【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开涉及用于临床前测试的药物和相关化学品的生物信息学、效力、功能和毒理学。另外，本公开涉及用于临床前评估的使用个体化的基因组组装和非人灵长类动物的诱导性多能干细胞系的组合物和方法。
技术介绍
1、在制药行业，临床前研究有助于制造商确定药物候选物在人体上测试是否安全。常规上，临床前测试在很大程度上依赖于动物测试。通常，fda政策要求药物候选物在啮齿动物物种和非啮齿动物物种中进行测试。虽然没有要求非啮齿动物物种是灵长类动物，但非人灵长类动物(nhp)因其与人类在解剖和生理上非常相似而经常用于临床前测试。灵长类动物受试者暴露于药物候选物，以帮助确定药物候选物对人类的安全性。使用非人灵长类动物是极其昂贵的。在一些情况下，仅在测试期间牺牲单一动物就可能花费数万美元。另外，一般来说人们越来越厌恶动物测试，尤其是nhp测试。
2、因此，非常需要将临床前测试期间必须牺牲的动物数量最小化的测试方法。
技术实现思路
1、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种用于从非人灵长类动物(nhp)的群体内的个体衍生个体多能干细胞(ipsc)的方法，所述方法包含：获得包含单一非人灵长类动物物种的群体中的至少一个个体的外周血单核细胞(pbmc)；在造血干细胞(hsc)扩增培养基中培养所述pbmc以使血液祖细胞扩增，持续预定时段；用转录因子的组合转染经培养的pbmc，从而诱导所述细胞以过表达所述转录因子，从而将经转染的经培养的pbmc被重新编程为ipsc；在转染后不超过一天，将所述经转染的细胞转移到包含多
2、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含扩增，所述扩增包含用磷酸盐缓冲盐水(pbs)洗涤所述ipsc并将所述ipsc与细胞分离溶液一起温育。
3、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含在约37摄氏度下进行温育，持续预定时段。
4、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含扩增，所述扩增包含将所述ipsc抽吸并解离成单细胞悬浮液。
5、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含将所述ipsc分化为主要谱系，所述主要谱系包含以下中的至少一种：外胚层、中胚层和内胚层。
6、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含将所述主要谱系分化为最终组织。
7、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含生成所述至少一个个体的个体化的基因组组装。
8、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含通过用于纯化档案质量dna的方法从所获得的pbmc中提取一定量的高分子量(hmw)dna。
9、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含由所提取的hmw dna制备基因组文库；对hmw dna的长读段片段进行测序；以及组装并注释所述长读段片段以重建获得所述pbmc的所述至少一个个体的基因组。
10、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含选自由以下组成的组的转录因子：c-myc、klf4、sox2、oct3/4、klf2、nanog、tfcp2l1和stat3。
11、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含是小鼠胚胎成纤维细胞(mef)或snl饲养细胞的多个饲养细胞。
12、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含将经转染的细胞转移到包含所述多个饲养细胞的容器中，其进一步包含添加在约1μm至约3μm的范围内的端锚聚合酶1/2抑制剂。
13、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含经转染的细胞与所述多个饲养细胞的比率为约1:3至约1:7。
14、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含使用仙台病毒(sendai virus)载体进行转染。
15、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含一种或多种细胞生长因子，所述一种或多种细胞生长因子包含碱性成纤维细胞生长因子。
16、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含通过将每个集落放置在涂覆有所述细胞外基质的所述第三容器中来使所述细胞传代，包含向所述第三容器中的培养基添加丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂。
17、在一些方面，本文所描述的技术涉及用于临床前药物评估的方法，所述方法包含：用于测试受试者的个体化的基因组组装；以及衍生自所述测试受试者的诱导性多能干细胞(ipsc)。
18、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含将衍生自所述测试受试者的ipsc的细胞或组织植入到所述测试受试者体内，以评估所述测试受试者的经植入的细胞或组织的功能。
19、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含产生一个或多个小组；以及基于所述一个或多个小组预测动物的特定群落是否适于药物实验。
20、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法进一步包含使用衍生自所述测试受试者的所述ipsc产生向导rna或基因编辑工具；以及在所述测试受试者体内进行所述向导rna或基因编辑工具的体内测试。
21、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种用于对人类疗法进行临床前测试的方法，所述方法包含：从包含单一非人灵长类动物物种的群体中的至少一个个体获得组织或血液；从所述至少一个个体中分离pbmc；从来自所述至少一个个体的所述pbmc衍生ipsc；从来自所述至少一个个体的所述pbmc中提取dna；至少部分地使用所提取的dna制备dna文库；制备所述至少一个个体的全基因组组装；以及对所述全基因组组装进行计算分析。
22、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含计算分析，所述计算分析包含鉴定以下中的一个或两个：主要组织相容性复合物相关基因或次要组织相容性复合物相关基因。
23、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含计算分析，所述计算分析包含鉴定免疫系统相关基因。
24、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含计算分析，所述计算分析包含鉴定抗药物抗体(ada)应答相关基因。
25、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含计算分析，所述计算分析包含进行临床前基因分型。
26、在一些方面，本文所描述的技术涉及一种方法，所述方法包含计算分析，所述计算分析包含鉴定肝毒性相关基本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于从非人灵长类动物(NHP)的群体内的个体衍生个体多能干细胞(iPSC)的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述扩增包括用磷酸盐缓冲盐水(PBS)洗涤所述iPSC并将所述iPSC与细胞分离溶液一起温育。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述温育在约37℃下进行，持续预定时段。
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述扩增包括将所述iPSC抽吸并解离成单细胞悬浮液。
5.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括将所述iPSC分化为主要谱系，所述主要谱系包含以下中的至少一种：外胚层、中胚层和内胚层。
6.根据权利要求5所述的方法，其进一步包括将所述主要谱系分化为最终组织。
7.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括产生所述至少一个个体的个体化的基因组组装。
8.根据权利要求7所述的方法，其进一步包括通过用于纯化档案质量DNA的方法从所获得的PBMC中提取一定量的高分子量(HMW)DNA。
9.根据权利要求8所述的方法，其进一步包括由所提取的HMW DNA制备基
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述转录因子选自由以下组成的组：c-myc、Klf4、Sox2、Oct3/4、Klf2、Nanog、Tfcp2L1和Stat3。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个饲养细胞是小鼠胚胎成纤维细胞(MEF)或SNL饲养细胞。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述将所述经转染的细胞转移到包括所述多个饲养细胞的容器中进一步包括添加在约1μM至约3μM的范围内的端锚聚合酶1/2抑制剂。
13.根据权利要求1所述的方法，其中经转染的细胞与所述多个饲养细胞的比率为约1:3至约1:7。
14.根据权利要求1所述的方法，其中所述转染使用仙台病毒(Sendaivirus)载体。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种细胞生长因子包括碱性成纤维细胞生长因子。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述通过将每个集落放置在涂覆有所述细胞外基质的所述第三容器中来使所述细胞传代包括向所述第三容器中的培养基添加丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂。
17.一种用于临床前药物评估的方法，所述方法包括：用于测试受试者的个体化的基因组组装；以及衍生自所述测试受试者的诱导性多能干细胞(iPSC)。
18.根据权利要求17所述的方法，其进一步包括将衍生自所述测试受试者的iPSC的细胞或组织植入到所述测试受试者体内，以评估所述测试受试者的经植入的细胞或组织的功能。
19.根据权利要求17所述的方法，其进一步包括产生一个或多个小组；以及基于所述一个或多个小组预测动物的特定群落是否适于药物实验。
20.根据权利要求17所述的方法，其进一步包括使用衍生自所述测试受试者的所述iPSC产生向导RNA或基因编辑工具；以及在所述测试受试者体内进行所述向导RNA或基因编辑工具的体内测试。
21.一种用于对人类疗法进行临床前测试的方法，所述方法包括：
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述计算分析包括鉴定以下中的一个或两个：主要组织相容性复合物相关基因或次要组织相容性复合物相关基因。
23.根据权利要求21所述的方法，其中所述计算分析包括鉴定免疫系统相关基因。
24.根据权利要求21所述的方法，其中所述计算分析包括鉴定抗药物抗体(ADA)应答相关基因。
25.根据权利要求21所述的方法，其中所述计算分析包括进行临床前基因分型。
26.根据权利要求21所述的方法，其中所述计算分析包括鉴定肝毒性相关基因。
27.根据权利要求21所述的方法，其中所述DNA是高分子量DNA。
28.根据权利要求21所述的方法，其中所述DNA是档案质量DNA。
29.根据权利要求27所述的方法，其中所述制备所述DNA文库包括对所述所提取的DNA进行长读段测序。
30.根据权利要求21所述的方法，其中所述制备所述全基因组组装包括基于所制备的DNA文库重建所述至少一个个体的基因组。
31.一种用于对人类疗法进行临床前测试的方法，所述方法包括：
32.根据权利要求31所述的方法，其中所述进行体外测试包括设计向导RNA并用所述向导RNA体外转染所述iPSC。
33.根据权利要求3...
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种用于从非人灵长类动物(nhp)的群体内的个体衍生个体多能干细胞(ipsc)的方法，所述方法包括：
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述扩增包括用磷酸盐缓冲盐水(pbs)洗涤所述ipsc并将所述ipsc与细胞分离溶液一起温育。
3.根据权利要求2所述的方法，其中所述温育在约37℃下进行，持续预定时段。
4.根据权利要求2所述的方法，其中所述扩增包括将所述ipsc抽吸并解离成单细胞悬浮液。
5.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括将所述ipsc分化为主要谱系，所述主要谱系包含以下中的至少一种：外胚层、中胚层和内胚层。
6.根据权利要求5所述的方法，其进一步包括将所述主要谱系分化为最终组织。
7.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括产生所述至少一个个体的个体化的基因组组装。
8.根据权利要求7所述的方法，其进一步包括通过用于纯化档案质量dna的方法从所获得的pbmc中提取一定量的高分子量(hmw)dna。
9.根据权利要求8所述的方法，其进一步包括由所提取的hmw dna制备基因组文库；对hmw dna的长读段片段进行测序；以及组装并注释所述长读段片段以重建获得所述pbmc的所述至少一个个体的基因组。
10.根据权利要求1所述的方法，其中所述转录因子选自由以下组成的组：c-myc、klf4、sox2、oct3/4、klf2、nanog、tfcp2l1和stat3。
11.根据权利要求1所述的方法，其中所述多个饲养细胞是小鼠胚胎成纤维细胞(mef)或snl饲养细胞。
12.根据权利要求1所述的方法，其中所述将所述经转染的细胞转移到包括所述多个饲养细胞的容器中进一步包括添加在约1μm至约3μm的范围内的端锚聚合酶1/2抑制剂。
13.根据权利要求1所述的方法，其中经转染的细胞与所述多个饲养细胞的比率为约1:3至约1:7。
14.根据权利要求1所述的方法，其中所述转染使用仙台病毒(sendaivirus)载体。
15.根据权利要求1所述的方法，其中所述一种或多种细胞生长因子包括碱性成纤维细胞生长因子。
16.根据权利要求1所述的方法，其中所述通过将每个集落放置在涂覆有所述细胞外基质的所述第三容器中来使所述细胞传代包括向所述第三容器中的培养基添加丝氨酸/苏氨酸激酶抑制剂。
17.一种用于临床前药物评估的方法，所述方法包括：用于测试受试者的个体化的基因组组装；以及衍生自所述测试受试者的诱导性多能干细胞(ipsc)。
18.根据权利要求17所述的方法，其进一步包括将衍生自所述测试受试者的ipsc的细胞或组织植入到所述测试受试者体内，以评估所述测试受试者的经植入的细胞或组织的功能。
19.根据权利要求17所述的方法，其进一步包括产生一个或多个小组；以及基于所述一个或多个小组预测动物的特定群落是否适于药物实验。
20.根据权利要求17所述的方法，其进一步包括使用衍生自所述测试受试者的所述ipsc产生向导rna或基因编辑工具；以及在所述测试受试者体内进行所述向导rna或基因编辑工具的体内测试。
21.一种用于对人类疗法进行临床前测试的方法，所述方法包括：
22.根据权利要求21所述的方法，其中所述计算分析包括鉴定以下中的一个或两个：主要组织相容性复合物相关基因或次要组织相容性复合物相关基因。
23.根据权利要求21所述的方法，其中所述计算分析包括鉴定免疫系统相关基因。
24.根据权利要求21所述的方...
【专利技术属性】
技术研发人员：M·鲁德加，
申请(专利权)人：艾克希尔股份有限公司，
类型：发明
国别省市：
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