【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于农业分子生物学领域，具体涉及一种与油茶果皮厚度相关的snp分子标记及其应用。
技术介绍
1、油茶，是木本油料作物，在长江中下游地区广泛分布，栽培历史悠久。高州油茶(camellia drupifera)属于大果油茶，相比普通油茶(camellia oleifera)，具有果实大、种仁含油率高、植株高大、挂果率高等优点，极具高产潜力。但其果皮在果实生长期间会抢占更多能量用于积累果皮厚度，制约种仁及油脂的积累。在育种前期若能提早预测果皮厚度可定向栽种果皮薄的品种弥补这些后期生产上的资源浪费。
2、但是油茶遗传背景复杂，基因杂合度高，育种周期长、效率低，而且果皮厚度属于数量性状，受多基因控制，给油茶育种及其遗传规律研究带来较大困难。而且传统方法提前判断油茶需要对各样本进行持续多年追踪检测，工作量大且浪费人力物力。如果在早期就能直接在基因组水平上选育个体，而不依赖表型信息，则可显著提高选择效率，加快育种进程，缩短选育时间。因此，亟需提供一种借助分子标记手段进行油茶果皮厚度快速判别的方法。
技术实现思路
1、本专利技术旨在至少解决上述现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术提出一种与油茶果皮厚度相关的snp分子标记。
2、本专利技术还提出用于检测上述snp分子标记的引物组。
3、本专利技术还提出一种试剂盒。
4、本专利技术还提出一种基因芯片。
5、本专利技术还提出上述分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片的应用。
6、本专利技术还提出上述snp位点的检测方法。
7、本专利技术还提出一种油茶果皮厚度的检测方法。
8、根据本专利技术的第一方面，提出了一种与油茶果皮厚度相关的snp分子标记，所述snp分子标记包括以下(1)-(10)中的至少一种：
9、(1)第一snp分子标记，所述第一snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27899742位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为a或c；
10、(2)第二snp分子标记，所述第二snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27899812位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为g或a；
11、(3)第三snp分子标记，所述第三snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27900267位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为g或a；
12、(4)第四snp分子标记，所述第四snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27900460位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为t或c；
13、(5)第五snp分子标记，所述第五snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27900829位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为g或a；
14、(6)第六snp分子标记，所述第六snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27901276位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为c或g；
15、(7)第七snp分子标记，所述第七snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27901300位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为c或t；
16、(8)第八snp分子标记，所述第八snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27901344位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为g或a；
17、(9)第九snp分子标记，所述第九snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27902119位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为t或g；
18、(10)第十snp分子标记，所述第十snp分子标记位于油茶参考基因组第hic_4染色体第27902242位核苷酸处，该位点的核苷酸碱基为g或a；
19、其中，所述油茶参考基因组为野生油茶二倍体(https://github.com/hengfu-yin/con_genome_data)参考基因组。
20、根据本专利技术的第二方面，提出了用于扩增上述snp分子标记的引物组。
21、根据本专利技术的第三方面，提出了一种试剂盒，所述试剂盒包括上述引物组。
22、根据本专利技术的第四方面，提出了一种基因芯片，所述基因芯片包括上述引物组。
23、根据本专利技术的第五方面，提出了上述snp分子标记、引物组、试剂盒和/或基因芯片在以下1)-10)任一项中的应用：
24、1)检测油茶果皮厚度；
25、2)鉴定及筛选不同油茶果皮厚度的油茶；
26、3)选育果皮厚度区间为4～7mm的油茶；
27、4)选育果皮厚度大于8mm的油茶；
28、5)选育果皮厚度区间为4～8mm的油茶；
29、6)选育果皮厚度小于4mm的油茶；
30、7)选育果皮厚度大于12mm的油茶；
31、8)油茶分子标记辅助育种；
32、9)油茶育种；
33、10)制备油茶育种的产品。
34、在本专利技术的一些实施方式中，所述应用为在油茶基因分型中的应用。
35、根据本专利技术的第六方面，提出了一种利用上述snp分子标记检测油茶果皮厚度的方法，所述方法包括以下步骤：
36、s1、从油茶中提取基因组dna；
37、s2、对步骤s1中提取的基因组dna进行所述snp分子标记的多态性检测，根据检测结果判断待测油茶的油茶果皮厚度。
38、在本专利技术的一些实施方式中，当所述snp分子标记为第一snp分子标记时，若检测到位点碱基为a，则油茶果皮厚度区间为4～7mm，若检测到位点碱基为c，则油茶果皮厚度大于8mm；
39、当所述snp分子标记为第二snp分子标记时，若检测到位点碱基为g，则油茶果皮厚度区间为4～8mm，若检测到位点碱基为a，则油茶果皮厚度大于8mm，若检测到位点为杂合基因型，果皮厚度区间为小于4mm；
40、当所述snp分子标记为第三snp分子标记时，若检测到位点碱基为g，则油茶果皮厚度区间为小于4mm，若检测到位点碱基为a，则油茶果皮厚度大于8mm，若检测到位点为杂合基因型，果皮厚度区间为4～8mm；
41、当所述snp分子标记为第四snp分子标记时，若检测到位点碱基为t，则油茶果皮厚度区间为小于4mm，若检测到位点碱基为c，则油茶果皮厚度大于8mm，若检测到位点为杂合基因型，果皮厚度区间为4～8mm；
42、当所述snp分子标记为第五snp分子标记时，若检测到位点碱基为g，则油茶果皮厚度区间为小于4mm，若检测到位点碱基为a，则油茶果皮厚度大于8mm，若检测到位点为杂合基因型，果皮厚度区间为4～8mm；
43、当所述snp分子标记为第六snp分子标记时，若检测到位点碱基为c，则油茶果皮厚度区间为4～8mm，若检测到位点碱基为g，则油茶果皮厚度大于8mm，若检测到位点为杂合基因型，果皮厚度区间为小于4mm；
44、当所述snp分子标本文档来自技高网...
【技术保护点】
1.一种与油茶果皮厚度相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记包括以下(1)-(10)中的至少一种：
2.用于扩增如权利要求1所述的SNP分子标记的引物组。
3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2所述的引物组。
4.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2所述的引物组。
5.权利要求1所述的SNP分子标记、权利要求2所述的引物组、权利要求3所述的试剂盒和权利要求4所述的基因芯片中的至少一种在以下1)-10)任一项中的应用：
6.一种利用如权利要求1所述的SNP分子标记检测油茶果皮厚度的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
7.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，当所述SNP分子标记为第一SNP分子标记时，若检测到位点碱基为A，则油茶果皮厚度区间为4～7mm，若检测到位点碱基为C，则油茶果皮厚度大于8mm；
8.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，从油茶中提取基因组DNA采用简化CTAB法。
9.根据权利要求6所述的方法，其特征在于，所述
10.一种油茶育种方法，其特征在于，包括如下步骤：利用权利要求6-9任一项所述的方法，选择果皮厚度区间为4～7mm的油茶、果皮厚度大于8mm的油茶、果皮厚度区间为4～8mm的油茶、果皮厚度小于4mm的油茶或果皮厚度大于12mm的油茶进行后续育种。
...【技术特征摘要】
1.一种与油茶果皮厚度相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记包括以下(1)-(10)中的至少一种：
2.用于扩增如权利要求1所述的snp分子标记的引物组。
3.一种试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求2所述的引物组。
4.一种基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括如权利要求2所述的引物组。
5.权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的引物组、权利要求3所述的试剂盒和权利要求4所述的基因芯片中的至少一种在以下1)-10)任一项中的应用：
6.一种利用如权利要求1所述的snp分子标记检测油茶果皮厚度的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：
...【专利技术属性】
技术研发人员：李永泉，赵丹阳，栗永娟，廖柏勇，张碧佩，
申请(专利权)人：仲恺农业工程学院，
类型：发明
国别省市：
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