【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及多基因检测，尤其涉及一种检测黑色素瘤遗传易感相关基因的探针组合、试剂盒及应用。
技术介绍
1、黑色素瘤是一类起源于黑色素细胞的高度恶性肿瘤，发生于皮肤、黏膜及眼葡萄膜等部位。我国黑色素瘤的发生部位以皮肤最为常见，其次为黏膜，其他部位相对少见。虽然我国的黑色素瘤总体发病率不高，但是中国人口约占世界人口的20％，这一庞大的人口基数，使得我国黑色素瘤发病人数的绝对值一直居高不下，随着诊断技术和方法的不断提高，我国黑色素瘤的发病也呈逐年升高的趋势，这一特点在国内大型城市中体现得尤为显著。上海市统计数据显示，1995年上海市黑色素瘤男性发病率为0.2/10万，女性为0.3/10万；而2005年则分别达到0.5/10万和0.4/10万。
2、大约有10％的黑色素瘤患者有家族性黑色素瘤病史；一级亲属患有黑色素瘤者，其本人的黑色素瘤发病率较常人高出1倍。这种黑色素瘤发病风险的增高可能与家族亲属间具有相同的浅肤色、生活(日照)习惯等有关，但另一个重要因素就是遗传性的基因改变。这种家族性的基因突变发生率在10％～40％之间。研究显示，黑色素瘤属于常染色体显性遗传或者具有更复杂的遗传机制。家族性黑色素瘤的发病机制中存在明确基因改变。cdkn2a和cdk4基因的突变均有可能导致黑色素瘤发病风险的增加，携带bap1胚系致病性变异的个体患间皮瘤、葡萄膜和皮肤黑色素瘤的终身癌症风险为20-25％。
3、因此，有必要对黑色素瘤遗传易感基因进行检测，然而目前尚无专门针对黑色素瘤遗传易感基因的检测产品，开发一款可以全面深度覆盖
4、探针捕获测序是常用的目标基因多位点检测方案之一，该方案通过设计合成有效的特异性探针，与基因组dna进行杂交，将目标区域序列进行捕获并富集后，使用主流的测序平台进行高通量测序。探针杂交捕获效率和基因组区域的覆盖深度受到多种因素影响。开发和验证疾病相关的目标基因panel和关键位点都依赖于对大量样品的目标区域研究，仅有序列准确率高的探针，才能与目标区域序列特异性结合，大大提升探针的捕获效率，达到富集目标片段的目的。
技术实现思路
1、本专利技术的目的是解决现有技术中对于黑色素瘤遗传易感基因检测的空白，提供一种检测黑色素瘤遗传易感相关基因的多基因panel，可针对10种黑色素瘤遗传易感基因进行检测，特异性强，可在同一体系下，一次性检测待测样本中的10个基因全外显子区域的变异情况，覆盖区域广，能够检出所有外显子区域的胚系变异。
2、本专利技术采用的技术方案是：
3、一种检测黑色素瘤遗传易感基因的探针组合，所述探针组合包括seq id no 1～445所示序列中的至少一种。
4、作为优选，所述探针组合包括seq id no 1～445所示序列中的至少200种。
5、作为优选，所述探针组合包括seq id no 1～445所示序列中的至少300种。
6、作为优选，所述探针组合包括seq id no 1～445所示序列中的至少400种。
7、作为优选，所述探针组合包括seq id no 1～445所示序列中的全部。
8、所述seq id no 1～445的探针组合检测的黑色素瘤遗传易感基因包括如下10种基因中的至少一种：bap1、brca2、cdk4、cdkn2a、nf1、palb2、pten、tert、stk11、mbd4。
9、纳入的相关基因来源于多个数据库、相关指南以及专家共识，涵盖了黑色素瘤高外显率的遗传易感相关基因。所设计的捕获探针组合覆盖所涉及基因的全编码区序列。
10、所述黑色素瘤易感基因的相关疾病包含：peutz-jeghers综合征、watson综合征、胆道癌、多发性错构瘤综合征、多发性错构瘤综合征1型、范可尼贫血、黑色素瘤、黑色素瘤-星形细胞瘤综合征、黑色素瘤-胰腺癌综合征、互补群d1型范可尼贫血、家族性脊髓神经纤维瘤、家族性脑膜瘤易感性、家族性乳腺癌-卵巢癌易感性2型、家族性乳腺癌-卵巢癌易感性5型、脑胶质瘤易感性3型、皮肤恶性黑色素瘤易感性1型、皮肤恶性黑色素瘤易感性2型、皮肤恶性黑色素瘤易感性3型、皮肤恶性黑色素瘤易感性9型、葡萄膜黑色素瘤、葡萄膜黑色素瘤易感性1型、葡萄膜黑色素瘤易感性2型、前列腺癌、乳腺癌、神经胶质瘤易感性2型、神经纤维瘤病i型、神经纤维瘤-努南综合征、肾母细胞瘤1型、髓母细胞瘤、胃癌、胃肠道间质瘤、胰腺癌、胰腺癌易感性2型、胰腺癌易感性3型、遗传性乳腺癌和卵巢癌综合征、肿瘤易感性综合征1型、肿瘤易感性综合征2型。
11、相关疾病的遗传模式包括：常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传。
12、依据2015年acmg指南将胚系变异的临床意义分类，能精准判别变异的致病信息，将胚系变异的临床意义分类为：致病(p)、疑似致病(lp)、临床意义未明(vus)、良性(b)、疑似良性(lb)变异。
13、本专利技术还提供检测黑色素瘤遗传易感基因的试剂盒，包括所述探针组合。
14、所述试剂盒还可以包括基因组dna提取试剂、dna文库构建试剂、捕获dna文库构建试剂等，可采用相应的市售商品试剂盒。如基因组dna提取试剂可使用天根血液基因组提取试剂盒、dna文库构建试剂可采用twist公司的twist library preparation enzymaticfragmentation kit 2.0、捕获dna文库构建试剂可采用twist公司的液相杂交捕获试剂盒。
15、本专利技术还提供检测黑色素瘤遗传易感基因的试剂盒在检测黑色素瘤遗传易感基因中的应用。进一步，所述应用为，检测黑色素瘤遗传易感基因的胚系变异，所述胚系变异分为致病(p)、疑似致病(lp)、临床意义未明(vus)、良性(b)、疑似良性(lb)变异。
16、进一步，所述检测黑色素瘤遗传易感基因的试剂盒还可以用于提供相关疾病和对应遗传模式。
17、本专利技术还提供利用所述试剂盒检测黑色素瘤遗传易感基因的方法，所述方法包括以下步骤：
18、(1)提取待测样品dna；
19、(2)构建dna文库；
20、构建dna文库一般包括dna片段化、末端修复、加a尾，连接通用接头，引物物pcr扩增，最后纯化，得到dna文库；
21、(3)使用检测黑色素瘤遗传易感基因的探针组合进行杂交捕获、pcr扩增，得到杂交捕获后的文库；
22、(4)杂交捕获后的文库进行测序，测序数据进行生物信息学分析检测，得到黑色素瘤遗传易感基因的胚系变异情况，并提供相关疾病和对应遗传模式。
23、与现有技术相比，本专利技术技术方案具有如下有益效果：
24、现有遗传易感检测多基于pcr、第一代测序技术，这类方法只能检测所选基因的部分热点变异，无法检测未知变异。本专利技术基于二代测序，采用杂交捕获的方法，可以实现同一体系一次本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种检测黑色素瘤遗传易感基因的探针组合，所述探针组合包括SEQ ID NO 1～445所示序列中的至少一种。
2.如权利要求1所述的探针组合，其特征在于所述探针组合包括全部SEQ ID NO 1～445所示序列。
3.如权利要求2所述的探针组合，其特征在于所述SEQ ID NO 1～445的探针组合检测的黑色素瘤遗传易感基因包括如下10种基因中的至少一种：BAP1、BRCA2、CDK4、CDKN2A、NF1、PALB2、PTEN、TERT、STK11、MBD4。
4.一种检测黑色素瘤遗传易感基因的试剂盒，包括如权利要求1或2所述的探针组合。
5.如权利要求4所述的检测黑色素瘤遗传易感基因的试剂盒在检测黑色素瘤遗传易感基因中的应用。
6.如权利要求5所述的应用，其特征在于所述应用为检测黑色素瘤遗传易感基因的胚系变异，所述胚系变异分为致病、疑似致病、临床意义未明、良性、疑似良性变异。
7.一种检测黑色素瘤遗传易感基因的方法，其特征在于利用如权利要求4所述的检测黑色素瘤遗传易感基因的试剂盒，所述方法包括以下步骤
...【技术特征摘要】
1.一种检测黑色素瘤遗传易感基因的探针组合，所述探针组合包括seq id no 1～445所示序列中的至少一种。
2.如权利要求1所述的探针组合，其特征在于所述探针组合包括全部seq id no 1～445所示序列。
3.如权利要求2所述的探针组合，其特征在于所述seq id no 1～445的探针组合检测的黑色素瘤遗传易感基因包括如下10种基因中的至少一种：bap1、brca2、cdk4、cdkn2a、nf1、palb2、pten、tert、stk11、mbd4。
【专利技术属性】
技术研发人员：胡耀文，何鹏海，丁琳枫，林筱剑，马旖旎，余科，
申请(专利权)人：南昌艾迪康医学检验实验室有限公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。