【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本公开涉及将提取自患者基因组的信息用于产生肿瘤新抗原的用途。特别是，发现了一种合成的dna分子，该分子包含一个编码肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的片段。这种合成的dna分子可用作rna疫苗中的模板，例如包含患者肿瘤的肿瘤新抗原的个体化疫苗或包含来自感染因子的表位的疫苗。更具体地，但不排他地，本公开涉及一种制备能够被转录到rna疫苗中的dna分子的方法。本公开还涉及根据本专利技术的dna分子池(pool)。本公开还涉及产生针对影响患者的癌症的rna疫苗的方法，包括产生根据本专利技术的dna分子或根据本专利技术的池的步骤。本公开还涉及可通过根据本专利技术的产生rna疫苗的方法获得的疫苗。
技术介绍
1、文献us2015038373a1提供了一种从头合成基因的方法。具体而言，该文献提供了能够以低错误率高效地快速合成大的基因文库或相对较长的寡核苷酸片段的方法、装置和系统。用于从头合成基因的基底是硅。
2、文献wo2016126987a1提供了核酸组装的方法，包括：提供预定的核酸序列；提供多个前体双链核酸片段，每个前体双链核酸片段具有两条链，其中两条链中的每一条包含5'-a(νx)τ-3'或5'-g(nx)c-3'的粘性末端序列，其中n是核苷酸，其中x是核苷酸a和t之间或g和c之间的核苷酸数，并且其中x是1至10，并且其中不超过两个前体双链核酸片段包含相同的粘性末端序列。
3、文献wo2016172377a1提供了用于合成寡核酸的装置，包括：板；主通道，其中所述主通道从所述板的顶侧上的开口垂直延伸到所述板中，并且其
4、文献us2020222875提供了用于高效从头合成高度准确和均匀的多核苷酸文库的系统、方法及组合物。特别地，该文献提供了用于多核苷酸合成的方法，包括：a)提供包含表面的结构；b)将至少一种核苷与连接至所述表面的多核苷酸偶联；c)在所述表面上沉积氧化溶液；d)在所述表面上沉积洗涤溶剂，其中所述洗涤溶剂包括酮、酯、醚、烃或其功能等同物；和e)重复步骤b-d以合成多个多核苷酸。
5、文献ep3576751提供了一种核糖核酸(rna)癌症疫苗，其可以安全地引导身体的细胞机制产生几乎任何目的癌症蛋白或其片段。该文献举例说明了具有20个表位或52个表位的癌症疫苗。该文献描述了具有编码表位串联体的开放阅读框的mrna癌症疫苗。
6、文献wo2020/097291描述了一种用mrna疫苗治疗患者癌症的方法，其中疫苗核酸在给定长度内具有最大的抗癌功效。
7、kreiter sebastian等人的文献(the journal ofimmunology，第180卷，2008年，第309-318页)提到通过将抗原偶联到mhc分子上来提高抗原呈递的效率，其中所描述的载体具有启动子、聚-a尾部和3’utr序列。
8、nielsen等人的文献(journal ofimmunological methods，第360卷，2010年，第149-156页)描述了编码cmv、ebv和流感的32个表位的多表位mrna构建体的体外转录，其中mrna构建体包含dc-lamp信号序列、3’-utr序列和聚-a尾部。
9、文献wo2018/183922描述了用于抗疟疾疫苗的方法和组合物，其中所述疫苗可以包含使用质粒或腺病毒表达载体产生的几种抗原的混合物。
10、不幸的是，尽管这些文献描述了其技术的优点，但目前不存在下述dna分子(优选长度大于200个核苷酸的长dna分子)的从头合成，该dna分子编码从患者肿瘤中鉴定的肿瘤特异性抗原(新抗原)或编码来自感染因子的表位。特别地，不存在在池中制备所述dna分子的方法，所述方法允许在池中产生编码多种不同肿瘤新抗原的或来自感染性疾病的表位的多种dna分子。事实上，疾病，例如癌症，可能以多种疾病特异性抗原为特征。高效个体化rna疫苗的制备依赖于疫苗的开发，该疫苗包含足够大量的疾病特异性(例如肿瘤特异性)抗原，能够在患者中引发适当的免疫应答。目前，个体化疫苗的效力不高，部分原因是可整合到疫苗中的个体化表位或新抗原的数量有限。事实上，现有技术中的个体化疫苗依赖于编码具有表位串联体的开放阅读框的dna或rna。dna或rna的大小受其相应质粒的最大尺寸限制。由于尺寸有限，其不能掺入引发大规模免疫应答所需的非常大量的不同表位，所述免疫应答的特征是产生靶向不同表位的特异性t细胞。现有技术还提到可用作疫苗模板的包含串联表位的dna片段的从头生产，但这种从头生产受限于长度小于或等于200个核苷酸的短dna片段的合成，其中这些短dna片段通过多次连接进一步组装。因此，现有技术中当前方法的另一个重要限制是存在多个连接步骤，这可能在所得dna片段中引入错误。
技术实现思路
1、因此，需要处理包含一个片段的合成dna分子，所述片段编码肿瘤新抗原或来自感染因子的表位，其中，优选地，所述dna分子具有等于或大于200个核苷酸的长度，并且可以在dna分子池中制备，而不受池中存在的不同dna分子的数量的限制。
2、根据本专利技术，提供了一种合成的dna分子，所述合成的dna分子包含在转录成相应的rna分子的启动子控制下编码肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的一个片段，以及将所述翻译的rna分子翻译成肽的片段。
3、根据本专利技术，还提供了(互补的)dna分子，包含(i)编码肽的(第二)部分的片段，所述肽用于将抗原导向mhc分子，(ii)用于增加转录的rna的稳定性或用于增加转录的rna翻译成蛋白质的片段，和(iii)编码聚a尾的片段。如将在详细描述中进一步描述的，根据本专利技术的所述(互补的)dna分子将用作反向引物，所述反向引物允许仅使用一个反向引物在池中产生多个双链dna分子。
4、本专利技术还涉及制备根据本专利技术的dna分子的方法，包括在启动子的控制下进行编码肿瘤新抗原的dna分子的化学合成的步骤。
5、本专利技术的另一个目的是根据本专利技术的dna分子池或可通过根据本专利技术的方法获得的池，所述池包含多种不同的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位。事实上，根据本专利技术的包含多种不同肿瘤新抗原或多种来自感染因子的不同表位的dna分子池在池中存在的不同新抗原或表位的数量上不受限制。因此，根据本专利技术的dna分子池可用作患者的个体化疫苗的模板，所述个体化疫苗可掺入无限数量的患者新抗原，从而可以引发确保个体化疫苗高效力的最佳免疫应答。
6、本专利技术还涉及一种产生针对影响患者的癌症的rna疫苗的方法，所述方法包括产生根据本专利技术的dna分子或根据本专利技术的池的步骤，以及将所述dna分子体外转录成rna分子的步骤。
7、本专利技术还涉及可通过本专利技术方法获得的疫苗。
8、从属权利要求涉及其他有利的实施方案。
9、图1是根据本专利技术的dna分子的示意图，包括不同的片段以及相应的转录的rn本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种合成的DNA分子，所述合成的DNA分子包含在转录成相应RNA分子的启动子控制下编码肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的一个片段，以及将所述翻译的RNA分子翻译成肽的片段。
2.根据权利要求1所述的DNA分子，还包含编码如下序列的片段，所述序列用于稳定和/或靶向和/或转运囊泡区的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位和/或将编码的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位导向MHC分子。
3.根据前述权利要求中任一项所述的DNA分子，还包含编码翻译增强子和/或3’-UTR和/或3’聚A尾片段和/或5’-UTR的片段。
4.根据前述权利要求中任一项所述的DNA分子，所述DNA分子是双链的，大小为每链100个核苷酸至约2500个核苷酸，优选每链300个核苷酸至约800个核苷酸，更优选每链约400个核苷酸至约700个核苷酸，还更优选每链约500(或550)个核苷酸至约650(或600)个核苷酸。
5.一种DNA分子，包含(i)编码肽的(第二)部分的片段，所述肽用于将抗原导向MHC分子，(ii)用于增加转录的RNA的稳定性或用于增加转录的RNA翻译成蛋白质的
6.根据权利要求5所述的DNA分子，所述DNA分子是反义的，优选与前述权利要求1至4中任一项所述的有义DNA分子进行碱基配对。
7.根据前述权利要求1至4中任一项所述的DNA分子的制备方法，包括在启动子的控制下进行编码肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的DNA分子的化学合成的步骤。
8.根据权利要求7所述的方法，包括进行以下化学合成的步骤：(i)第一单链DNA分子，包含用于在RNA中转录的启动子、用于其翻译的片段和用于内部导向与肿瘤新抗原或来自感染因子的表位框内融合的靶向序列和遗传元件的第一部分，所述遗传元件编码用于装载编码的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位以呈递至T淋巴细胞的序列，和(ii)第二单链DNA分子，编码遗传元件的第二部分，所述遗传元件编码用于装载编码的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的序列，以呈递至T淋巴细胞，其中所述第二单链DNA分子是反义的，并且其中所述第一部分和第二部分形成完整的序列，用于装载肿瘤新抗原或来自感染因子的表位以呈递至T淋巴细胞，并且其中所述第一部分和第二部分存在允许特定碱基配对的重叠(至少15个连续核苷酸)，所述方法还包括使(i)中的DNA分子与(ii)中的DNA分子杂交并使两个分子延伸的步骤，以产生双链DNA分子和遗传元件，所述双链DNA分子编码启动子、翻译起始子、用于内部导向与肿瘤新抗原或来自感染因子的表位框内融合的靶向序列，所述遗传元件编码用于装载编码的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的序列，以呈递至T淋巴细胞。
9.根据权利要求7或8所述的方法，其中DNA分子(ii)还包含3’-UTR和/或聚A尾。
10.根据前述权利要求1至5中任一项所述的DNA分子池或可通过权利要求7至9所述的方法获得的池，所述池包含多种不同的肿瘤新抗原或来自感染因子的多种不同表位。
11.根据权利要求10所述的池，其中所述池的多个DNA分子具有用于转录RNA中肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的转录的相同启动子。
12.根据权利要求10或11所述的池，其中所述池的多个DNA分子具有编码用于肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的内部靶向的序列的相同的遗传元件，和/或相同的翻译增强子和/或编码用于装载编码的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的序列以用于呈递至T淋巴细胞的相同的遗传元件和/或相同的3’-UTR。
13.一种用于产生针对影响患者的癌症的RNA疫苗的方法，所述方法包括产生根据权利要求1至4中任一项所述的DNA分子或权利要求10至12中任一项所述的池的步骤，以及将所述DNA分子体外转录成RNA分子的步骤。
14.根据权利要求13所述的方法，还包括将所述RNA分子配制成疫苗的步骤。
15.一种可通过权利要求14的方法获得的疫苗，用于治疗影响患者的癌症或感染性疾病。
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.一种合成的dna分子，所述合成的dna分子包含在转录成相应rna分子的启动子控制下编码肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的一个片段，以及将所述翻译的rna分子翻译成肽的片段。
2.根据权利要求1所述的dna分子，还包含编码如下序列的片段，所述序列用于稳定和/或靶向和/或转运囊泡区的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位和/或将编码的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位导向mhc分子。
3.根据前述权利要求中任一项所述的dna分子，还包含编码翻译增强子和/或3’-utr和/或3’聚a尾片段和/或5’-utr的片段。
4.根据前述权利要求中任一项所述的dna分子，所述dna分子是双链的，大小为每链100个核苷酸至约2500个核苷酸，优选每链300个核苷酸至约800个核苷酸，更优选每链约400个核苷酸至约700个核苷酸，还更优选每链约500(或550)个核苷酸至约650(或600)个核苷酸。
5.一种dna分子，包含(i)编码肽的(第二)部分的片段，所述肽用于将抗原导向mhc分子，(ii)用于增加转录的rna的稳定性或用于增加转录的rna翻译成蛋白质的片段，和(iii)编码聚a尾的片段。
6.根据权利要求5所述的dna分子，所述dna分子是反义的，优选与前述权利要求1至4中任一项所述的有义dna分子进行碱基配对。
7.根据前述权利要求1至4中任一项所述的dna分子的制备方法，包括在启动子的控制下进行编码肿瘤新抗原或来自感染因子的表位的dna分子的化学合成的步骤。
8.根据权利要求7所述的方法，包括进行以下化学合成的步骤：(i)第一单链dna分子，包含用于在rna中转录的启动子、用于其翻译的片段和用于内部导向与肿瘤新抗原或来自感染因子的表位框内融合的靶向序列和遗传元件的第一部分，所述遗传元件编码用于装载编码的肿瘤新抗原或来自感染因子的表位以呈递至t淋巴细胞的序列，和(ii)第二单链dna分子，编码遗传元件的第二部分，所述遗传元件编码用...
【专利技术属性】
技术研发人员：珍·波尔·德蒂夫，克里斯多夫·范·赫费尔，查尔斯·马尔卡尤，
申请(专利权)人：安可DNA有限责任公司，
类型：发明
国别省市：
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。