【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、生物分子研究中的进展部分是通过用于表征分子和/或其生物反应的技术的改进来带动的。具体地说，对核酸的研究得益于开发用于序列分析的技术。核酸测序在分子生物学和医学(例如，诊断和治疗监测)领域有各种应用。核酸测序可以提供可以用来诊断对象的某种病况和/或定制治疗方案的信息。测序被广泛用于分子生物学应用，包括载体设计、基因疗法、疫苗设计、工业菌株设计和验证。进行最终序列分析的方式可在此类分析中可能获得的信息的类型和质量方面发挥作用。
技术实现思路
1、本文认识到需要用于增加用于分析和/或处理核酸样品的方法的效率、灵敏度和准确性的系统、方法、过程和组合物。本公开提供了用于在高准确性和灵敏度以及使用高效试剂的情况下分析和/或处理模板(或样品)核酸分子(例如，在生物样品中存在的那些)的系统、方法和组合物。本文提供了用于将衔接子附接至模板插入序列以准备扩增和/或测序的系统、方法和组合物。本文提供了用于扩增诸如模板分子文库中的核酸分子以准备测序的系统、方法和组合物。本文提供了用于对根据本文描述的方法制备的模板和/或文库进行测序以及用于分析从此类测序获得的测序信息的系统、方法和组合物。
2、本文描述了用于样品处理以校正测序错误的各种方法，所述方法包括：提供支持物-模板组装体，其中所述支持物-模板组装体包含(i)包含第一表面引物和第二表面引物的支持物和(ii)包含第一链和第二链的模板核酸分子，其中第二链在3'端包含突出端和可切割部分，其中突出端的至少一部分退火至第一表面引物的至
3、本文描述了用于样品处理以校正测序错误的各种方法，所述方法包括：获得通过在支持物上进行多个顺序测序流步骤而收集的多个测序信号，其中支持物包含各自与其共价结合的模板核酸分子的第一链、第一链的拷贝、模板核酸分子的第二链的第二链拷贝和第二链拷贝的拷贝；在多个顺序测序流步骤中的特定测序流步骤处确定定相的存在；从碱基判定中忽略或去除在特定测序流步骤处和特定测序流步骤的下游收集的测序信号；以及从多个测序信号中的未去除的测序信号生成测序读段。在一些实施方案中，所述方法还包括在特定测序流步骤处鉴定碱基错配错误。在一些实施方案中，碱基错配错误包括以下中的一种：snp、插入/缺失或人为碱基错配错误。在一些实施方案中，鉴定碱基错配错误包括针对多个顺序测序流步骤中的每个测序流步骤确定读段质量度量。在一些实施方案中，读段质量度量至少部分地基于多个顺序测序流步骤的一个或多个均聚物概率值来确定。在一些实施方案中，一个或多个均聚物概率值不同于最高均聚物概率值。在一些实施方案中，读段质量度量基于多个顺序测序流步骤的第二高概率值来确定。在一些实施方案中，在特定测序流步骤处确定定相的存在还包括：确定测序流步骤的读段质量度量移动平均值；选择特定测序流步骤，其中特定测序流步骤是移动平均值高于预定阈值的第n个测序流步骤，其中n是预定义的数；以及对包括特定测序流步骤的测序读段的至少一部分进行修剪。在一些实施方案中，在选定的测序流步骤之前的预定数目的连续测序流步骤是修剪的。在一些实施方案中，连续测序流步骤的预定数目是四的倍数。在一些实施方案中，所述方法还其还包括将修剪的测序数据存储在非暂时性计算机可读介质中。在一些实施方案中，所述方法还其还包括将修剪的测序数据中的测序读段与参考序列进行比对。在一些实施方案中，所述方法还包括针对多个支持物中的每一个获得以下项：获得通过在支持物上进行多个顺序测序流步骤而收集的多个测序信号，其中支持物包含各自与其共价结合的模板核酸分子的第一链、第一链的拷贝、模板核酸分子的第二链的第二链拷贝和第二链拷贝的拷贝；在多个顺序测序流步骤中的特定测序流步骤处确定定相的存在；从碱基判定中忽略或去除在特定测序流步骤处和特定测序流步骤的下游收集的测序信号；以及从多个测序信号中的未去除的测序信号生成测序读段。在一些实施方案中，所述方法还包括针对多个支持物的子集，鉴定碱基错配错误，其中对于多个支持物的子集中的至少一个支持物，碱基错配错误是人为碱基错配错误。在一些实施方案中，人为碱基错配错误并非起源于模板核酸分子所源自的样品。在一些实施方案中，人为碱基错配错误包括扩增错误。
4、本文描述了用于样品处理以校正测序错误的各种系统，所述系统包括一个或多个计算机处理器，其单独或共同地被配置为获得通过在支持物上进行多个顺序测序流步骤而收集的多个测序信号，其中支持物包含各自与其共价结合的模板核酸分子的第一链、第一链的拷贝、模板核酸分子的第二链的第二链拷贝和第二链拷贝的拷贝；在多个顺序测序流步骤中的特定测序流步骤处确定定相的存在；从碱基判定中忽略或去除在特定测序流步骤处和特定测序流步骤的下游收集的测序信号；以及从多个测序信号中的未去除的测序信号生成测序读段。在一些实施方案中，一个或多个计算机处理器单独或共同地被进一步配置为在特定测序流步骤处鉴定人为碱基错配错误，人为碱基本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种校正测序错误的样品处理方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中所述支持物是珠粒。
3.如权利要求1-2中任一项所述的方法，其中在(b)之前，将所述支持物偶联至模板核酸分子文库中的至多一个模板核酸分子。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述第一链经由所述第一链与所述第一表面引物之间的接合来共价结合至所述支持物。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中(c)中的所述延伸在多个分区中的分区中进行。
6.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中(c)中的所述延伸在存在至少一个额外支持物-模板组装体的情况下在本体溶液中进行。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中(d)在多个分区中的分区中进行。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述支持物包含多个表面引物，所述多个表面引物包括所述第一表面引物和所述第二表面引物，并且所述方法还包括对所述延伸的支持物-模板组装体进行扩增以生成扩增的支持物，其中所述扩增的支持物包含各自与其共价结合的所述第一链、所述第一链的
9.如权利要求8所述的方法，其中所述扩增在多个分区中的分区中进行。
10.如权利要求8-9中任一项所述的方法，还包括对所述扩增的支持物进行测序。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述测序包括将多个测序引物退火至所述扩增的支持物的多个链，以及以顺序流步骤延伸所述多个测序引物，其中在所述顺序流步骤中的流步骤中，提供多个单碱基的核苷酸，并且经由测序信号检测所述多个核苷酸的掺入或其缺乏。
12.如权利要求11所述的方法，还包括在所述顺序流步骤中的特定流步骤处检测定相，以及从碱基判定中忽略或去除在所述特定流步骤处和所述特定流步骤的下游收集的测序信号。
13.如权利要求12所述的方法，还包括从未去除的测序信号生成测序读段，以及将所述测序读段与参考进行比对。
14.如权利要求13所述的方法，还包括鉴定单核苷酸多态性(SNP)。
15.如权利要求1-14中任一项所述的方法，其中所述可切割部分是尿嘧啶残基。
16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述酶是脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(APE1)。
17.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中(b)包括提供尿嘧啶-DNA糖基化酶(UDG)。
18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中(c)包括使用Taq聚合酶来延伸所述切割的第二链。
19.一种校正测序错误的样品处理方法，所述方法包括：
20.如权利要求19所述的方法，其还包括在所述特定测序流步骤处鉴定碱基错配错误。
21.如权利要求20所述的方法，其中碱基错配错误包括以下中的一种：SNP、插入/缺失或人为碱基错配错误。
22.如权利要求20所述的方法，其中鉴定碱基错配错误包括针对所述多个顺序测序流步骤中的每个测序流步骤确定读段质量度量。
23.如权利要求22所述的方法，其中读段质量度量至少部分地基于所述多个顺序测序流步骤的一个或多个均聚物概率值来确定。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述一个或多个均聚物概率值不同于最高均聚物概率值。
25.如权利要求21-24中任一项所述的方法，其中读段质量度量基于所述多个顺序测序流步骤的第二高概率值来确定。
26.如权利要求21-25中任一项所述的方法，其中在所述特定测序流步骤处确定定相的存在还包括：
27.如权利要求26所述的方法，其中在所述选定的测序流步骤之前的预定数目的连续测序流步骤是修剪的。
28.如权利要求27所述的方法，其中连续测序流步骤的所述预定数目是四的倍数。
29.如权利要求26-28中任一项所述的方法，还包括将所述修剪的测序数据存储在非暂时性计算机可读介质中。
30.如权利要求26-29中任一项所述的方法，还包括将所述修剪的测序数据中的测序读段与参考序列进行比对。
31.如权利要求21-30中任一项所述的方法，还包括针对多个支持物中的每一个获得以下项：
32.如权利要求31所述的方法，其还包括针对所述多个支持物的子集，鉴定碱基错配错误，其中对于所述多个支持物的所述子集中的至少一个支持物，所述碱基错配错误是人为碱基错配错误。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述人为碱基错配错误并非起源于所述模板核酸分子所源自的样品。
34.如权利...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种校正测序错误的样品处理方法，所述方法包括：
2.如权利要求1所述的方法，其中所述支持物是珠粒。
3.如权利要求1-2中任一项所述的方法，其中在(b)之前，将所述支持物偶联至模板核酸分子文库中的至多一个模板核酸分子。
4.如权利要求1-3中任一项所述的方法，其中所述第一链经由所述第一链与所述第一表面引物之间的接合来共价结合至所述支持物。
5.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中(c)中的所述延伸在多个分区中的分区中进行。
6.如权利要求1-4中任一项所述的方法，其中(c)中的所述延伸在存在至少一个额外支持物-模板组装体的情况下在本体溶液中进行。
7.如权利要求1-6中任一项所述的方法，其中(d)在多个分区中的分区中进行。
8.如权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述支持物包含多个表面引物，所述多个表面引物包括所述第一表面引物和所述第二表面引物，并且所述方法还包括对所述延伸的支持物-模板组装体进行扩增以生成扩增的支持物，其中所述扩增的支持物包含各自与其共价结合的所述第一链、所述第一链的拷贝、所述第二链拷贝和所述第二链拷贝的拷贝。
9.如权利要求8所述的方法，其中所述扩增在多个分区中的分区中进行。
10.如权利要求8-9中任一项所述的方法，还包括对所述扩增的支持物进行测序。
11.如权利要求10所述的方法，其中所述测序包括将多个测序引物退火至所述扩增的支持物的多个链，以及以顺序流步骤延伸所述多个测序引物，其中在所述顺序流步骤中的流步骤中，提供多个单碱基的核苷酸，并且经由测序信号检测所述多个核苷酸的掺入或其缺乏。
12.如权利要求11所述的方法，还包括在所述顺序流步骤中的特定流步骤处检测定相，以及从碱基判定中忽略或去除在所述特定流步骤处和所述特定流步骤的下游收集的测序信号。
13.如权利要求12所述的方法，还包括从未去除的测序信号生成测序读段，以及将所述测序读段与参考进行比对。
14.如权利要求13所述的方法，还包括鉴定单核苷酸多态性(snp)。
15.如权利要求1-14中任一项所述的方法，其中所述可切割部分是尿嘧啶残基。
16.如权利要求1-15中任一项所述的方法，其中所述酶是脱嘌呤/脱嘧啶核酸内切酶1(ape1)。
17.如权利要求1-16中任一项所述的方法，其中(b)包括提供尿嘧啶-dna糖基化酶(udg)。
18.如权利要求1-17中任一项所述的方法，其中(c)包括使用taq聚合酶来延伸所述切割的第二链。
19.一种校正测序错误的样品处理方法，所述方法包括：
20.如权利要求19所述的方法，其还包括在所述特定测序流步骤处鉴定碱基错配错误。
21.如权利要求20所述的方法，其中碱基错配错误包括以下中的一种：snp、插入/缺失或人为碱基错配错误。
22.如权利要求20所述的方法，其中鉴定碱基错配错误包括针对所述多个顺序测序流步骤中的每个测序流步骤确定读段质量度量。
23.如权利要求22所述的方法，其中读段质量度量至少部分地基于所述多个顺序测序流步骤的一个或多个均聚物概率值来确定。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述一个或多个均聚物概率值不同于最高均聚物概率值。
25.如权利要求21-24中任一项所述的方法，其中读段质量度量基于所述多个顺序测序流步骤的第二高概率值来确定。
26.如权利要求21-25中任一项所述的方法，其中在所述特定测序流步骤处确定定相的存在还包括：
27.如权利要求26所述的方法，其中在所述选定的测序流步骤之前的预定数目的连续测序流步骤是修剪的。
28.如权利要求27所述的方法，其中连续测序流步骤的所述预定数目是四的倍数。
29.如权利要求26-28中任一项所述的方法，还包括将所述修剪的测序数据存储在非暂时性计算机可读介质中。
30.如权利要求26-29中任一项所述的方法，还包括将所述修剪的测序数据中的测序读段与参考序列进行比对。
31.如权利要求21-30中任一项所述的方法，还包括针对多个支持物中的每一个获得以下项：
32.如权利要求31所述的方法，其还包括针对所述多个支持物的子集，鉴定碱基错配错误，其中对于所述多个支持物的所述子集中的至少一个支持物，所述碱基错配错误是人为碱基错配错误。
33.如权利要求32所述的方法，其中所述人为碱基错配错误并非起源于所述模板核酸分子所源自的样品。
34.如权利要求32-33中任一项所述的方法，其中所述人为碱基错配错误包括扩增错误。
35.一种校正测序错误的样品处理系统，所述系统包括：
36.如权利要求35所述的系统，其中所述一个或多个计算机处理器单独或共同地被进一步配置为在所述特定测序流步骤处鉴定人为碱基错配错误，所述人为碱基错配错误并非起源于所述模板核酸分子所源自的样品。
37.一种校正测序错误的样品处理方法，所述方法包括：
38.如权利要求37所述的方法，其中所述支持物是珠粒。
39.如权利要求37-38中任一项所述的方法，其中所述捕获部分包含生物素。
40.如权利要求37-39中任一项所述的方法，其中所述第一捕获序列、所述第二捕获序列或两者包含随机n-mer序列。
41.如权利要求37-40中任一项所述的方法，其中所述第二衔接子在所述第四链中在5'至3'的方向上包含以下一个或多个序列区段：[功能序列1]，并且在所述第三链中在3'至5'的方向...
【专利技术属性】
技术研发人员：弗洛里安·奥博尔斯特拉斯，泰森·克拉克，卡特琳娜·施魏登巴克，丹尼尔·马祖尔，
申请(专利权)人：阿尔缇玛基因组学公司，
类型：发明
国别省市：
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