【技术实现步骤摘要】
本申请涉及寡核苷酸组合物及其方法的领域。
技术介绍
1、寡核苷酸可用于治疗、诊断、研究和纳米材料应用。天然核酸(例如，未经修饰dna或rna)用于治疗的用途可例如由于其对细胞外和细胞内核酸酶的不稳定性、毒性和/或其差的细胞渗透性和分布而受到限制。需要新的和改进的寡核苷酸和寡核苷酸组合物，例如新的反义和sirna寡核苷酸和寡核苷酸组合物。
技术实现思路
1、本公开内容尤其涵盖以下认识：寡核苷酸的结构元件如碱基序列、化学修饰(例如，糖、碱基和/或核苷酸间键联(internucleotidic linkage)的修饰及其样式)，和/或立体化学(例如，骨架手性中心(手性核苷酸间键联)的立体化学和/或其样式)可对寡核苷酸性质(例如，活性、毒性)具有显著影响，例如可由蛋白质结合特征、稳定性等介导。在一些实施方案中，本公开内容示出，包含具有受控的结构元件(例如，受控的化学修饰和/或受控的骨架立体化学样式)的寡核苷酸的寡核苷酸组合物提供了意想不到的性质，包括但不限于某些活性、毒性等。在一些实施方案中，本公开内容示出，寡核苷酸性质(例如，活性、毒性等)可通过化学修饰(例如，糖、碱基、核苷酸间键联等的修饰)、手性结构(例如，手性核苷酸间键联的立体化学及其样式等)和/或其组合来调节。
2、本公开内容认识到提供低毒性寡核苷酸组合物及其方法的挑战。在一些实施方案中，本公开内容提供了具有降低的毒性的寡核苷酸组合物和方法。在一些实施方案中，本公开内容提供了具有降低的免疫应答的寡核苷酸组合物和方法。在
3、在一些实施方案中，本公开内容示出可通过化学修饰来调节寡核苷酸性质，例如活性、毒性等。在一些实施方案中，本公开内容提供了包含第一多种寡核苷酸(firstplurality of oligonucleotide)的寡核苷酸组合物，所述第一多种寡核苷酸具有共同的碱基序列，并且包含一个或更多个经修饰糖部分、一个或更多个天然磷酸酯键联或其组合。在一些实施方案中，本公开内容提供了包含第一多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物，所述第一多种寡核苷酸具有共同的碱基序列，包含一个或更多个经修饰核苷酸间键联，并且包含一个或更多个经修饰糖部分、一个或更多个天然磷酸酯键联或其组合。在一些实施方案中，第一多种寡核苷酸具有翼区-核心-翼区结构。在一些实施方案中，每个翼区区域独立地包含一个或更多个天然磷酸酯键联和任选的一个或更多个经修饰核苷酸间键联，并且所述核心包含一个或更多个经修饰核苷酸间键联和任选的一个或更多个天然磷酸酯键联。在一些实施方案中，每个翼区区域独立地包含一个或更多个天然磷酸酯键联和一个或更多个经修饰核苷酸间键联，并且所述核心包含一个或更多个经修饰核苷酸间键联且不包含天然磷酸酯键联。在一些实施方案中，翼区包含经修饰糖部分。在一些实施方案中，经修饰核苷酸间键联是硫代磷酸酯。在一些实施方案中，经修饰核苷酸间键联是经取代的硫代磷酸酯。在一些实施方案中，经修饰核苷酸间键联具有本公开内容中描述的式i的结构。在一些实施方案中，经修饰糖部分是2’-修饰的。在一些实施方案中，2’-修饰是2’-or1。在一些实施方案中，此类提供的组合物具有较低的毒性。在一些实施方案中，提供的组合物具有较低的补体活化。
4、在一些实施方案中，本公开内容提供了具有改善的蛋白质结合谱(proteinbinding profile)(例如，减低的有害蛋白质结合和/或提高的有益蛋白质结合)的寡核苷酸组合物。在一些实施方案中，本公开内容提供了用于改善寡核苷酸组合物的递送的方法，所述方法包括提供具有改善的蛋白质结合谱的寡核苷酸组合物。在一些实施方案中，本公开内容示出可通过化学修饰、立体化学或其组合来调节通过寡核苷酸组合物的蛋白质结合。在一些实施方案中，可以通过并入经修饰核苷酸间键联来调节通过寡核苷酸组合物的蛋白质结合。在一些实施方案中，经修饰核苷酸间键联的提高的百分比提供了寡核苷酸与某些蛋白质的提高的结合。在一些实施方案中，用天然磷酸酯键联替代一个或更多个经修饰核苷酸间键联提供了与某些蛋白质降低的结合。在一些实施方案中，用经修饰核苷酸间键联替代一个或更多个天然磷酸酯键联提供了与某些蛋白质的提高的结合。在一些实施方案中，某些化学修饰提供了与某些蛋白质的提高的蛋白质结合。在一些实施方案中，某些化学修饰提供了与某些蛋白质的降低的蛋白质结合。在一些实施方案中，相同种类的不同化学修饰提供了不同的蛋白质结合。例如，在一些实施方案中，与2’-ome相比，2’-moe提供了降低的蛋白质结合(至少在某些情况下，——例如，序列、立体化学等)。
5、本公开内容尤其涵盖以下认识：立构无规(stereorandom)寡核苷酸制备物包含多种不同的化学实体，所述化学实体彼此的差异在于例如寡核苷酸链内的各骨架手性中心的立体化学结构。不控制骨架手性中心的立体化学，立构无规寡核苷酸制备物提供了包含未确定水平的寡核苷酸立体异构体的未受控制的组合物。虽然这些立体异构体可具有相同的碱基序列和/或化学修饰，但是它们至少由于其不同的骨架立体化学而是不同的化学实体，并且如本文中所示出的，它们可具有不同的性质，例如活性、毒性等。本公开内容尤其提供了是或含有目的寡核苷酸的特定立体异构体的手性控制的组合物。在一些实施方案中，特定立体异构体可例如通过其碱基序列、其长度、其骨架键联样式及其骨架手性中心样式来定义。如本领域中所理解的，在一些实施方案中，碱基序列可涉及寡核苷酸中核苷残基的身份和/或修饰状态(例如，糖和/或碱基组分的，相对于标准天然核苷酸(例如腺嘌呤、胞嘧啶、鸟苷、胸腺嘧啶和尿嘧啶))和/或此类残基的杂交特征(即，与特定互补残基杂交的能力)。在一些实施方案中，本公开内容示出，通过寡核苷酸内特定手性结构的引入和/或定位而实现的性质改善(例如，改善的活性、较低毒性等)可比得上或甚至优于通过使用化学修饰(例如，特定的骨架键联、残基修饰等(例如，通过使用某些类型的经修饰的磷酸酯[例如，硫代磷酸酯、经取代的硫代磷酸酯等]、糖修饰[例如，2’-修饰等]和/或碱基修饰[例如,甲基化等]))实现的那些。
6、本公开内容尤其示出立体化学可用于调节寡核苷酸组合物的毒性。在一些实施方案中，本公开内容提供了与共有相同碱基序列和化学修饰的寡核苷酸的相应立构无规(或手性未受控制的)寡核苷酸组合物相比，具本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.寡核苷酸组合物，其包含通过以下定义的特定寡核苷酸类型的第一多种寡核苷酸：
2.权利要求1所述的组合物，其中所述寡核苷酸包含一个或更多个翼区区域和核心区域，其中：
3.权利要求2所述的组合物，其中有翼区是具有一个或更多个天然磷酸酯键联的。
4.权利要求1所述的组合物，其中所述第一多种寡核苷酸包含所述组合物中至少约50％的寡核苷酸。
5.权利要求1所述的组合物，其中所述特定寡核苷酸类型的寡核苷酸具有共同的碱基修饰样式和糖修饰样式。
6.权利要求1所述的组合物，其中所述第一多种寡核苷酸的水平是预先确定的。
7.权利要求2所述的组合物，其中翼区中的每个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
8.权利要求2所述的组合物，其中每个翼区独立地具有三个或更多个碱基的长度。
9.权利要求8所述的组合物，其中所述核心区域具有五个或更多个碱基的长度。
10.权利要求9所述的组合物，其中所述核心区域具有包含(Np)t(Rp)n(Sp)m的骨架手性中心样式，其中t是1至10，n是1至10，m是1至50，
11.权利要求10所述的组合物，其中所述核心区域中50％或更多的手性核苷酸间键联具有Sp构型。
12.权利要求11所述的组合物，其中所述核心区域中每个核苷酸间键联是手性的，所述核心区域具有仅一个Rp，并且所述核心区域中每个其他核苷酸间键联是Sp。
13.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出降低的毒性，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
14.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出降低的补体活化，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
15.权利要求14所述的组合物，其中在检测选自C3a、Bb、C4a、C5a、C5b、C6、C7、C8和C9的一种或更多种完全活化相关产物的存在、绝对水平和/或相对水平的测定中观察到降低的补体活化。
16.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出减轻的注射部位炎症，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
17.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出改变的蛋白质结合，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
18.权利要求17所述的组合物，其中与参照组合物相比，所述组合物显示出改变的与选自血清蛋白质、硫酸肝素结合蛋白和细胞内蛋白质的一种或更多种蛋白质的结合。
19.权利要求17所述的组合物，其中在BSA结合测定中观察到提高的蛋白质结合，其中与所述参照多种相比，所述第一多种寡核苷酸具有提高的BSA结合。
20.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出改善的寡核苷酸递送，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
21.前述权利要求中任一项所述的组合物，其包含一种或更多种脂质。
22.前述权利要求中任一项所述的组合物，其包含一种或更多种靶向组分。
23.施用包含具有共同核苷酸序列的第一多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物的方法，其包括：
24.施用包含具有共同核苷酸序列的第一多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物的方法，其包括：
25.施用包含具有共同核苷酸序列的第一多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物的方法，其包括：
26.权利要求25所述的方法，其中所述改变的蛋白质结合包括改善的与白蛋白的结合。
27.施用包含具有共同核苷酸序列的第一多种寡核苷酸的寡核苷酸组合物的方法，其包括：
28.权利要求23至27中任一项所述的方法，其中与所述参照多种寡核苷酸相比，所述第一多种寡核苷酸具有更少的糖修饰。
29.权利要求23至27中任一项所述的方法，其中与所述参照多种寡核苷酸相比，包含一个或更多个经修饰核苷酸间键联的所述第一多种寡核苷酸具有更多的天然磷酸酯键联。
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【技术特征摘要】
1.寡核苷酸组合物，其包含通过以下定义的特定寡核苷酸类型的第一多种寡核苷酸：
2.权利要求1所述的组合物，其中所述寡核苷酸包含一个或更多个翼区区域和核心区域，其中：
3.权利要求2所述的组合物，其中有翼区是具有一个或更多个天然磷酸酯键联的。
4.权利要求1所述的组合物，其中所述第一多种寡核苷酸包含所述组合物中至少约50％的寡核苷酸。
5.权利要求1所述的组合物，其中所述特定寡核苷酸类型的寡核苷酸具有共同的碱基修饰样式和糖修饰样式。
6.权利要求1所述的组合物，其中所述第一多种寡核苷酸的水平是预先确定的。
7.权利要求2所述的组合物，其中翼区中的每个核苷酸间键联是天然磷酸酯键联。
8.权利要求2所述的组合物，其中每个翼区独立地具有三个或更多个碱基的长度。
9.权利要求8所述的组合物，其中所述核心区域具有五个或更多个碱基的长度。
10.权利要求9所述的组合物，其中所述核心区域具有包含(np)t(rp)n(sp)m的骨架手性中心样式，其中t是1至10，n是1至10，m是1至50，并且每个np是独立的rp或sp。
11.权利要求10所述的组合物，其中所述核心区域中50％或更多的手性核苷酸间键联具有sp构型。
12.权利要求11所述的组合物，其中所述核心区域中每个核苷酸间键联是手性的，所述核心区域具有仅一个rp，并且所述核心区域中每个其他核苷酸间键联是sp。
13.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出降低的毒性，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
14.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出降低的补体活化，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
15.权利要求14所述的组合物，其中在检测选自c3a、bb、c4a、c5a、c5b、c6、c7、c8和c9的一种或更多种完全活化相关产物的存在、绝对水平和/或相对水平的测定中观察到降低的补体活化。
16.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出减轻的注射部位炎症，所述参照组合物中包含的每种多种寡核苷酸也具有共同的碱基序列，但其在结构上与所述第一多种中的寡核苷酸的不同之处在于：
17.权利要求1至12中任一项所述的组合物，与包含多种寡核苷酸的参照组合物相比，所述组合物显示出改变的...
【专利技术属性】
技术研发人员：马里亚·D·弗兰克卡梅涅茨基，杨海林，阿伦·莫里斯，钱德拉·瓦尔格赛，克里斯托弗·J·弗朗西斯，
申请(专利权)人：波涛生命科学有限公司，
类型：发明
国别省市：
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