分割为组织、感兴趣区域标记和背景。感兴趣区域通常由病理学家用标记笔环绕，并由机器学习模型识别。提取感兴趣区域的轮廓后，通常会发现一个或多个间隙，例如，由标记笔上的压力不足或组织具有与标记笔接近的颜色造成的一个或多个间隙，此外，由用户圈出的感兴趣区域往往不会闭合。
4、由于无法保证完美绘制的轮廓，因此需要将检测到的局部轮廓闭合。替代方法是从有标记的组织图像中直接检测感兴趣区域，例如使用受过训练的网络。然而，这种检测的质量不高，通常要求人工干预来修复检测到的感兴趣区域。事实证明，轮廓检测对于机器检测(例如使用神经网络)来说是一项更容易的任务以高质量执行。另一方面，它要求后续算法来补全轮廓。一些实施方案基于几何原理，意味着使用检测到的轮廓的距离和/或角度来确定匹配对，然后将所述匹配对连接。
5、闭合不完整感兴趣区域标记的方法可用于促进组织处理。用户可以被允许指示具有不完美的标记的感兴趣区域，特别是未闭合的轮廓。有了自动闭合轮廓的方式，尤其是可靠的方式，缩短了完成组织薄片处理的工作流程的时间。
6、在另一个方面，闭合轮廓用于计划该区域的处理。例如，处理计划可包括覆盖感兴趣区域的一个或多个几何形状的位置和尺寸。几何形状被选中由处理尖端支撑。
7、国际专利申请pct/us2021/065085公开了化学分离的一种替代方法(如裂解)，在此通过参考包括在本文。根据这种变体，打印一个3d掩模以应用于组织上。3d掩模可以单独打印，但有利地是直接打印在组织(例如第二组织载玻片的组织)上。掩模在感兴趣区域周围限定屏障，以便将分离液体直接涂抹到感兴趣区域。可以应用该选择，而无需创建包括几何形状的处理计划。
8、此外，系统和/或设备可被配置为根据处理计划补全轮廓、确定处理和/或操作处理设备。例如通过外部载玻片扫描仪，可在系统外扫描包括组织切片和标记的初始图像。在那种情况下，图像将在输入处获得。替代地，可以接收物理载玻片，在这种情况下，载玻片可以在系统中成像，例如通过相机。系统可被配置为使用3d掩模进行分离，例如，从补全的轮廓生成3d设计，和/或打印3d掩模，和/或向掩模限定的空腔(例如，感兴趣区域)涂抹和吸入处理液体。处理液体可以是裂解液体。
9、另一方面是用于闭合轮廓的方法。方法还可以确定处理计划或执行所述计划。所述方法的一个实施方案可以作为计算机实施的方法在计算机上实施，或在专用硬件中实施，或上述两者的组合。所述方法的一个实施方案的可执行代码可以被存储在计算机程序产品上。计算机程序产品的实施例包括：内存设备、光存储设备、集成电路、服务器、在线软件等。优选地，计算机程序产品包括存储在计算机可读介质上的非暂时性程序代码，所述非暂时性程序代码用于当所述程序产品在计算机上执行时，执行所述方法的实施方案。
10、在一个实施方案中，所述计算机程序包括计算机程序代码，当所述计算机程序在计算机上运行时，所述计算机程序代码适于执行所述方法的实施方案的全部步骤或部分步骤。优选地，所述计算机程序实施在计算机可读介质上。
11、当前公开的主题的另一个方面是一种使计算机程序可供下载的方法。
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1.一种用于补全不完整感兴趣区域标记的计算机实施的方法(700)，感兴趣区域标记表示组织切片的图像上的感兴趣区域，该方法包括
2.如权利要求1所述的方法，包括
3.如权利要求1所述的方法，其中该得分包括距离项和方向项。
4.如权利要求1所述的方法，其中获取包括一个或多个轮廓的图像包括
5.如权利要求1所述的方法，包括在检测所述端点之前对所述图像进行骨架化。
6.如权利要求1所述的方法，包括
7.如权利要求6所述的方法，包括
8.如权利要求1所述的方法，包括
9.如权利要求1所述的方法，其中在使用所述得分选择一对端点之前，将比阈值更靠近的检测的端点连接并考虑移除。
10.如权利要求1所述的方法，其中连接局部轮廓的端点的一个或多个绘制线段将所述轮廓闭合，从而完全包围一个区域。
11.如权利要求1所述的方法，包括确定被绘入的图像的置信度值，如果所述置信度值和阈值之间的比较示出较低置信度，则将被绘入的图像显示给用户，供用户确认。
12.如权利要求1所述的方法
13.如权利要求1所述的方法，包括
14.如权利要求13所述的方法，进一步包括用所述机动处理尖端分离所述组织薄片上与所述相交图像中的分离区域相对应的区域。
15.一种用于补全不完整感兴趣区域标记的系统，感兴趣区域标记表示组织切片的图像上的感兴趣区域，包括：一个或多个处理器；以及一个或多个存储设备，所述一个或多个存储设备存储指令，当被所述一个或多个处理器执行时，所述指令致使所述一个或多个处理器执行操作以用于
16.如权利要求15所述的系统，包括被设置用于处理组织薄片的机动处理尖端，所述操作包括
17.一种非暂时性计算机可读介质(1000)，包括表示指令的数据(1020)，当被处理器系统执行时，所述指令致使所述处理器系统执行根据权利要求1所述的方法。
...【技术特征摘要】
1.一种用于补全不完整感兴趣区域标记的计算机实施的方法(700)，感兴趣区域标记表示组织切片的图像上的感兴趣区域，该方法包括
2.如权利要求1所述的方法，包括
3.如权利要求1所述的方法，其中该得分包括距离项和方向项。
4.如权利要求1所述的方法，其中获取包括一个或多个轮廓的图像包括
5.如权利要求1所述的方法，包括在检测所述端点之前对所述图像进行骨架化。
6.如权利要求1所述的方法，包括
7.如权利要求6所述的方法，包括
8.如权利要求1所述的方法，包括
9.如权利要求1所述的方法，其中在使用所述得分选择一对端点之前，将比阈值更靠近的检测的端点连接并考虑移除。
10.如权利要求1所述的方法，其中连接局部轮廓的端点的一个或多个绘制线段将所述轮廓闭合，从而完全包围一个区域。
11.如权利要求1所述的方法，包括确定被绘入的图像的置信度值，如果所述置信度值和阈值之间的比较示出较低置信度，则将被绘入的图像显示给用户，供用户...
【专利技术属性】
技术研发人员：V·维拉杰，S·斯特拉森，P·奥特，
申请(专利权)人：帝肯贸易股份公司，
类型：发明
国别省市：
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