【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及基因检测，特别是涉及一种与清远麻鸡银耳性状相关的snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、耳叶是鸡脸部皮肤结构的一部分，位于耳朵的下面，没有羽毛覆盖，耳叶颜色也是鸡品种的特征之一。目前关于鸡的耳叶颜色的研究和实际应用仍然停留在表型选择上，对于基因调控和分子标记相关的研究仍处在不断地探索和验证阶段。
2、清远麻鸡的耳叶性状具有遗传多样性，存在红耳性状和银耳性状，而银耳性状是出现在母鸡产蛋高峰期，相对于红耳性状，具有银耳性状的清远麻鸡更受消费者的青睐，有利于散养长日龄清远麻鸡毛鸡销售，而且有望经过培育成为区别于别的清远麻鸡的品种配套系特征。根据清远麻鸡红耳性状和银耳性状的组织结构研究发现，红耳真皮层中遍布大量的毛细血管，而银耳的真皮层中极少出现毛细血管，这可能是因为清远麻鸡在生长发育过程中，不同个体的耳叶真皮层毛细血管的生成发育差异导致红耳性状和银耳性状的出现。
3、rapgef4基因是鸟嘌呤核苷酸交换因子家族的一员，rapgef4基因编码的环磷腺苷酸激活交换蛋白2(epac2)是激活环磷腺苷酸(camp)的重要物质，从而使camp发挥细胞第二信使的功能，对糖、脂肪代谢，核酸、蛋白质的合成调节等起着重要的作用，与细胞的增殖分化有着密切的联系。研究表明，在血管生成过程中，毛细血管内皮细胞的rapgef4基因编码的epac2过表达可抑制毛细血管的生成，而epac2的敲低可促进毛细血管的生成，因此认为rapgef4基因与毛细血管的生成显著相关。
4、snp是一种单核苷酸多态性，包括基因组碱基
技术实现思路
1、本专利技术的目的是提供一种与清远麻鸡银耳性状相关的snp分子标记及其应用，以解决上述现有技术存在的问题。本专利技术提供的snp分子标记可以方便对银耳性状进行早期选择，节省生产成本并加速遗传进展。
2、为实现上述目的，本专利技术提供了如下方案：
3、本专利技术提供了一种与清远麻鸡银耳性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no：1所示。
4、进一步地，seq id no：1所示序列第313bp处有一个g/a碱基突变，出现gg、ga和aa不同的基因型。
5、本专利技术还提供一种检测上述snp分子标记的引物组，所述引物组的核苷酸序列如seq id no：2-3所示。
6、本专利技术还提供一种试剂盒，包含上述的引物组。
7、本专利技术还提供一种上述的分子标记、引物组或试剂盒在早期筛选清远麻鸡银耳性状中的应用。
8、本专利技术还提供一种早期筛选清远麻鸡银耳性状的方法，包括以下步骤：
9、以待检测鸡的dna为模板，利用上述的引物组进行pcr扩增，获得扩增产物；
10、将扩增产物测序后，获得所述snp分子标记的基因型；
11、根据基因型判断待检测鸡的银耳性状。
12、进一步地，若基因型为gg和ga，则待检测鸡为银耳性状的评分高；若基因型为aa，则待检测鸡为银耳性状的评分低。
13、进一步地，所述pcr扩增的反应体系包括：2×taq m5 hiper plus taq hifi pcrmix 5.0μl，上下游引物各0.2μl，dna模板1.0μl，ddh2o 3.6μl。
14、进一步地，所述pcr扩增的反应程序包括：94℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸15s，34个循环；72℃后延伸10min。
15、本专利技术还提供一种上述的分子标记、引物组或试剂盒在清远麻鸡育种中的应用。
16、本专利技术公开了以下技术效果：
17、本专利技术的snp分子标记，即鸡rapgef4基因序列中的突变位点g.135714g>a与清远麻鸡银耳性状相关，是一个新的分子标记，能比较准确地鉴别清远麻鸡银耳性状的均匀度；通过确定该snp位点的基因型对清远麻鸡银耳性状进行早期选择，可以节省生产成本并加快遗传进展，能够更好地应用于鸡的育种中，具有较大的经济应用价值和科研价值。
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1.一种与清远麻鸡银耳性状相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，SEQ ID NO：1所示序列第313bp处有一个G/A碱基突变，出现GG、GA和AA不同的基因型。
3.一种检测如权利要求1-2任一项所述的SNP分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列如SEQ ID NO：2-3所示。
4.一种试剂盒，其特征在于，包含权利要求3所述的引物组。
5.一种如权利要求1-2任一项所述的分子标记、权利要求3所述的引物组或权利要求4所述的试剂盒在早期筛选清远麻鸡银耳性状中的应用。
6.一种早期筛选清远麻鸡银耳性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.根据权利要求6所述的一种早期筛选清远麻鸡银耳性状的方法，其特征在于，若基因型为GG和GA，则待检测鸡为银耳性状的评分高；若基因型为AA，则待检测鸡为银耳性状的评分低。
8.根据权利要求6所述的一种早期筛选清远麻鸡银耳性状的方法，其特征在于，
9.根据权利要求6所述的一种早期筛选清远麻鸡银耳性状的方法，其特征在于，所述PCR扩增的反应程序包括：94℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸15s，34个循环；72℃后延伸10min。
10.一种如权利要求1-2任一项所述的SNP分子标记、权利要求3所述的引物组或权利要求4所述的试剂盒在清远麻鸡育种中的应用。
...【技术特征摘要】
1.一种与清远麻鸡银耳性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no：1所示。
2.根据权利要求1所述的snp分子标记，其特征在于，seq id no：1所示序列第313bp处有一个g/a碱基突变，出现gg、ga和aa不同的基因型。
3.一种检测如权利要求1-2任一项所述的snp分子标记的引物组，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列如seq id no：2-3所示。
4.一种试剂盒，其特征在于，包含权利要求3所述的引物组。
5.一种如权利要求1-2任一项所述的分子标记、权利要求3所述的引物组或权利要求4所述的试剂盒在早期筛选清远麻鸡银耳性状中的应用。
6.一种早期筛选清远麻鸡银耳性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.根据权利要求6所述的一种早期筛选...
【专利技术属性】
技术研发人员：聂庆华，吴瑞权，郝天琪，詹惠娜，罗雪辉，郭素茵，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：
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