【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因检测领域，特别涉及鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标、pcr引物对、试剂盒及其应用。
技术介绍
1、副溶血弧菌(vibrio parahaemolyticus，v.parahaemolyticus)，最早于1950年由日本的科学家tsunesaburo fujino在一次食源性疾病的暴发中分离得到，该细菌主要分布在全球温带和热带海域。由于海鲜产品的消耗和跨境旅行的不断增加，由v.parahaemolyticus导致的食源性疾病引起了全球广泛关注。
2、多位点序列分型(multilocus sequence typing，mlst)是一种基于多位点标记的分型方法，用于分类和比较不同菌株之间的遗传变异。副溶血弧菌多位点序列分型主要测定每个物种的七个管家基因内部的核苷酸序列，每个位点序列根据时间顺序赋予等位基因编号，每一菌株的等位基因编号按照指定的顺序排列就是形成其等位基因谱，即其序列型，通过比较不同的序列型发现菌株的相关性。现有技术中，narjol gonza′lez-escalona利用100个副溶血弧菌基因组，将mlst修改为适合v.parahaemolyticus分型用的专属mlst。这七个管家基因主要包括位于染色体ⅰ：dnae(dna聚合酶ⅲ，α亚单位)、gyrb(dna旋转酶亚单位b)、reca(reca蛋白)；染色体ⅱ：dtds(苏氨酸脱氢酶)、pnta(转氢酶α亚单位)、pyrc(二氢乳酸脱氢酶)和tnaa(色氨酸酶)。然而，在后续研究中，reca基因出现的物种间基因重组，会导致菌株无法获得准确
技术实现思路
1、本专利技术的目的在于提供一种用于鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标。
2、本专利技术的另一目的在于提供一种鉴定副溶血弧菌基因分型的pcr引物对。
3、本专利技术的另一目的在于提供一种鉴定副溶血弧菌基因分型的试剂盒。
4、本专利技术的另一目的在于提供一种筛选鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标的方法。
5、本专利技术的另一目的在于提供一种一种构建副溶血弧菌基因分型鉴定数据库的方法。
6、本专利技术的另一目的在于提供一种鉴定副溶血弧菌基因分型的方法。
7、为解决上述技术问题，本专利技术的第一方面，提供了一种用于鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标，所述靶标包括如seq id no:1所示的多核苷酸片段。
8、在一些优选的方案中，所述靶标为如seq id no:1所示的多核苷酸序列。
9、seq id no:1:
10、
11、本专利技术的第二方面，提供了一种鉴定副溶血弧菌基因分型的pcr引物对，所述引物对包括如seq id no:2所示的正向引物和如seq id no:3所示的反向引物。
12、seq id no:2：attcagcaagcgtctgag
13、seq id no:3：tacgtgcacgacccgtca
14、本专利技术的第三方面，提供了一种副溶血弧菌基因分型检测试剂盒，所述试剂盒包括用于检测本专利技术第一方面所述靶标的pcr引物对或检测探针。
15、在一些优选的方案中，所述试剂盒包括本专利技术第二方面所述的pcr引物对。
16、在一些优选的方案中，所述试剂盒还包括pcr反应酶系、缓冲体系、mgcl2和dntps。
17、本专利技术的第四方面，提供了一种核酸检测试剂的用途，用于制备鉴定副溶血弧菌基因分型的试剂盒，所述核酸检测试剂的检测靶标包括如seq id no:1所示的多核苷酸片段。
18、在一些优选的方案中，所述靶标为如seq id no:1所示的多核苷酸序列。
19、在一些优选的方案中，所述核酸检测试剂包括特异性扩增所述检测靶标的引物。
20、在一些优选的方案中，所述核酸检测试剂包括特异性结合所述靶标的探针。
21、在一些优选的方案中，所述核酸检测试剂为pcr试剂。
22、本专利技术的第五方面，涉及一种筛选鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标的方法，所述方法包括步骤：
23、sa：对已知基因分型的副溶血弧菌基因组进行泛基因组分析，得到副溶血弧菌核心基因组；
24、sb：对所述副溶血弧菌核心基因组进行筛选，得到所述鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标；
25、其中，所述已知基因分型的副溶血弧菌基因组包括副溶血弧菌rimd 2210633、atcc 17802、2012aw-0154、20-082a3、20-082e4、lvp2、19-021-d1、pb1937、vp17、vb0624、2012aw-0224、vp157、tja114、xmm117、xmo116、160807、20151116002-3、20160303005-1、lvp1、pdt000319057.1、r14、mavp-r、64、mvp1、s107-1、lh80、20140722001-1、2013v-1181、chn25、forc_072、2013v-1136、20130629002s01、forc_006、2013v-1174、mavp-qpdt000221686.2、mavp-q pdt000138751.1、20140829008-1、forc_022、lh24、tj-187、dlm1799、forc_004、2013v-1146、20140624012-1、2012aw-0353、dlm1805、fb-11、2015aw-0174、lvp66、2014v-1066、2014v-1125、fdaargos_662、forc_071、fdaargos_51、2010v-1106、am43962、fdaargos_191、am51552、vpd14、am46865、dho76、2013v-1244、forc_018、tj-20、vp120、forc_008、fdaargos_667、forc_023、forc_014、d3112、ucm-v493、fda_r31、cdc_k4557、10329和bb22op菌株基因组。
26、在一些优选的方案中，所述泛基因组分析为pgap分析，所述pgap分析中运行pgap命令时设置参数为95％identity和95％coverage。
27、在一些优选的方案中，通过blastn分析得到所述鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标。更优选地，所述鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标为mtla基因。
28、本专利技术的第六方面，涉及一种构建副溶血弧菌基因分型鉴定本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标，其特征在于，所述靶标包括如SEQ IDNO:1所示的多核苷酸片段。
2.根据权利要求1所述的靶标，其特征在于，所述靶标为如SEQ ID NO:1所示的多核苷酸序列。
3.一种鉴定副溶血弧菌基因分型的PCR引物对，其特征在于，所述引物对包括如SEQ IDNO:2所示的正向引物和如SEQ ID NO:3所示的反向引物。
4.一种副溶血弧菌基因分型检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括用于检测如权利要求1或2所示靶标的PCR扩增引物或检测探针。
5.一种核酸检测试剂的用途，其特征在于，用于制备鉴定副溶血弧菌基因分型的试剂盒，所述核酸检测试剂的检测靶标包括如SEQ ID NO:1所示的多核苷酸片段。
6.一种筛选鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，通过BLASTN分析得到所述鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标，所述鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标为mtlA基因。
8.一种构建副溶血弧菌基因分型鉴定数据
9.一种鉴定副溶血弧菌基因分型的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：
10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述方法非诊断和治疗目的。
...【技术特征摘要】
1.一种用于鉴定副溶血弧菌基因分型的靶标，其特征在于，所述靶标包括如seq idno:1所示的多核苷酸片段。
2.根据权利要求1所述的靶标，其特征在于，所述靶标为如seq id no:1所示的多核苷酸序列。
3.一种鉴定副溶血弧菌基因分型的pcr引物对，其特征在于，所述引物对包括如seq idno:2所示的正向引物和如seq id no:3所示的反向引物。
4.一种副溶血弧菌基因分型检测试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括用于检测如权利要求1或2所示靶标的pcr扩增引物或检测探针。
5.一种核酸检测试剂的用途，其特征在于，用于制备鉴定副溶血弧菌基因...
【专利技术属性】
技术研发人员：郑华军，周蕾，刘丹蕾，
申请(专利权)人：上海市生物医药技术研究院，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。