【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
技术实现思路
【技术保护点】
1.一种设计核酸链的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中产生所述基因的mRNA变体的共有序列包括用所述基因的mRNA的查询序列针对至少一个序列数据库进行搜索。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述至少一个序列数据库包含所述基因的mRNA变体的序列。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述基因的mRNA变体各自相对于彼此包含点突变、拷贝数变异、等位基因变异、多态性、取代、缺失、插入、复制、倒位或其组合。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中产生所述基因的mRNA变体的共有序列包括将所述基因的mRNA变体的序列与参考序列进行比对。
6.根据权利要求5所述的方法，其中将所述基因的mRNA变体的序列与所述参考序列进行比对包括使用BLAST算法；或者其中将所述基因的mRNA变体的序列与所述参考序列进行比对包括进行Smith-Waterman、Needleman-Wusnch、无空位或有空位比对。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中从所述共有序列产生所述多于一个候选序列区段
8.根据权利要求7所述的方法，其中当与所述共有序列比对时，所述多于一个候选序列区段中的两个或更多个候选序列区段彼此重叠。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，包括：
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，包括：
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，包括：
12.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，包括：
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述共有序列包含一个或更多个各自具有歧义码的碱基。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中产生所述互补候选序列区段包括将尿嘧啶(U)与具有歧义码S的候选序列区段的碱基配对，S是鸟嘌呤(G)或胞嘧啶(C)。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中产生所述互补候选序列区段包括将鸟嘌呤(G)与具有歧义码Y的候选序列区段的碱基配对，Y是胸腺嘧啶(T)或胞嘧啶(C)。
16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述互补候选序列区段与所述候选序列区段完全互补。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中获得所述互补候选序列区段的二级结构能量包括获得内部二级结构能量和自双链体二级结构能量。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中获得所述互补候选序列区段的二级结构能量包括计算由所述互补候选序列区段形成的内部二级结构的最小自由能。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中获得所述互补候选序列区段的二级结构能量包括计算由两个相互作用的互补候选序列区段形成的自双链体二级结构的最小自由能。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中识别与所述互补候选序列区段具有大体同一性的匹配序列的数量包括：
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述序列比对工具使用BLAST算法。
22.根据权利要求20或21所述的方法，其中所述匹配序列与所述互补候选序列区段或其一部分具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的序列同一性。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述互补候选序列区段包含中心区域、位于所述中心区域的3’的3’支点和位于所述中心区域的5’的5’支点，并且与所述互补候选序列区段的匹配序列包含与所述互补候选序列区段或其一部分的5’支点或3’支点大体相同的部分；并且任选地，所述匹配序列的与所述互补候选序列区段或其一部分的5’支点或3’支点大体相同的的部分具有至少4个核苷酸的长度。
24.根据权利要求23所述的方法，其中所述互补候选序列区段的匹配序列包含与所述互补候选序列区段的中心区域的一部分大体相同的部分；并且任选地，所述匹配序列的长度为约5-30个核苷酸。
25.根据权利要求1-24中任一项所述的方法，其中与所述互补候选序列区段具有大体同一性的匹配序列包含：
26.根据权利要求23-25中任一项所述的方法，其中所述互补候选序列区段的3’支点具有5-20个核苷的长度，并且任选地具有9个核苷的长度。
27.根据权利要求23-26中任一项所述的方法，其中所述互补候选序列区段的中心区域具有10-30个核苷的长度。
28.根据权利要求1-27中任...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种设计核酸链的方法，包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中产生所述基因的mrna变体的共有序列包括用所述基因的mrna的查询序列针对至少一个序列数据库进行搜索。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述至少一个序列数据库包含所述基因的mrna变体的序列。
4.根据权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述基因的mrna变体各自相对于彼此包含点突变、拷贝数变异、等位基因变异、多态性、取代、缺失、插入、复制、倒位或其组合。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中产生所述基因的mrna变体的共有序列包括将所述基因的mrna变体的序列与参考序列进行比对。
6.根据权利要求5所述的方法，其中将所述基因的mrna变体的序列与所述参考序列进行比对包括使用blast算法；或者其中将所述基因的mrna变体的序列与所述参考序列进行比对包括进行smith-waterman、needleman-wusnch、无空位或有空位比对。
7.根据权利要求1-6中任一项所述的方法，其中从所述共有序列产生所述多于一个候选序列区段包括将所述共有序列片段化为所述多于一个候选序列区段；并且任选地，所述多于一个候选序列区段各自具有约32个核苷酸的长度。
8.根据权利要求7所述的方法，其中当与所述共有序列比对时，所述多于一个候选序列区段中的两个或更多个候选序列区段彼此重叠。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，包括：
10.根据权利要求1-9中任一项所述的方法，包括：
11.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，包括：
12.根据权利要求1-10中任一项所述的方法，包括：
13.根据权利要求1-12中任一项所述的方法，其中所述共有序列包含一个或更多个各自具有歧义码的碱基。
14.根据权利要求1-13中任一项所述的方法，其中产生所述互补候选序列区段包括将尿嘧啶(u)与具有歧义码s的候选序列区段的碱基配对，s是鸟嘌呤(g)或胞嘧啶(c)。
15.根据权利要求1-14中任一项所述的方法，其中产生所述互补候选序列区段包括将鸟嘌呤(g)与具有歧义码y的候选序列区段的碱基配对，y是胸腺嘧啶(t)或胞嘧啶(c)。
16.根据权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述互补候选序列区段与所述候选序列区段完全互补。
17.根据权利要求1-16中任一项所述的方法，其中获得所述互补候选序列区段的二级结构能量包括获得内部二级结构能量和自双链体二级结构能量。
18.根据权利要求1-17中任一项所述的方法，其中获得所述互补候选序列区段的二级结构能量包括计算由所述互补候选序列区段形成的内部二级结构的最小自由能。
19.根据权利要求1-18中任一项所述的方法，其中获得所述互补候选序列区段的二级结构能量包括计算由两个相互作用的互补候选序列区段形成的自双链体二级结构的最小自由能。
20.根据权利要求1-19中任一项所述的方法，其中识别与所述互补候选序列区段具有大体同一性的匹配序列的数量包括：
21.根据权利要求20所述的方法，其中所述序列比对工具使用blast算法。
22.根据权利要求20或21所述的方法，其中所述匹配序列与所述互补候选序列区段或其一部分具有至少70％、75％、80％、85％、90％、95％或更多的序列同一性。
23.根据权利要求1-22中任一项所述的方法，其中所述互补候选序列区段包含中心区域、位于所述中心区域的3’的3’支点和位于所述中心区域的5’的5’支点，并且与所述互补候选序列区段的匹配序列包含与所述互补候选序列区段或其一部分的5’支点或3’支点大体相同的部分；并且任选地，所述匹配序列的与所述互补候选序列区段或其一部分的5’支点或3’支点大体相同的的部分具有至...
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