【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及遗传育种，具体涉及一种熊本牡蛎(crassostrea sikamea)生长相关基因及其snp标记和生长快速个体的筛选方法。
技术介绍
1、牡蛎是重要的养殖贝类，2020年世界牡蛎年产量626万吨，其中中国牡蛎产量占80％以上。熊本牡蛎是世界上高端牡蛎品种，在北美地区有小规模养殖，主要针对高端消费市场。现有资料显示，浙江沿海熊本牡蛎资源非常丰富，是该种牡蛎天然分布核心区。象山港和三门湾自然采苗养殖品种主要为熊本牡蛎，宁波地区成为世界上熊本牡蛎养殖规模最大的区域。
2、熊本牡蛎是一种生长相对缓慢的物种，其贝壳虽小但呈深凹形，与其他巨蛎属牡蛎相比，天然的熊本牡蛎苗种未经遗传改良，生长缓慢，个体小，产量低；且传统养殖模式下牡蛎聚集生长，壳型差，产品附加值低，严重影响经济效益，制约其养殖产业发展。约80年前，熊本牡蛎从日本有明海被引入到美国西北海岸。由于在美国没有野生种群，引入的熊本牡蛎在孵化场和牡蛎养殖场中培育。从日本引入到美国的种群，由于有意或无意的人工选择，个体表现为生长快速和更大的个体规格，这为筛选生长相关基因提供了优良的研究材料。
3、牡蛎全基因组重测序为发现重要的可用于分子标记辅助育种的单核苷酸多态性位点提供了可能。该方法通过高通量的数据分析方法提供可靠的分子标记，基于遗传标记与生长性状的关联可以实现在dna水平上进行选择育种的操作，克服了传统方法的缺陷，提高了选择的准确性，从而缩短育种周期，加快育种进展。本专利技术通过发现熊本牡蛎快速生长有关的基因，提高速生亲本的筛选效率，并可通过位点
技术实现思路
1、本专利技术所要解决的技术问题是，提供一种熊本牡蛎生长相关基因及其snp标记和应用，可以用于筛选具有生长潜能的亲贝，以选育速生品种，为熊本牡蛎的分子标记辅助选择育种提供参考，其优势在于可以在苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定筛选，以提高子代生长性能。
2、本专利技术解决上述技术问题所采用的技术方案为：
3、一种熊本牡蛎生长相关基因，该生长相关基因为fbn1基因，其3’-utr非翻译区的序列特征如序列表seq id no:1中碱基序列所示。
4、一种熊本牡蛎生长相关snp标记，所述的snp标记位于熊本牡蛎3’-utr非翻译区的序列特征seq id no:1的两个显著关联的snp突变位点处，即chr4-30055748位点处和chr4-30055910位点处，其中chr4-30055748位点的突变类型为a/t突变，chr4-30055910位点的突变类型为t/c突变，同时具备该两个snp突变位点的优势基因型的熊本牡蛎个体具有最大生长潜力。
5、本专利技术人通过全基因组重测序获得目的snp突变位点，通过基因型和表型关联分析预测得出其与生长显著相关，可用于熊本牡蛎的分子标记辅助选择育种。
6、fbn1(即原纤维蛋白1，fibrillin 1)基因的3’-utr非翻译区具有两个显著关联的snp突变位点，即染色体4第30055748位碱基(chr4-30055748)：a/t突变，以及染色体4第30055910位碱基(chr4-30055910)：t/c突变，这两个snp突变位点在速生养殖群体与野生群体以及同一群体内生长缓慢和生长快速个体中差异显著，后续可用于筛选具有生长潜能的亲贝，用于速生品种的选育。
7、上述熊本牡蛎生长相关snp标记的两个snp突变位点检测的特异性外围扩增引物对序列为：
8、正向引物f：5'-cctcttcctgatctgacattatggt-3'；
9、反向引物r：5'-ctgtaatcgagagacagttcactgc-3'。
10、上述熊本牡蛎生长相关snp标记在鉴定及筛选熊本牡蛎生长快速个体中的应用。
11、与现有技术相比，本专利技术具有如下优点：
12、(1)通过本专利技术公开的两个snp突变位点，可以筛选具有生长潜能的亲贝，用于速生品种的选育，为熊本牡蛎的分子标记辅助选择育种提供参考，其优势在于可以在苗种繁育前对亲贝进行基因型鉴定筛选，以提高子代生长性能。本专利技术snp标记可信度更高，适应群体的范围更广，效果更稳定。
13、(2)本专利技术熊本牡蛎生长相关snp标记在应用中，可通过检测个体基因型的方法预测个体生长情况，育种中可通过无损取样技术在苗种繁育前取样，选择目标基因型组合个体作为亲本，进行分子标记辅助选择育种，比传统选育方法效率更高。
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1.一种熊本牡蛎生长相关基因，其特征在于，该生长相关基因为FBN1基因，其3’-UTR非翻译区的序列特征如序列表SEQ ID No:1中碱基序列所示。
2.一种熊本牡蛎生长相关SNP标记，其特征在于，所述的SNP标记位于熊本牡蛎3’-UTR非翻译区的序列特征SEQ ID No:1的两个显著关联的SNP突变位点处，即chr4-30055748位点处和chr4-30055910位点处，其中chr4-30055748位点的突变类型为A/T突变，chr4-30055910位点的突变类型为T/C突变，同时具备该两个SNP突变位点的优势基因型的熊本牡蛎个体具有最大生长潜力。
3.根据权利要求2所述的熊本牡蛎生长相关SNP标记，其特征在于，所述的SNP标记的两个SNP突变位点检测的特异性外围扩增引物对序列为：
4.一种权利要求2所述的熊本牡蛎生长相关SNP标记在鉴定及筛选熊本牡蛎生长快速个体中的应用。
【技术特征摘要】
1.一种熊本牡蛎生长相关基因，其特征在于，该生长相关基因为fbn1基因，其3’-utr非翻译区的序列特征如序列表seq id no:1中碱基序列所示。
2.一种熊本牡蛎生长相关snp标记，其特征在于，所述的snp标记位于熊本牡蛎3’-utr非翻译区的序列特征seq id no:1的两个显著关联的snp突变位点处，即chr4-30055748位点处和chr4-30055910位点处，其中chr4-3005...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘优利，谭丽，常广秋，刘圣，薛清刚，林志华，
申请(专利权)人：浙江万里学院宁海海洋生物种业研究院，
类型：发明
国别省市：
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