【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于微生物检测，具体涉及一种罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)菌株a21041特异性检测引物、试剂盒及应用和筛选方法。
技术介绍
1、益生菌通过自身的代谢产物调节肠道菌群和维持肠道健康，这些代谢产物主要包括短链脂肪酸、胞外多糖、细菌素、色氨酸和色氨酸代谢物、肌苷以及共轭亚油酸等。随着近年对益生菌研究的不断深入越来越多的研究表明益生菌可以在肠道健康、免疫发育、营养代谢、情绪管理、肝脏疾病、口腔疾病、妇科疾病以及皮肤健康这些方面发挥其益生功效，在普通食品、保健食品、新药研发等领域具有广泛的应用。但是益生菌的作用具有菌株特异性，即同一菌种的不同菌株功能具有差异性，精确的菌株识别是益生菌使用的必要前提。
2、在当前市场，益生菌产业存在品类繁多，检测和质控方式不统一，概念滥用的现象，因此，精准识别产品中益生菌菌株尤为重要。目前通过传统的分离培养方法进行检测存在效率低的问题，且无法从外观形态鉴定到菌种水平，基于菌种水平对益生菌的特异性鉴定分析的相关报道仍较匮乏。现有技术中常常基于16s rrna对罗伊氏粘液乳杆菌进行鉴定，还未见其他有效的特异性基因能够用于罗伊氏粘液乳杆菌的检测。
3、此外，罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041具有良好的耐受人工胃肠液、肠道胆盐的刺激及抑制致病菌生长的特性，并能有效缓解小鼠溃疡性结肠炎和具有清除自由基和增强抗氧化酶系的作用(专利公开号cn115948292a)，具有良好的市场应用前景。16s rrna在菌株水平的鉴定分类结果不够明显，即无法
技术实现思路
1、有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041特异性检测引物，具有特异性强、灵敏度高的特点。
2、本专利技术提供了一种用于检测罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)的特异性核酸分子，具有如seq id no：14所示的核苷酸序列。
3、本专利技术提供了一种基于所述特异性核酸分子检测罗伊氏粘液乳杆菌的引物，包括核苷酸序列如seq id no:1所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no:2所示的反向引物。
4、本专利技术提供了一种罗伊氏粘液乳杆菌的检测试剂盒，包括所述引物和其他检测试剂。
5、本专利技术提供了一种检测罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)菌株a21041的特异性核酸分子，包括所述罗伊氏粘液乳杆菌的特异性核酸分子和罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041的特异性核酸分子；
6、所述罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041的特异性核酸分子的核苷酸序列如seq idno：6所示。
7、本专利技术提供了一种基于所述特异性核酸分子的检测罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)菌株a21041的引物，包括所述检测罗伊氏粘液乳杆菌的引物和罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041特异性检测引物；
8、所述罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041特异性检测引物包括核苷酸序列如seq idno:3所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no:4所示的反向引物。
9、本专利技术提供了一种罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)菌株a21041检测试剂盒，包括所述引物和其他检测试剂；
10、优选的，所述其他检测试剂包括dna提取试剂、标准品和以下一种扩增反应液：pcr扩增反应预混液和荧光定量pcr反应液。
11、本专利技术提供了一种所述检测罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041的特异性核酸分子的筛选方法，包括以下步骤：
12、从罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041和其它不同的罗伊氏粘液乳杆菌菌株的全基因组识别出罗伊氏粘液乳杆菌特异性噬菌体序列；
13、将所述特异性噬菌体序列进行分类注释和系统发育树构建，筛选出区分不同菌株的噬菌体序列；
14、罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041和其它不同的罗伊氏粘液乳杆菌菌株进行功能注释，对注释得到的基因组特征文件和蛋白质序列文件分别进行泛基因组分析和非直系同源基因分析，取泛基因组分析的特有基因和非直系同源基因的交集，得到交集基因；
15、将所述交集基因与所述噬菌体序列、非冗余蛋白质序列数据库和核苷酸序列数据库分别进行blast比对，选择不能比对到任何物种的序列作为罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041特异性核酸分子；
16、对罗伊氏粘液乳杆菌的基因组进行组装，对组装的全基因组进行泛基因组分析，根据鉴定核心基因，并使用blast检查目标物种的特异性确定为罗伊氏粘液乳杆菌的候选核心基因；
17、将所述候选核心基因一一与非冗余蛋白质序列数据库和核苷酸序列数据库中的物种比对，若匹配结果包含有非罗伊氏粘液乳杆菌，则排除相应的候选核心序列，若匹配结果均为罗伊氏粘液乳杆菌，则该候选核心基因则归为检测罗伊氏粘液乳杆菌的特异性核酸分子。
18、优选的，所述其它不同的罗伊氏粘液乳杆菌菌株的筛选标准包括：
19、①排除contigs数量大于200的菌株；
20、②对下载的罗伊氏粘液乳杆菌菌株与菌株a21041的全基因组进行平均核苷酸一致性(ani)分析，选取ani值≥97％的菌株。
21、优选的，所述交集基因包括如seq id no:5～seq id no:13所示的基因。
22、优选的，所述功能注释为采用prokka完成；
23、所述泛基因组分析采用roary完成；
24、所述非直系同源基因分析采用orthfinder完成。
25、本专利技术提供了一种用于检测罗伊氏粘液乳杆菌的特异性核酸分子，具有如seq idno：14所示的核苷酸序列。本专利技术利用生物信息学分析方法确定特异性检测罗伊氏粘液乳杆菌的独特基因序列。基于所述特异性核酸分子的检测，可以对多种罗伊氏粘液乳杆菌菌株实现检测，而对其他近源菌无法检测到目标条件，因此，所述特异性核酸分子具有较高的检测特异性，为罗伊氏粘液乳杆菌在物种水平的检测提供了新的基础。
26、本专利技术提供了一种检测罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)菌株a21041的特异性核酸分子，包括所述特异性核酸分子和核苷酸序列如seq id no：6所示的特异性核酸分子。本专利技术首次从菌株的水平筛选得到针对菌株a21041的特异性核酸分子，包括罗伊氏粘液乳杆菌的特有基因序列和能够区别于菌株a21041和其他菌株的特有特异性核酸分子。基于所述特异性核酸分子，本专利技术能够实现在菌株水平上，实现准确菌株a21041本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种用于检测罗伊氏粘液乳杆菌(Limosilactobacillus reuteri)的特异性核酸分子，其特征在于，具有如SEQ ID NO：14所示的核苷酸序列。
2.一种检测罗伊氏粘液乳杆菌的引物，其特征在于，包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的正向引物和核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的反向引物。
3.一种罗伊氏粘液乳杆菌的检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述引物和其他检测试剂。
4.一种检测罗伊氏粘液乳杆菌(Limosilactobacillus reuteri)菌株A21041的特异性核酸分子，其特征在于，包括权利要求1所述罗伊氏粘液乳杆菌的特异性核酸分子和罗伊氏粘液乳杆菌菌株A21041的特异性核酸分子；
5.一种检测罗伊氏粘液乳杆菌(Limosilactobacillus reuteri)菌株A21041的引物，其特征在于，包括权利要求2所述检测罗伊氏粘液乳杆菌的引物和罗伊氏粘液乳杆菌菌株A21041特异性检测引物；
6.一种罗伊氏粘液乳杆菌(Limosilactobacillus
7.一种权利要求4所述检测罗伊氏粘液乳杆菌菌株A21041的特异性核酸分子的筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：
8.根据权利要求7所述筛选方法，其特征在于，所述其它不同的罗伊氏粘液乳杆菌菌株的筛选标准包括：
9.根据权利要求7所述筛选方法，其特征在于，所述交集基因包括如SEQ ID NO:5～SEQID NO:13所示的基因。
10.根据权利要求7所述筛选方法，其特征在于，所述功能注释为采用Prokka完成；
...【技术特征摘要】
1.一种用于检测罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)的特异性核酸分子，其特征在于，具有如seq id no：14所示的核苷酸序列。
2.一种检测罗伊氏粘液乳杆菌的引物，其特征在于，包括核苷酸序列如seq id no:1所示的正向引物和核苷酸序列如seq id no:2所示的反向引物。
3.一种罗伊氏粘液乳杆菌的检测试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述引物和其他检测试剂。
4.一种检测罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reuteri)菌株a21041的特异性核酸分子，其特征在于，包括权利要求1所述罗伊氏粘液乳杆菌的特异性核酸分子和罗伊氏粘液乳杆菌菌株a21041的特异性核酸分子；
5.一种检测罗伊氏粘液乳杆菌(limosilactobacillus reut...
【专利技术属性】
技术研发人员：庞世福，罗卫飞，蒙丽丽，肖桂龙，黄连飞，余秀齐，
申请(专利权)人：广西爱生生命科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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