【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子生物学、功能基因组学、生物信息学和基因组育种领域，更具体涉及一种鸡肌内脂肪与腹脂综合选育的专门化全基因组snp芯片及其应用。
技术介绍
1、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, snp) 是指基因组中单个核苷酸发生的变异，包括单个核苷酸的替代、颠倒、插入或缺失。作为第三代遗传标记，snp具有数量众多、分布密集、易于检测的特点，因此是进行基因分型的理想目标。
2、液相捕获精准定位测序分型（cgps）技术是一种基于芯片的高效dna测序方法，是一种集成微流控、光学检测和化学反应的微型化实验平台，具有高通量、高灵敏度和高精度的特点，其背景可追溯到微流控技术和芯片化分析系统的发展，其在生物医学领域的应用包括基因测序、蛋白质分析和药物筛选等，有望推动个性化医疗和精准药物研发的发展。其中非常重要的应用是在基因组选择育种（genomic selection）中的应用。根据在世代选育工作中已筛选到的关键snp位点，合成经济实用的液相芯片，使得大群体样本检测中精准捕获选育性状，高效提升选育效果，节约育种生产成本是当前育种工作亟需解决的问题。
3、保证肉鸡生长速度提升的同时，提升肉品质成为我国当前肉鸡产业重要的任务之一。脂肪在肉鸡体内的差异分布会对鸡肉品质产生截然不同的效果：肌内脂肪（imf）可提高肌肉的嫩度和风味进而改善肉品质，而腹部脂肪（af）则被视为生产废弃物，会降低饲料利用效率，制约生产效率；由于肌内脂肪和腹脂存在遗传和表型的正相关，常规育种和营养手段难以实现
4、因此，肉鸡育种行业及科研领域欲开发一种包含中国地方鸡种特有遗传变异信息，能够实现鸡肌内脂肪和腹脂差异选育的高通量、高灵敏度和高精度的脂肪性状专门化液相snp芯片，也为肉鸡育种提供一种经济高效的综合选育策略。
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种鸡肌内脂肪与腹脂综合选育的专门化全基因组snp芯片及其应用，更具体的是一种鸡肌内脂肪与腹脂综合选育的专门化 10k 液相捕获精准定位测序分型（cgps）技术（芯 片）及其应用。
2、本专利技术提供一种鸡肌内脂肪与腹脂综合选育的专门化全基因组芯片，包含9,780个snp分子标记的组合，所述snp分子标记的组合如说明书表2所示。
3、所述分子标记与鸡体脂性状相关联，所述体脂性状为肌内脂肪（imf）、腹脂重（afw）及腹脂率（afp）。
4、本专利技术提供了上述一种用于鸡肌内脂肪与腹脂综合选育的专门化全基因组芯片，适用于地方鸡种、与经济性状关联度更强、通量适中，命名为“京芯二号”芯片。该芯片上的snp 位点包括：对京星黄鸡（“京芯一号”芯片数据、全基因组重测序数据）、文昌鸡（“京芯一号”芯片数据）、金陵花鸡e系（“京芯一号”芯片数据、全基因组重测序数据、填充数据）的肌内脂肪（imf）、腹脂重（afw）、腹脂率（afp）进行全基因组关联性分析（gwas）。提取gwas结果不同snp数量梯度先验信息，筛选出京星黄鸡、金陵花鸡和海南文昌鸡中具有maf>0.05，在基因组平均分布的10,000个snp位点(本申请称为探针) ；具体来讲，包括金陵花鸡终端父系snp位点5,644个、京星黄鸡2,091个、海南文昌鸡2,315个，用于本次10k 液相捕获精准定位测序分型（cgps）技术（芯片）的开发。
5、初步筛选到的10,000个位点是ensembl公共数据库（ensembl chicken variationdatabase）gallus gallus 6a版本参考鸡基因组中记载的snp位点，进行多品种肌内脂肪含量、腹脂重或腹脂率性状gwas发现的，可以做为先验信息使用；位点风险评估后保留 9,780个优异位点（该9,780个位点对应于参考基因组gallus gallus 6a版本）；基于优化的热力学稳定性算法模型对目标区间序列进行探针设计与合成鸡 10k 液相捕获精准定位测序分型（cgps）技术（芯 片），共计合成 9,662 条捕获探针，捕获 9,662 个区间，采用mgi的dnbseq-t7 高通量测序平台对文库进行上机测序，进行体系验证。每张芯片可同时检测96个样品。
6、本专利技术还提供了上述鸡全基因组10k snp 液相捕获精准定位芯片—“京芯二号”在检测鸡 dna样品中的应用, 该芯片可以对各鸡品种资源进行种质资源评价、对地方肉鸡进行全基因组选择育种、目标性状qtl、关联位点及候选基因鉴定等应用中。
7、具体地，本专利技术提供了上述鸡全基因组育种芯片在鸡种质资源改良中的应用。
8、本专利技术提供了上述鸡全基因组育种芯片在鸡育种中的应用。
9、本专利技术提供了上述鸡全基因组育种芯片的应用；
10、（1）在鸡品种筛选的应用；
11、（2）在鸡品种鉴定中的应用；
12、（3）在鸡育种中的应用；
13、（4）在鸡种质资源保护中的应用；
14、（5）在鸡种质资源改良中的应用。
15、有益效果
16、本专利技术的优点在于：（1）本专利技术具有三个特点：一是具有多品种通用性：对比筛选了我国处于不同区域的地方鸡种与合成品系的特征位点，确保位点信息的普适性和有效性；二是具有准确性高的优势，筛选了与胸肌肌内脂肪含量、腹脂重、腹脂率等性状显著相关的功能基因上的变异位点，针对性强、准确性高；三是位点分布均匀、通量适中、检出率高、经济实用，芯片上全部位点在全基因组均匀分布，保证了育种值估计和相关研究的准确性；与已有商业化芯片相比，通量适中，价格大幅降低，具有较高的性价比；（2）与基于二代重测序的基因分型系统相比：由于检测变异位点固定，所以数据分析简便、容易实现标准化自动化检测和分析；不同批次、不同实验室数据之间较容易实现可比性。
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1.一种鸡肌内脂肪与腹脂综合选育的专门化全基因组育种芯片，其特征在于，所述全基因组育种芯片包含9780个SNP分子标记的组合，所述SNP分子标记的组合基于鸡参考基因组GRCg6a版本，所述SNP分子标记的组合为表2所示。
2.一种鸡肌内脂肪与腹脂形状检测试剂盒，其特征在于，其包括权利要求1所述的专门化全基因组育种芯片。
3.权利要求1所述的专门化全基因组育种芯片或权利要求2所述的试剂盒具有如下任一的用途：
【技术特征摘要】
1.一种鸡肌内脂肪与腹脂综合选育的专门化全基因组育种芯片，其特征在于，所述全基因组育种芯片包含9780个snp分子标记的组合，所述snp分子标记的组合基于鸡参考基因组grcg6a版本，所述snp分子标记的组合为表2所...
【专利技术属性】
技术研发人员：崔焕先，文杰，赵桂苹，郑麦青，门立林，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：
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