【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物技术和分子标记，具体涉及一种影响杜洛克、大白和长白猪瘦肉率性状的snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、随着人们消费水平提高，消费者偏好消费猪瘦肉。市场上瘦肉价格普遍高于肥肉价格。因此，瘦肉率是衡量猪生产性能的主要指标之一，也是猪育种工作的重点。长期以来，对瘦肉率遗传改良主要通过采用基于表型进行选育的传统育种方法；然而瘦肉率属于典型数量性状，受多基因调控。因此，传统育种方法对猪瘦肉率进行遗传改良，耗时长且成本高。如能利用分子标记辅助选择（marker assisted selection，mas）技术改良种猪瘦肉率，在分子水平上对猪进行早期选育，将会进一步加快瘦肉率遗传改良进程。
2、全基因组关联分析（genome-wide association study，gwas）是指在全基因组范围内寻找与目的性状显著相关的snp。gwas是解析数量性状的有效方法，通过该方法检测到显著snp可用于分子标记辅助选择育种。然而，样本量和标记密度是影响gwas结果的重要因素。一般来说，样本量越大，标记密度越高，gwas的统计效力越强。样本量的大小主要受实验成本和实验周期等客观因素影响，而标记密度可通过基因型填充技术增加。
3、杜洛克、长白猪和大白猪引起瘦肉率高、生长速度快、繁殖力强等优良特性，迅速占领全球生猪市场，其中我国主要商品猪“杜长大”（杜洛克×（长白猪×大白猪））市场占有率约90%。因此，对核心群杜洛克、长白猪和大白猪的瘦肉率性状进行改良，能够较大程度将改良得到的优势传递给广大数量的商品猪后
技术实现思路
1、为了克服现有技术的不足和缺点，本专利技术的目的在于提供一种影响杜洛克、大白和长白种猪瘦肉率性状的snp分子标记及其应用；提供一种用于检测所述snp分子标记的引物对，利用该snp分子标记和引物对可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，并将其应用于猪瘦肉率性状遗传改良中，从而提高猪瘦肉率，进而提高猪的生产性能。
2、为实现上述目的，本专利技术所采取的技术方案是：提供一种与猪瘦肉率性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记的位点对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第25689662bp处的a>g突变，该位点碱基的多态性导致猪瘦肉率性状的不同。
3、所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示，其中序列中的m是a或g；所述snp分子标记的位点为seq id no.1序列标注位置为253位的a253-g253的核苷酸突变（位于该序列片段第253核酸单碱基突变，命名为：g.253 a>g）。
4、所述猪包括美系杜洛克、美系长白猪、法系大白猪及其合成系。
5、本专利技术提供了一种用于检测上述snp分子标记的引物对，包含引物primer-f和primer-r，其核酸序列如下：
6、上游引物primer-f：5’-gggggctctaggatgtctct-3’；
7、下游引物primer-r：5’-tggttagattccttcagccttct-3’。
8、本专利技术提供了一种用于检测上述所述的snp分子标记的试剂盒，其包括上述所述的引物对。
9、本专利技术提供了一种鉴定猪瘦肉率性状的方法，包含如下步骤：
10、检测猪16号染色体上的所述snp分子标记，根据所述snp分子标记的5’端第253位单核苷酸是a还是g，判断猪瘦肉率性状；当所述snp分子标记的5’端第253位单核苷酸是a时，猪瘦肉率高；当所述snp分子标记的5’端第253位单核苷酸是g时，猪瘦肉率低。
11、本专利技术提供了一种筛选高瘦肉率性状猪品种的方法，包括以下步骤：
12、检测猪16号染色体上所述的snp分子标记，淘汰所述snp分子标记的5’端第253位单核苷酸是g的个体，保留所述snp分子标记的5’端第253位单核苷酸是a的个体为种猪。
13、本专利技术提供了一种猪的遗传改良方法，包含如下步骤：
14、确定种猪核心群中种猪的所述的snp分子标记，并根据所述snp分子标记做出相应的选择：种猪的继代选育国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第25689662bp处的aa基因型和ag基因型的种猪个体，淘汰该点的gg基因型的种猪个体，以逐代提高该位点的等位基因a的频率，从而提高后代猪瘦肉率。
15、所述种猪包括美系杜洛克、美系长白猪、法系大白猪及其合成系。
16、本专利技术提供了所述snp分子标记、所述引物对或所述试剂盒在鉴定猪瘦肉率性状、筛选高瘦肉率猪品种、猪遗传育种或提高猪瘦肉率中的应用。
17、本专利技术的有益效果是：
18、（1）研究并确定了影响猪瘦肉率性状相关的snp分子标记位于猪的16号染色体的核苷酸序列上，验证其对猪瘦肉率性状的影响效应，最终建立对猪瘦肉率性状进行快速改良的分子标记辅助选择育种技术，极大地改善了杜洛克、长白猪、大白猪及其合成系的选育进程，适应活猪市场的需求，提高了企业的核心竞争力；
19、（2）本专利技术提供一种用于位于猪16号染色体上与猪瘦肉率性状相关的snp分子标记的引物对，通过该引物对可建立高效准确的分子标记辅助育种技术，快速准确的对性状进行选育，加快育种进程；将其应用于种猪瘦肉率性状遗传改良中，可提高猪的瘦肉率，增加企业的核心竞争力；
20、（3）本专利技术通过优选该分子标记的优势等位基因，提供了一种猪选育的方法，其能够加快杜洛克、长白猪和大白猪的遗传进展，缩短杜洛克、长白猪和大白猪改良的时间，从而有效提高种猪育种的瘦肉率；其中，若本专利技术将影响猪瘦肉率性状的snp分子标记的gg型个体全部选育成aa型个体，杜洛克、大白和长白猪100kg体重瘦肉率分别提高0.53%、0.76%和0.73%，一个规模化万头猪场则可以增加5.30吨以上的瘦肉；由此可见，高瘦肉率为养猪产业提供收益的潜力是巨大的，本snp分子标记个体中，通过优选美系杜洛克、大白和长白该snp的优势等位基因（a），获得高瘦肉率育种猪。
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1.一种与猪瘦肉率性状相关的SNP分子标记，其特征在于，其SNP位点对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第25689662bp处的A>G突变；
2.根据权利要求1所述的SNP分子标记，其特征在于，所述猪包括美系杜洛克、美系长白猪、法系大白猪及其合成系。
3.一种用于鉴定权利要求1所述的SNP分子标记的引物对，其特征在于，包含引物primer-F和primer-R，其核酸序列如下：
4.一种用于检测如权利要求1所述的SNP分子标记的试剂盒，其特征在于，包括如权利要求3所述的引物对。
5.一种鉴定猪瘦肉率性状的方法，其特征在于，包含如下步骤：
6.一种筛选高瘦肉率性状猪品种的方法，其特征在于，包括以下步骤：
7.一种猪的遗传改良方法，其特征在于，包含如下步骤：
8.根据权利要求5-7任一所述的方法，其特征在于，所述猪或种猪包括美系杜洛克、美系长白猪、法系大白猪及其合成系。
9.根据权利要求1-2任一所述的SNP分子标记、如权利要求3所述的引物对或如权利要求4所述的试剂盒在
...【技术特征摘要】
1.一种与猪瘦肉率性状相关的snp分子标记，其特征在于，其snp位点对应于国际猪参考基因组11.1版本16号染色体上第25689662bp处的a>g突变；
2.根据权利要求1所述的snp分子标记，其特征在于，所述猪包括美系杜洛克、美系长白猪、法系大白猪及其合成系。
3.一种用于鉴定权利要求1所述的snp分子标记的引物对，其特征在于，包含引物primer-f和primer-r，其核酸序列如下：
4.一种用于检测如权利要求1所述的snp分子标记的试剂盒，其特征在于，包括如权利要求3所述的引物对...
【专利技术属性】
技术研发人员：辛文水，李新建，周身娉，乔传民，高帅，段栋栋，李梦雨，
申请(专利权)人：海南省农业科学院三亚研究院海南省实验动物研究中心，
类型：发明
国别省市：
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