【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及肿瘤突变，具体涉及一种肿瘤突变小肽展示文库的构建方法。
技术介绍
1、根据世界卫生组织的数据，全球确诊的癌症患者数千万人，其中每年新增癌症确诊及死亡人数，还在持续增加，对生命健康构成严重挑战(ca:a cancer journal forclinicians,2021,71:p.209-249)。
2、近些年来，随着测序技术，尤其是第二代测序技术的发展，使得基因组测序逐步成为常规的测试、分析手段(nature reviews genetics,2016,17:p.333–351)，其应用范围得到了显著扩大，癌症领域也不例外。到目前为止，已经完成上万肿瘤患者的全基因组测序，并获得了大量与肿瘤高度相关的突变信息(cell,2018,173(2):p.530)。但是，大规模获取携带突变信息的核酸或蛋白实物，是进一步挖掘突变信息的基础，是肿瘤基础研究的难点。
3、另一方面，大规模并行核苷酸合成技术，逐渐成熟，能够高效获得寡聚核苷酸实物。目前，该技术已成功用于源于人正常蛋白质组(nature biotechnology,2011,29(6):p.535-541)、病毒蛋白质组(science,2015,348(6239):p.1105)、过敏原(naturecommunications,2021,12(1):p.379)、病原菌蛋白(nature medicine,2021,27:p.1442-1450)、毒素蛋白和病毒因子(immunity,2022,55(6):p.1051-1066)等小肽对应核
4、因此，如能利用大规模并行核苷酸合成技术，获得核苷酸实物，再将其转化成对应的条肽，有望为肿瘤研究提供携带突变信息的核酸或蛋白实物，助力肿瘤突变信息的深度挖掘。
5、qi h等人在2021年发表的论文phage display:an ideal platform forcoupling protein to nucleic acid中，公开了噬菌体展示技术在技术开发和应用方面的巨大进步，并进一步公开了寡核苷酸合成法构建多肽展示文库，但是，上述方法没有涉及到使用突变小肽代替突变蛋白，也没有涉及到如何获取突变小肽的氨基酸序列及其突变小肽的长度。
6、目前获取突变蛋白的主要方式为：
7、a.根据突变蛋白的氨基酸序列直接合成对应的核苷酸序列，整合进入表达载体，诱导、表达、纯化，获得突变蛋白；
8、b.在野生型蛋白对应核苷酸序列可用的基础上，根据突变事件，采用定点突变的方式获取突变后的核苷酸，进而诱导、表达、纯化，获得突变蛋白。
9、上述两种策略均能够实现突变蛋白的持续供应。但是每次只能获得一个或者数个突变蛋白。无法持续获得大量突变蛋白，比如数十万种突变蛋白。
技术实现思路
1、本专利技术针对现有技术存在的不足，提供了一种肿瘤突变小肽展示文库的构建方法。
2、本专利技术是通过以下技术方案实现的：
3、本专利技术提供了一种肿瘤突变小肽展示文库的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：
4、s1、在肿瘤突变后的突变蛋白氨基酸序列上进行截取，获取突变小肽氨基酸序列；
5、s2、将突变小肽氨基酸序列转换成为对应的核苷酸序列；
6、s3、添加共有序列，获得寡聚核苷酸序列；
7、s4、获得寡聚核苷酸实物；
8、s5、扩增寡聚核苷酸；
9、s6、构建小肽展示文库。
10、优选地，步骤s1中的突变，是指蛋白对应的一级氨基酸序列发生改变的情况。
11、优选地，突变蛋白及突变信息，其来源包含但不限于公共数据库，如tcga数据库、cosmic数据库等，实验室通过测序、分析等等手段获得的突变信息。
12、优选地，步骤s1中所述突变包括插入突变、替换突变、删除突变、移码突变、融合突变中的至少一种。
13、优选地，所述突变小肽为突变发生后，含有全部或部分突变信息的氨基酸序列。
14、优选地，所述突变信息可以位于突变小肽的任何位置。
15、优选地，所述突变小肽的长度为20-100个氨基酸。
16、优选地，步骤s1中所述截取方法包括：所有突变小肽的长度一致，为q个氨基酸；q为20-100；选取长度大于等于q个氨基酸的突变蛋白或者移码突变位点到第一个终止密码子的长度大于等于q个氨基酸的突变蛋白；在突变蛋白的氨基酸序列上截取含有q个氨基酸的突变小肽。
17、优选地，所述突变为插入突变；所述插入的氨基酸数量为n；从突变蛋白上第一个氨基酸开始到突变位点的长度为m，从最后一个氨基酸开始到突变位点的长度为p；
18、所述截取方法包括：
19、a1、q，n为偶数：
20、m小于q/2-n/2，则在突变蛋白的第一个氨基酸开始，截取到第q个氨基酸，即为突变小肽；
21、m大于等于q/2-n/2且大于等于q/2-n/2，则从插入位点开始，向氨基端截取q/2-n/2个氨基酸作为突变小肽的氨基端，向羧基端截取q/2-n/2个氨基酸，作为突变小肽的羧基端；依次连接突变小肽的氨基端、插入序列、突变小肽的羧基端，即为突变小肽；
22、p小于q/2-n/2，则从突变蛋白的最后一个氨基酸开始，向氨基端截取到第q个氨基酸，即为突变小肽；
23、a2、q为偶数，n为奇数：
24、m小于q/2-(n-1)/2，则在突变蛋白的第一个氨基酸开始，截取到第q个氨基酸，即为突变小肽；
25、m大于等于q/2-(n-1)/2且p小于q/2-(n+1)/2，则从插入位点开始，向氨基端截取q/2-(n-1)/2个氨基酸作为突变小肽的氨基端，向羧基端截取q/2-(n+1)/2个氨基酸，作为突变小肽的羧基端。将突变小肽的氨基端，插入序列，突变小肽的羧基端，依次连接起来，即为突变小肽；
26、p小于q/2-(n+1)/2，则从突变蛋白的最后一个氨基酸开始，截取到第q个氨基酸，即为突变小肽。
27、a3、q为奇数，n为偶数：
28、m小于(q+1)/2-n/2，则在突变蛋白的第一个氨基酸开始，截取到第q个氨基酸，即为突变小肽；
29、m大于等于(q+1)/2-n/2，且p大于等于(q-1)/2-n/2，则从插入位点开始，向氨基端截取(q+1)/2-n/2个氨基酸作为突变小肽的氨基端，向羧基端截取(q-1)/2-n/2个氨基酸，作为突变小肽的羧基端；依次连接突变小肽的氨基端、插入序列、突变小肽的羧基端，即为突变小肽；
30、p小于(q-1)/2-n/2个氨基酸，则从突变蛋白的最后一个氨基酸开始，向氨基端截取到第q个氨基酸，即为突变小肽；
31、a4、q为奇数，n为奇数：
32、m小于(q-n)/2，则在突变蛋白的第一个氨基酸开始，截取到第q个氨基酸，本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种肿瘤突变小肽展示文库的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S1中所述突变包括插入突变、替换突变、删除突变、移码突变、融合突变中的至少一种。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述突变小肽为突变发生后，含有全部或部分突变信息的氨基酸序列。
4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述截取方法包括：所有突变小肽的长度一致，为q个氨基酸；q为20-100；选取长度大于等于q个氨基酸的突变蛋白或者移码突变位点到第一个终止密码子的长度大于等于q个氨基酸的突变蛋白；在突变蛋白的氨基酸序列上截取含有q个氨基酸的突变小肽。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述突变为插入突变；所述插入的氨基酸数量为n；从突变蛋白上第一个氨基酸开始到突变位点的长度为m，从最后一个氨基酸开始到突变位点的长度为p；
6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述突变为替换突变；所述替换突变后突变位点的氨基酸数量为n；从突变蛋白上第一个氨基酸开始到突变位点的长度为m，从最后一个氨基酸开始
7.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述突变为删除突变或不发生移码突变的融合突变；从突变蛋白上第一个氨基酸开始到突变位点的长度为m，从最后一个氨基酸开始到突变位点的长度为p；
8.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述突变为移码突变或发生移码突变的融合突变；
9.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S3中所述添加共有序列的方法包括：在核苷酸序列的5’端添加共有序列一，3’端添加共有序列二；
10.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S5中，所述扩增包括PCR扩增；所述PCR过程中添加核苷酸序列用以在寡聚核苷酸实物中引入标签序列三；
11.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤S6中所述小肽展示文库包括T7噬菌体展示体系、λ噬菌体展示体系、大肠杆菌展示体系、酵母展示体系、细胞展示体系、核糖体展示体系。
12.一种突变小肽展示文库，其特征在于，由权利要求1-11中任一项所述的方法制备得到。
...【技术特征摘要】
1.一种肿瘤突变小肽展示文库的构建方法，其特征在于，包括以下步骤：
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤s1中所述突变包括插入突变、替换突变、删除突变、移码突变、融合突变中的至少一种。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述突变小肽为突变发生后，含有全部或部分突变信息的氨基酸序列。
4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述截取方法包括：所有突变小肽的长度一致，为q个氨基酸；q为20-100；选取长度大于等于q个氨基酸的突变蛋白或者移码突变位点到第一个终止密码子的长度大于等于q个氨基酸的突变蛋白；在突变蛋白的氨基酸序列上截取含有q个氨基酸的突变小肽。
5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述突变为插入突变；所述插入的氨基酸数量为n；从突变蛋白上第一个氨基酸开始到突变位点的长度为m，从最后一个氨基酸开始到突变位点的长度为p；
6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，所述突变为替换突变；所述替换突变后突变位点的氨基酸数量为n；从突变蛋白上第一个氨基酸开始到突...
【专利技术属性】
技术研发人员：陶生策，祁环，马明亮，李阳，
申请(专利权)人：上海抗码芯瑞生物科技有限公司，
类型：发明
国别省市：
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