【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及用于鉴定在生命早期阶段易感呼吸道感染(例如，严重下呼吸道感染)、易发生呼吸道感染、有呼吸道感染倾向或有增加的呼吸道感染风险的个体的方法。这为以抢先疗法的形式进行干预提供了机会。相关申请本申请要求于2021年10月26日提交的澳大利亚临时申请第2021903424号的优先权，所述澳大利亚临时申请的全部内容通过引用整体并入本文。
技术介绍
1、严重下呼吸道感染(slri)是婴儿和儿童急诊室就诊的主要原因，并且是哮喘和喘息发展的主要风险因素。一系列前瞻性出生群组研究发现，在患有鼻病毒(rv)喘息和早期气源性致敏原致敏的儿童中，slri与哮喘之间的联系最强。然而，在没有显著症状的哮喘儿童中可以常规检测到rv，这表明rv可能是必要的，但不足以驱动slri的发病机制。在这方面，已经证明，与病毒检测同时发生和/或在病毒检测之前，细菌性病原体(包含莫拉菌属(morexella)、链球菌属(streptococcus)和嗜血杆菌属(haemophilis)物种)的存在可以显著放大因其发生的呼吸道症状，并且增加随后发展为哮喘的风险。相反，儿童早期期间接触微生物和其产物也示出预防哮喘，也许最优雅地是通过“农场效应”进行描述。
2、确定为什么一些个体在生命早期更易感slri和随后的哮喘的潜在免疫学机制尚不清楚。
3、仍然需要鉴定对slri易感性增加的个体，特别是处于生命早期阶段的个体，在此时免疫系统尚未完全发育。
4、本说明书中对任何现有技术的引用并不表示承认或暗示此现有技术构成任何管辖区内的共同常识的
技术实现思路
1、本专利技术提供了一种系统生物学方法，以表征脐带血中对跨多个生物调节层(转录组和蛋白质组)的一组刺激(lps、poly(i:c)、咪喹莫特(imiquimod))的先天免疫应答，并且鉴定在生命早期阶段与slri风险相关的先天免疫应答模式。
2、另一方面，本专利技术提供了一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
3、-使来自所述个体的脐带血的b细胞和t细胞与tlr4激动剂接触；
4、-测量所述cbmc中的以下生物标志物的表达水平：klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1；
5、其中与未与所述tlr4激动剂接触的cbmc相比，与所述tlr4激动剂接触的所述cbmc中的生物标志物klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1的差异表达指示所述个体对呼吸道感染具有增加的易感性。
6、在任何方面，t细胞可以是cd4+和/或cd8+t细胞。在一个实施例中，所述cd4+t细胞是中央记忆细胞。在一个实施例中，所述cd8+t细胞是中央记忆细胞。
7、另一方面，本专利技术提供了一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
8、-使来自所述个体的脐带血单核细胞(cbmc)与tlr4激动剂接触；
9、-测量所述cbmc中的以下生物标志物的表达水平：klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1；
10、其中与未与所述tlr4激动剂接触的cbmc相比，与所述tlr4激动剂接触的所述cbmc中的生物标志物klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1的差异表达指示所述个体对呼吸道感染具有增加的易感性。
11、另一方面，本专利技术提供了一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
12、-使来自所述个体的脐带血的b细胞和t细胞与tlr4激动剂接触；
13、-测量所述cbmc中的以下生物标志物的表达水平：klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1；
14、-将来自所述个体的所述生物标志物的所述表达水平与参考数据集进行比较，其中所述参考数据集包括关于来自对呼吸道感染具有或不具有增加的易感性的多个单独个体中的一个单独个体的与tlr4激动剂接触的cmbc中的相同生物标志物的表达水平的信息；
15、其中与参考数据集相比，所述个体中的所述生物标志物klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1的所述表达水平指示所述个体对呼吸道感染的易感性增加。
16、另一方面，本专利技术提供了一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
17、-使来自所述个体的脐带血单核细胞(cbmc)与tlr4激动剂接触；
18、-测量所述cbmc中的以下生物标志物的表达水平：klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1；
19、-将来自所述个体的所述生物标志物的所述表达水平与参考数据集进行比较，其中所述参考数据集包括关于来自对呼吸道感染具有或不具有增加的易感性的多个单独个体中的一个单独个体的与tlr4激动剂接触的cmbc中的相同生物标志物的表达水平的信息；
20、其中与参考数据集相比，所述个体中的所述生物标志物klhdc7b、ifng、casz1、psmb9、parp3、acot7、nub1、usp18、nlrc5、ccdc194、gch1、parp11、cxcl11和pmaip1的所述表达水平指示所述个体对呼吸道感染的易感性增加。
21、另一方面，本专利技术提供了一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
22、-使来自所述个体的脐带血的b细胞和t细胞与tlr4激动剂接触；
23、-测量干扰素模块生物标志物的表达水平；
24、其中与未与所述tlr4激动剂接触的b细胞和t细胞相比，与所述tlr4激动剂接触的所述b细胞和所述t细胞中的干扰素模块生物标志物的差异表达指示所述个体对呼吸道感染的易感性增加。
25、另一方面，本专利技术提供了一种用于确定个体是否对呼吸道感染具本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
2.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
3.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
4.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
5.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
6.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
7.根据权利要求2或5中任一项所述的方法，其中所述干扰素模块生物标志物为表3中列出的干扰素模块生物标志物。
8.根据权利要求3或6所述的方法，其中由所述IRF1调节子调节的所述IFN模块生物标志物为表4中列出的IFN模块生物标志物。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括将机器学习算法应用于生物标志物的差异或绝对表达，由此指示所述个体对呼吸道感染的易感性增加的步骤。
10.根据权利要求9所述的方法，其中
11.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述表达水平为差异表达，并且所述差异表达为大于1.5倍的增加或降低。
12.根据权利要求4至6中任一项所述的方法，其中与所述参考数据集相比，所述增加的易感性为至少1.10、至少1.11、至少1.12、至少1.13、至少1.14、至少1.15、至少1.16、至少1.17、至少1.18、至少1.19、至少1.20、至少1.21、至少1.22、至少1.23、至少1.24、至少1.25、至少1.30、至少1.35、至少1.40、至少1.45、至少1.50、至少1.55、至少1.60、至少1.65、至少1.70、至少1.75或至少1.80的相对风险或优势比。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述个体等于或小于1岁。
14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述个体为1日龄、2日龄、3日龄、4日龄、5日龄、6日龄、7日龄、2周龄、1月龄、3月龄、6月龄或1岁。
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法指示，当所述个体为约2岁、约3岁、约4岁或约5岁；或2岁、3岁、4岁或5岁时，所述个体对呼吸道感染的易感性增加。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法指示，当所述个体为至少5岁时，所述个体对呼吸道感染的易感性增加。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述呼吸道感染为下呼吸道感染。
18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述呼吸道感染为细菌性或病毒性呼吸道感染。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述病毒性呼吸道感染选自由以下组成的组：流行性感冒属、副流行性感冒、冠状病毒、腺病毒、偏肺病毒、鼻病毒和呼吸道合胞病毒呼吸道感染，所述病毒性呼吸道感染优选地为鼻病毒或呼吸道合胞病毒呼吸道感染。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述细菌性呼吸道感染为流行性感冒嗜血杆菌(Haemophilus Influenzae)、金黄色葡萄球菌(Staphyloccocus aureus)或莫拉菌(Moraxella spp.)呼吸道感染。
21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述呼吸道感染为严重下呼吸道感染。
22.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中除IFI6、IFI27、RHEBL1、CCDC194、BATF2、CARD16、IFIT1、ISG20、IFITM3、VAMP5、TNFSF13B、SAMD9、RNF213-AS1、IFIT2、XRN1、CD38、LRRN2和CCDC194之外，具有差异增加的所述生物标志物为表3和4中列出的生物标志物。
23.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述CBMC与或曾与所述TLR4激动剂接触至少4小时、6小时、12小时、18小时或24小时。
24.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述生物标志物为核酸或扩增产物。
25.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括向所述个体施用降低对呼吸道感染的易感性的治疗。
26.根据权利要求25所述的方法，其中所述治疗为帕利珠单抗(palivizumab)、泼尼松龙(prednisolone)、奥马珠单抗(omalizumab)或多菌调配物或其任何组合。
27.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述样...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
2.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
3.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
4.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
5.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
6.一种用于确定个体是否对呼吸道感染具有增加的易感性的方法，所述方法包括：
7.根据权利要求2或5中任一项所述的方法，其中所述干扰素模块生物标志物为表3中列出的干扰素模块生物标志物。
8.根据权利要求3或6所述的方法，其中由所述irf1调节子调节的所述ifn模块生物标志物为表4中列出的ifn模块生物标志物。
9.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法进一步包括将机器学习算法应用于生物标志物的差异或绝对表达，由此指示所述个体对呼吸道感染的易感性增加的步骤。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述机器学习算法为随机森林分析。
11.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中所述表达水平为差异表达，并且所述差异表达为大于1.5倍的增加或降低。
12.根据权利要求4至6中任一项所述的方法，其中与所述参考数据集相比，所述增加的易感性为至少1.10、至少1.11、至少1.12、至少1.13、至少1.14、至少1.15、至少1.16、至少1.17、至少1.18、至少1.19、至少1.20、至少1.21、至少1.22、至少1.23、至少1.24、至少1.25、至少1.30、至少1.35、至少1.40、至少1.45、至少1.50、至少1.55、至少1.60、至少1.65、至少1.70、至少1.75或至少1.80的相对风险或优势比。
13.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述个体等于或小于1岁。
14.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述个体为1日龄、2日龄、3日龄、4日龄、5日龄、6日龄、7日龄、2周龄、1月龄、3月龄、6月龄或1岁。
15.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法指示，当所述个体为约2岁、约3岁、约4岁或约5岁；或2岁、3岁、4岁或5岁时，所述个体对呼吸道感染的易感性增加。
16.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述方法指示，当所述个体为至少5岁时，所述个体对呼吸道感染的易感性增加。
17.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述呼吸道感染为下呼吸道感染。
18.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述呼吸道感染为细菌性或病毒性呼吸道感染。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述病毒性呼吸道感染选自由以下组成的组：流行性感冒属、副流行性感冒、冠状病毒、腺病毒、偏肺病毒、鼻病毒和呼吸道合胞病毒呼吸道感染，所述病毒性呼吸道感染优选地为鼻病毒或呼吸道合胞病毒呼吸道感染。
20.根据权利要求18所述的方法，其中所述细菌性呼吸道感染为流行性感冒嗜血杆菌(haemophilus influenzae)、金黄色葡萄球菌(staphyloccocus aureus)或莫拉菌(moraxella spp.)呼吸道感染。
21.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中所述呼吸道感染为严重下呼吸道感染。
22.根据前述权利要求中任一项所述的方法，其中除ifi6、i...
【专利技术属性】
技术研发人员：A·博斯科，J·里德，
申请(专利权)人：瑞思匹锐迪吉姆股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。