【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
技术介绍
1、聚合酶链式反应(pcr)是一种分子生物学技术，其允许核苷酸扩增以用于各种分析目的。定量pcr(qpcr)是pcr的一种改进，其允许监测靶标核苷酸的扩增。诊断qpcr已应用于检测指示感染性疾病、癌症和遗传异常的核苷酸。逆转录pcr(rt-pcr)是qpcr的一种改进，其允许检测目标rna核苷酸。由于这种能力，rt-pcr非常适合检测病毒病原体。然而，rt-pcr使用的大型设备在某些即时医疗(point of care)环境中可能无法使用。此外，rt-pcr使用经过培训的人员、大量的样品制备以及执行和获得结果的时间。
2、相比之下，环介导等温扩增(lamp)是一种更简单的目标核苷酸诊断鉴定方法。具体地，lamp是用于倍增具体核苷酸序列的单操作核酸扩增方法。除了使用等温加热过程之外，lamp还可使用简单的视觉输出测试指示(如颜色变化)而非pcr使用的更复杂的荧光指示。逆转录lamp(rt-lamp)可以像rt-pcr一样使用以从rna中鉴定目标核苷酸，并因此能够以诊断能力来使用以鉴定病毒病原体的存在或不存在。由于lamp更加简单，因此其可使用更少的设备和样品制备来执行，并因此更容易在诊所、急诊室等即时医疗环境中使用，甚至可以在移动基础(mobile basis)上使用。
技术实现思路
1、本公开涉及用于使用lamp分析来检测目标核苷酸的技术(例如，组合物、方法、系统和组件)。在一些方面中，可知晓目标核苷酸存在于感兴趣的病原体中。在病原体是病毒的情况下，lamp
2、在一些公开实施方式中，提供制备供病原体目标的环介导等温扩增(lamp)检测的唾液样品的方法。一方面，这样的方法可包括提供来自测试对象的一定量的唾液，和在水中将唾液稀释至降低唾液的缓冲能力的程度，同时维持足够的浓度以允许病原体目标的检测。
3、一方面，方法可包括与原始粘度相比降低唾液的粘度。另一方面，可通过稀释、过滤或其组合中的一种或多种来降低粘度。另一方面，可使用过滤来降低粘度。在其它方面中，可使用10微米过滤器来降低粘度。又一方面，粘度可降低至与原始粘度相比增加通过固相介质的流动性的程度。又一方面，粘度可降低至约1.0厘泊(cp)至约50cp的范围。
4、一方面，这样的方法可包括将唾液样品过滤至使唾液样品ph调节至测试样品目标范围的程度。另一方面，测试样品目标范围可以是约7.2至约8.6。另一方面，水可具有大于6.0的ph并且可基本上不含污染物。又一方面，唾液样品可主要由唾液和水组成。又一方面，可使用海绵基采集来采集唾液。
5、一方面，可在水中将唾液稀释至唾液与水的比为约1:1至约1:20。另一方面，可在水中将唾液稀释至为样品提供在600nm处小于0.2的光密度(od600)的程度。在其它方面中，唾液的体积为约50μl至约100μl。又一方面，唾液样品的体积范围为约100μl至约1ml。
6、在其它方面中，病原体目标可包括病毒病原体、细菌病原体、真菌病原体或原生动物病原体。一方面，病原体目标可以是病毒目标。另一方面，病毒目标可包括dsdna病毒、ssdna病毒、dsrna病毒、正链ssrna病毒、负链ssrna病毒、ssrna-rt病毒或ds-dna-rt病毒。又一方面，病毒目标可以是h1n1、h2n2、h3n2、h1n1pdm09或sars-cov-2。
7、在一些方面中，lamp检测可包括逆转录lamp(rt-lamp)检测。
8、在其它公开实施方式中，公开用于lamp分析的测试样品组合物并且可包括：测试对象的足以经由lamp分析检测病原体目标的唾液量与降低唾液的缓冲能力的水量的组合。
9、一方面，组合物可具有约1.0cp至约50cp的粘度。另一方面，组合物可具有约7.2至约8.6的ph。另一方面，组合物的唾液与水的比可为约1:1至约1:20。又一方面，组合物可具有在600nm处小于0.2的光密度(od600)。另一方面，水可具有大于6.0的ph并且可基本上不含污染物。一方面，组合物可主要上由唾液和水组成。另一方面，唾液可具有范围从约50μl至约100μl的体积。又一方面，唾液样品可具有约100μl至约1ml的体积。
10、一方面，病原体目标可包括病毒病原体、细菌病原体、真菌病原体或原生动物病原体。另一方面，病原体目标可以是病毒目标。另一方面，病毒目标可包括dsdna病毒、ssdna病毒、dsrna病毒、正链ssrna病毒、负链ssrna病毒、ssrna-rt病毒或ds-dna-rt病毒。又一方面，病毒目标可包括h1n1、h2n2、h3n2、h1n1pdm09或sars-cov-2。又一方面，组合物的缓冲能力可小于5mm。
11、在又其它公开实施方式中，用于固相介质上lamp分析的组合物可包括一种或多种目标引物、dna聚合酶和再增溶剂(re-solubilization agent)。在一些方面中，这样的组合物可基本上不含能够使固相介质变色的非ph敏感剂。一方面，组合物可包括抗氧化剂。另一方面，组合物可基本上不含挥发性剂。又一方面，组合物可基本上不含吸湿剂。另一方面，组合物还可包括逆转录酶。
12、一方面，当在25℃下、在约40％与约90％相对湿度(rh)之间时，吸湿剂可吸收超过约10wt％。另一方面，吸湿剂可包括甘油、乙醇、甲醇、氯化钙、氯化钾、硫酸钙及其组合。
13、另一方面，再增溶剂可以是表面活性剂。另一方面，再增溶剂可包括牛血清白蛋白(bsa)、酪蛋白、聚山梨醇酯20或其组合。
14、一方面，目标引物可靶向病原体，所述病原体可包括病毒病原体、细菌病原体、真菌病原体或原生动物病原体。一方面，病原体可以是病毒病原体。另一方面，病毒病原体可包括dsdna病毒、ssdna病毒、dsrna病毒、正链ssrna病毒、负链ssrna病毒、ssrna-rt病毒或ds-dna-rt病毒。另一方面，病毒病原体可包括h1n1、h2n2、h3n2、h1n1pmd09或sars-cov-2。
15、一方面，组合物还可包括不变色添加剂。不变色添加剂可包括糖、缓冲剂或其组合中的一种或多种。另一方面，组合物还可包括指示剂。
16、在其它公开实施方式中，用于固相介质上lamp分析的方法可包括提供固相介质与本文叙述的组合物的组件，将生物样品沉积到固相介质上，和将组件加热至足以促进lamp反应的等温温度。一方面，生物样品可以是唾液、粘液、血液、尿液、粪便、汗液、呼出气冷凝物或其组合中的一种或多种。另一方面，生物样品是唾液。一方面，lamp分析可以是逆转录酶lamp(rt-lamp)。另一方面，方法还可包括检测病毒病原体。
17、在其它公开实施方式中，用于执行lamp分析的系统可包括本文叙述的组合物，和组合物沉积于其上的固相介质。
18、在又其它公开实施方式中，用于环介导等温扩增(lamp)分析的组合物可利用ph依赖性输出本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.用于利用pH依赖性输出信号的环介导等温扩增(LAMP)分析的组合物，所述组合物包括：
2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述pH敏感染料是酚红、酚酞、石蕊精、溴百里酚蓝、萘酚酞、甲酚红或其组合中的至少一种。
3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多种非干扰LAMP试剂基本上不含挥发性试剂、pH干扰试剂、镁干扰试剂或其组合。
4.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多种非干扰LAMP试剂基本上不含镁、硫酸铵和碳酸铵。
5.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多种非干扰LAMP试剂包括DNA聚合酶、逆转录酶、目标引物或其组合。
6.根据权利要求1所述的组合物，其还包括抗氧化剂。
7.根据权利要求1所述的组合物，其还包括载体RNA、载体DNA、RNAase抑制剂、DNAase抑制剂、盐酸胍或其组合。
8.根据权利要求1所述的组合物，其中所述LAMP分析是逆转录LAMP(RT-LAMP)。
9.根据权利要求1所述的组合物，其还包括固相介质。
10.根据权利要求1所述的组合物
11.根据权利要求1所述的组合物，其还包括糖，所述糖包括海藻糖、葡萄糖、蔗糖、葡聚糖或其组合中的一种或多种。
12.根据权利要求1所述的组合物，其还包括阻断剂，所述阻断剂包括牛血清白蛋白、酪蛋白或其组合。
13.利用pH依赖性输出信号执行LAMP分析的方法，所述方法包括：
14.根据权利要求13所述的方法，其中所述生物样品是唾液、粘液、血液、尿液、粪便、汗液、呼出气冷凝物或其组合中的一种或多种。
15.根据权利要求13所述的方法，其中所述生物样品是唾液。
16.根据权利要求13所述的方法，其还包括：
17.根据权利要求13所述的方法，其中所述LAMP分析是逆转录LAMP(RT-LAMP)。
18.最大化pH依赖性LAMP分析中输出信号的准确度的方法，所述方法包括：
19.根据权利要求18所述的方法，其还包括：
20.根据权利要求18所述的方法，其还包括：
21.最大化pH依赖性LAMP分析中输出信号的准确度的方法，所述方法包括：
22.最大化pH依赖性LAMP分析中检测水平(LOD)的方法，所述方法包括：
...【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】
1.用于利用ph依赖性输出信号的环介导等温扩增(lamp)分析的组合物，所述组合物包括：
2.根据权利要求1所述的组合物，其中所述ph敏感染料是酚红、酚酞、石蕊精、溴百里酚蓝、萘酚酞、甲酚红或其组合中的至少一种。
3.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多种非干扰lamp试剂基本上不含挥发性试剂、ph干扰试剂、镁干扰试剂或其组合。
4.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多种非干扰lamp试剂基本上不含镁、硫酸铵和碳酸铵。
5.根据权利要求1所述的组合物，其中所述多种非干扰lamp试剂包括dna聚合酶、逆转录酶、目标引物或其组合。
6.根据权利要求1所述的组合物，其还包括抗氧化剂。
7.根据权利要求1所述的组合物，其还包括载体rna、载体dna、rnaase抑制剂、dnaase抑制剂、盐酸胍或其组合。
8.根据权利要求1所述的组合物，其中所述lamp分析是逆转录lamp(rt-lamp)。
9.根据权利要求1所述的组合物，其还包括固相介质。
10.根据权利要求1所述的组合物，其还包括：
11.根据权利要...
【专利技术属性】
技术研发人员：J·塞维利亚，D·麦克切斯尼，J·王，M·K·玛鲁塔木图，A·德克斯特，M·维尔马，
申请(专利权)人：普渡研究基金会，
类型：发明
国别省市：
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